单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6561	2024-11-07	Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment 2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572 PMID:39150446	研究论文	研究通过抑制SUMOylation诱导胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫，并探讨其在肿瘤微环境中的多重效应	首次探讨了SUMOylation抑制在胰腺癌肿瘤微环境中对适应性抗肿瘤免疫的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探索改善胰腺导管腺癌患者预后的新治疗靶点	胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境	NA	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	使用临床相关的小鼠胰腺癌模型进行研究
6562	2024-11-07	CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression 2024-Nov-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995 PMID:39186674	研究论文	研究通过CRISPR筛选转录超级增强子，识别三阴性乳腺癌进展的驱动因素	系统分析了三阴性乳腺癌特异性转录增强子的调控机制及其非编码增强子RNA（eRNA）转录本，并使用高吞吐量CRISPR干扰实验结合RNA测序，无偏倚地检测了全基因组的目标基因	NA	探讨eRNA产生的超级增强子如何驱动基因表达网络，从而影响三阴性乳腺癌的生物学特性	三阴性乳腺癌（TNBC）的转录超级增强子及其eRNA转录本	数字病理学	乳腺癌	CRISPR干扰、RNA测序、Hi-C染色质相互作用图谱、单细胞RNA测序、高吞吐量测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
6563	2024-11-07	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-Nov-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	本文介绍了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够改进病例对照标签，准确反映每个细胞的扰动状态，从而在模拟数据和实际数据中表现出优于标准分析流程的能力	标准单细胞分析方法在受影响子集较小或扰动强度较弱时无法有效隔离受影响的病例细胞及其标记	开发一种能够准确检测病例对照单细胞转录组数据中与疾病相关细胞群体的方法	病例对照单细胞转录组数据中的细胞群体及其与疾病相关的扰动状态	机器学习	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括人类多发性骨髓瘤前体条件数据和鼠类脱髓鞘模型数据
6564	2024-11-07	Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13698 PMID:38956399	综述	本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用，特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用	单细胞测序技术具有高分辨率，能够超越传统技术，揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例	NA	探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力	结核病样本，主要包括外周血和肺部样本	数字病理学	结核病	单细胞测序	NA	细胞	NA
6565	2024-11-07	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13679 PMID:38801100	研究论文	研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制	首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	揭示内源性再生和修复机制，开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法	Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本
6566	2024-11-07	Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion 2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010 PMID:39089570	研究论文	研究探讨了心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞及其对细胞外基质表达的影响	首次通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，证明了心肌梗死后的巨噬细胞并未转化为成纤维细胞，但表达多种促纤维化基质蛋白	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类心肌梗死的数据	验证心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞，并分析其细胞外基质表达特征	心肌梗死后的巨噬细胞及其细胞外基质表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠心肌梗死模型
6567	2024-11-07	Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment 2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200320 PMID:39475624	研究论文	研究了在治疗期间，蛛网膜下腔神经囊虫病（SANCC）患者脑脊液（CSF）中免疫细胞群体的特征，特别是IL-10产生细胞的分布和作用	首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化	样本量较小，仅包括5名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解SANCC的免疫学机制，特别是IL-10在治疗过程中的作用	SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体	NA	神经囊虫病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	5名SANCC患者，共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本
6568	2024-11-07	Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing 2024-Nov, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70083 PMID:39491527	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了一个基于线粒体和巨噬细胞极化相关基因的胶质瘤预后模型	揭示了与胶质瘤预后相关的五个基因（ECI2, MCCC2, OXCT1, SUCLG2, 和 CPT2），为个性化治疗和预后提供了新的见解	NA	探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系	胶质瘤患者的预后预测	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和转录组测序	风险模型	基因表达数据	包括TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, 和 GSE138794等多个数据集
6569	2024-11-07	Epigenetic agents plus anti-PD-1 reprogram the tumor microenvironment and restore antitumor efficacy in Hodgkin lymphoma 2024-10-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024487 PMID:39093981	研究论文	研究评估了三联疗法（组蛋白去乙酰化酶抑制剂、DNA甲基转移酶抑制剂和抗PD-1抗体）在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性	首次评估了三联疗法在先前接受过DP疗法的患者中的疗效，并揭示了该疗法通过调节肿瘤微环境克服免疫疗法抵抗的机制	研究样本量较小，且仅限于先前接受过DP疗法的患者	评估三联疗法在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性，并探讨其克服免疫疗法抵抗的机制	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	肿瘤学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	52名患者
6570	2024-11-07	GraphCVAE: Uncovering cell heterogeneity and therapeutic target discovery through residual and contrastive learning 2024-Oct-31, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123208 PMID:39488267	研究论文	本文介绍了一种名为GraphCVAE的模型，通过结合空间和形态信息、纠正批次效应和管理异质数据，增强空间域识别能力	GraphCVAE结合了多层图卷积网络和变分自编码器，通过对比学习捕捉细胞类型和状态的细微差异，显著提高了空间信息表示和整合的准确性	NA	提高空间转录组学中空间域识别的准确性，揭示细胞异质性和治疗靶点	空间转录组学数据，特别是前额叶皮质和胶质母细胞瘤等疾病数据	机器学习	NA	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE），对比学习	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE）	空间转录组学数据	涉及多种空间转录组学数据集，包括前额叶皮质和胶质母细胞瘤等
6571	2024-11-07	Exogenous IL-33 promotes tumor immunity via macroscopic regulation of ILC2s 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77751-6 PMID:39478174	研究论文	研究探讨了外源性IL-33通过宏观调控ILC2s促进肿瘤免疫的作用	首次揭示了外源性IL-33通过减少中性粒细胞积累和增加ILC2s比例来改善肿瘤免疫微环境，并促进抗肿瘤免疫反应	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其效果	探讨外源性IL-33对肿瘤免疫微环境的影响及其机制	外源性IL-33、ILC2s、中性粒细胞、肿瘤免疫微环境	NA	黑色素瘤	scRNA-seq、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞比例数据	Il7rArg1小鼠
6572	2024-11-07	The critical involvement of monocytes/macrophages in the pathogenesis of primary Sjögren's syndrome: New evidence from Mendelian randomization and single-cell sequencing 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39130 PMID:39497977	研究论文	本文探讨了单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征（pSS）发病机制中的关键作用	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，全面揭示了单核细胞/巨噬细胞在pSS复杂发病机制中的贡献	NA	揭示单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用	单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征中的基因表达和信号通路变化	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	1434个差异表达基因，其中60个与pSS发生密切相关
6573	2024-11-07	Novel mechanisms of intestinal flora regulation in high-altitude hypoxia 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38220 PMID:39498080	研究论文	研究探讨了在高海拔低氧环境下，厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程的分子机制	揭示了厚壁菌门通过抑制HIF-1α/糖酵解途径来缓解高海拔低氧引起的肠道黏膜屏障损伤	NA	探究高海拔低氧环境下肠道菌群调节的分子机制	厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程	NA	NA	单细胞转录组测序、蛋白质组分析、代谢组分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据	NA
6574	2024-11-07	Deciphering STAT3's negative regulation of LHPP in ESCC progression through single-cell transcriptomics analysis 2024-Oct-28, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00962-0 PMID:39468431	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析揭示了STAT3对LHPP在食管鳞状细胞癌进展中的负调控作用	发现了STAT3对LHPP表达的显著调控作用，揭示了食管鳞状细胞癌发病机制的新方面	NA	阐明食管鳞状细胞癌中的细胞动力学和分子机制，特别是STAT3与LHPP的转录相互作用	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤和邻近正常组织细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,206个细胞样本，包括21名食管鳞状细胞癌患者的临床样本
6575	2024-11-07	CXCL9, CXCL10, and CCL19 synergistically recruit T lymphocytes to skin in lichen planus 2024-Oct-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179899 PMID:39190494	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和体外迁移实验，揭示了扁平苔藓中CXCL9、CXCL10和CCL19协同招募T淋巴细胞到皮肤的机制	首次发现扁平苔藓角质形成细胞和成纤维细胞特异性分泌CXCL9、CXCL10和CCL19，并证明这些细胞因子协同增强CD8+ T细胞的招募	研究样本量较小，仅涉及7名患者，可能影响结果的普适性	探讨扁平苔藓的分子发病机制并寻找新的治疗靶点	扁平苔藓患者的皮肤和血液样本	免疫学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	7名扁平苔藓患者及其健康对照者的皮肤和血液样本
6576	2024-11-07	Characterization of EpCAM-Positive and EpCAM-Negative Tumor Cells in Early-Stage Breast Cancer 2024-Oct-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252011109 PMID:39456890	研究论文	研究早期乳腺癌中EpCAM阳性及阴性肿瘤细胞的特征	强调了EpCAM阴性CTC的存在，并评估了不同亚群中的干细胞标志物和EMT标志物	需要进一步研究以阐明EpCAM阴性和阳性CTC的预后意义	探讨早期乳腺癌中EpCAM阳性及阴性肿瘤细胞的特征及其预后意义	早期乳腺癌中的EpCAM阳性及阴性肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	RNA	涉及早期乳腺癌患者的CTC和原发肿瘤样本
6577	2024-11-07	Microglia Signatures: A Cause or Consequence of Microglia-Related Brain Disorders? 2024-Oct-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252010951 PMID:39456734	研究论文	本文探讨了小胶质细胞特征与相关脑部疾病之间的关系	利用单细胞RNA测序技术，详细研究了小胶质细胞在不同功能状态下的独特基因表达模式	NA	探讨小胶质细胞特征与神经退行性疾病和其他脑部疾病之间的关联	小胶质细胞的基因表达特征及其在不同病理条件下的变化	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6578	2024-11-07	Deubiquitinase USP18 inhibits hepatic stellate cells activation and alleviates liver fibrosis via regulation of TAK1 activity 2024-Oct-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2024.114235 PMID:39236989	研究论文	研究揭示了去泛素化酶USP18通过调节TAK1活性抑制肝星状细胞活化和减轻肝纤维化的机制	首次揭示了USP18在肝星状细胞活化中的作用及其通过调节TAK1活性减轻肝纤维化的机制	NA	揭示肝星状细胞活化的分子机制，寻找抑制肝纤维化的有效靶点	肝星状细胞（HSCs）和去泛素化酶USP18	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠原代肝星状细胞和CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型
6579	2024-11-07	Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses 2024-Sep-24, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815 PMID:39326495	研究论文	研究了人类胚胎发育过程中，缺氧条件对内皮细胞向造血细胞转变及其后续造血过程的影响	首次揭示了不同造血谱系细胞在缺氧条件下对氧化应激的特异性反应，并发现了影响血细胞发育的关键转录和代谢途径	NA	探讨缺氧条件对内皮细胞向造血细胞转变及其后续造血过程的影响	内皮细胞向造血细胞转变及其后续造血过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	不同造血谱系细胞
6580	2024-11-07	Multi-level multi-view network based on structural contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae562 PMID:39494609	研究论文	提出了一种基于结构一致性对比学习的scRNA-seq数据聚类方法	引入了多层次多视角网络和对比学习，以提高scRNA-seq数据聚类的准确性	NA	解决scRNA-seq数据高维度和复杂性带来的聚类挑战	scRNA-seq数据	机器学习	NA	对比学习	多层次多视角网络	scRNA-seq数据	八个真实scRNA-seq数据集