单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-07-20	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探索了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个基于EIF3C相关CD8+ T细胞标记基因的预测模型ETS，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	首次发现EIF3C与CD8+ T细胞浸润水平的显著关系，并构建了ETS预测模型，该模型不仅能预测鼻咽癌患者的预后，还能作为免疫治疗反应的准确指标	研究样本量未明确说明，且模型的临床适用性需要进一步验证	识别能够准确预测免疫治疗效果的可靠标记物，并构建预测模型	鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序、scRNA-seq、lasso算法	ETS预测模型	基因表达数据	NA
642	2025-07-20	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	research paper	该研究是一项针对儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）的I期临床试验，评估了口服IDO通路抑制剂indoximod与化疗或放疗联合使用的安全性和初步疗效	首次在儿童中进行的indoximod联合化疗或放疗的I期临床试验，并确定了儿童剂量	研究样本量较小（81例患者），且为I期试验，主要关注安全性和剂量确定，疗效数据为初步结果	评估indoximod联合化疗或放疗在儿童脑肿瘤治疗中的安全性和初步疗效	儿童复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内生性脑桥胶质瘤（DIPG）患者	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序与配对单细胞T细胞受体测序	NA	临床数据和血液样本	81例患者（68例复发性疾病，13例DIPG）
643	2025-07-20	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	research paper	该论文提出了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，利用多组学数据集作为分子桥梁	引入'桥接整合'方法，通过多组学数据集作为桥梁，实现跨模态单细胞数据整合，扩展了单细胞参考数据集的实用性	未明确提及具体局限性，但可能依赖于多组学数据集的质量和覆盖范围	开发一种方法来整合不同分子模态的单细胞数据集，提高数据分析和比较的效率	单细胞测序数据，包括转录组、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、多组学数据分析	字典学习	单细胞测序数据	860万个人类免疫细胞图谱
644	2025-07-20	Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52710-3 PMID:38273071	研究论文	研究探讨了骨髓细胞中TRAIL缺失对胆汁淤积性肝损伤的影响	揭示了TRAIL通过抑制DR细胞扩张来限制胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究TRAIL在胆汁淤积性肝损伤中的作用机制	野生型、Trail缺失及骨髓特异性Trail缺失的C57BL/6小鼠	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	高维质谱流式细胞术、空间转录组学分析、原位杂交	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	多种基因型的小鼠样本
645	2025-07-20	Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241293485 PMID:39497541	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了STAT1在食管鳞状细胞癌（ESCC）进展中下调LHPP的分子机制	发现了STAT1对LHPP的转录调控关系，揭示了ESCC微环境中复杂的调控环路	样本量较小（21例ESCC患者），且主要依赖公共数据库数据	探索ESCC的分子机制和细胞动态，特别是STAT1与LHPP的调控关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21例ESCC患者和ESCC细胞系
646	2025-07-20	Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318 PMID:39600707	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在类风湿性关节炎（RA）研究中的应用及其潜力	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性和功能详细视图，有助于揭示RA独特的细胞状态和转变，为开发新型药物靶点提供可能	scRNA-seq技术成本较高，对低丰度转录本的敏感性较低，且数据分析流程相对复杂	探索scRNA-seq在RA研究中的应用，以促进更有效的治疗策略的开发	类风湿性关节炎（RA）	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
647	2025-07-20	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究慢性危重症（CCI）脓毒症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症患者发展为CCI时，T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式及其与临床轨迹的关系	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	探究脓毒症患者发展为慢性危重症（CCI）时的免疫系统变化	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和CCI患者	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISpot、细胞因子分析、T细胞增殖实验	NA	转录组数据、功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，CCI患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，CCI患者20人（功能验证）
648	2025-07-20	Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1513821 PMID:39711954	综述	本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展及其在精准医学策略中的应用	强调了空间转录组学和蛋白质组学在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性和空间组织中的创新应用	当前方法面临组织异质性高和缺乏有效计算工具管理及解释复杂数据集的挑战	探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其对精准医学策略的潜在贡献	结直肠癌肿瘤微环境及其分子和细胞相互作用	空间生物学	结直肠癌	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	分子表达数据, 组织切片图像	NA
649	2025-07-20	Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae096 PMID:39872360	研究论文	提出了一种结合bulk RNA-seq和scRNA-seq优势的计算流程，用于发现癌症治疗中的双特异性抗体靶点	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势，克服单独使用这两种方法时的问题，提高了双特异性抗体靶点发现的准确性	虽然结合了多种技术，但scRNA-seq的低覆盖率问题可能仍会影响结果的全面性	发现癌症治疗中双特异性抗体的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）	计算生物学	肝癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA-seq数据	bulk RNA-seq样本来自OCTAD数据库，scRNA-seq包含39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞
650	2025-07-20	Deriving early single-rosette brain organoids from human pluripotent stem cells 2023-12-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.020 PMID:37995702	research paper	开发了一种从人类多能干细胞生成早期单玫瑰花结脑类器官的技术	该方法通过从2D单层细胞启动脑类器官形成，模拟了神经板到神经管的2D到3D发育转变，生成了具有单一中央腔的球体	NA	研究人类大脑发育和疾病建模	人类多能干细胞	developmental biology	neurodevelopmental disorder	small molecule patterning, immunocytochemistry, single-cell RNA sequencing	single-rosette cortical organoids (SOSR-COs)	RNA-seq data, imaging data	NA
651	2025-07-20	Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma 2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32797 PMID:36120720	研究论文	本研究探讨了MDA-9/SDCBP在肝细胞癌（HCC）中的作用及其机制	首次构建了肝细胞特异性过表达MDA-9的转基因小鼠模型，并揭示了MDA-9通过NF-κB和Spp1促进HCC的机制	研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的具体作用仍需进一步验证	探究MDA-9在肝细胞癌发生发展中的作用及其分子机制	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
652	2025-07-20	Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05483-7 PMID:37955686	研究论文	本研究通过整合乳酸化修饰和肿瘤微环境特征，开发了一种新的预后和治疗生物标志物分类器，用于皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的预后预测和治疗方案制定	首次将乳酸化修饰（LAC）评分与肿瘤微环境（TME）评分相结合构建LAC-TME分类器，并验证其在SKCM预后预测和免疫治疗方案制定中的价值	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要更多前瞻性临床研究验证	开发SKCM的新型预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者和细胞系（A375和A2058）	数字病理学	皮肤黑色素瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归分析、Cox回归分析	LAC-TME分类器	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的SKCM样本
653	2025-07-20	Combined signature of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment provides a prognostic and therapeutic biomarker for skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05486-4 PMID:38006451	research paper	该研究通过分析皮肤黑色素瘤（SKCM）中G蛋白偶联受体（GPCRs）相关基因（GPRGs）和肿瘤微环境（TME），构建了一个预后模型，以帮助SKCM患者获得准确的临床治疗策略	研究首次结合GPCRs相关基因和肿瘤微环境构建了SKCM的预后模型，并识别出新的生物标志物GPR19	研究主要基于公开数据库的数据，未来需要更多实验验证模型的普适性	构建SKCM的预后模型，为患者提供更精准的治疗策略	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	肿瘤学	皮肤黑色素瘤	差异表达分析、LASSO算法、单变量和多变量cox回归分析、免疫浸润分析、功能富集分析、肿瘤突变负荷分析、免疫治疗预测、scRNA-seq数据分析	GPR-TME分类器	基因表达数据和临床信息	来自TCGA和GEO数据库的SKCM表达数据和临床信息
654	2025-07-20	Machine learning- and WGCNA-mediated double analysis based on genes associated with disulfidptosis, cuproptosis and ferroptosis for the construction and validation of the prognostic model for breast cancer 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05378-7 PMID:37712959	research paper	该研究基于与二硫键凋亡、铜死亡和铁死亡相关的基因，通过机器学习和WGCNA双重分析，构建并验证了乳腺癌的预后模型	首次整合了二硫键凋亡相关基因(DRGs)、铜死亡相关基因(CRGs)和铁死亡相关基因(FRGs)来构建乳腺癌的预后特征	研究主要依赖于TCGA-BRCA数据库和两个外部验证集，可能受到数据来源的限制	开发乳腺癌的临床预后工具和设计免疫治疗方案	乳腺癌患者	machine learning	breast cancer	WGCNA, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析	Lasso-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA-BRCA数据库的内部训练集和验证集，以及GSE20685和GSE42568作为外部验证集
655	2025-07-20	Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer 2023-11-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006 PMID:37922910	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了转移性去势敏感前列腺癌患者在抗PD-1免疫治疗和雄激素剥夺治疗联合治疗下的肿瘤微环境免疫浸润情况	首次在转移性去势敏感前列腺癌中揭示了抗PD-1免疫治疗联合雄激素剥夺治疗诱导的免疫浸润特征及其与临床结局的关联	样本量较小(来自II期临床试验)，且仅分析了特定治疗方案的响应情况	探究转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境特征及联合治疗对其的影响	转移性去势敏感前列腺癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	II期临床试验(NCT03951831)患者样本
656	2025-07-20	Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations 2023-11-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531 PMID:37948512	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、表型和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其在胸腺中的发育途径	揭示了小鼠和人类MAIT细胞在转录组和代谢状态上的显著差异，特别是在IL-17产生型(MAIT17)和IFN-γ产生型(MAIT1)亚群之间	研究主要基于小鼠和人类的MAIT细胞，可能不适用于其他物种	探究MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其发育途径	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、表型和代谢分析	NA	转录组数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及多个器官的小鼠和人类MAIT细胞
657	2025-07-20	IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity 2023-11, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05991-8 PMID:37581620	研究论文	本研究探讨了早期先天细胞因子（IFNα）和晚期免疫适应性事件（IFNγ）在胰岛素缺陷核糖体产物（DRiP）衍生肽向致糖尿病CD8+ T细胞呈递中的作用	揭示了IFNγ通过诱导免疫蛋白酶体催化亚基PSMB10的表达，在胰岛素DRiP衍生肽向T细胞呈递中的关键作用，并发现PSMB10在1型糖尿病患者的胰腺中被优先破坏的β细胞亚群中上调	研究主要基于体外实验和单细胞转录组学数据，未涉及体内实验验证	阐明免疫蛋白酶体在β细胞免疫原性中的作用，为1型糖尿病治疗提供新靶点	人类胰岛β细胞系EndoC-βH1和1型糖尿病患者的胰腺组织	免疫学	1型糖尿病	单细胞转录组学、siRNA抑制、抗原肽呈递监测	NA	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集（GSE218316）
658	2025-07-20	Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model 2023-11, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021 PMID:37369340	研究论文	本研究验证了一种神经精神性狼疮小鼠模型，并发现外周1型干扰素特征升高与神经精神性狼疮症状相关	通过空间转录组学技术揭示了1型干扰素特征在小鼠脑实质中的空间富集模式	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探究1型干扰素在中枢神经系统中的作用及其与神经精神性狼疮症状的关系	神经精神性狼疮小鼠模型	神经科学	系统性红斑狼疮	单核测序, 空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据, 空间转录组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
659	2025-07-20	Machine learning and single-cell sequencing reveal the potential regulatory factors of mitochondrial autophagy in the progression of gastric cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05287-9 PMID:37648811	研究论文	本研究通过机器学习和单细胞测序技术，揭示了线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的潜在调控因素	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了胃癌中线粒体自噬的关键基因和调控网络	研究样本量有限，仅包含13个胃癌样本的28,836个细胞	全面分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌（GC）	机器学习	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	SVM-RVF, 随机森林	基因表达数据	13个胃癌样本的28,836个细胞
660	2025-07-20	A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05222-y PMID:37558766	研究论文	本文开发了一个包含卷曲螺旋结构域相关基因的特征，用于预测乳腺癌的预后和治疗效果	首次建立了卷曲螺旋结构域包含蛋白家族在乳腺癌中的预后特征，并通过多数据库验证其预测价值	研究结果需要进一步通过实验验证，且样本来源仅限于公开数据库	开发乳腺癌预后预测模型并评估其治疗效果预测能力	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	LASSO Cox回归模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的乳腺癌患者数据