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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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6581 | 2025-04-17 |
Plasma CCL3 predicts adverse heart failure outcomes in patients with arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Apr-14, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04024-y
PMID:40223064
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研究论文 | 研究探讨了心律失常性心肌病(ACM)患者纤维脂肪组织的特征及血浆趋化因子水平与心力衰竭(HF)负担的关系 | 首次发现ACM患者纤维脂肪组织中饱和甘油三酯(TGs)和CCL3水平升高可能与HF进展相关,并证实血浆CCL3水平可预测ACM患者HF不良结局 | 需要在更大规模和独立的队列中进一步验证 | 探究ACM患者纤维脂肪组织特征及血浆趋化因子水平与HF负担的关系 | 心律失常性心肌病(ACM)患者 | 心血管疾病研究 | 心律失常性心肌病 | 定量实时聚合酶链反应、LC-MS脂质组学分析、单细胞RNA测序、免疫染色、酶联免疫吸附试验 | NA | 组织样本、血浆样本、RNA测序数据 | 正常对照组10例,ACM患者24例(脂质组学);正常对照组2例,ACM患者6例(单细胞RNA测序);102例ACM患者(随访研究) |
6582 | 2025-04-17 |
A spatial transcriptomics study of MES-like and mono/macro cells in gliomas
2025-Apr-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95277-3
PMID:40222970
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析,探讨了胶质瘤中MES样恶性肿瘤细胞和单核/巨噬细胞的作用及其在肿瘤微环境中的关键角色 | 首次利用空间转录组学揭示了MES样恶性肿瘤细胞在胶质瘤中的空间定位,并发现了这些细胞与单核/巨噬细胞之间的关键相互作用 | 研究主要依赖于公共数据库的测序数据,可能受到样本来源和数量的限制 | 识别胶质瘤的潜在治疗靶点和预后标志物 | 胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)中的MES样恶性肿瘤细胞和单核/巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 空间转录组学,多组学分析,药物敏感性分析 | NA | 测序数据,临床信息 | 1327个测序数据样本(来自TCGA、CCGA和UCSC Xena数据库) |
6583 | 2025-04-17 |
Single cell transcriptome sequencing indicates the cellular heterogeneity of small intestine tissue in celiac disease
2025-Apr-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90300-z
PMID:40216823
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,分析了乳糜泻患者小肠组织的细胞异质性,并鉴定了与疾病相关的特定基因和标记物 | 首次构建了乳糜泻小肠组织的单细胞表达谱,发现了新的疾病特异性生物标志物和潜在治疗靶点 | 样本量较小(3例患者和3例对照),且仅针对中国人群 | 探索乳糜泻的发病机制,发现疾病相关基因和标记物 | 乳糜泻患者和健康对照者的小肠组织 | 单细胞转录组学 | 乳糜泻 | scRNA-seq, IHC, qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据 | 3例乳糜泻患者和3例健康对照的小肠活检样本 |
6584 | 2025-04-17 |
Single-cell RNA sequencing reveals important role of monocytes and macrophages during mucopolysaccharidosis treatment
2025-Apr-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97330-7
PMID:40210734
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究单核细胞和巨噬细胞在粘多糖贮积症治疗中的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了MPS-II患者在不同疾病阶段和治疗过程中单核细胞和巨噬细胞的动态变化及其独特功能 | 研究仅基于一名10岁MPS-II患者的数据,样本量较小 | 探究MPS-II疾病进程中免疫细胞的变化及其对酶替代治疗(ERT)的响应机制 | MPS-II患者的单核细胞和巨噬细胞 | 基因组学 | 粘多糖贮积症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 1名10岁MPS-II患者不同疾病阶段的外周血单个核细胞(PBMCs) |
6585 | 2025-04-17 |
Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin
2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646438
PMID:40236062
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research paper | 研究表皮驻留记忆T细胞(T_)的适应性如何依赖于皮肤中的抗原接触 | 揭示了抗原接触如何通过TGFβ信号通路增强T_细胞的持久性和增殖能力 | 未明确说明实验样本的具体数量或来源 | 探究表皮驻留记忆T细胞的适应性和持久性机制 | 表皮驻留记忆T细胞(T_) | 免疫学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
6586 | 2025-04-17 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis of Sputum Cell Transcriptomes Reveals Pathways and Communication Networks That Contribute to the Pathogenesis of Asthma
2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646405
PMID:40236103
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析哮喘患者痰液细胞的转录组,揭示了参与哮喘发病机制的细胞通路和通讯网络 | 首次在哮喘患者痰液样本中应用单细胞RNA测序技术,详细描绘了细胞表型和动态通讯模式,揭示了哮喘患者与非哮喘患者之间的差异 | 样本量相对较小(16名哮喘患者和8名非哮喘对照),可能限制结果的普遍性 | 研究哮喘发病机制中的细胞转录组和细胞间通讯网络 | 哮喘患者和非哮喘对照者的痰液细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 16名哮喘患者和8名非哮喘对照者的痰液细胞,共37,565个细胞转录组 |
6587 | 2025-04-17 |
Chromosomal Instability and Clonal Heterogeneity in Breast Cancer: From Mechanisms to Clinical Applications
2025-Apr-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17071222
PMID:40227811
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review | 本文综述了乳腺癌中染色体不稳定性(CIN)和克隆异质性(CH)的生物学机制及其临床意义 | 整合了最新的检测方法如单细胞测序,探讨了CIN和CH对治疗反应及肿瘤免疫微环境的影响 | 综述性文章,未涉及具体实验数据或新发现 | 提高对乳腺癌中CIN和CH机制的理解,以改善诊断、预后和治疗策略 | 乳腺癌中的染色体不稳定性(CIN)和克隆异质性(CH) | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序及其他高分辨率技术 | NA | NA | NA |
6588 | 2025-04-17 |
Mapping the spatial architecture of glioblastoma from core to edge delineates niche-specific tumor cell states and intercellular interactions
2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647096
PMID:40235981
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研究论文 | 利用空间转录组学绘制胶质母细胞瘤生态系统的空间结构,揭示肿瘤细胞状态和细胞间相互作用 | 通过空间转录组学揭示了胶质母细胞瘤中由基因表达和空间定位共同定义的肿瘤细胞状态,以及沿肿瘤核心-边缘轴变化的细胞生态位组成 | NA | 解析胶质母细胞瘤的空间异质性及其微环境 | 胶质母细胞瘤的肿瘤细胞状态和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
6589 | 2025-04-17 |
Spatial transcriptomics AI agent charts hPSC-pancreas maturation in vivo
2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646731
PMID:40236029
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研究论文 | 介绍了一种名为STAgent的空间转录组学AI代理,用于自动化分析hPSC-胰腺在体内的成熟过程 | STAgent结合了多模态大型语言模型和专用计算工具,将数周的分析任务转化为几分钟的自动化处理,并能适应新数据、执行多步骤分析并生成有生物学意义的见解 | NA | 降低空间转录组学数据分析的专业门槛并缩短分析时间,加速生物和生物医学发现 | 人类干细胞衍生的胰腺细胞(SC-pancreas)在免疫缺陷小鼠中的成熟过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多模态大型语言模型(LLMs) | 单细胞空间转录组数据 | 多个发育时间点的数据 |
6590 | 2025-04-17 |
Defining effective strategies to integrate multi-sample single-nucleus ATAC-seq datasets via a multimodal-guided approach
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.02.646871
PMID:40236024
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研究论文 | 本文提出了一种多模态引导的方法,用于整合多样本单核ATAC-seq数据集,并评估了58种整合管道的性能 | 利用单核多模态数据集同时分析ATAC和RNA,通过比较独立整合的snRNA-seq金标准嵌入和注释,评估snATAC-seq整合方法的性能 | scRNA-seq整合方法在snATAC-seq数据集上表现不一致,可能是由于数据的稀疏性和基因组特征差异 | 开发稳健的计算流程以整合单核ATAC-seq数据集,并纠正技术效应,同时保留潜在的生物细胞状态 | 单核ATAC-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq | SnapATAC2, PeakVI, ArchR's iterative LSI, Harmony | 基因组数据 | 5个多模态数据集 |
6591 | 2025-04-17 |
Rare Subset of T Cells Form Heterotypic Clusters with Circulating Tumor Cells to Foster Cancer Metastasis
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646421
PMID:40236049
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研究论文 | 本文研究了外周血中免疫细胞与循环肿瘤细胞(CTCs)的相互作用,揭示了罕见的CD4和CD8双阳性T(DPT)细胞在促进癌症转移中的关键作用 | 发现罕见的DPT细胞在CTC-WBC异型簇中显著富集,并揭示了其通过VLA4-VCAM1相互作用促进癌症转移的机制 | 研究主要基于乳腺癌患者样本,结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 探索免疫细胞与循环肿瘤细胞的相互作用机制及其在癌症转移中的作用 | 晚期乳腺癌患者的血液样本和其中的循环肿瘤细胞(CTCs)与白细胞(WBCs) | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、ImageStream分析、单细胞RNA测序 | NA | 血液样本、单细胞RNA测序数据 | 1,529份乳腺癌患者血液样本 |
6592 | 2025-04-17 |
Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.28.645955
PMID:40236025
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research paper | 该研究通过性别特异性基因调控网络分析,揭示了女性血管平滑肌细胞在纤维斑块形成中的分子机制 | 首次构建了女性偏向的血管平滑肌细胞基因调控网络,并鉴定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子 | 样本量相对较小(119名男性和32名女性心脏移植供体),且仅分析了冠状动脉和颈动脉斑块 | 探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制 | 血管平滑肌细胞(VSMC)和动脉粥样硬化斑块 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 基因调控网络分析、单细胞RNA测序、贝叶斯网络建模、蛋白质组学分析 | 贝叶斯网络 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 119名男性和32名女性心脏移植供体的VSMC基因表达数据,以及颈动脉斑块单细胞RNA测序数据 |
6593 | 2025-04-17 |
Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature
2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70158
PMID:40226936
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research paper | 本研究通过开发和验证一个5基因CAF风险签名,探讨了癌症相关成纤维细胞(CAF)在胶质母细胞瘤(GBM)中的作用及其与免疫浸润和免疫治疗反应的相关性 | 首次构建了一个5基因CAF风险签名,用于预测GBM患者的预后和免疫治疗反应,并揭示了CAF在GBM中的潜在作用机制 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏前瞻性临床验证 | 探究CAF在GBM中的作用及其与免疫治疗反应的关系 | 胶质母细胞瘤(GBM)患者 | digital pathology | glioblastoma | WGCNA, LASSO Cox回归分析, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq | 5-gene CAF-risk signature | mRNA表达谱和临床数据 | 来自两个数据库的GBM样本 |
6594 | 2025-04-17 |
Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy
2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70218
PMID:40233268
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research paper | 该文章探讨了单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用,特别是在造血干细胞移植、化疗和免疫治疗中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征,为AML的诊断和治疗提供了新的靶点 | 未提及具体样本量或实验设计的局限性 | 提高急性髓系白血病的治疗效果,特别是通过造血干细胞移植、化疗和免疫治疗 | 急性髓系白血病(AML)患者及其造血干细胞 | digital pathology | acute myeloid leukemia | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | NA |
6595 | 2025-04-17 |
Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645843
PMID:40236046
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research paper | 该研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系,追踪发育中嗅觉系统的早期迁移神经元 | 利用Cntn2作为分子标记,开发了新的小鼠系来追踪和研究早期迁移神经元 | 研究中可用的分子标记数量有限,可能限制了更广泛的神经元群体研究 | 研究发育中嗅觉系统早期迁移神经元的追踪和功能操控 | 啮齿动物发育中的鼻子早期迁移神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,可诱导CreERT2系统 | Cntn2CreERT2小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
6596 | 2025-04-17 |
Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645747
PMID:40236091
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研究论文 | 本研究探讨了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的作用及其对mTORC1抑制和抗PD1免疫治疗的敏感性 | 揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的关键作用,并提出了针对Kmt2c/d缺失胃癌的潜在治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类胃癌中的适用性需要进一步验证 | 探究Kmt2c/d在胃癌起始中的作用及其治疗潜力 | 胃癌上皮细胞 | 癌症研究 | 胃癌 | 基因敲除小鼠模型、单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、组织学图像 | 基因敲除小鼠模型中的胃癌组织 |
6597 | 2025-04-17 |
mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645744
PMID:40236251
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研究论文 | 介绍了一种名为mcDETECT的新框架,用于解码3D空间突触转录组 | 整合机器学习算法和空间转录组学(iST)与靶向基因面板,研究突触 | NA | 揭示神经退行性疾病的分子机制 | 突触 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学(iST) | 机器学习算法 | 3D空间转录组数据 | 多平台数据(Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx) |
6598 | 2025-04-17 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.646197
PMID:40236170
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研究论文 | 本研究探讨了横跨顶骨(TTR)在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在的分子机制 | 首次证实TTR通过抑制BMP信号通路维持冠状缝开放,并揭示其与硬脑膜的潜在相互作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 阐明冠状缝发育的调控机制及冠状缝早闭的病因学 | 小鼠模型的横跨顶骨(TTR)及冠状缝组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭症 | 基因敲除技术、空间转录组学 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据、组织形态学数据 | 未明确说明实验用小鼠数量 |
6599 | 2025-04-17 |
Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805
PMID:40230840
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研究论文 | 本研究通过多维转录组学技术探讨了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制 | 首次鉴定了四种不同的肿瘤细胞亚群,并揭示了RPS4Y1+肿瘤细胞在胰腺癌免疫抑制微环境中的重要作用,提出了'牛磺酸-免疫互作'标准 | 研究主要基于单细胞和空间转录组数据分析,需要进一步的体内实验验证 | 探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系 | 胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
6600 | 2025-04-17 |
CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797
PMID:40230851
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析,发现CD121b阳性中性粒细胞在脓毒性休克患者中的免疫抑制作用 | 首次识别出脓毒性休克患者外周血中的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群,并发现其与疾病严重程度及免疫抑制状态相关 | 研究样本量未明确说明,且机制研究主要基于体外实验和小鼠模型 | 探究中性粒细胞在脓毒性休克病理生理中的具体作用机制 | 健康供体和脓毒性休克患者的外周血免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒性休克 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 人源化小鼠脓毒症模型 | RNA测序数据, 血清蛋白检测数据 | 健康供体和脓毒性休克患者(具体数量未说明) |