单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-06-01	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	research paper	本文介绍了一种名为OAK的高通量单细胞多组学分析方法，通过液滴条形码系统和组合索引技术提高效率	OAK方法结合了液滴条形码系统和组合索引技术，显著提高了单细胞多组学分析的效率和通量	NA	开发一种高效的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	单细胞测序技术	黑色素瘤	液滴条形码系统、组合索引技术	NA	单细胞多组学数据	超过40万个黑色素瘤细胞
642	2025-06-01	IL-1β-induced epithelial cell and fibroblast transdifferentiation promotes neutrophil recruitment in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53307-0 PMID:39438439	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IL-1β诱导的上皮细胞和成纤维细胞转分化在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中促进中性粒细胞募集的机制	发现了两种IL-1信号诱导的细胞亚群（LY6D club细胞和IDO1成纤维细胞）通过释放特定趋化因子促进中性粒细胞募集的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制及潜在治疗靶点	人类鼻黏膜组织（下鼻甲、中鼻甲和鼻息肉）及LPS诱导的CRSwNP小鼠模型	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LPS诱导的小鼠CRSwNP模型	RNA测序数据	CRSwNP患者的多部位鼻黏膜组织
643	2025-06-01	Single-cell sequencing reveals immune features of treatment response to neoadjuvant immunochemotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52977-0 PMID:39438438	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了食管鳞状细胞癌新辅助免疫化疗治疗反应的免疫特征	揭示了CXCL13CD8 Tex细胞作为新辅助免疫化疗反应改善的预测因子，并发现CXCL13可增强体内抗PD-1疗效	未明确说明样本量是否足够大以支持广泛结论	探索影响食管鳞状细胞癌对新辅助免疫化疗反应的因素	接受新辅助免疫化疗治疗的食管鳞状细胞癌患者组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序与T细胞受体测序配对	NA	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量
644	2025-06-01	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-10-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析HCV特异性T细胞	利用AIM方法高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，不受MHC多聚体可用性的限制	仅在一个受试者中进行了验证，样本量较小	开发一种新方法来识别和分离HCV特异性T细胞，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据和T细胞受体（TCR）使用数据	1名受试者的HCV特异性T细胞
645	2025-06-01	Putting proteins in context 2024-Oct-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009 PMID:39418999	research paper	该论文介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法，用于生成蛋白质的上下文表示	通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成具有生物或环境背景的蛋白质表示	NA	解决蛋白质表示缺乏生物或环境背景的问题	蛋白质	machine learning	NA	几何深度学习，单细胞转录组学	PINNACLE	蛋白质相互作用数据，单细胞转录组数据	NA
646	2025-06-01	Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models 2024-07-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae063 PMID:38811350	研究论文	本研究通过多模态方法探讨了内侧前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	揭示了mPFC-BLA通路在认知障碍中的关键作用，并提出了血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的新诊断方法	研究结果主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探究精神分裂症相关认知障碍的神经机制	精神分裂症患者和小鼠模型	神经科学	精神分裂症	临床量表、磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学	甲基偶氮氧甲醇乙酸酯诱导的小鼠模型	影像数据、基因表达数据、行为数据	精神分裂症患者和健康对照者，以及6周大的小鼠模型
647	2025-06-01	Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies 2021, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002 PMID:34617064	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMCs）在动脉粥样硬化中的作用及其表型多样性	总结了SMCs在动脉粥样硬化病变中的克隆扩张和表型多样性，以及调控SMC命运的分子机制	讨论了单细胞转录组学在确定SMC功能方面的可靠性问题，以及SMC克隆性和表型可塑性对转化研究的影响	探讨SMCs在动脉粥样硬化中的贡献及其表型转变的分子机制	血管平滑肌细胞（SMCs）	心血管疾病研究	动脉粥样硬化	命运图谱分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
648	2025-05-31	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	该研究探讨了系统性硬化症（SSc）及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示了FcγR表达增强的巨噬细胞在驱动吞噬作用和炎症反应中的作用	研究发现SSc患者的巨噬细胞，特别是皮肤中的FCGR3Ahi簇和肺中的FCN1hi巨噬细胞，表现出FcγR基因表达升高和促吞噬途径富集，这一表型在其他风湿性疾病如RA和PsA中也有体现	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，尚未在体内模型中验证这些发现	揭示系统性硬化症及其他风湿性疾病中巨噬细胞促吞噬表型的机制	健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞	免疫学	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴向脊柱关节炎（axSpA）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	来自健康对照者和SSc、RA、PsA及axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞（hMDMs）
649	2025-05-31	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Jun, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年FAPs中衰老标志物和纤维化炎症相关基因表达增加	样本来源仅限于手术患者，可能无法完全代表一般人群	探究年龄对肩袖损伤中细胞衰老的影响机制	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
650	2025-05-31	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，阐明锌离子通过抑制TNF-α信号通路调控脊髓损伤后的免疫炎症反应	锌离子调控TNF-α信号通路的具体分子机制仍需进一步研究	探究锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	生物医学	脊髓损伤	多组学分析（转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序）	NA	组学数据	人类和小鼠的免疫细胞图谱
651	2025-05-31	Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939 PMID:40328399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了脂多糖（LPS）诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用及关键信号通路的影响	首次利用单细胞RNA测序技术揭示LPS如何改变母胎界面的细胞通讯及信号通路	研究仅关注了LPS诱导的炎症效应，未涉及其他类型感染或炎症的影响	探究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响	母胎界面细胞（包括子宫内膜上皮细胞、基质细胞、成纤维细胞等）	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（包括15种其他细胞类型）
652	2025-05-31	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个名为immunopipe的综合灵活的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞TCR测序(scTCR-seq)数据分析流程	提供了命令行工具和用户友好的网页界面，便于无编程经验的研究者使用，支持scRNA-seq和scTCR-seq数据的整合分析	未提及具体的数据处理速度或计算资源需求，也未说明是否支持其他类型的单细胞测序数据	增强对T细胞介导的免疫的理解，促进免疫治疗的发展	单细胞RNA测序和单细胞TCR测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	NA
653	2025-05-31	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其在免疫调节中的作用	首次揭示了PICS中巨核细胞的分子特征及其与免疫细胞的动态相互作用，并发现巨核细胞通过调节促炎细胞因子水平参与系统炎症调控和组织修复	样本量较小（11例患者），且需要进一步验证巨核细胞作为治疗靶点的潜力	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	巨核细胞在PICS患者外周血单个核细胞中的特征	免疫学	脓毒症后综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	11例患者（6例PICS，5例脓毒症）和5例健康对照
654	2025-05-31	cDC1s Promote Atherosclerosis via Local Immunity and Are Targetable for Therapy 2025-May-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325792 PMID:40444360	research paper	该研究揭示了传统1型树突状细胞（cDC1s）通过促进局部免疫反应在动脉粥样硬化中的作用，并提出了一种靶向cDC1s的免疫治疗方法	首次明确了cDC1s在动脉粥样硬化中的促炎作用机制，并开发了靶向cDC1s的纳米颗粒免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果尚需验证	阐明cDC1s在动脉粥样硬化发病机制中的作用并开发靶向治疗策略	Ldlr-/-小鼠模型中的cDC1s和T细胞亚群	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、纳米颗粒靶向递送技术	小鼠动脉粥样硬化模型（Ldlr-/-）	基因表达数据、流式细胞数据	多种基因修饰小鼠模型（Xcr1Cre-DTA、Irf8Δ32等）
655	2025-05-31	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）从块状生长向浸润性生长转变的机制，发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿的动员和功能转变对GBM集体迁移的引导作用	首次揭示了plexin-B2在小胶质细胞中对GBM细胞碰撞解决、排列及细胞外基质重构中的关键作用，并验证了人类GBM中肿瘤细胞和TAMs的侵袭模式和特定基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的验证仍需进一步扩大样本量	探究GBM从块状生长向浸润性生长转变的机制及小胶质细胞在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类GBM样本（具体数量未明确说明）
656	2025-05-31	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-May-29, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	本研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用，并提出了针对CHI3L1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明胰腺癌相关恶病质中肌肉消耗的分子机制	胰腺癌小鼠模型和C2C12肌母细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	KPC GEMM小鼠模型	基因表达数据	PBMC 29,615个细胞和MDST 23,151个细胞
657	2025-05-31	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-May-29, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元类群的转录组特征、连接模式及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类群和一个先前未被识别的黏膜下内在初级传入神经元类群，揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密联系，并提出了肠壁神经元多样化的统一发育框架	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚需验证	探究肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
658	2025-05-31	Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial 2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02254-3 PMID:40414961	research paper	评估替雷利珠单抗联合白蛋白结合型紫杉醇及表柔比星/环磷酰胺作为新辅助治疗在三阴性乳腺癌中的疗效和安全性	首次评估替雷利珠单抗联合化疗作为新辅助治疗在三阴性乳腺癌中的疗效和安全性，并探索了免疫治疗反应的预测模型	单臂研究设计，样本量较小（53例患者）	评估替雷利珠单抗联合化疗作为新辅助治疗在三阴性乳腺癌中的疗效和安全性	三阴性乳腺癌患者	肿瘤学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES	预测模型	临床数据、基因组数据	53例三阴性乳腺癌患者
659	2025-05-28	Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2025-May-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08195-5 PMID:40419725	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
660	2025-05-31	Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling 2025-May-26, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02058-4 PMID:40419944	research paper	该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞串扰驱动偏头痛相关慢性超敏反应	发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫串扰驱动单核细胞浸润的新机制，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点	需要进一步的人类验证	探究偏头痛慢性超敏反应的机制	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	神经科学	偏头痛	scRNA-seq, GWAS, 细胞-细胞相互作用网络分析, 转录调控分析	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	单细胞RNA测序数据, 基因组关联研究数据	NA