单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-04-24	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	通过整合临床试验空间多组学分析和虚拟临床试验，开发了一种新的计算方法来预测免疫治疗反应和发现生物标志物	开发了一种新的计算模型，用于在器官尺度上跟踪肿瘤进展，同时捕捉肝细胞癌（HCC）肿瘤的空间异质性，并结合数学建模和计算机模拟与高通量空间多组学数据	模型参数值来源于文献，并针对HCC的具体情况进行了拟合，可能存在一定的局限性	促进免疫治疗剂量方案的设计和潜在生物标志物的识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱细胞术、Visium空间转录组学分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据、空间蛋白质组学数据、空间转录组学数据	来自新辅助HCC临床试验和另一项独立抗PD1单药治疗研究的样本
642	2025-04-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	research paper	开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌中的单细胞异质性	结合1000倍体积膨胀与MERFISH技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌的mRNA和操纵子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光杂交）	NA	图像	未明确提及具体样本数量
643	2025-04-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴，促进雄性小鼠在成年后期的促炎性代谢特征	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯的长期影响，并阐明了肠道微生物组在维持肝脏免疫耐受中的必要性	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异；且仅关注了BDE-99这一种PBDE同系物的影响	探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	毒理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微生物组移植	NA	基因表达数据、微生物组数据	雄性C57BL/6小鼠幼崽（实验组和对照组）
644	2025-04-24	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-03, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	该研究通过遗传谱系追踪技术，探索了不同年龄启动的糖尿病小鼠模型中胰岛β细胞的适应性机制	首次在不同年龄启动的T1D和T2D小鼠模型中系统比较了β细胞的命运转变机制，并揭示了线粒体功能、染色质修饰等关键通路在β细胞动态转变中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病发病过程中胰岛β细胞的适应性机制	糖尿病小鼠模型的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	遗传谱系追踪技术、scRNA-seq	Cre-LoxP系统	基因表达数据	多种糖尿病小鼠模型（HFD和STZ处理）
645	2025-04-24	Identification and validation of key biomarkers and potential therapeutic targets for primary open-angle glaucoma 2023-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2344-5 PMID:37610681	研究论文	本研究旨在识别原发性开角型青光眼(POAG)的新型生物标志物和潜在治疗靶点	通过整合多种组学数据和单细胞RNA测序技术，筛选并验证了POAG相关的关键基因FN1、GPX3和VAV3	需要进一步研究揭示这些基因在POAG中表达变化的机制	探索POAG的发病机制并寻找潜在治疗靶点	原发性开角型青光眼(POAG)相关基因	生物信息学	青光眼	mRNA表达微阵列、scRNA-seq、PPI分析、WGCNA、qPCR	NA	基因表达数据	三个数据集(GSE27276、GSE138125、GSE148371)
646	2025-04-24	Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis 2023-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-023-01240-7 PMID:37798545	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性，并鉴定了一种仅存在于骨骺的毛细血管亚型——S型（次级骨化）内皮细胞	首次定义了骨髓内皮细胞的空间异质性，发现并表征了骨骺特异性S型内皮细胞亚型，揭示了其通过分泌I型胶原蛋白促进骨强度获取的非典型功能	未探讨S型内皮细胞与其他骨髓微环境组分的相互作用机制	解析骨髓内皮细胞的异质性及其在骨骼和造血发育中的作用	骨髓内皮细胞（BMECs）	单细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（骨髓内皮细胞）
647	2025-04-23	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Jul, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移，以提高细胞类型注释的准确性	scCorrect通过两个阶段的操作解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题，包括数据对齐阶段和纠正网络训练阶段	未明确提及具体局限性，但可能包括对数据质量和规模的依赖	提高单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	多个数据集（未明确提及具体数量）
648	2025-04-23	IL-4 alters TLR7-induced B cell developmental program in lupus 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110472 PMID:40068727	研究论文	研究IL-4如何改变TLR7诱导的B细胞发育程序，从而影响系统性红斑狼疮（SLE）中的自身抗体形成	发现IL-4能够重编程B细胞发育，减少自身抗体和特定B细胞亚群，为SLE治疗提供新思路	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类SLE患者的直接证据有限	探索IL-4在调节TLR7诱导的B细胞发育和自身抗体产生中的作用	BXD2自身免疫小鼠和SLE患者的B细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	BXD2小鼠和SLE患者B细胞样本
649	2025-04-23	Ifosfamide alleviates autoimmune toxicity and enhances antitumor efficacy in melanoma immunotherapy 2025-Jun, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116851 PMID:40081767	研究论文	研究探讨了异环磷酰胺（IFO）在减轻自身免疫毒性及增强黑色素瘤免疫治疗效果中的作用	首次揭示了IFO在自身免疫条件下的广泛抑制作用及对Th17/Treg平衡的恢复作用，同时发现IFO能增强CD8 T细胞的活化和细胞毒性免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发管理免疫相关不良事件（irAEs）的新策略，并增强免疫检查点抑制剂（ICI）的疗效	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型及荷瘤小鼠	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序	EAU小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
650	2025-04-23	Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110473 PMID:40089249	研究论文	本研究旨在探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞胞外陷阱（NETs）的分子特征，并鉴定相关基因标志物	通过多组学整合和机器学习方法鉴定了三个与NETs相关的核心基因（CXCR4、CYBB和PTAFR），并验证了它们在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性	NA	探索CRSwNP中NETs的分子特征，寻找新的生物标志物和治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	多中心数据验证
651	2025-04-23	Convergent musk biosynthesis across host and microbiota in musk deer and muskrat 2025-May-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.094 PMID:40259731	研究论文	本研究通过整合多组学方法，揭示了森林麝鼠和麝鼠在麝香生物合成中的多层次趋同现象	发现了环十五酮作为两种动物麝香中的共享关键代谢前体，揭示了从分子途径到微生物群落的趋同特征	未探讨其他可能参与麝香生物合成的潜在代谢途径	探究哺乳动物化学通讯中麝香生物合成的趋同机制	森林麝鼠和麝鼠的麝香分泌腺体	生物化学	NA	多组学方法、单细胞RNA测序、宏基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	两种动物的麝香腺体组织样本
652	2025-04-23	Deciphering aging-associated prognosis and heterogeneity in gastric cancer through a machine learning-driven approach 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112316 PMID:40256325	research paper	该研究通过机器学习方法建立了一个与衰老相关的指数（AAI），用于分层胃癌患者，并揭示了AAI与预后、化疗和免疫治疗反应的关系	使用机器学习构建衰老相关指数（AAI）来分层胃癌患者，并识别了两种不同的分子亚型及其潜在治疗靶点	研究未涉及AAI在其他癌症类型中的适用性，且样本来源和数量未明确说明	探索衰老在胃癌预后和异质性中的作用，并开发相关预测工具	胃癌患者及其肿瘤微环境	machine learning	gastric cancer	单细胞转录组分析	机器学习模型（未具体说明）	基因表达数据	NA
653	2025-04-23	Classic Hodgkin lymphoma: Pathobiological features that impact emerging therapies 2025-May, Blood reviews IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.blre.2025.101271 PMID:39904647	综述	本文综述了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的病理生物学特征及其对新兴疗法的影响	探讨了HRS细胞的分子机制及其对免疫检查点抑制剂和抗体-药物偶联物等新兴疗法的影响	cHL的异质性以及HRS细胞及其周围肿瘤微环境的复杂生物学特性带来的挑战	探讨经典霍奇金淋巴瘤的病理生物学特征及其对治疗策略的影响	经典霍奇金淋巴瘤中的Hodgkin Reed-Sternberg（HRS）细胞	NA	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序和循环肿瘤DNA分析	NA	NA	NA
654	2025-04-23	Integrating Mendelian Randomization With Single-Cell Sequencing Data Reveals the Causal Effect and Related Mechanisms of Smoking on Parkinson's Disease 2025-Apr-22, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntae180 PMID:39030896	research paper	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞测序数据，探讨吸烟对帕金森病的因果效应及其相关机制	结合孟德尔随机化和单细胞测序技术，首次从遗传学角度验证吸烟与帕金森病的因果关系，并识别相关基因和信号通路	样本来源仅限于公开数据库，未进行实验验证	探究吸烟对帕金森病的因果效应及其分子机制	帕金森病患者与对照组的基因组数据和单细胞测序数据	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自OpenGWAS数据库的吸烟(ukb-b-6244)和帕金森病(ieu-b-7)全基因组关联研究汇总数据，以及GSE7621和GSE184950数据集
655	2025-04-23	Molecular mechanisms and clinical significance of perineural invasion in malignancies: the pivotal role of tumor-associated Schwann cells in cancer progression and metastasis 2025-Apr-22, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02729-x PMID:40259163	综述	本文综述了恶性肿瘤中神经周围侵袭（PNI）的分子机制和临床意义，特别强调了肿瘤相关雪旺细胞（SCs）在癌症进展和转移中的关键作用	突出了肿瘤相关雪旺细胞在促进神经周围侵袭中的多效性作用，包括促进上皮-间质转化（EMT）、细胞外基质（ECM）重塑和免疫调节，并探讨了针对神经生长因子介导的信号传导和雪旺细胞-肿瘤相互作用的新兴治疗策略	研究空白主要在于理解不同恶性肿瘤中雪旺细胞的异质性及其分子亚型在神经周围侵袭中的作用	阐明神经周围侵袭的分子机制及其临床意义，探索潜在的治疗靶点	恶性肿瘤中的神经周围侵袭现象及肿瘤相关雪旺细胞	肿瘤生物学	恶性肿瘤	单细胞转录组学、分子分析	NA	分子数据、临床数据	NA
656	2025-04-23	Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics 2025-Apr-21, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991 PMID:40258090	研究论文	提出了一种名为iSORT的迁移学习方法，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据来解析细胞的空间组织	开发了iSORT方法，能够将基因表达映射到空间位置，识别驱动空间模式的基因，并推断伪生长轨迹	未明确提及具体限制，但可能受限于数据整合的准确性和样本多样性	解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞模式	人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎和人类发育心脏等生物系统，以及正常和动脉粥样硬化动脉	生物信息学	动脉粥样硬化	scRNA-seq, ST	神经网络	基因表达数据、空间位置数据	多种生物系统样本，包括人类和小鼠组织
657	2025-04-23	Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction 2025-Apr-21, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026936 PMID:40258184	研究论文	本文描述了支持早期B淋巴细胞分化的大量和克隆培养系统的开发，并用于阐明从具有淋巴-髓系有限潜能的CD34+人类脐带血细胞亚群初始限制过程中伴随的生物学和分子变化	开发了一种新型培养系统，支持早期人类淋巴样分化，揭示了增殖控制的共享机制以及B和NM谱系限制过程中持续的生物学和转录异质性	NA	阐明人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的协调调控机制	CD34+人类脐带血细胞亚群	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	CD34+人类脐带血细胞亚群
658	2025-04-23	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-Apr-21, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	research paper	通过整合分析人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，揭示了皮层发育中的动态细胞亚型特异性，并验证了FEZF2和TSHZ3在深层神经元分化中的关键作用	研究主要基于转录组数据，可能未完全捕捉其他层面的调控机制	探索人类大脑皮层发育过程中细胞类型分化的分子机制	人类皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	单细胞RNA测序数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
659	2025-04-23	Prognostic nutrition index reveals LAG3 in cytotoxic CD8+ T cells and MHC class II in gastric cancer cells 2025-Apr-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04037-9 PMID:40252096	研究论文	探讨预后营养指数（PNI）与胃癌（GC）中免疫检查点分子LAG3和MHC II类分子表达的关系	首次揭示了PNI与LAG3在细胞毒性CD8阳性T细胞中的表达以及MHC II类分子在胃癌细胞中的表达之间的关联	研究为回顾性分析，样本量有限（单细胞RNA测序仅38例，多重免疫荧光染色59例）	评估营养指数对胃癌患者预后的影响及其与免疫检查点分子表达的关联	796例接受根治性胃切除术的胃癌患者（临床数据分析），38例胃癌组织（单细胞RNA测序），59例胃癌组织（多重免疫荧光染色）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	临床数据，RNA测序数据，免疫荧光图像	临床数据：796例，单细胞RNA测序：38例，多重免疫荧光染色：59例
660	2025-04-23	Spatial transcriptomics study of Castleman disease 2025-Apr-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06456-9 PMID:40253346	research paper	利用空间转录组学技术研究Castleman病的发病机制	首次应用空间转录组学技术探索Castleman病的细胞异质性和细胞间通讯	样本量较小（仅3例CD患者和1例正常淋巴结）	探索Castleman病的潜在发病机制	Castleman病患者的淋巴结组织	digital pathology	Castleman disease	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	3例CD患者和1例正常淋巴结的FFPE样本