单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 6581 - 6600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6581 | 2024-11-04 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积 | SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性 | NA | 旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型分布 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 半监督学习 | 基因表达数据 | 四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集 |
| 6582 | 2024-11-04 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计 | NA | 解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题 | 单细胞昼夜节律相位和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 转录组数据 | NA |
| 6583 | 2024-11-02 |
Genomic Profiling and Immune Phenotyping of Neuroendocrine Bladder Cancer
2024-Nov-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1277
PMID:39226396
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研究论文 | 研究神经内分泌膀胱癌的基因组特征和免疫表型 | 揭示了神经内分泌膀胱癌的免疫微环境特征，并发现混合型神经内分泌膀胱癌具有免疫浸润表型 | 样本量较小，特别是单细胞RNA测序样本仅有一个 | 探索神经内分泌膀胱癌的免疫治疗潜力 | 神经内分泌膀胱癌的基因组和免疫表型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 基因组分析、转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA数据、图像数据 | 基因组数据19例，转录组数据3例，单细胞RNA测序1例，免疫组化分析34例 |
| 6584 | 2024-11-02 |
Single-Cell View of Tumor Microenvironment Gradients in Pleural Mesothelioma
2024-Nov-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0017
PMID:38959428
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的综合细胞图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的图谱，并发现了与不良疾病结局相关的四个癌症内在程序和一个新的胎儿样内皮细胞群体 | NA | 提高对胸膜间皮瘤肿瘤微环境的理解，以改进免疫治疗策略 | 胸膜间皮瘤肿瘤微环境中的细胞群体及其基因表达程序 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54个表达程序和多个细胞群体 |
| 6585 | 2024-11-02 |
Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma
2024-Oct-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88414
PMID:39475792
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研究论文 | 研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征 | 首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果 | 探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系 | 小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 6586 | 2024-11-02 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
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研究论文 | 研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征 | 研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究 | 探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素 | 来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照） |
| 6587 | 2024-11-02 |
Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75314-3
PMID:39478009
|
研究论文 | 提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | 单细胞、空间和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 高斯统计 | 基因表达数据 | NA |
| 6588 | 2024-11-02 |
Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77495-3
PMID:39478056
|
研究论文 | 本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征 | 通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征 | NA | 揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解 | 缺血性中风的生物标志物和免疫特征 | 机器学习 | 中风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |
| 6589 | 2024-11-02 |
The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling
2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae144
PMID:39236220
|
研究论文 | 研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制 | 揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性 | 探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制 | 小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞 | NA | NA | 分子遗传学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究 |
| 6590 | 2024-11-02 |
Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer
2024-Oct-29, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00206-w
PMID:39470950
|
综述 | 本文综述了scRNA-seq和ST-seq技术在前列腺癌研究中的应用和新发现 | 介绍了scRNA-seq和ST-seq技术在揭示前列腺癌及其微环境异质性和功能变化方面的突破 | NA | 探讨前列腺癌发病机制和疾病进展，为诊断和治疗提供参考 | 前列腺癌及其微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | scRNA-seq, ST-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6591 | 2024-11-02 |
A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74985-2
PMID:39472601
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞RNA测序数据寻找潜在癌症吸引子的方法，并在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试 | 本文创新性地使用癌症吸引子概念解释胶质母细胞瘤的异质性，并通过构建基因调控网络和参数估计框架来探索潜在的吸引子 | 本文的方法主要在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试，其通用性在其他类型癌症中的表现尚未充分验证 | 研究胶质母细胞瘤的潜在吸引子，并探索其在癌症动力学模拟和治疗靶点研究中的应用 | 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA |
| 6592 | 2024-11-02 |
Alteration of the metabolite interconversion enzyme in sperm and Sertoli cell of non-obstructive azoospermia: a microarray data and in-silico analysis
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77875-9
PMID:39472682
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研究论文 | 研究非阻塞性无精子症患者精子和小管细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式 | 使用微阵列和生物信息学技术分析了2912个编码代谢物相互转化酶的基因，并预测了这些蛋白质的功能和分子相互作用，识别出关键的枢纽基因 | NA | 探讨非阻塞性无精子症患者睾丸细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式，以理解其分子机制 | 非阻塞性无精子症患者的精子和小管细胞 | NA | NA | 微阵列分析，生物信息学 | NA | 基因表达数据 | 2912个基因，3个非阻塞性无精子症患者的小管细胞样本 |
| 6593 | 2024-11-02 |
HTS and scRNA-seq revealed that the location and RSS quality of the mammalian TRBV and TRBJ genes impact biased rearrangement
2024-Oct-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10887-x
PMID:39472808
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研究论文 | 研究探讨了哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对偏倚重排的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和高通量测序揭示了TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对V(D)J重排频率的影响 | 尚未完全阐明具体的调控机制和效率 | 研究V(D)J重排的机制和效率 | 哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和高通量测序 (HTS) | NA | RNA序列 | 包括灵长类（人类和猕猴）、啮齿类（BALB/c、C57BL/6和昆明小鼠）、偶蹄类（水牛）和翼手类（Rhinolophus affinis）等多个物种 |
| 6594 | 2024-11-02 |
A tumorigenicity evaluation platform for cell therapies based on brain organoids
2024-Oct-29, Translational neurodegeneration
IF:10.8Q1
DOI:10.1186/s40035-024-00446-5
PMID:39472972
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研究论文 | 本文介绍了一种基于脑类器官的细胞治疗致瘤性评估平台 | 提出了使用脑类器官和胶质母细胞瘤样类器官模型来评估细胞治疗产品的致瘤性风险，相较于传统动物模型具有更高的检测敏感性 | NA | 评估脑类器官在细胞治疗致瘤性评估中的应用潜力 | 人多能干细胞（hPSCs）和从中衍生的中脑多巴胺（mDA）细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自人胚胎干细胞的中脑多巴胺细胞、hPSCs、混合细胞以及未成熟的中脑多巴胺细胞，并将其注射到脑类器官和NOD SCID小鼠中进行评估 |
| 6595 | 2024-11-02 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
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研究论文 | 研究分析了人类抗糖抗体的B细胞受体库，揭示了抗糖反应的驱动机制 | 首次结合BCR受体克隆与表达以及单细胞转录组学分析，探讨了抗N-乙酰-D-氨基葡萄糖(GlcNAc)抗体的B细胞库及其免疫进化 | NA | 探讨人类抗糖抗体反应的驱动机制及其在早期儿童时期的亲和力成熟过程 | 抗N-乙酰-D-氨基葡萄糖(GlcNAc)抗体的B细胞库 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 人类队列中的B细胞 |
| 6596 | 2024-11-02 |
Characterization of Cancer Stem Cells in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma by Single-cell RNA Sequencing
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae056
PMID:39107908
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞 | 首次在单细胞水平上全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞特性 | 研究样本仅限于三名患者，可能影响结果的普适性 | 识别喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞及其分子机制 | 喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三名喉鳞状细胞癌患者的匹配原发肿瘤组织、癌旁组织和局部淋巴结 |
| 6597 | 2024-11-02 |
ADAMTS7 Promotes Smooth Muscle Foam Cell Expansion in Atherosclerosis
2024-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582156
PMID:38463994
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研究论文 | 研究探讨了ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞扩张的机制 | 首次揭示了ADAMTS7在平滑肌细胞和内皮细胞中表达，并通过增加PU.1和CD36表达促进氧化低密度脂蛋白摄取，从而促进泡沫细胞形成和动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨ADAMTS7在动脉粥样硬化中的细胞特异性机制 | ADAMTS7在平滑肌细胞和内皮细胞中的表达及其对动脉粥样硬化的影响 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 6598 | 2024-11-02 |
Unraveling the role of low-density lipoprotein-related genes in lung adenocarcinoma: Insights into tumor microenvironment and clinical prognosis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24230
PMID:38488684
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研究论文 | 研究探讨了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用及其对肿瘤微环境和临床预后的影响 | 首次系统地研究了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用，并开发了一种新的低密度脂蛋白相关签名用于预后评估 | 研究主要基于单细胞转录组数据，可能无法全面反映所有相关基因的表达情况 | 揭示低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的功能及其对肿瘤微环境和临床预后的影响 | 低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的表达模式及其与肿瘤微环境和临床预后的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
| 6599 | 2024-11-02 |
Six1 Regulates Mouse Incisor Development by Promoting Dlx1/2/5 Expression
2024-Sep, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241256286
PMID:39101661
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研究论文 | 研究探讨了Six1在调控小鼠下门齿发育中的关键作用及其分子机制 | 首次揭示了Six1通过促进Dlx1/2/5表达在牙胚发育中的重要作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 阐明Six1在牙胚发育中的调控作用及其分子机制 | 小鼠下门齿发育过程中的牙胚细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠牙胚发育不同阶段的样本 |
| 6600 | 2024-11-02 |
APOE ε4-associated downregulation of the IL-7/IL-7R pathway in effector memory T cells: Implications for Alzheimer's disease
2024-Sep, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14173
PMID:39129310
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研究论文 | 研究探讨了APOE ε4等位基因对IL-7/IL-7R通路的影响及其在阿尔茨海默病中的作用 | 揭示了APOE ε4等位基因下调IL-7/IL-7R通路在调节神经炎症和海马萎缩中的作用 | NA | 探讨APOE ε4等位基因对IL-7/IL-7R通路的影响及其在阿尔茨海默病中的作用 | APOE ε4携带者和非携带者的外周血单核细胞 | NA | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | RNA | 54名晚期阿尔茨海默病患者（包括28名APOE ε4携带者和26名非携带者） |