单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-04-24	Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001901 PMID:38995167	研究论文	本研究探讨了抗生素使用对接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者预后和反应的影响，并揭示了其潜在分子机制	揭示了抗生素通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路减弱免疫检查点阻断疗效的新机制，阐明了抗细菌免疫与抗肿瘤免疫之间的串扰	样本量相对有限，且为观察性研究，无法完全排除混杂因素的影响	评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫治疗疗效的影响并探索其分子机制	尿路上皮癌患者及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	尿路上皮癌	单细胞RNA测序、单细胞微生物组分析、批量RNA测序	NA	临床数据、转录组数据、微生物组数据	3496例UC患者(汇总分析)、8例UC样本和63185个单细胞(单细胞分析)
642	2025-04-24	Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001875 PMID:38990290	研究论文	该研究通过人工智能多模态多任务分析揭示了甲状腺乳头状癌的分子异质性，预测了术前淋巴结转移和预后	开发了一种基于深度学习的多模态模型，整合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据，预测淋巴结转移和无病生存期	研究为回顾性研究，可能存在选择偏倚	探索甲状腺乳头状癌的分子异质性，预测淋巴结转移和预后	甲状腺乳头状癌患者	数字病理学	甲状腺癌	DNA-based NGS, scRNA-seq	深度学习多模态模型	图像、基因组、转录组、免疫细胞数据	1011例PTC患者（256例来自队列1，275例来自队列2，499例来自TCGA）
643	2025-04-24	Prediction of tumor-reactive T cell receptors from scRNA-seq data for personalized T cell therapy 2025-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02161-y PMID:38454173	research paper	该论文提出了一种名为predicTCR的机器学习分类器，用于从单细胞RNA测序数据中预测肿瘤反应性T细胞受体（TCRs），以加速个性化T细胞疗法的开发	开发了一种抗原无关的机器学习方法predicTCR，能够比以往基于基因集富集的方法更准确地识别肿瘤反应性TCRs，将特异性和敏感性的几何平均值从0.38提高到0.74	NA	加速个性化T细胞疗法的开发	肿瘤反应性T细胞受体（TCRs）	machine learning	cancer	scRNA-seq	machine learning classifier	RNA sequencing data	NA
644	2025-04-24	Glucose deprivation and identification of TXNIP as an immunometabolic modulator of T cell activation in cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1548509 PMID:40260243	研究论文	本研究探讨了葡萄糖剥夺对T细胞活化的影响，并鉴定了TXNIP作为免疫代谢调节剂在癌症中的作用	首次将TXNIP鉴定为葡萄糖限制条件下T细胞活化的免疫代谢调节剂，并证实其下调可增强T细胞的抗肿瘤功能	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内模型中验证TXNIP的调控机制	探索肿瘤微环境中葡萄糖剥夺对T细胞功能的影响及其分子机制	T细胞活化、TXNIP蛋白	免疫代谢	癌症	混合淋巴细胞反应(MLR)、多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用来自癌症患者的肿瘤浸润T细胞
645	2025-04-24	Combination of anlotinib with immunotherapy enhanced both anti-angiogenesis and immune response in high-grade serous ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539616 PMID:40260248	研究论文	本研究探讨了安罗替尼与免疫疗法联合治疗高级别浆液性卵巢癌的效果及其对肿瘤微环境的影响	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统评估了安罗替尼与抗PD-L1/PD-1抗体联合治疗的临床前和临床效果，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制	样本量较小(36例患者)，且为回顾性研究	评估安罗替尼联合免疫治疗在高级别浆液性卵巢癌中的疗效及其作用机制	高级别浆液性卵巢癌患者及PBMC-PDX模型	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PBMC-PDX模型	PBMC-PDX模型	临床数据, 单细胞转录组数据	36例HGSOC患者, PBMC-PDX模型
646	2025-04-24	Type I IFN receptor blockade alleviates liver fibrosis through macrophage-derived STAT3 signaling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528382 PMID:40260261	研究论文	该研究探讨了I型IFN受体阻断通过巨噬细胞来源的STAT3信号缓解肝纤维化的机制	揭示了I型IFN信号在肝纤维化中的作用，并证明IFNAR-1阻断通过调节巨噬细胞炎症反应减轻肝纤维化	研究基于CCl4处理的小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究I型IFN信号在肝纤维化中的作用及其治疗潜力	CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), IFNAR-1抗体阻断	小鼠肝纤维化模型	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	CCl4处理的小鼠模型
647	2025-04-24	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了前列腺癌治疗过程中肿瘤微环境的转录组景观，并发现club-like细胞作为关键上皮细胞亚型与免疫抑制性髓系细胞的相互作用	首次在前列腺癌中鉴定出club-like细胞作为上皮细胞与免疫系统之间的关键界面，并揭示了其与髓系炎症和治疗抵抗的关联	研究样本量相对有限（120例患者），且机制研究仍需进一步实验验证	探索前列腺癌治疗抵抗的微环境机制	前列腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	转录组数据	120例前列腺癌患者样本
648	2025-04-24	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模稀疏单细胞RNA-seq数据中提取小加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	scCoreset框架能够从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小加权子集，使下游分析任务在子集上运行的结果与原始数据结果相似，显著提高了分析效率	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定类型单细胞数据的适用性或子集提取的优化程度	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	多种单细胞数据集（未明确提及具体数量）
649	2025-04-24	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	research paper	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病(AD)的基因调控机制	提出了一种基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络	仅基于三个公认的AD基因(APOE、CX3CR1和P2RY12)构建调控网络，可能未能涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的潜在基因调控机制，发现相关生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含AD和正常样本
650	2025-04-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	research paper	该研究探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现GSH在细胞重编程过程中通过缩短G1期加速细胞分裂，并提出了一个GSH释放促进细胞周期退出和重编程的模型	研究主要基于拟南芥根部细胞，可能不适用于其他植物组织或物种	研究细胞重编程过程中的细胞周期动态	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和活体成像	NA	RNA-seq数据和图像数据	拟南芥根部细胞（具体数量未提及）
651	2025-04-24	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	research paper	本文提出了一种名为GLM-EIV的新方法，用于解决单细胞CRISPR筛选中的统计挑战	GLM-EIV将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，克服了标准方法中的衰减偏差和偏差-方差权衡问题	文中未明确提及具体限制	开发一种新方法来改进单细胞CRISPR筛选数据的分析和解释	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR筛选	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
652	2025-04-24	Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01487-8 PMID:39164488	research paper	研究展示了视黄酸（RA）和Matrigel如何诱导人类类原肠胚形成具有后部胚胎样结构的模型	首次利用视黄酸和Matrigel诱导人类类原肠胚形成后部胚胎样结构，包括神经管、分节体节及多种细胞类型	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的可重复性	解码早期人类胚胎发生过程	人类类原肠胚	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	RA-gastruloids	基因表达数据	未明确说明
653	2025-04-24	Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01509-5 PMID:39304713	研究论文	本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移中神经元特异性激酶Cdk5的过表达，抑制MHC-I的表达，从而帮助肿瘤逃避免疫识别	首次揭示了星形胶质细胞通过Cdk5-Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达，促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制及潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移模型小鼠	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠移植瘤模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
654	2025-04-24	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	通过整合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，开发了一种新的计算方法来预测免疫治疗反应和发现生物标志物	开发了一种新的计算模型，用于在器官尺度上跟踪肿瘤进展，同时捕捉肝细胞癌（HCC）肿瘤的空间异质性，并结合数学建模和计算机模拟与高通量空间多组学数据	模型参数值来源于文献，并针对HCC的具体情况进行了拟合，可能存在一定的局限性	促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱细胞术、Visium空间转录组学分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据、空间蛋白质组学数据、空间转录组学数据	来自新辅助HCC临床试验和另一项独立抗PD1单药治疗研究的样本
655	2025-04-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	research paper	开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌中的单细胞异质性	结合1000倍体积膨胀与MERFISH技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌的mRNA和操纵子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光杂交）	NA	图像	未明确提及具体样本数量
656	2025-04-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴，促进雄性小鼠在成年后期的促炎性代谢特征	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯的长期影响，并阐明了肠道微生物组在维持肝脏免疫耐受中的必要性	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异；且仅关注了BDE-99这一种PBDE同系物的影响	探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	毒理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微生物组移植	NA	基因表达数据、微生物组数据	雄性C57BL/6小鼠幼崽（实验组和对照组）
657	2025-04-24	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-03, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	该研究通过遗传谱系追踪技术，探索了不同年龄启动的糖尿病小鼠模型中胰岛β细胞的适应性机制	首次在不同年龄启动的T1D和T2D小鼠模型中系统比较了β细胞的命运转变机制，并揭示了线粒体功能、染色质修饰等关键通路在β细胞动态转变中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病发病过程中胰岛β细胞的适应性机制	糖尿病小鼠模型的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	遗传谱系追踪技术、scRNA-seq	Cre-LoxP系统	基因表达数据	多种糖尿病小鼠模型（HFD和STZ处理）
658	2025-04-24	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究旨在识别原发性开角型青光眼(POAG)的新型生物标志物和潜在治疗靶点	通过整合多种组学数据和单细胞RNA测序技术，筛选并验证了POAG相关的关键基因FN1、GPX3和VAV3	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	探索POAG的发病机制并寻找潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)相关基因	生物信息学	青光眼	mRNA表达微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
659	2025-04-24	Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis 2023-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01240-7 PMID:37798545	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并鉴定了一种仅存在于骨骺的毛细血管亚型——S型（次级骨化）内皮细胞	首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，发现并表征了骨骺特异性S型内皮细胞亚型，揭示了其通过分泌I型胶原蛋白促进骨强度获取的非典型功能	未探讨S型内皮细胞与其他骨髓微环境组分的相互作用机制	解析骨髓内皮细胞的异质性及其在骨骼和造血发育中的作用	骨髓内皮细胞（BMECs）	单细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（骨髓内皮细胞）
660	2025-04-23	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Jul, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移，以提高细胞类型注释的准确性	scCorrect通过两个阶段的操作解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题，包括数据对齐阶段和纠正网络训练阶段	未明确提及具体局限性，但可能包括对数据质量和规模的依赖	提高单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	多个数据集（未明确提及具体数量）