单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-06-13	Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation 2025-Jun-06, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854 PMID:40499413	研究论文	本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用	揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制	研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平	阐明PM加剧哮喘的分子机制	哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠哮喘模型	基因表达数据、血清标志物数据	未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集
642	2025-06-13	CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST 2025-Jun-06, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916 PMID:40499539	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用	首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型	研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证	探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号	LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX)	癌症生物学	前列腺癌	纵向单细胞RNA测序	PDX模型	RNA测序数据	NA
643	2025-06-13	Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.657480 PMID:40501958	研究论文	通过细胞表面蛋白质组学分析，识别出CD72作为调节小胶质细胞平铺现象的关键分子	首次将细胞表面邻近标记与质谱技术结合，系统性分析稳态下小胶质细胞表面蛋白质组，并开发基于图像的六项形态/空间指标的功能筛选方法	研究主要基于体外模型和脑片实验，尚未在完整生物体内验证CD72的调控机制	揭示小胶质细胞平铺现象（非重叠突触空间分布）的分子调控机制	小胶质细胞的表面蛋白质组及其空间分布特征	神经科学	NA	细胞表面邻近标记技术、质谱分析、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据、显微图像数据	NA（未明确说明具体样本数量）
644	2025-06-13	NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas 2025-Jun-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1 PMID:40502769	research paper	该研究探讨了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中驱动脂肪酸氧化和抗铁死亡的作用机制	首次揭示了NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程促进脑膜瘤恶性表型的新机制	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限	探究NOTCH3信号在脑膜瘤代谢重编程中的作用	NOTCH3+人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞	肿瘤代谢	脑膜瘤	单细胞RNA测序，代谢组学，脂质组学，bulk RNA测序	细胞系模型(CH157-MN)	基因表达数据，代谢数据	未明确说明具体样本数量，涉及多组细胞系实验
645	2025-06-13	Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.01.657261 PMID:40501776	research paper	该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源	通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性	研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限	探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制	PMM2-CDG患者和小鼠模型	神经遗传学	先天性糖基化障碍	多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学）	小鼠模型	多组学数据	小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织
646	2025-06-13	Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657106 PMID:40501812	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化	首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群	样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者）	确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化	人类肺部巨噬细胞亚群	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜	NA	基因表达数据	8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者）
647	2025-06-13	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657197 PMID:40501904	research paper	该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰	单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因	machine learning	NA	scRNA-seq	hypergraph learning	RNA-seq data	NA
648	2025-06-13	Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657193 PMID:40502011	research paper	该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达	首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用	虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制	探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用	果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs)	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系	NA	基因表达数据	NA
649	2025-06-13	Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657745 PMID:40502146	research paper	介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2	通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性	未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性	开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态	4sU标记的K562细胞	基因组学	NA	scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞
650	2025-06-13	Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657034 PMID:40502161	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用	首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力	青少年小鼠的中脑细胞	神经科学	疼痛敏感	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	107,427个中脑单细胞
651	2025-06-13	Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657070 PMID:40502055	research paper	介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码	填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构	未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果	开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	NA
652	2025-06-13	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中白质退化的免疫机制	小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
653	2025-06-13	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者
654	2025-06-13	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞	SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上	NA	开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理	小鼠小肠	空间转录组学	NA	Visium HD	SMURF	空间转录组数据	NA
655	2025-06-13	Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656371 PMID:40501538	research paper	该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用	研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制	小鼠骨折模型中的成骨细胞	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	多组转基因小鼠
656	2025-06-13	Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656712 PMID:40501607	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制	开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块	NA	阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制	造血干细胞和前体细胞(HSPCs)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	HemaScribe, HemaScape	基因表达数据	NA
657	2025-06-13	Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.24.655962 PMID:40501545	研究论文	该研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病（GVHD）中T细胞克隆动力学和表型可塑性	开发了名为DecompTCR的新型计算工具用于纵向TCR分析，并揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序及TCR特征	研究样本量相对较小（27例alloHCT受者），可能限制结果的普遍性	解析alloHCT后GVHD中复杂的T细胞介导的病理机制	27例alloHCT受者的T细胞	免疫学	移植物抗宿主病	混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学	DecompTCR（新型计算工具）	单细胞RNA测序数据、TCR序列数据、空间转录组数据	27例alloHCT受者的血液和肠道样本
658	2025-06-13	Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.21.655347 PMID:40501697	研究论文	通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征	使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型	更好地表征AUD中的免疫失调	酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	酒精使用障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AUD患者和健康对照者的PBMCs样本
659	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
660	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）