单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-07-18	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-Jul, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	research paper	该研究揭示了PIK3CA驱动的静脉畸形中血管生成素-TIE2正反馈回路的作用机制	发现了静脉特异性信号回路通过自分泌和旁分泌机制放大上游TIE2受体信号，促进疾病进展	mTOR阻断对晚期静脉畸形小鼠模型效果有限	探究PIK3CA相关静脉畸形的核心驱动机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形小鼠模型和人类静脉畸形样本	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠疾病模型	基因表达数据	小鼠模型和人类静脉畸形样本（具体数量未说明）
642	2025-07-18	Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation 2025-Jul, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604 PMID:40452271	综述	本文探讨了上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	详细讨论了单细胞测序技术在这一新兴领域的发现，并总结了单克隆抗体靶向治疗的最新进展	气道炎症的复杂病理生理学尚未完全阐明	探讨上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	慢性鼻窦炎(CRS)、过敏性鼻炎(AR)、哮喘、囊性纤维化(CF)和慢性阻塞性肺病(COPD)等慢性气道炎症疾病	医学研究	气道炎症疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
643	2025-07-18	Microbiome Single Cell Atlases Generated with a Commercial Instrument 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409338 PMID:40462354	研究论文	本文介绍了EASi-seq方法，通过改造商业仪器Mission Bio Tapestri的单细胞工作流程，实现对单个微生物基因组的高效测序	开发了EASi-seq方法，使商业仪器能够用于微生物单细胞测序，并开发了配套的生物信息学流程以提高基因组分析质量	未明确提及具体局限性	开发适用于微生物单细胞测序的商业化解决方案	人类和环境微生物组中的微生物	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	每次运行可测序数万个微生物
644	2025-07-18	Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70491 PMID:40673701	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了儿童传染性单核细胞增多症（IM）中的免疫动态，重点关注EB病毒与宿主的相互作用	揭示了EB病毒在B细胞亚群中的特异性感染模式，以及NK细胞亚群的不同反应，为EBV相关疾病的靶向治疗提供了新思路	研究主要针对儿科IM患者，结果可能不适用于其他年龄段或其他EBV相关疾病	阐明传染性单核细胞增多症的免疫病理学机制，探索EBV持久性与免疫逃逸的关系	儿童传染性单核细胞增多症患者	免疫学	传染性单核细胞增多症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为儿科IM患者
645	2025-07-18	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	全面梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向	兽医医学中的应用研究相对有限，存在物种、器官和地理偏见	评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用	人类和动物健康研究	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究
646	2025-07-18	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌互作中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了新的分子互作机制	研究仅限于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	研究骨骼和骨骼肌之间的分子互作机制及其在疾病中的作用	小鼠的股骨和邻近骨骼肌	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠的股骨和邻近骨骼肌样本
647	2025-07-18	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与不同体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路上的差异，并发现这些差异与迁移速度、细胞状态转变及表观遗传重编程相关	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅通过重新分析已发表数据集进行，缺乏直接实验验证	探究迁移过程中PGCs的转录异质性及其与微环境的相互作用机制	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞，采集时间点为E9.5、E10.5和E11.5
648	2025-07-18	Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法，用于单细胞RNA-seq数据分析	提出基于可解释广义线性模型的scLANE测试方法，通过经验选择的基础样条处理基因表达的非线性变化	未明确提及具体局限性	开发更可靠且可解释的单细胞轨迹差异表达分析方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集（未明确样本量）
649	2025-07-18	Variational inference of single cell time series 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610389 PMID:39257806	研究论文	提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于解析单细胞时间序列数据	SNOW算法能够将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立的贡献，构建具有生物学意义的潜在空间，并去除批次效应	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因表达受时间和细胞身份共同影响的问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习算法	基因表达数据	合成和真实的scRNA-seq数据（未提及具体数量）
650	2025-07-18	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	research paper	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的基因调控网络（GRN）推断	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，结合超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据分析及基因调控网络构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE (超图变分自编码器)	单细胞RNA测序数据	骨髓B细胞发育数据（未明确样本数量）
651	2025-07-18	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	研究论文	本文介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	引入了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了冷冻处理的成本和工作量，同时允许处理不同大小和来源的组织	未提及该方法在临床应用中的具体效果或潜在问题	开发一种高效、低成本的冷冻处理和组织分析方法，以促进常规和诊断使用	不同大小和来源的组织，包括19种不同的成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官	组织病理学	NA	冷冻切片技术	NA	组织样本	19种成年小鼠组织和约110个神经类器官
652	2025-07-18	CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	提出了一种名为CellCover的新方法，用于通过组合优化选择标记基因面板，以更准确地定义细胞类型	将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题'，克服了传统差异表达方法的局限性，减少了基因冗余并捕获了细胞类型特异性信号	方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度，可能受到数据零膨胀问题的影响	开发一种更有效的方法来定义细胞类型的标记基因面板，以分析单细胞RNA测序数据	血液和脑组织中的细胞，特别是新皮质神经干细胞	生物医学信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	组合优化模型	基因表达数据	多个公共数据集，包括小鼠、灵长类和人类数据
653	2025-07-18	Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1587258 PMID:40661076	研究论文	本研究通过高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)探索了与M2巨噬细胞相关的基因生物标志物，并预测了一种用于胶质母细胞瘤(GBM)的候选药物	利用hdWGCNA方法筛选M2巨噬细胞相关基因模块，并预测候选药物沙利度胺	研究依赖于公开数据库数据，未进行实验验证	识别M2巨噬细胞相关基因标志物并寻找GBM潜在治疗药物	胶质母细胞瘤(GBM)中的M2巨噬细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE162631和GSE4290数据集
654	2025-07-18	Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S511466 PMID:40661237	研究论文	本研究探讨了NEDD4L在肝细胞癌（HCC）中的表达、生存影响及其调控机制，并验证了沉默NEDD4L对HCC恶性行为的抑制作用	首次全面揭示了NEDD4L在HCC中的表达模式及其通过泛素化调控细胞周期和免疫检查点的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探究NEDD4L在HCC发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	RNA-seq、微阵列分析、单细胞测序、Edu、CCK-8、Transwell、伤口愈合实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个数据库的HCC患者数据及体外培养的HCC细胞系
655	2025-07-18	Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391 PMID:40661959	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了COVID-19康复孕妇中NK细胞功能的持续减弱	首次在COVID-19康复孕妇中发现NK细胞功能持续减弱，并揭示了SARS-CoV-2感染对免疫细胞基因表达谱的重编程作用	研究样本量相对较小，且仅针对孕妇群体，结果可能无法推广到其他人群	研究SARS-CoV-2感染如何改变孕妇在感染期间和康复后的免疫景观	COVID-19康复孕妇的免疫细胞（特别是NK细胞）	免疫学	COVID-19	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞数据	两个独立地理队列的孕妇样本（具体数量未明确说明）
656	2025-07-18	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于肝细胞癌的预后预测	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌样本
657	2025-07-18	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	通过空间分析揭示了肝癌微小残留病中可靶向的巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	发现了PD-L1+M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的空间相互作用及其通过TGFβ1介导的肿瘤细胞持续存在机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化仍需进一步验证	探索肝癌微小残留病中肿瘤细胞持续存在的机制并寻找潜在治疗靶点	肝癌微小残留病中的肿瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞高维度细胞成像、空间转录组学	转基因小鼠模型、同源原位模型	图像、转录组数据	108名患者，107万个细胞，两种小鼠模型
658	2025-07-18	Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741 PMID:38395378	研究论文	本研究通过单细胞测序和自体类器官技术，识别并验证了胰腺导管腺癌(PDAC)患者中肿瘤反应性T细胞受体(TCRs)，为个性化TCR-T细胞疗法提供了新策略	结合超深度单细胞测序和类器官技术，以抗原/HLA无关的方式快速鉴定肿瘤反应性TCRs	研究仅纳入两名代表性PDAC患者，样本量较小	开发个性化TCR-T细胞疗法的新方法	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的T细胞受体(TCRs)	肿瘤免疫治疗	胰腺导管腺癌(PDAC)	单细胞TCR/RNA测序，自体类器官培养	NA	单细胞测序数据	两名PDAC患者，超过82,000个细胞
659	2025-07-18	Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799 PMID:38479553	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统比较了肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境（TIME）的异同	首次系统性评估了HCC和ICC的TIME差异，并发现HCC中的T细胞表现出更高的免疫抑制和耗竭水平，以及HCC中特异富集的EGR1巨噬细胞簇	研究样本量相对有限（41个单细胞RNA-seq样本），且仅基于转录组数据，缺乏蛋白质或功能验证	比较HCC和ICC的肿瘤免疫微环境差异，为肝癌治疗靶点开发提供新见解	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	41个单细胞RNA-seq样本（来自HCC和ICC的四种不同组织类型）
660	2025-07-18	Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778 PMID:38458593	研究论文	本研究探讨了术前天门冬氨酸氨基转移酶与血小板比值指数（APRI）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后及肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化/免疫荧光技术，揭示了APRI水平与CRLM肿瘤微环境的关联	研究样本来自多中心，可能存在选择偏倚	寻找能够改善CRLM患者预后预测的生物标志物	1323名接受同步切除的CRLM患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 多重免疫组化/免疫荧光（mIHC/IF）	NA	血液样本, 肿瘤组织样本	1323名CRLM患者