本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals LGALS9+ epithelial and COMP+ stromal cell crosstalk driving keratoconus pathogenesis
2025-Sep-27, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147969
PMID:41022233
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示圆锥角膜发病机制中LGALS9+上皮细胞与COMP+基质细胞的相互作用 | 首次识别出圆锥角膜中LGALS9阳性角膜上皮细胞和COMP阳性角膜基质细胞两个疾病特异性细胞亚群,并发现它们通过LGALS9-CD44/CD45和血小板反应蛋白信号通路形成促纤维化和促炎症网络 | 样本量相对较小(5例患者和5例对照),需要更大规模研究验证 | 研究圆锥角膜的细胞图谱,揭示导致疾病进展的关键病理细胞群和信号通路 | 圆锥角膜患者和健康对照者的角膜组织 | 单细胞组学 | 圆锥角膜 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 免疫荧光, 蛋白质印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 5例圆锥角膜患者和5例健康对照的角膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 642 | 2025-10-05 |
SPP1-mediated crosstalk between macrophage and fibroblasts promotes benign airway stenosis
2025-Sep-26, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110627
PMID:41015147
|
研究论文 | 本研究通过大鼠模型和体外共培养系统揭示了M2巨噬细胞通过SPP1介导的信号通路促进良性气道狭窄的纤维化机制 | 首次系统阐明M2巨噬细胞通过SPP1-PI3K/AKT/mTOR信号轴驱动成纤维细胞活化在良性气道狭窄中的作用机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 阐明M2巨噬细胞在良性气道狭窄发病机制中的作用 | SD大鼠模型、人肉芽组织来源的成纤维细胞、正常气道组织成纤维细胞 | 病理生物学 | 良性气道狭窄 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、体外共培养 | 动物疾病模型、细胞共培养系统 | 基因表达数据、组织病理数据 | SD大鼠分为5个实验组(正常对照和建模后第1、4、7、14天) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 643 | 2025-10-05 |
Comprehensive Immune Subtyping and Multi-Omics Profiling of the Tumor Microenvironment in Colorectal Cancer: Implications for Prognosis and Personalized Immunotherapy
2025-Sep-26, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
|
研究论文 | 通过多组学分析对结直肠癌肿瘤微环境进行免疫分型,并开发预后模型和探索微生物多样性作用 | 首次整合TME免疫分型、风险建模、单细胞分析和微生物组分析,揭示微生物多样性对免疫治疗反应的影响 | 需要外部数据集验证,样本量有限 | 识别结直肠癌免疫亚型,开发预后模型,探索微生物多样性在肿瘤进展中的作用 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,微生物组分析,免疫组织化学,qPCR | 非负矩阵分解,Cox回归,LASSO回归 | 多组学数据,单细胞RNA测序数据,微生物组数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,微生物组分析 | NA | NA |
| 644 | 2025-10-05 |
Exploring therapeutic targets for hepatocellular carcinoma through druggable genes
2025-Sep-26, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000044627
PMID:41029168
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化方法探索肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 整合多种分析方法(包括贝叶斯共定位、蛋白质相互作用网络和单细胞RNA测序)系统评估基因与肝细胞癌风险的因果关系 | 未在文中明确说明研究局限性 | 识别肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 肝细胞癌相关基因 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 贝叶斯共定位, 蛋白质相互作用网络分析 | 两样本孟德尔随机化, 基于汇总数据的孟德尔随机化 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 645 | 2025-10-05 |
A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes
2025-Sep-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63543-7
PMID:40998762
|
研究论文 | 本研究揭示了淋巴结中淋巴内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制 | 首次定义了淋巴内皮细胞抗原存档的特异性转录程序,并证明该程序能跨物种预测抗原存档能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证仍需进一步扩展 | 探究淋巴内皮细胞实现持久抗原存档的分子机制及其调控特性 | 小鼠和人类淋巴结中的淋巴内皮细胞及树突状细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染 | 单细胞测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的免疫后淋巴结组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 646 | 2025-10-05 |
Macrophage-derived FN1 promotes peritoneal cavity metastasis of gastric cancer by inhibiting the Hippo signaling pathway via SDC4
2025-Sep-24, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120063
PMID:41005547
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的FN1通过SDC4抑制Hippo信号通路促进胃癌腹膜腔转移的机制 | 首次发现巨噬细胞来源的FN1通过SDC4抑制Hippo信号通路促进胃癌腹膜转移的新机制 | NA | 探究FN1在胃癌腹膜腔转移中的功能及作用机制 | 胃癌细胞和巨噬细胞 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞测序, Western blot, MTT, 迁移侵袭实验, 克隆形成实验, 细胞黏附实验 | NA | 单细胞测序数据, 实验数据 | 使用单细胞测序数据集GSE140182 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 647 | 2025-10-05 |
Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250
PMID:40934085
|
研究论文 | 通过整合23种癌症的空间转录组数据构建泛癌TA-TLS图谱,解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征 | 首次构建泛癌TA-TLS图谱,发现成熟TLS中IgG+浆细胞优先富集,鉴定CCL19+血管周细胞作为淋巴组织组织细胞,揭示动脉内皮细胞通过Notch信号抑制获得高内皮静脉样表型 | 研究主要基于空间转录组数据分析,需要进一步实验验证机制 | 解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征和形成机制 | 23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 23种癌症 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 648 | 2025-10-05 |
Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models
2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2505656122
PMID:40966282
|
研究论文 | 本研究通过动物模型揭示了淋巴功能障碍与杜氏肌营养不良症发病机制之间的关联 | 首次在DMD动物模型中系统性地证明淋巴系统功能失调与疾病发病机制的直接联系 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类患者中验证 | 探究淋巴系统在杜氏肌营养不良症发病机制中的作用 | 小鼠、金毛犬肌营养不良模型及淋巴肌细胞 | 病理生理学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序, 显微淋巴管造影, 磁共振淋巴管成像, 免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 多种DMD动物模型(小鼠和大模型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 649 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2025-Sep-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf936
PMID:40985765
|
研究论文 | 提出SPACE框架,通过调整细胞类型混杂效应来基于空间模式对空间可变基因进行聚类,以改进空间域检测 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识,通过分组SVG并获取每组低维嵌入来保留特定模式、减少信号混合 | 未在摘要中明确说明 | 改进空间转录组分析中的空间域检测 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 650 | 2025-10-05 |
Constructing Gene Regulatory Network using Chatterjee's Rank Correlation with Single-cell Transcriptomic Data
2025-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676530
PMID:41000795
|
研究论文 | 提出基于Chatterjee秩相关系数的单细胞转录组基因调控网络构建方法 | 使用非参数依赖度量Chatterjee秩相关系数,开发了数据驱动的检验阈值估计算法,并提出定向调控的新检验方法 | 未明确说明方法在特定生物场景下的适用性限制 | 从单细胞RNA测序数据中发现基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数统计模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 651 | 2025-10-05 |
Astragaloside VI attenuates mechanical stress-induced cardiac remodeling through piezo1-VDAC1 dependent endoplasmic reticulum unfolded protein response
2025-Sep-22, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157288
PMID:41027153
|
研究论文 | 本研究探讨黄芪甲苷VI通过Piezo1-VDAC1依赖性内质网未折叠蛋白反应减轻机械应力诱导的心脏重塑的机制 | 首次揭示Piezo1-VDAC1相互作用通过调控内质网未折叠蛋白反应介导机械应力诱导心脏重塑的病理机制,并发现黄芪甲苷VI通过该通路发挥治疗作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床验证;转基因模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 探究Piezo1-VDAC1依赖性内质网未折叠蛋白反应在机械应力诱导心脏重塑中的作用机制及黄芪甲苷VI的治疗潜力 | 心肌细胞、转基因小鼠(Piezo1TG/VDAC1TG)和野生型小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序,网络药理学,宏基因组学,激光共聚焦显微镜,免疫荧光 | 转基因动物模型 | 多组学数据,图像数据,分子生物学数据 | 转基因小鼠和野生型小鼠模型 | NA | 单细胞测序,宏基因组学 | NA | NA |
| 652 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomics in Inherited Retinal Dystrophies: Current Findings and Emerging Perspectives
2025-Sep-16, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091088
PMID:41010033
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在遗传性视网膜营养不良研究中的应用现状与前景 | 系统总结了单细胞转录组技术如何揭示传统批量RNA测序无法检测的视网膜特定细胞群在疾病进展中的分子变化 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献分析 | 探讨单细胞转录组学如何增进对遗传性视网膜营养不良疾病机制的理解并促进新治疗靶点识别 | 遗传性视网膜营养不良疾病模型和视网膜细胞 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 653 | 2025-10-05 |
Single-cell multiomics identifies Tcf1 and Lef1 as key initiators of early thymic progenitor fate
2025-Sep-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8970
PMID:40938954
|
研究论文 | 通过单细胞多组学技术鉴定Tcf1和Lef1作为早期胸腺祖细胞命运的关键启动因子 | 首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示Tcf1和Lef1在早期胸腺祖细胞形成中的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究调控早期胸腺祖细胞形成的分子机制 | 小鼠早期胸腺祖细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 654 | 2025-10-05 |
Dual Therapeutic Impact of AXL Inhibitor AB-329: Chemotherapy Sensitization and Immune Microenvironment Reprogramming in TNBC
2025-Sep-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26188896
PMID:41009462
|
研究论文 | 本研究评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的双重治疗作用:化疗增敏和免疫微环境重编程 | 首次揭示AXL抑制剂AB-329不仅增强化疗疗效,还能通过增加NK细胞浸润重塑肿瘤免疫微环境 | 研究基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 评估AXL抑制剂AB-329在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤疗效和免疫调节潜力 | 三阴性乳腺癌临床前模型,包括小鼠同种移植模型和人源化小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 655 | 2025-10-05 |
Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events
2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012414
PMID:40930749
|
研究论文 | 本研究通过多维度方法分析接受免疫检查点抑制剂治疗患者的免疫特征,揭示免疫相关不良事件的生物学机制 | 首次系统揭示irAE患者基线存在的自身免疫样促炎状态特征,并识别出驱动irAE发生的三个关键轴 | 样本量相对有限,研究主要关注外周免疫特征,未深入探讨组织特异性机制 | 探索免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件的生物学基础 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,多重细胞因子检测,抗核抗体分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,细胞因子数据,抗体数据 | 162名患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 656 | 2025-10-05 |
Cancer Growth and Invasion Are Increased in the Tight Skin (TSK) Mouse
2025-Sep-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17182943
PMID:41008788
|
研究论文 | 本研究通过使用紧皮(TSK)小鼠模型探究系统性硬化症微环境对癌症进展的影响 | 首次发现TSK小鼠可作为研究系统性硬化症与癌症关联的模型,并揭示了微环境中中性粒细胞-淋巴细胞比率升高和促纤维化细胞群富集的关键变化 | 研究仅使用了三种癌症细胞系,且机制研究仍需深入 | 探究系统性硬化症相关微环境对癌症进展的促进作用 | TSK小鼠和野生型小鼠,以及乳腺癌、黑色素瘤和卵巢癌细胞系 | 癌症生物学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | TSK小鼠和野生型小鼠的多组肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 657 | 2025-10-05 |
Tick Extracellular Vesicles Alter Epidermal Keratinocyte Function
2025-Sep-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.037
PMID:40915408
|
研究论文 | 本研究揭示了蜱通过细胞外囊泡改变表皮角质形成细胞功能以促进吸血生存的新机制 | 首次发现蜱通过细胞外囊泡干扰皮肤伤口愈合回路,揭示了血液喂养节肢动物的新型生存策略 | 研究主要关注三种医学相关蜱种,需要进一步验证是否适用于其他节肢动物 | 探究蜱如何通过细胞外囊泡改变宿主伤口愈合反应以维持长期附着和促进吸血 | 三种医学相关蜱种(包括肩突硬蜱)及其对小鼠表皮细胞的影响 | 单细胞生物学 | 节肢动物传播疾病 | 单细胞RNA测序,小鼠遗传学,体外划痕实验 | NA | 单细胞转录组数据,体外功能实验数据 | 野生型小鼠和特定蜱种 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 658 | 2025-10-05 |
Predictors of response to CD19 chimeric antigen receptor T-cell therapy in large B-cell lymphoma: a consolidated review
2025-Sep-04, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000001188
PMID:41029962
|
综述 | 本文系统回顾了CD19 CAR-T细胞疗法在弥漫大B细胞淋巴瘤中的疗效预测因素 | 整合了患者特异性、肿瘤内在性和治疗相关因素对CAR-T疗效影响的综合视角,并引入免疫分析、影像组学和单细胞转录组学等新型预测工具 | 基于现有文献的回顾性分析,缺乏前瞻性验证数据 | 探讨CD19 CAR-T疗法在弥漫大B细胞淋巴瘤中的疗效预测因素 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 医学研究 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 免疫分析、影像组学、单细胞转录组学 | NA | 临床数据、基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 659 | 2025-10-05 |
Identification of ATG4B and NLRP1 as M1 Macrophage-Activating-Related Plasma Proteins in Systemic Lupus Erythematosus via Multi-Omics Approaches
2025-Sep-02, International archives of allergy and immunology
IF:2.5Q3
DOI:10.1159/000548167
PMID:40892678
|
研究论文 | 通过多组学方法鉴定系统性红斑狼疮中与M1巨噬细胞活化相关的血浆蛋白ATG4B和NLRP1 | 整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、贝叶斯共定位分析和体外M1巨噬细胞实验,首次系统鉴定与SLE相关的M1巨噬细胞活化血浆蛋白 | 研究样本来源有限,主要基于现有数据库和体外实验,需要进一步临床验证 | 鉴定系统性红斑狼疮相关的血浆蛋白,特别是与M1巨噬细胞活化相关的蛋白质 | 系统性红斑狼疮患者、原代人外周血单核细胞、THP-1细胞系 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,贝叶斯共定位分析,分子动力学模拟,分子对接 | NA | 基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 基于GWAS数据库和FinnGen数据库的SLE患者数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 660 | 2025-10-05 |
Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics
2025-Sep, Journal of nephrology
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s40620-025-02233-5
PMID:40067649
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析多种肾小球疾病中保守的基因表达变化 | 首次使用空间转录组技术系统分析多种肾小球疾病共有的基因表达变化模式 | 样本量有限,仅分析了五种肾小球疾病类型 | 探索不同肾小球疾病共同的分子机制 | 肾小球疾病患者和健康捐赠者的肾脏活检样本 | 空间转录组学 | 肾小球疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 肾小球疾病患者和健康捐赠者各约50岁年龄组 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx Digital Spatial Profiler空间转录组平台,使用寡核苷酸条形码技术 |