单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-06-03	SinCMat: A single-cell-based method for predicting functional maturation transcription factors 2024-02-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.12.006 PMID:38215756	research paper	本文提出了一种基于单细胞RNA测序的计算方法SinCMat，用于预测功能成熟转录因子	SinCMat是首个专门考虑功能性细胞成熟过程的计算方法，能够识别身份转录因子和信号依赖性转录因子对，共同驱动功能成熟的基因	NA	旨在生成组织特异性成熟和功能性细胞，推动再生医学的发展	功能成熟转录因子	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	大规模应用于Mouse Cell Atlas和Tabula Sapiens数据集
642	2025-06-03	Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture 2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.28.550873 PMID:37546772	research paper	该研究通过跨站点实验评估了人类皮质类器官（hCO）在细胞类型组成和结构上的可重复性	首次评估了使用统一协议在不同研究站点生成的hCO在细胞类型比例和组织结构上的一致性	研究中仍存在非目标分化、坏死核心和细胞应激等hCO模型的已知局限性	评估人类皮质类器官模型在神经发育障碍研究中的可重复性	人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮质类器官	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq, 3D荧光成像, 相差成像, qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	多个研究站点使用同一iPSC细胞系生成的hCO样本
643	2025-06-02	Endogenous Retroelement Activation is Implicated in Interferon-α Production and Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Autoantibody Generation in Early Rheumatoid Arthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	研究论文	本研究探讨了内源性逆转录元件(EREs)在早期类风湿性关节炎(eRA)中的表达及其与干扰素-α(IFN-α)产生和抗环瓜氨酸肽(anti-CCP)自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了外周血和滑膜组织中ERE的表达，揭示了ERE与IFN-I产生之间的潜在因果关系以及与anti-CCP自身抗体的有趣关联	样本量相对较小(eRA滑膜组织n=22，全血样本n=56)，且未进行机制验证实验	探究EREs作为类风湿性关节炎(RA)中干扰素源性触发因素的潜在作用	早期类风湿性关节炎(eRA)患者和早期银屑病关节炎(ePsA)患者的血液和滑膜组织样本	风湿病学	类风湿性关节炎	逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、NanoString技术、流式细胞分选、单细胞测序数据分析	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据、单细胞测序数据	eRA滑膜组织样本22例，全血样本56例，以及ePsA患者样本
644	2025-06-02	Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	research paper	该研究探讨了膝关节骨关节炎（OA）患者滑膜先天免疫细胞耗竭与更严重疼痛之间的关联	首次发现滑膜免疫调节性巨噬细胞的耗竭和功能障碍与OA患者更严重的疼痛相关，并可能成为重要治疗靶点	样本量相对有限（n=122），且未探讨因果关系	识别与膝关节OA患者更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制	122名轻度至重度膝关节OA疼痛患者	免疫病理学	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织活检样本、转录组数据、蛋白质组数据	122例膝关节OA患者的滑膜组织活检（其中32例进行空间组学分析，8例进行单细胞测序）
645	2025-06-02	Novel PAP-targeted CAR-T therapy enhances antitumor efficacy through CoupledCAR approach 2025-May-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011238 PMID:40449956	研究论文	本文提出了一种新型的PAP靶向CAR-T疗法，通过CoupledCAR方法增强抗肿瘤效果	首次证明PAP是前列腺癌CAR-T治疗的特定靶点，并开发了CoupledCAR平台技术，无需肿瘤抗原即可扩增肿瘤靶向CAR-T细胞	NA	克服前列腺癌CAR-T治疗中靶点缺乏和CAR-T细胞扩增及功能受限的问题	前列腺癌细胞	肿瘤免疫治疗	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	CAR-T	基因表达数据、免疫组化数据	NA
646	2025-06-02	Targeting BATF2-RGS2 axis reduces T-cell exhaustion and restores anti-tumor immunity 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02351-5 PMID:40442751	研究论文	本研究探讨了RGS2在肺癌免疫调节中的作用，并揭示了BATF2-RGS2轴在调节T细胞耗竭和肿瘤免疫逃逸中的关键机制	首次揭示了BATF2通过转录调控RGS2促进T细胞耗竭的分子机制，并证明靶向该轴可增强免疫治疗效果	研究样本量较小（仅6例LC患者），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究RGS2在肺癌免疫调节中的作用及BATF2-RGS2轴的调控机制	肺癌患者CD8+ T细胞、小鼠3LL细胞、鼠类肿瘤类器官模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组分析、荧光素酶报告基因检测	基因敲除小鼠模型	转录组数据、体内外功能实验数据	6例LC患者样本+多组小鼠实验
647	2025-06-02	Co-targeting of epigenetic regulators and BCL-XL improves efficacy of immune checkpoint blockade therapy in multiple solid tumors 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02352-4 PMID:40442785	research paper	该研究探讨了表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在多种实体瘤中的治疗效果	发现表观遗传药物与BCL-XL抑制剂联合使用在实体瘤中产生显著的协同效应，与血液恶性肿瘤不同，实体瘤对BCL-XL抑制具有独特依赖性	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在实体瘤中的治疗效果	实体瘤细胞系（包括肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤）及小鼠模型	肿瘤学	多种实体瘤（肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤、胶质母细胞瘤）	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠同种移植和原位模型	体外实验数据、动物模型数据	大量实体瘤细胞系（来源患者和小鼠模型）及多种小鼠肿瘤模型
648	2025-06-02	Mefunidone treats pulmonary fibrosis by targeting SDH to regulate fibro-promoting macrophages 2025-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114971 PMID:40449267	research paper	该研究揭示了Mefunidone通过靶向SDH调节促纤维化巨噬细胞治疗肺纤维化的新机制	首次发现Mefunidone通过结合并抑制SDH活性来减少琥珀酸生成，进而抑制促纤维化巨噬细胞的转化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明Mefunidone治疗肺纤维化的分子靶点和作用机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和促纤维化巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	单细胞测序技术	小鼠肺纤维化模型	NA	NA
649	2025-06-02	Mendelian randomization reveals limited causal effects of genetic variants on cervical cancer risk: insights from immune cell populations 2025-May-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02819-2 PMID:40439950	research paper	该研究利用孟德尔随机化方法探讨了免疫细胞相关遗传变异与宫颈癌风险之间的潜在因果关系	首次综合应用多种孟德尔随机化方法评估免疫细胞亚群遗传变异对宫颈癌风险的因果效应	仅能检测遗传变异的中等及以上效应，无法捕捉微小效应	探究免疫细胞相关遗传因素在宫颈癌发病机制中的作用	与T细胞和B细胞亚群相关的遗传变异	遗传流行病学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序	逆方差加权、MR-Egger、简单中位数、加权中位数	遗传数据、基因表达数据	NA
650	2025-06-02	Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03625-0 PMID:40442195	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习技术，揭示了miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）中的关键作用	首次结合scRNA-seq和机器学习技术，识别了HBV-MN中与疾病进展相关的特定足细胞亚群，并验证了miR-223-3p对CRIM1表达的调控机制	研究样本可能来自高HBV流行区，结果在其他人群中的普适性有待验证	阐明HBV-MN的分子机制并寻找潜在治疗靶点	乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）的分子机制	数字病理学	乙型肝炎相关肾病	scRNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测, 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞RNA测序数据	NA
651	2025-06-02	Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03974-w PMID:40442298	研究论文	开发了一种基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型，并表征了其与免疫微环境的关系	首次将二硫键相关基因特征与膀胱癌预后和免疫微环境特征联系起来，并开发了DRPS预测模型	需要进一步实验验证模型在临床实践中的适用性	开发膀胱癌预后预测模型并研究其与免疫治疗反应的关系	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR	StepCox[backward]算法优化的DRPS模型	基因表达数据	TCGA和GEO队列数据
652	2025-06-02	High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation 2025-May-29, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041 PMID:40449655	研究论文	本研究通过整合Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序和MERFISH验证，揭示了人类皮脂腺的分子特征和皮脂细胞分化的四个不同阶段	首次提供了人类皮脂腺的高分辨率空间分子图谱，并发现了皮脂细胞分化的四个阶段及其独特的基因标记	研究主要基于人类样本，但未涉及与其他物种（如小鼠）的直接比较	深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制，特别是皮脂细胞的分化过程	人类皮脂腺及其皮脂细胞	空间转录组学	痤疮、脂溢性皮炎、脱发	Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序、MERFISH	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
653	2025-06-02	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4在肝纤维化中的作用机制，发现其通过调控肝星状细胞的命运影响纤维化进程	揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明MFAP4在肝纤维化中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	肝星状细胞(HSC)和小鼠肝纤维化模型	分子病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠（数量未明确）、LX-2细胞系
654	2025-06-02	Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis 2025-May-13, Biology DOI:10.3390/biology14050539 PMID:40427728	research paper	本研究利用机器学习算法和统计方法，基于胰岛素抵抗相关基因（IRGs）构建了一个稳健的乳腺癌预后模型，并在四个独立验证队列中验证了其预后价值	提出了一个由七个核心IRGs组成的胰岛素抵抗特征（IR signature），该特征在预测乳腺癌患者总体生存率方面表现出高效力，并揭示了IR风险评分（IRRS）与临床结果的显著关联	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制，且未在更广泛的人群中进行外部验证	阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义，并开发一个实用的评分系统用于临床结果预测	乳腺癌患者及其胰岛素抵抗相关基因	machine learning	breast cancer	单细胞RNA测序，机器学习特征选择和降维	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	四个独立验证队列，包括METABRIC和三个GSE数据集
655	2025-06-02	Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore 2025-May-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15050701 PMID:40427594	综述	本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别关注两种主要酵母模型，并探讨了休眠与增殖状态转换的分子和生物物理原理	利用单细胞RNA测序、蛋白质组分析和活细胞成像等多方面方法揭示了基因表达、蛋白质组组成和生存力的动态变化，以及对细胞质生物物理特性的新见解	主要集中于酵母模型，可能无法完全代表其他生物的休眠机制	阐明细胞休眠和休眠打破的分子和生物物理原理	酵母细胞，特别是两种主要酵母模型	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据	NA
656	2025-06-02	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	research paper	该研究探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍性和个体化变化	利用单细胞测序技术揭示了T细胞亚群、转录组和TCR库的新变化	未具体说明样本量和研究对象的详细特征	研究衰老过程中T细胞免疫系统的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	衰老相关疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
657	2025-06-02	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	research paper	该研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在MBC分化和功能中的关键表观遗传调控作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型
658	2025-06-02	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中评估了CD19-BBz CAR-NK细胞的安全性和治疗效果，并进行了单细胞RNA测序分析以探索疗效相关的分子特征	样本量较小（8例患者），且缺乏长期随访数据	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和初步疗效	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	CAR-NK细胞疗法，单细胞RNA测序	NA	临床数据，单细胞RNA测序数据	8例患者
659	2025-06-02	Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf239 PMID:40439669	research paper	评估单细胞转录组学中数据偏移的分布外检测方法	将计算机视觉中的分布外检测方法应用于单细胞转录组学，以提高细胞类型注释的准确性和可信度	研究中未提及具体的数据集规模限制或方法在特定条件下的性能下降	提高单细胞转录组数据中新型细胞类型识别和数据偏移检测的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	RNA-seq	LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
660	2025-06-02	scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf243 PMID:40439670	research paper	介绍了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现	开发了一个能够在低计算资源下高效处理大规模单细胞RNA测序数据的平台scaLR，并提出了新颖的特征提取算法	未明确提及具体性能上限或适用范围限制	解决单细胞RNA测序数据分析中的计算资源需求大和细胞类型注释困难的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量