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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6561 | 2025-10-06 |
A comprehensive single cell data analysis of lymphoblastoid cells reveals the role of super-enhancers in maintaining EBV latency
2023-01, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28362
PMID:36453088
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析淋巴母细胞系,揭示超级增强子在维持EBV潜伏感染中的作用 | 首次在单细胞水平发现EBV感染细胞的异质性,并证明宿主超级增强子通过调控MYC和IRF4等基因维持EBV潜伏期 | 研究仅使用公开数据集,样本来源有限;未在原代细胞中验证发现 | 探究EBV病毒生命周期中宿主-病毒相互作用的分子机制 | 淋巴母细胞系(LCLs)和EBV病毒 | 单细胞生物学 | EB病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 9个公开淋巴母细胞系 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6562 | 2025-10-06 |
Revelations in Thymic Epithelial Cell Biology and Heterogeneity from Single-Cell RNA Sequencing and Lineage Tracing Methodologies
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2740-2_2
PMID:36374449
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综述 | 本文总结了单细胞RNA测序和谱系追踪方法在揭示胸腺上皮细胞生物学特性和异质性方面的新发现 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了传统群体水平RNA测序或表型研究无法发现的胸腺上皮细胞异质性,包括新型髓质TEC亚群的鉴定 | 单细胞RNA测序数据的拟时序分析仅能提示TEC亚群间的关系,需要实验方法进一步验证 | 研究胸腺上皮细胞的生物学特性和异质性 | 胸腺上皮细胞(TECs),包括皮质TECs和髓质TECs | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪, reaggregate thymic organ culture (RTOC) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6563 | 2025-10-06 |
Human B-cell subset identification and changes in inflammatory diseases
2022-12-31, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxac104
PMID:36617261
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综述 | 本文回顾了人类血液中B细胞亚群的识别方法及其在炎症性疾病中的变化 | 系统总结了高维表型工具(如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序)在揭示B细胞异质性方面的最新进展 | 不同研究对B细胞亚群的识别和命名仍存在不确定性和差异 | 阐明人类血液B细胞亚群的识别标准及其在炎症性疾病中的变化 | 人类血液中的B细胞亚群 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6564 | 2025-10-06 |
Diverse monogenic subforms of human spermatogenic failure
2022-12-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35661-z
PMID:36572685
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研究论文 | 通过外显子组测序和单细胞RNA测序分析,揭示了人类非梗阻性无精子症的多种单基因亚型 | 首次系统性地识别了21个与非梗阻性无精子症相关的基因,并建立了基于分子表达模式的疾病亚型分类框架 | 样本量相对有限,部分基因功能尚未完全阐明 | 探索非梗阻性无精子症的遗传基础并建立新的疾病分类体系 | 1000多例临床诊断的非梗阻性无精子症患者和11587例可育对照 | 遗传学 | 男性不育症 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 2072例病例和11587例对照 | NA | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6565 | 2025-10-06 |
Notch-dependent cooperativity between myeloid lineages promotes Langerhans cell histiocytosis pathology
2022-12-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.add3330
PMID:36525505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质分析揭示了朗格汉斯细胞组织细胞增生症中DC2和DC3/单核细胞谱系间Notch依赖性协同作用机制 | 提出了LCH的双重起源模型,发现MAPK通路激活发生在DC2和DC3/单核细胞谱系命运决定之前,并揭示了谱系间Notch依赖性协同作用 | 未明确说明样本规模和具体实验设计的局限性 | 探究朗格汉斯细胞组织细胞增生症的发病机制和细胞间相互作用 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症病变组织中的异常分化单核吞噬细胞 | 单细胞生物学 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质分析, 高内涵成像, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6566 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing and lineage tracing confirm mesenchyme to epithelial transformation (MET) contributes to repair of the endometrium at menstruation
2022-Dec-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.77663
PMID:36524724
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和谱系追踪证实间质细胞向上皮细胞转化参与子宫内膜修复过程 | 首次发现一群对创伤有反应的可塑性子宫内膜间质成纤维细胞,能够通过间质-上皮转化参与腔上皮的快速修复 | 研究基于小鼠模型,需要在人类子宫内膜中进一步验证 | 研究子宫内膜修复过程中新形成腔上皮细胞的来源 | 小鼠子宫内膜间质细胞 | 单细胞生物学 | 子宫内膜疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种转基因小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6567 | 2025-10-06 |
Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer
2022-12-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.001
PMID:36423636
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序研究肾癌肿瘤内及周边区域的细胞组成和功能状态 | 首次在肾癌中结合单细胞转录组、全外显子组和空间转录组分析,揭示了CD8 T细胞耗竭状态与组织定位的关系,并发现了肿瘤-正常组织界面特有的上皮-间质转化元程序 | 样本量相对较小(12例患者),需要在更大队列中验证发现 | 解析肾癌肿瘤微环境中癌细胞特性与多细胞互作关系 | 肾癌患者肿瘤核心、肿瘤-正常组织界面、正常周围组织和外周血样本 | 单细胞生物学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据,空间转录组数据 | 12例肾癌患者,超过270,000个单细胞转录组和100个显微切割全外显子组 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序,空间转录组学 | NA | NA |
6568 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing for the Detection of Clonotypic V(D)J Rearrangements in Multiple Myeloma
2022-Dec-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232415691
PMID:36555330
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序检测多发性骨髓瘤中的克隆型V(D)J重排 | 首次将标准10x Genomics方案应用于单细胞水平检测表达型V(D)J序列,克服了高突变区域共识引物错配限制 | 样本量较小(仅19例),需要在更大队列中验证 | 开发通过单细胞RNA测序检测多发性骨髓瘤克隆型V(D)J重排的方法 | 多发性骨髓瘤患者的恶性浆细胞 | 单细胞测序 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,V(D)J测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 19例浆细胞疾病患者的骨髓穿刺样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序 | 10x Chromium | 标准10x Genomics单细胞RNA测序方案 |
6569 | 2025-10-06 |
A human fetal lung cell atlas uncovers proximal-distal gradients of differentiation and key regulators of epithelial fates
2022-Dec-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.005
PMID:36493756
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研究论文 | 构建了人类胎儿肺发育的多组学细胞图谱,揭示了上皮细胞命运的关键调控因子 | 结合单细胞RNA和ATAC测序、高通量空间转录组学和单细胞成像技术,首次系统描绘了人类肺发育过程中的细胞分化梯度 | 研究时间窗口为孕后5-22周,未涵盖更早期或出生后的肺发育阶段 | 解析人类肺发育过程中的细胞分化机制和调控网络 | 人类胎儿肺组织 | 空间转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 单细胞成像 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据, 成像数据 | 孕后5-22周的人类胎儿肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
6570 | 2025-10-06 |
Increased post-mitotic senescence in aged human neurons is a pathological feature of Alzheimer's disease
2022-12-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2022.11.010
PMID:36459967
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研究论文 | 本研究揭示了阿尔茨海默病患者神经元中衰老标志物增加的现象及其病理特征 | 首次在终末分化的人类神经元中发现衰老样状态,并证明其与阿尔茨海默病病理相关 | 研究主要基于体外诱导神经元模型,需要进一步在体验证 | 探究神经元衰老样状态在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 阿尔茨海默病患者脑组织、直接诱导神经元、脑脊液和人类星形胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序、表观遗传分析、分子生物标志物检测 | 直接诱导神经元模型 | 转录组数据、表观遗传数据、分子生物标志物数据 | 阿尔茨海默病患者脑组织和诱导神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6571 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional and functional analysis of dopaminergic neurons in organoid-like cultures derived from human fetal midbrain
2022-12-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200504
PMID:36305490
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人胚胎中脑多巴胺神经元在类器官培养中的转录和功能特征 | 首次在人类胚胎中脑发育关键期(6-11周)建立3D类器官培养系统,并证明其优于单层培养体系 | 研究仅基于胚胎组织,未涉及干细胞分化模型 | 指导帕金森病干细胞治疗和疾病建模 | 人胚胎中脑多巴胺神经元 | 单细胞组学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6-11周胚胎中脑组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 微滴式单细胞RNA测序平台 |
6572 | 2025-10-06 |
Frequent aneuploidy in primary human T cells after CRISPR-Cas9 cleavage
2022-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01377-0
PMID:35773341
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究CRISPR-Cas9编辑后人原代T细胞中染色体异常的发生情况 | 首次在单细胞水平揭示CRISPR-Cas9编辑会导致人类原代T细胞频繁出现染色体非整倍性和染色体截断 | 研究仅观察了编辑后4天和11天的短期效应,缺乏长期随访数据 | 评估CRISPR-Cas9基因编辑在人类原代T细胞中引起的染色体异常 | 原代人类T细胞 | 基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 数字液滴PCR | NA | 基因表达数据, 染色体成像数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6573 | 2025-10-06 |
Deconvolution analysis of cell-type expression from bulk tissues by integrating with single-cell expression reference
2022-12, Genetic epidemiology
IF:1.7Q3
DOI:10.1002/gepi.22494
PMID:35788983
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研究论文 | 开发固定效应和混合效应模型,利用单细胞RNA测序参考数据从批量组织样本中重构细胞类型表达分数 | 提出混合效应模型处理单细胞RNA测序数据中的异质性,并提供基因表达与细胞类型间协方差分数来测量相关性 | 未提及具体样本量限制或模型适用范围 | 开发从批量组织转录组数据中解析细胞类型组成和细胞类型特异性基因表达模式的方法 | 批量组织样本和单细胞RNA测序参考数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 固定效应模型,混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6574 | 2025-10-06 |
Protein aggregation and calcium dysregulation are hallmarks of familial Parkinson's disease in midbrain dopaminergic neurons
2022-Nov-24, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-022-00423-7
PMID:36424392
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞揭示了家族性帕金森病中脑多巴胺能神经元内蛋白质聚集和钙信号失调的早期病理事件 | 首次在人类神经元分化早期阶段发现β-折叠富集寡聚体形成,证明蛋白质错误折叠是驱动疾病的最早关键事件而非晚期标志 | 研究基于体外干细胞分化模型,可能无法完全模拟体内神经元的复杂微环境 | 解析SNCA基因突变导致帕金森病的分子事件时序 | 人诱导多能干细胞分化的中脑多巴胺能神经元 | 神经退行性疾病研究 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,电生理记录 | 干细胞分化模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,电生理数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6575 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of senescent epithelia reveals targetable mechanisms promoting fibrosis
2022-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154124
PMID:36509292
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示衰老上皮细胞促进纤维化的机制并发现潜在治疗靶点 | 首次在两种小鼠损伤模型中系统表征衰老上皮细胞,发现PDIA3是促进纤维化的关键蛋白并验证其治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究衰老细胞在器官纤维化中的作用机制并寻找治疗靶点 | 小鼠肾脏损伤模型和人类肾脏、肝脏疾病样本 | 单细胞生物学 | 肾脏纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种小鼠损伤模型及人类疾病样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6576 | 2025-10-06 |
Systematic single-cell pathway analysis to characterize early T cell activation
2022-11-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111697
PMID:36417885
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞通路分析的开源R包SCPA,并应用于早期T细胞激活的特征分析 | 开发了敏感且无分布限制的统计框架用于多样本分布测试,首次系统性地表征了早期T细胞激活过程中的通路活动 | NA | 开发单细胞通路分析工具并揭示T细胞激活的调控机制 | T细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6577 | 2025-10-06 |
PPMS: A framework to Profile Primary MicroRNAs from Single-cell RNA-sequencing datasets
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac419
PMID:36209413
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研究论文 | 开发了一种从单细胞RNA测序数据中分析初级microRNAs的计算框架PPMS | 首个能够在单细胞类型分辨率下分析和定量初级microRNAs的计算方法 | NA | 开发能够从单细胞RNA测序数据中分析初级microRNAs的计算工具 | 初级microRNAs(pri-miRNAs) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | 计算框架 | RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq | NA | NA |
6578 | 2025-10-06 |
Systematic investigation of imprinted gene expression and enrichment in the mouse brain explored at single-cell resolution
2022-Nov-17, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-08986-8
PMID:36384442
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据系统研究印记基因在小鼠大脑中的表达和富集情况 | 首次正式验证印记基因在大脑中的过度表达现象,并识别出特定的神经细胞群体作为印记基因表达的热点区域 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类或其他物种 | 系统调查印记基因在大脑中的表达模式和富集程度 | 小鼠大脑组织、不同脑区和神经细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6579 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics defines an improved, validated monoculture protocol for differentiation of human iPSC to microglia
2022-11-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-23477-2
PMID:36376339
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研究论文 | 本研究通过系统评估优化了人类iPSC向小胶质细胞分化的单培养方案 | 通过单细胞RNA测序和功能分析,识别出先前方案中冗余的培养基成分,提供了经两个实验室验证的优化方案 | NA | 建立更真实的人类小胶质细胞体外模型以研究其生理功能 | 人类诱导多能干细胞(iPSC)分化的小胶质细胞 | 单细胞生物学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, qPCR, 功能分析 | NA | 基因表达数据, 功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6580 | 2025-10-06 |
Mapping the developing human cardiac endothelium at single-cell resolution identifies MECOM as a regulator of arteriovenous gene expression
2022-11-10, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac023
PMID:35212715
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类胎儿心脏内皮细胞图谱,发现MECOM是动静脉基因表达的调控因子 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘人类胎儿心脏内皮细胞的转录组特征,揭示了MECOM在维持动脉内皮细胞身份中的新功能 | 研究主要基于胎儿样本,缺乏对成年期心脏内皮细胞的直接比较分析 | 表征人类胎儿心脏内皮细胞的转录组特征,揭示内皮细胞异质性和分化动态 | 人类胎儿心脏内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因调控网络分析、轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | 超过10,000个胎儿心脏内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |