单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6581	2025-04-17	Spatial transcriptomics AI agent charts hPSC-pancreas maturation in vivo 2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646731 PMID:40236029	研究论文	介绍了一种名为STAgent的空间转录组学AI代理，用于自动化分析hPSC-胰腺在体内的成熟过程	STAgent结合了多模态大型语言模型和专用计算工具，将数周的分析任务转化为几分钟的自动化处理，并能适应新数据、执行多步骤分析并生成有生物学意义的见解	NA	降低空间转录组学数据分析的专业门槛并缩短分析时间，加速生物和生物医学发现	人类干细胞衍生的胰腺细胞（SC-pancreas）在免疫缺陷小鼠中的成熟过程	空间转录组学	NA	空间转录组学	多模态大型语言模型（LLMs）	单细胞空间转录组数据	多个发育时间点的数据
6582	2025-04-17	Defining effective strategies to integrate multi-sample single-nucleus ATAC-seq datasets via a multimodal-guided approach 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646871 PMID:40236024	研究论文	本文提出了一种多模态引导的方法，用于整合多样本单核ATAC-seq数据集，并评估了58种整合管道的性能	利用单核多模态数据集同时分析ATAC和RNA，通过比较独立整合的snRNA-seq金标准嵌入和注释，评估snATAC-seq整合方法的性能	scRNA-seq整合方法在snATAC-seq数据集上表现不一致，可能是由于数据的稀疏性和基因组特征差异	开发稳健的计算流程以整合单核ATAC-seq数据集，并纠正技术效应，同时保留潜在的生物细胞状态	单核ATAC-seq数据集	生物信息学	NA	单核ATAC-seq, 单核RNA-seq	SnapATAC2, PeakVI, ArchR's iterative LSI, Harmony	基因组数据	5个多模态数据集
6583	2025-04-17	Rare Subset of T Cells Form Heterotypic Clusters with Circulating Tumor Cells to Foster Cancer Metastasis 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646421 PMID:40236049	研究论文	本文研究了外周血中免疫细胞与循环肿瘤细胞(CTCs)的相互作用，揭示了罕见的CD4和CD8双阳性T(DPT)细胞在促进癌症转移中的关键作用	发现罕见的DPT细胞在CTC-WBC异型簇中显著富集，并揭示了其通过VLA4-VCAM1相互作用促进癌症转移的机制	研究主要基于乳腺癌患者样本，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索免疫细胞与循环肿瘤细胞的相互作用机制及其在癌症转移中的作用	晚期乳腺癌患者的血液样本和其中的循环肿瘤细胞(CTCs)与白细胞(WBCs)	癌症生物学	乳腺癌	流式细胞术、ImageStream分析、单细胞RNA测序	NA	血液样本、单细胞RNA测序数据	1,529份乳腺癌患者血液样本
6584	2025-04-17	Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.28.645955 PMID:40236025	research paper	该研究通过性别特异性基因调控网络分析，揭示了女性血管平滑肌细胞在纤维斑块形成中的分子机制	首次构建了女性偏向的血管平滑肌细胞基因调控网络，并鉴定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子	样本量相对较小（119名男性和32名女性心脏移植供体），且仅分析了冠状动脉和颈动脉斑块	探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制	血管平滑肌细胞(VSMC)和动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	基因调控网络分析、单细胞RNA测序、贝叶斯网络建模、蛋白质组学分析	贝叶斯网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	119名男性和32名女性心脏移植供体的VSMC基因表达数据，以及颈动脉斑块单细胞RNA测序数据
6585	2025-04-17	Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature 2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70158 PMID:40226936	research paper	本研究通过开发和验证一个5基因CAF风险签名，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用及其与免疫浸润和免疫治疗反应的相关性	首次构建了一个5基因CAF风险签名，用于预测GBM患者的预后和免疫治疗反应，并揭示了CAF在GBM中的潜在作用机制	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究CAF在GBM中的作用及其与免疫治疗反应的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者	digital pathology	glioblastoma	WGCNA, LASSO Cox回归分析, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq	5-gene CAF-risk signature	mRNA表达谱和临床数据	来自两个数据库的GBM样本
6586	2025-04-17	Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy 2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70218 PMID:40233268	research paper	该文章探讨了单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用，特别是在造血干细胞移植、化疗和免疫治疗中的作用	利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征，为AML的诊断和治疗提供了新的靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高急性髓系白血病的治疗效果，特别是通过造血干细胞移植、化疗和免疫治疗	急性髓系白血病（AML）患者及其造血干细胞	digital pathology	acute myeloid leukemia	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
6587	2025-04-17	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645843 PMID:40236046	research paper	该研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪发育中嗅觉系统的早期迁移神经元	利用Cntn2作为分子标记，开发了新的小鼠系来追踪和研究早期迁移神经元	研究中可用的分子标记数量有限，可能限制了更广泛的神经元群体研究	研究发育中嗅觉系统早期迁移神经元的追踪和功能操控	啮齿动物发育中的鼻子早期迁移神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
6588	2025-04-17	Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645747 PMID:40236091	研究论文	本研究探讨了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的作用及其对mTORC1抑制和抗PD1免疫治疗的敏感性	揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的关键作用，并提出了针对Kmt2c/d缺失胃癌的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胃癌中的适用性需要进一步验证	探究Kmt2c/d在胃癌起始中的作用及其治疗潜力	胃癌上皮细胞	癌症研究	胃癌	基因敲除小鼠模型、单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	基因敲除小鼠模型中的胃癌组织
6589	2025-04-17	mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645744 PMID:40236251	研究论文	介绍了一种名为mcDETECT的新框架，用于解码3D空间突触转录组	整合机器学习算法和空间转录组学（iST）与靶向基因面板，研究突触	NA	揭示神经退行性疾病的分子机制	突触	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（iST）	机器学习算法	3D空间转录组数据	多平台数据（Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx）
6590	2025-04-17	The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.646197 PMID:40236170	研究论文	本研究探讨了横跨顶骨（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在的分子机制	首次证实TTR通过抑制BMP信号通路维持冠状缝开放，并揭示其与硬脑膜的潜在相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明冠状缝发育的调控机制及冠状缝早闭的病因学	小鼠模型的横跨顶骨（TTR）及冠状缝组织	发育生物学	颅缝早闭症	基因敲除技术、空间转录组学	小鼠疾病模型	基因表达数据、组织形态学数据	未明确说明实验用小鼠数量
6591	2025-04-17	Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805 PMID:40230840	研究论文	本研究通过多维转录组学技术探讨了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制	首次鉴定了四种不同的肿瘤细胞亚群，并揭示了RPS4Y1+肿瘤细胞在胰腺癌免疫抑制微环境中的重要作用，提出了'牛磺酸-免疫互作'标准	研究主要基于单细胞和空间转录组数据分析，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系	胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序, 空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
6592	2025-04-17	CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797 PMID:40230851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现CD121b阳性中性粒细胞在脓毒性休克患者中的免疫抑制作用	首次识别出脓毒性休克患者外周血中的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群，并发现其与疾病严重程度及免疫抑制状态相关	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验和小鼠模型	探究中性粒细胞在脓毒性休克病理生理中的具体作用机制	健康供体和脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	免疫学	脓毒性休克	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	人源化小鼠脓毒症模型	RNA测序数据, 血清蛋白检测数据	健康供体和脓毒性休克患者（具体数量未说明）
6593	2025-04-17	Discovering biomarkers associated with infiltration of CD8+ T cells and tumor-associated fibrosis in colon adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing and gene co-expression network 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1496640 PMID:40230854	research paper	通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，发现与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物	识别了三个与CD8+ T细胞和结肠腺癌预后相关的关键基因（LARS2、SEZ6L2和SOX7），为结肠腺癌的诊断和治疗提供了新的预后生物标志物	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物，并评估其预后价值	结肠腺癌（COAD）样本	digital pathology	colon adenocarcinoma	single-cell RNA sequencing, gene co-expression network analysis, CIBERSORT, ESTIMATE, WGCNA, deconvolution algorithm, univariate Cox regression, LASSO analysis, immunohistochemistry, real-time PCR, western blot	prognostic model (LASSO and univariate COX regression)	RNA-seq data, protein-protein interaction data	COAD samples from GEO database (exact number not specified)
6594	2025-04-17	The role of transketolase in the immunotherapy and prognosis of hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529029 PMID:40230848	研究论文	探讨转酮醇酶(TKT)在肝细胞癌(HCC)免疫治疗和预后中的作用	采用多组学方法分析TKT在多种癌症中的表达及其与肿瘤免疫和预后的关联，揭示了TKT在HCC中的新作用机制	需要进一步研究以完全阐明TKT在免疫治疗中的作用	探索TKT在HCC免疫治疗和预后中的潜在作用	肝细胞癌(HCC)患者	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq分析、甲基化分析、单细胞分析、空间转录组学、RT-qPCR、siRNA转染、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	NA	多组学数据	多种癌症样本(具体数量未提及)
6595	2025-04-17	A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 2024-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442 PMID:38838779	research paper	该研究利用空间转录组学等技术，首次详细描绘了人类皮脂腺分化过程中的转录变化图谱	首次在细胞分辨率水平上揭示了皮脂腺分化过程中四个阶段的连续转录调控程序	研究主要基于皮脂腺增生样本，可能无法完全反映正常生理状态下的皮脂腺功能	解析皮脂腺细胞分化过程中的转录调控机制及其与皮肤健康的关系	人类皮脂腺细胞及其分化过程	转录组学	皮肤疾病	空间转录组学、伪时间分析、RNA速率分析	无监督聚类	转录组数据	未明确说明样本数量（使用皮脂腺增生样本）
6596	2025-04-17	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学揭示了自闭症谱系障碍(ASD)中的分子级联和细胞类型特异性特征	利用深度单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)及空间转录组学，鉴定了ASD中细胞类型特异性基因调控网络(GRNs)的失调	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	理解自闭症谱系障碍的分子机制及其与遗传易感性的关系	自闭症个体的死后脑组织	基因组学	自闭症谱系障碍	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞基因组数据	未明确提及样本数量
6597	2025-04-17	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-05-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	该研究通过单细胞转录组、B细胞受体库和染色质可及性数据，解码了20种不同癌症类型中肿瘤浸润B细胞的功能	揭示了B细胞的异质性，识别出15个亚群，并分为两条独立的发育路径（滤泡外与生发中心），发现滤泡外路径与较差的临床结果和免疫治疗抵抗相关	研究样本量相对有限（477个样本，269名患者），且未涵盖所有癌症类型	解码肿瘤浸润B细胞的功能，探索其在癌症中的作用	肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组测序、B细胞受体库分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、B细胞受体库数据、染色质可及性数据	477个样本，来自269名患者，涵盖20种癌症类型
6598	2025-04-17	Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing 2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65863 PMID:38314826	研究论文	本文提出了一种用于从小鼠颈动脉制备单细胞悬浮液的方案，以进行单细胞测序	设计了一种两步消化方法，结合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的消化过程，以减少细胞损伤	该方案可能需要针对其他组织的血管进行适当修改	开发一种适用于单细胞测序的小鼠颈动脉单细胞悬浮液制备方案	小鼠颈动脉	单细胞测序	颈动脉粥样硬化	单细胞测序，AO/PI双荧光计数	NA	单细胞转录组数据	小鼠颈动脉细胞
6599	2025-04-17	Graft dysfunction in compassionate use of genetically engineered pig-to-human cardiac xenotransplantation: a case report 2023-07-29, Lancet (London, England) DOI:10.1016/S0140-6736(23)00775-4 PMID:37393920	病例报告	报告了一例基因工程猪心脏异种移植的病例，详细分析了移植后功能障碍的原因	首次详细分析了基因工程猪心脏异种移植后的功能障碍原因，包括免疫学和组织病理学研究	仅基于单一病例，结果可能不具有普遍性	探讨异种心脏移植后功能障碍的原因及可能的改进措施	57岁男性终末期心力衰竭患者	异种移植	心力衰竭	DNA PCR、RNA转录、电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	临床监测数据、免疫学和组织病理学数据	1例患者
6600	2025-04-16	Precise measurement of CRISPR genome editing outcomes through single-cell DNA sequencing 2025-Jun-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2025.101449 PMID:40225018	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术精确测量CRISPR基因组编辑结果	采用Tapestri单细胞测序技术，首次在单细胞水平上同时分析超过100个位点的编辑结果，包括编辑合子性、结构变异和细胞克隆性	NA	开发更精确的基因编辑结果测量方法，以满足临床应用的安全标准	经过CRISPR编辑的细胞	基因编辑	NA	单细胞DNA测序（Tapestri）	NA	DNA序列数据	NA