单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6581	2024-11-02	Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer 2024-Oct, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12445 PMID:38860503	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖	首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物	研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用	三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本
6582	2024-11-04	scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083 PMID:39432561	研究论文	本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上	scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类	NA	开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据	脓毒症患者和对照组的分类	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	单细胞测试集和七个批量RNA队列
6583	2024-11-04	Graph contrastive learning as a versatile foundation for advanced scRNA-seq data analysis 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae558 PMID:39487083	研究论文	本文提出了一种基于图对比学习的新框架scSimGCL，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析	scSimGCL结合了细胞-细胞图结构和对比学习，显著提升了细胞聚类的性能	NA	开发一种简单而有效的框架，用于生成高质量的表示，以实现稳健的细胞聚类	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	机器学习	NA	图对比学习	图神经网络	单细胞RNA测序数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
6584	2024-11-04	NKG2C and NKG2A coexpression defines a highly functional antiviral NK population in spontaneous HIV control 2024-Sep-17, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182660 PMID:39288262	研究论文	本研究全面分析了长期病毒控制下的HIV精英控制者（ECs）的NK细胞库，发现NKG2C+CD57+记忆样NK细胞在ECs中显著富集，并揭示了这些细胞在抗HIV感染中的关键作用	首次揭示了NKG2C和NKG2A共表达的记忆样NK细胞在HIV控制中的重要作用，并发现了这些细胞独特的转录特征	研究主要集中在NK细胞的功能和表型分析，未涉及其他免疫细胞的相互作用	探讨NK细胞在HIV精英控制者中的作用及其机制	HIV精英控制者的NK细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	HIV精英控制者和未感染个体的NK细胞
6585	2024-11-04	Human breastmilk memory T cells throughout lactation manifest activated tissue-oriented profile with prominent regulation 2024-Sep-03, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181788 PMID:39435660	研究论文	研究分析了母乳中记忆T细胞在哺乳期的特征及其在免疫调节中的作用	首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术对母乳中的T细胞进行全面表征，揭示了其独特的组织适应性和免疫调节功能	研究主要集中在母乳T细胞的表型和功能分析，未深入探讨其在新生儿免疫支持中的具体机制	探讨母乳中不同免疫活性成分对新生儿免疫的贡献	母乳中的记忆T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表面标记数据	未明确提及具体样本数量
6586	2024-11-04	Momordicine-I Suppresses Head and Neck Cancer Growth by Reprogrammimg Immunosuppressive Effect of the Tumor-Infiltrating Macrophages and B Lymphocytes 2024-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0718 PMID:38315993	研究论文	研究了Momordicine-I通过重编程肿瘤浸润巨噬细胞和B淋巴细胞的免疫抑制效应来抑制头颈癌生长的机制	揭示了Momordicine-I通过调节肿瘤微环境中免疫细胞的分子表达，特别是通过抑制Sfln4和Cxcl3的表达，来抑制头颈癌生长的机制	研究主要在免疫功能正常的鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨Momordicine-I抑制头颈癌生长的机制，特别是在肿瘤微环境中的作用	头颈癌、肿瘤浸润巨噬细胞、B淋巴细胞	NA	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了两种免疫功能正常的鼠模型，分别使用MOC2和SCC VII细胞
6587	2024-11-04	Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation 2024-Mar-16, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05706-9 PMID:38493095	研究论文	提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应	scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示	NA	加速在不同生物条件下系统差异的探索	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	NA
6588	2024-11-04	OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases 2024-03-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05019-8 PMID:38491529	研究论文	开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制	整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析	NA	解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制	口腔炎症性疾病及其相关数据	生物信息学	口腔炎症性疾病	qPCR, IHC	NA	转录组数据, 单细胞测序数据	35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本
6589	2024-11-04	In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells 2024-Mar-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510 PMID:38447574	研究论文	本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因	首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路	NA	研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制	睾丸细胞和精子发生过程	生物技术	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据	NA
6590	2024-11-04	Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer 2024-Mar, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12420 PMID:38490958	研究论文	本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存	本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞	NA	研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力	卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成	数字病理学	卵巢癌	质谱分析	NA	蛋白质	NA
6591	2024-11-04	High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582103 PMID:38464282	研究论文	本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性	本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征	NA	深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化	小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达	数字病理学	NA	Seq-Scope	NA	基因表达数据	小鼠比目鱼肌样本
6592	2024-11-04	Exploring tumor endothelial cells heterogeneity in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell sequencing and pseudotime analysis 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18362 PMID:39484208	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的动态变化	研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析	探索肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用，以识别新的治疗靶点和策略	肝细胞癌中的肿瘤内皮细胞及其在肿瘤进展中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9个原发性肝癌样本
6593	2024-11-04	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用	本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性	本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性	评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	多组学数据集中的细胞核数量
6594	2024-11-04	SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning 2023-04-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04761-x PMID:37029267	研究论文	本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积	SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性	NA	旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	数字病理学	NA	空间转录组学	半监督学习	基因表达数据	四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集
6595	2024-11-04	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计	NA	解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题	单细胞昼夜节律相位和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
6596	2024-11-02	Genomic Profiling and Immune Phenotyping of Neuroendocrine Bladder Cancer 2024-Nov-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1277 PMID:39226396	研究论文	研究神经内分泌膀胱癌的基因组特征和免疫表型	揭示了神经内分泌膀胱癌的免疫微环境特征，并发现混合型神经内分泌膀胱癌具有免疫浸润表型	样本量较小，特别是单细胞RNA测序样本仅有一个	探索神经内分泌膀胱癌的免疫治疗潜力	神经内分泌膀胱癌的基因组和免疫表型	数字病理学	膀胱癌	基因组分析、转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组化分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞RNA数据、图像数据	基因组数据19例，转录组数据3例，单细胞RNA测序1例，免疫组化分析34例
6597	2024-11-02	Single-Cell View of Tumor Microenvironment Gradients in Pleural Mesothelioma 2024-Nov-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0017 PMID:38959428	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的综合细胞图谱	首次通过单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的图谱，并发现了与不良疾病结局相关的四个癌症内在程序和一个新的胎儿样内皮细胞群体	NA	提高对胸膜间皮瘤肿瘤微环境的理解，以改进免疫治疗策略	胸膜间皮瘤肿瘤微环境中的细胞群体及其基因表达程序	数字病理学	胸膜间皮瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	54个表达程序和多个细胞群体
6598	2024-11-02	Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma 2024-Oct-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88414 PMID:39475792	研究论文	研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征	首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系	小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
6599	2024-11-02	Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75947-4 PMID:39477985	研究论文	研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征	首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征	研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究	探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素	来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照）
6600	2024-11-02	Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75314-3 PMID:39478009	研究论文	提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集	NA	开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	单细胞、空间和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	高斯统计	基因表达数据	NA