单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-07-22	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文总结了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点关注数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，为理解组织结构和细胞间相互作用提供了传统转录组学无法获得的关键见解	NA	探索空间转录组学技术在过敏和炎症研究领域的应用	过敏和炎症相关疾病（如特应性皮炎和慢性阻塞性肺病）中的细胞网络和相互作用	空间转录组学	过敏和炎症相关疾病	空间转录组学技术	NA	单细胞基因表达数据与细胞定位信息	NA
642	2025-07-22	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	提出了一种非参数统计方法BEANIE，用于临床单细胞RNA测序数据中基因签名的差异表达分析	BEANIE方法解决了现有方法在临床单细胞RNA测序数据分析中产生大量假阳性、无法充分体现患者特异性层次结构以及未考虑样本驱动混杂因素的问题	方法仅在乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的模拟和真实临床数据集中进行了验证，未涉及其他癌症类型	开发一种更稳健的差异表达分析方法，用于临床癌症单细胞RNA测序研究	临床单细胞RNA测序数据中的基因签名差异表达	生物信息学	乳腺癌, 肺癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序	非参数统计方法(BEANIE)	基因表达数据	模拟和真实临床数据集(具体数量未提及)
643	2025-07-22	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	本研究探讨了杂合性GAA敲除对高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响	首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食诱导的肥胖小鼠门静脉周围和静脉周围肝细胞的转录组变化，并评估GAA杂合敲除对这些变化的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法直接推广到人类	评估GAA杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖症	空间转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用GAA杂合敲除小鼠和野生型对照小鼠
644	2025-07-22	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	本文提出了一种基于扰动真实数据信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	提出了一种基于扰动真实数据信号的新方法，用于评估特征选择方法，并开发了一个名为GOF的开源R包	缺乏真实数据集用于评估新的基因选择和/或聚类方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
645	2025-07-22	Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03377-8 PMID:40022134	研究论文	本研究探讨了髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)中对常规树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC)的调节作用	揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用和旁分泌机制调节CD11b cDC的新机制，从而诱导成熟、调节性树突状细胞，抑制CD4 T细胞反应并减轻EAE发病	研究主要基于小鼠模型，结果在人类多发性硬化症中的适用性需要进一步验证	阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在EAE中的免疫调节机制	髓鞘反应性CD8+ T细胞(PLP-CD8)和常规树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC)	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
646	2025-07-22	Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection 2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639892 PMID:40060452	研究论文	本文提出了一种名为scGeneHE的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因表达的顺式遗传力，解决了传统方法在伪批量数据上高估遗传力和增加假阳性率的问题	开发了scGeneHE方法，一种泊松混合效应模型，能够利用单个细胞表达谱量化基因表达的遗传成分，避免了传统方法在伪批量数据上的偏差	方法的应用依赖于单细胞RNA测序数据的质量和样本量，可能在某些低表达基因或稀有细胞类型中表现不佳	估计基因表达的顺式遗传力，揭示疾病变异和基因的细胞类型特异性	单细胞RNA测序数据中的基因表达	生物信息学	免疫介导疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	泊松混合效应模型	基因表达数据	969个个体，11种免疫细胞类型，822,552个细胞
647	2025-07-22	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次发现MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自特发性肺纤维化患者的scRNA-seq分析	阐明MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能机制	小鼠肺部和人类特发性肺纤维化患者的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, 光谱分析, 过继转移	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化患者的scRNA-seq数据
648	2025-07-22	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术SenePy揭示了细胞衰老的细胞类型特异性景观	开发了SenePy评分平台，定义了跨多种细胞类型和组织的细胞类型特异性及通用的细胞衰老特征	NA	识别和表征不同细胞类型和组织中的细胞衰老特征	小鼠和人类的细胞衰老特征	单细胞转录组学	肿瘤发生、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy算法	转录组数据	72只小鼠和64个人类的单细胞转录组特征
649	2025-07-22	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了与Hermansky-Pudlak综合征（HPS）相关的肺纤维化中炎症性成纤维细胞的年龄依赖性增加	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究样本数量有限，仅包括小鼠模型和三名HPS1患者的肺组织	研究肺纤维化的发病机制和进展过程	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	digital pathology	pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个HPS亚型的小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织
650	2025-07-22	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC亚型、生存率和治疗结果，且与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量虽大但来自多个数据库，可能存在异质性	探索HMGA2在PDAC中的标志物作用及其对预后和治疗的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	初始队列580例PDAC样本，补充30例多样化样本，多个独立单细胞RNA-seq数据库
651	2025-07-22	Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637521 PMID:39990382	research paper	该研究探讨了棘鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用	揭示了棘鼠再生过程中基质细胞的细胞周期动态和特定细胞类型（如CRABP1+和αSMA+）的作用，以及这些细胞状态与再生或纤维化愈合的关联	研究主要关注棘鼠的耳朵组织，可能无法完全推广到其他组织或物种	研究哺乳动物复杂组织再生的细胞机制	棘鼠（Acomys spp.）和实验室小鼠（Mus musculus）的耳朵组织	再生医学	组织损伤与再生	免疫染色和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及棘鼠和实验室小鼠的耳朵组织
652	2025-07-22	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	介绍了一种名为SCOTCH的计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序在异构体水平上表征基因表达	SCOTCH利用长读长的独特优势，采用亚外显子识别策略和动态阈值技术，精确比对已知异构体并发现新异构体，解决了长读长单细胞数据中常见的模糊比对问题	未明确提及具体限制	开发计算方法来分析单细胞水平上的转录组复杂性	单细胞转录组数据	单细胞基因组学	NA	长读长单细胞RNA测序(lr-scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
653	2025-07-22	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了流感损伤后小鼠肺再生的细胞行为	揭示了损伤后不同细胞区室的异步阶段性响应，并发现了一种损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP）状态	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	理解肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制	小鼠肺再生过程中的细胞状态变化	单细胞转录组学	流感	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	转录组数据	小鼠肺组织样本
654	2025-07-22	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2025-02-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	研究论文	本文阐明了Frizzled5（Fzd5）在小鼠肠道上皮细胞命运决定中的关键作用，揭示了其通过调控染色质可及性来影响肠道上皮细胞的塑性	首次揭示了Fzd5通过调控染色质可及性来影响肠道上皮细胞的塑性，特别是在肠道干细胞（ISCs）和祖细胞中调控干性和谱系相关基因的表达	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类细胞或临床样本中验证	探究Fzd5在肠道上皮细胞塑性调控中的作用机制	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5标记的肠道干细胞（ISCs）和Krt19标记的细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据和染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠肠道上皮细胞进行实验
655	2025-07-22	Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000971 PMID:39047085	研究论文	本研究探讨了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)中T细胞的表型和T细胞受体多样性	首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化	研究未明确驱动T细胞活化的具体抗原靶点	阐明MASH中肝脏T细胞积累的原因和后果	人类肝硬化肝脏和MASH动物模型中的T细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	5'单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞测序数据和流式细胞数据	人类肝硬化肝脏和饮食诱导MASH小鼠的肝脏驻留T细胞
656	2025-07-22	Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2025-Feb, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02651-0 PMID:39103533	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学技术MERFISH，揭示了Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的不同影响	首次利用MERFISH空间转录组学技术，系统地分析了Trem2突变在不同脑区细胞类型中的影响，并揭示了其独立于淀粉样蛋白病理的神经元转录组变化	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型转录组的影响	野生型、Trem2突变、5xFAD及Trem2;5xFAD小鼠的大脑切片	数字病理	阿尔茨海默病	MERFISH空间转录组学	小鼠模型	空间转录组数据	19个小鼠大脑切片
657	2025-07-22	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过构建空间分辨的单细胞转录组图谱，揭示了大脑衰老过程中细胞邻近效应的影响	开发了空间衰老时钟模型，首次系统性地研究了衰老细胞对邻近细胞的影响及其在组织衰退中的作用	研究仅基于小鼠模型，人类大脑中的类似效应尚待验证	探究大脑衰老过程中细胞间相互作用机制及其对组织功能的影响	成年小鼠大脑中的420万个细胞	空间转录组学	神经退行性疾病	单细胞转录组测序	机器学习模型（空间衰老时钟）、深度学习	空间转录组数据	20个不同年龄段的420万个细胞
658	2025-07-22	Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02503-3 PMID:39849132	研究论文	本文提出了一种名为GASTON的无监督深度学习算法，用于解析空间转录组数据中的基因表达模式	引入了isodepth概念，通过深度学习同时学习空间梯度和分段线性表达函数，有效识别空间域和标记基因	未提及具体的数据稀疏性处理限制或算法适用范围限制	开发能够解析空间转录组数据中基因表达模式的深度学习算法	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	深度学习神经网络	基因表达数据	多个组织样本（具体数量未提及）
659	2025-07-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，系统地表征了小鼠肝脏中药物处理基因（DPGs）在不同细胞类型和区域的分布	首次系统地描述了药物处理基因在肝脏不同细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况，揭示了非实质细胞和区域1肝细胞在异生物质生物转化中的潜在作用	研究仅基于小鼠肝脏数据，未涉及人类肝脏或其他物种的验证	阐明肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性和区域分布	小鼠肝脏中的不同细胞类型（肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、Kupffer细胞、星状细胞、肌成纤维细胞等）和三个区域（门静脉周围区、中间区和中央静脉周围区）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	已发表的小鼠单细胞和核转录组数据集
660	2025-07-22	Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions 2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00798-0 PMID:39876020	综述	本文综述了阿尔茨海默病中血管细胞的细胞特异性转录特征及其在靶向治疗中的意义	利用高通量单细胞转录组技术深入研究人脑血管细胞及其亚型在阿尔茨海默病中的转录异质性	研究主要基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的细胞行为	探讨阿尔茨海默病中血管细胞的转录特征及其与神经胶质单元的细胞间通讯	人脑血管细胞（内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞和周细胞）及其亚型	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、单核转录组学、空间转录组技术	NA	转录组数据	NA