单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-09-23	CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from sinlge-cell omics data 2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528 PMID:40981522	研究论文	提出CLUEY知识引导框架，用于单细胞组学数据的细胞类型检测和聚类分析	将先验生物学知识整合到聚类过程中，为最佳聚类数量提供指导	NA	解决单细胞组学数据聚类分析中的主观性问题	单细胞组学数据（scRNA-seq、scATAC-seq等）	生物信息学	NA	单细胞组学技术（scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq、SHARE-seq）	知识引导聚类框架	单细胞组学数据	NA
642	2025-09-23	HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics 2025-Sep-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251377097 PMID:40982255	研究论文	提出一种基于双曲流形学习的深度几何学习框架HyperDiffuseNet，用于空间转录组数据降维	首次将双曲潜在空间与变分自编码器结合，通过图卷积网络学习多尺度空间依赖关系，并在闵可夫斯基空间中进行线性混合扩散信息	论文未明确说明方法计算复杂度及在大规模数据集上的可扩展性	解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构的降维表示问题	空间转录组数据	机器学习	NA	空间转录组技术	变分自编码器、图卷积网络、双曲流形学习	空间转录组数据	多个空间转录组数据集（未指定具体样本数量）
643	2025-09-23	Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy 2025-Sep-19, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00306-2 PMID:40971094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞的活化可作为免疫治疗疗效的预测生物标志物	首次将CD8Teff细胞活化和CXCL13信号识别为TNBC免疫治疗响应的关键预测因子，并开发了基于病理图像的人工智能识别模型	样本量相对有限，需要更大规模的前瞻性研究验证生物标志物的临床适用性	探索三阴性乳腺癌免疫微环境特征并开发免疫治疗疗效预测生物标志物	三阴性乳腺癌患者肿瘤样本中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析	人工智能模型（具体类型未明确说明）	单细胞RNA测序数据、病理图像数据	包含训练队列和验证队列（具体样本数未明确说明）
644	2025-09-23	A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication 2025-Sep-19, Mathematical biosciences IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537 PMID:40976482	研究论文	提出一个考虑细胞间通讯的动态模型，扩展了Waddington的发育景观概念	首次将细胞间通讯机制整合到Waddington景观的数学模型中，通过耦合偏微分方程和常微分方程系统描述细胞状态	模型验证仅基于单细胞转录组数据，需要更多实验数据支持	建立能够准确描述细胞发育和成熟过程的数学模型	细胞发育过程、细胞间通讯机制	计算生物学	NA	单细胞转录组学分析、微分方程建模	耦合偏微分方程-常微分方程系统	单细胞转录组数据	NA
645	2025-09-23	Mechanistic insights into iguratimod action in asthma-COPD overlap through multi-omics and in-silico modelling 2025-Sep-18, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152673 PMID:40976228	研究论文	通过多组学和计算机模拟研究艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的作用机制	首次整合批量与单细胞RNA测序数据，结合分子对接和动力学模拟揭示艾拉莫德在ACO中的多靶点作用机制	研究基于生物信息学预测，需要实验验证；样本来源限于GEO数据库	阐明艾拉莫德治疗哮喘-慢阻肺重叠综合征的分子机制	哮喘-慢阻肺重叠综合征相关基因和蛋白质靶点	生物信息学	哮喘-慢阻肺重叠综合征	批量RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	计算机模拟模型	基因表达数据	从GEO数据库获取的转录组数据集（具体样本数未明确说明）
646	2025-09-23	Multi-omics Approaches to CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta in Oral Squamous Cell Carcinoma: Crosstalk Between Tumor Cells and Tumor-Associated Macrophages Driving Disease Progression 2025-Sep-18, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096387374250823190214 PMID:40976901	研究论文	本研究通过多组学方法揭示CEBPB通过激活GAS6转录促进口腔鳞癌中肿瘤细胞与巨噬细胞相互作用及疾病进展的机制	首次整合H3K27ac ChIP-seq、bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，发现CEBPB通过调控GAS6增强子驱动肿瘤细胞-巨噬细胞互作的新机制	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内动物模型验证	探讨CEBPB在口腔鳞癌肿瘤微环境中调控肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的表观遗传机制	口腔鳞癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞（THP-1细胞系）	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq、ChIP-seq、scRNA-seq、ChIP-qPCR、ELISA、Transwell实验	细胞共培养模型	基因组学数据、表观遗传学数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的口腔鳞癌样本（具体数量未明确说明）
647	2025-09-23	Unraveling the Role of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from the Crosstalk between Immunometabolism and Ferroptosis 2025-Sep-18, Current neuropharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.2174/011570159X417328250908080404 PMID:40976895	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病患者血管周巨噬细胞，揭示免疫代谢与铁死亡相互作用在疾病中的关键作用	首次在AD中系统研究PVMs通过免疫代谢-铁死亡串扰的分子机制，发现8个具有因果关联的关键基因	研究基于生物信息学分析，需要实验验证；样本来源限于公共数据库	探讨血管周巨噬细胞通过免疫代谢与铁死亡相互作用在阿尔茨海默病发病机制中的作用	阿尔茨海默病患者和对照组的血管周巨噬细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、免疫细胞浸润分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的AD患者和对照组单细胞RNA测序数据
648	2025-09-23	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究揭示转录因子SOX2通过调控LIM同源盒转录因子在脉络丛发育和肿瘤发生中的关键作用	首次发现SOX2通过结合LMX1A/LMX1B基因维持脉络丛肿瘤祖细胞特性，并利用空间转录组学验证人类肿瘤中的异常表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的分子机制	脉络丛肿瘤模型小鼠和人类肿瘤样本	癌症生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学、多组学整合分析	小鼠肿瘤模型	基因组学数据、转录组数据	未明确具体样本数量，包含小鼠模型和人类肿瘤样本
649	2025-09-23	Sphingolipid metabolism patterns reveal distinct prognostic and immune landscapes in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Sep-15, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156233 PMID:40976120	研究论文	本研究首次建立基于鞘脂代谢的五基因标志物模型，用于预测头颈鳞癌的预后和免疫反应	首次在头颈鳞癌中构建基于鞘脂代谢基因的预后模型，并揭示其与免疫微环境的关联	研究依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性	开发头颈鳞癌的预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值	头颈鳞癌患者和临床样本	生物信息学	头颈鳞癌	转录组分析、单细胞RNA测序、Lasso回归、WGCNA分析、qRT-PCR、IHC	五基因风险模型	转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的头颈鳞癌患者数据及临床标本
650	2025-09-23	Chondrolectin regulates the sublaminar localization and regenerative function of muscle satellite cells in mice 2025-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.09.675211 PMID:40964242	研究论文	本研究鉴定出软骨凝集素（CHODL）作为调控肌肉卫星细胞定位和再生功能的关键因子	首次发现CHODL通过调控细胞外基质相互作用和Notch信号通路维持卫星细胞生态位定位	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究CHODL在肌肉卫星细胞生物学功能中的调控机制	小鼠骨骼肌卫星细胞	细胞生物学	肌肉再生障碍	单细胞RNA测序、条件性基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻和年老小鼠的肌肉卫星细胞
651	2025-09-23	Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation 2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.09.675151 PMID:40964368	研究论文	通过单细胞转录组测序技术构建秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的转录组图谱	首次在单细胞分辨率下揭示Q神经母细胞谱系的上皮-间质转化过程以及Wnt/β-catenin不对称通路的新型调控机制	NA	探究神经母细胞迁移和分化的分子机制	秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、FACS、功能富集分析、成像技术	NA	单细胞转录组数据	Q谱系细胞在不同发育阶段的分离样本
652	2025-09-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	通过整合六个小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集，分析神经干细胞标记物选择对细胞状态识别的影响	首次系统比较不同神经干细胞标记物（Gfap、Nestin、Sox2）对特定细胞状态的选择性偏好，并建立优化富集策略的框架	研究仅基于小鼠模型数据，未验证人类神经干细胞的异质性	评估不同神经干细胞标记物方法对细胞状态识别的选择性差异	成年小鼠脑室下区的神经干细胞	单细胞测序分析	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
653	2025-09-23	Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606 PMID:40845852	研究论文	通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物及其与人类神经系统疾病的关联	首次应用计算数字分选算法从复杂基因表达数据中解析出神经祖细胞特异性基因，并发现其人类同源基因与孟德尔神经疾病及新型致病变异的关联	基于小鼠模型数据推导人类同源基因，需进一步实验验证功能性关联	揭示神经祖细胞的分子特征及其在神经系统疾病中的作用机制	小鼠神经干细胞/祖细胞（NPCs）及其人类同源基因	生物信息学	神经系统疾病	计算数字分选算法（DSA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、生物信息学分析	模式识别算法	基因表达数据	基于已发表的小鼠scRNA-seq数据集，鉴定129个NPCs富集基因
654	2025-09-23	Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611 PMID:40882639	研究论文	通过单细胞转录组和表面蛋白组分析揭示成人视网膜色素上皮细胞的异质性	首次应用CITE-seq技术同时分析成人RPE的单细胞转录组和表面蛋白特征，发现具有空间分布和功能差异的RPE亚群	NA	探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的意义	成人视网膜色素上皮细胞	单细胞组学	年龄相关性黄斑变性	CITE-seq（转录组和表位测序）、免疫组织化学分析	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白数据	成人视网膜色素上皮细胞（包含原生RPE和培养RPE细胞）
655	2025-09-23	Gene-Expression Programs in Salivary Gland Adenoid Cystic Carcinoma Analyzed Using Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.01.673548 PMID:40950184	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析唾液腺腺样囊性癌的基因表达程序	首次对唾液腺腺样囊性癌进行空间转录组学分析，结合单细胞数据揭示肿瘤空间异质性和微环境特征	样本量有限（单细胞n=4，空间样本n=5），需要更大队列验证发现	解析SGACC的肿瘤异质性和分子特征以指导靶向治疗	唾液腺腺样囊性癌组织样本	空间转录组学	唾液腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学（Visum HD）、多组学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	4例单细胞样本，5例空间转录组样本
656	2025-09-23	Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate 2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.31.673173 PMID:40949951	研究论文	本研究通过建立新型谱系追踪技术，揭示了原索动物生殖系干细胞在衰老过程中的关键作用及进化保守机制	开发了结合膜标记GSC移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用PacBio基因组组装技术首次实现原索动物GSC的精准分离	研究聚焦于原索动物模型，其结论在哺乳动物中的普适性需进一步验证	探究衰老对生殖系干细胞适应性的影响及其进化保守机制	原索动物（Ciona）的生殖系干细胞及其分化产物（配子）	发育生物学	生殖衰老	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、PacBio基因组组装、膜标记干细胞移植	NA	单细胞转录组数据	年轻与年老原索动物的生殖系干细胞群体
657	2025-09-23	Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02793-1 PMID:40903640	研究论文	开发用于单细胞水平T细胞功能状态注释的计算流程TCAT	提出首个可同时量化T细胞预定义基因表达程序的标准化分析框架，突破传统亚类互斥的认知局限	NA	建立可重复的T细胞单细胞注释系统以解析其功能状态连续性	人类T细胞	生物信息学	肿瘤免疫	单细胞RNA测序	计算流程/软件工具	单细胞转录组数据	170万个T细胞（来自700名个体，涵盖38种组织和5种疾病背景）
658	2025-09-23	scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487 PMID:40905625	研究论文	开发了一个用于牛津纳米孔单细胞RNA测序数据的标准化分析流程	首个基于nf-core框架的长读长单细胞RNA测序分析流程，无需依赖短读长数据即可完成细胞条形码识别和转录本定量	未提及具体性能指标验证或与其他工具的对比结果	解决长读长单细胞RNA测序数据分析流程的模块化和可移植性问题	单细胞和单细胞核RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore单细胞RNA测序	NA	基因组测序数据	NA
659	2025-09-23	Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study 2025-Sep, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70571 PMID:40969146	研究论文	通过空间转录组学首次绘制人类睑板腺细胞分化图谱的探索性研究	首次应用空间转录组技术解析人类睑板腺的空间转录景观，发现三个功能不同的睑板腺细胞亚群及其分化轨迹	样本量有限（仅1例主要样本+3例验证样本），均为老年个体，属于初步探索性研究	揭示睑板腺分泌功能的转录调控机制	人类眼睑组织（重点关注睑板腺结构）	空间转录组学	眼表疾病	空间转录组学(ST)、免疫组织化学	自组织映射(SOM)、伪时间分析	空间转录组数据、组织切片图像	1例60岁男性主要样本，另加3例老年验证样本
660	2025-09-23	scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483 PMID:40889281	研究论文	提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，用于在单细胞分辨率下联合分析染色质可及性峰值和基因表达数据	通过整合峰值-峰值、峰值-基因和基因-基因相互作用关系，在共享低维空间中为相关峰值-基因对分配更接近的表示	数据本身具有高度稀疏和噪声特性，导致信号较弱	识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，揭示基因调控机制	染色质可及性峰值和表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	嵌入方法	基因组学数据	数据集来自10× Genomics和GEO数据库（GSE194122、GSE239916）