单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 6561 - 6580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6561 | 2024-11-04 |
Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data
2024-Oct-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278843.123
PMID:39406498
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研究论文 | 本文推导了两个负二项分布差异的理论框架，并将其应用于单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测 | 提出了一个新的计算方法DEGage，用于检测单细胞RNA测序数据中的差异表达基因，并展示了其在模拟和真实数据集上的优越性能 | NA | 推导两个负二项分布差异的理论结果，并开发新的计算方法用于差异表达基因的检测 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及17种细胞类型的前列腺癌单细胞RNA测序数据集以及小鼠神经元单细胞RNA测序数据集 |
| 6562 | 2024-11-04 |
Inhibitory Fcγ receptor deletion enhances CD8 T cell stemness increasing anti-PD-1 therapy responsiveness against glioblastoma
2024-Oct-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009449
PMID:39461881
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研究论文 | 研究通过删除抑制性Fcγ受体增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应 | 首次探讨了通过删除FcγRIIB受体来增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 探讨通过调节CD8 T细胞的干细胞特性来提高免疫检查点阻断疗法对胶质母细胞瘤的疗效 | CD8 T细胞、FcγRIIB受体、胶质母细胞瘤 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用Fcgr2b-/-小鼠和GL261胶质母细胞瘤模型进行研究 |
| 6563 | 2024-11-04 |
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2024-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619991
PMID:39484401
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研究论文 | 研究通过单核转录组和染色质可及性分析，揭示了成熟小鼠跟腱中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征 | 首次鉴定出CD55和CD248作为肌腱干细胞/祖细胞的新型表面抗原标记物 | NA | 探讨肌腱干细胞/祖细胞在不同生长阶段的特征及其在肌腱修复中的作用 | 小鼠跟腱细胞中的肌腱干细胞/祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 2周龄和6周龄小鼠的跟腱细胞 |
| 6564 | 2024-11-04 |
SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies
2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009983
PMID:39455096
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研究论文 | 本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 首次揭示了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的高表达与转移性病变的关系，并探讨了其在免疫治疗和抗血管生成治疗中的潜在作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 胃癌组织中的SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤进展和治疗中的作用 | NA | 胃癌 | 免疫组织化学、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、多重荧光免疫组织化学、染色质免疫沉淀 | NA | 组织 | NA |
| 6565 | 2024-11-04 |
Development of a humanized mouse model with functional human materno-fetal interface immunity
2024-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176527
PMID:39435662
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研究论文 | 开发了一种具有功能性人类母胎界面免疫的人源化小鼠模型 | 通过busulfan预处理，成功构建了怀孕的人类免疫系统（HIS）小鼠模型，该模型在母胎界面重构了多谱系的人类免疫子集 | NA | 研究人类母胎界面免疫的功能和特征 | 人类母胎界面免疫 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6566 | 2024-11-04 |
Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins
2024-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203015
PMID:39465623
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研究论文 | 研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程 | 使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化 | NA | 探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本 |
| 6567 | 2024-11-04 |
A Part-to-Whole Circular Cell Explorer
2024-Oct-14, ArXiv
PMID:39483344
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研究论文 | 设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能 | 提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能 | NA | 帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制 | 空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6568 | 2024-11-02 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-Oct, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
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研究论文 | 研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖 | 首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物 | 研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌 | 探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本 |
| 6569 | 2024-11-04 |
scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083
PMID:39432561
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上 | scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类 | NA | 开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据 | 脓毒症患者和对照组的分类 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | Transformer | RNA测序数据 | 单细胞测试集和七个批量RNA队列 |
| 6570 | 2024-11-04 |
Graph contrastive learning as a versatile foundation for advanced scRNA-seq data analysis
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae558
PMID:39487083
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研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习的新框架scSimGCL，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | scSimGCL结合了细胞-细胞图结构和对比学习，显著提升了细胞聚类的性能 | NA | 开发一种简单而有效的框架，用于生成高质量的表示，以实现稳健的细胞聚类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 图对比学习 | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集 |
| 6571 | 2024-11-04 |
NKG2C and NKG2A coexpression defines a highly functional antiviral NK population in spontaneous HIV control
2024-Sep-17, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182660
PMID:39288262
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研究论文 | 本研究全面分析了长期病毒控制下的HIV精英控制者（ECs）的NK细胞库，发现NKG2C+CD57+记忆样NK细胞在ECs中显著富集，并揭示了这些细胞在抗HIV感染中的关键作用 | 首次揭示了NKG2C和NKG2A共表达的记忆样NK细胞在HIV控制中的重要作用，并发现了这些细胞独特的转录特征 | 研究主要集中在NK细胞的功能和表型分析，未涉及其他免疫细胞的相互作用 | 探讨NK细胞在HIV精英控制者中的作用及其机制 | HIV精英控制者的NK细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | HIV精英控制者和未感染个体的NK细胞 |
| 6572 | 2024-11-04 |
Human breastmilk memory T cells throughout lactation manifest activated tissue-oriented profile with prominent regulation
2024-Sep-03, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181788
PMID:39435660
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研究论文 | 研究分析了母乳中记忆T细胞在哺乳期的特征及其在免疫调节中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术对母乳中的T细胞进行全面表征，揭示了其独特的组织适应性和免疫调节功能 | 研究主要集中在母乳T细胞的表型和功能分析，未深入探讨其在新生儿免疫支持中的具体机制 | 探讨母乳中不同免疫活性成分对新生儿免疫的贡献 | 母乳中的记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表面标记数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 6573 | 2024-11-04 |
Momordicine-I Suppresses Head and Neck Cancer Growth by Reprogrammimg Immunosuppressive Effect of the Tumor-Infiltrating Macrophages and B Lymphocytes
2024-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0718
PMID:38315993
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研究论文 | 研究了Momordicine-I通过重编程肿瘤浸润巨噬细胞和B淋巴细胞的免疫抑制效应来抑制头颈癌生长的机制 | 揭示了Momordicine-I通过调节肿瘤微环境中免疫细胞的分子表达，特别是通过抑制Sfln4和Cxcl3的表达，来抑制头颈癌生长的机制 | 研究主要在免疫功能正常的鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨Momordicine-I抑制头颈癌生长的机制，特别是在肿瘤微环境中的作用 | 头颈癌、肿瘤浸润巨噬细胞、B淋巴细胞 | NA | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了两种免疫功能正常的鼠模型，分别使用MOC2和SCC VII细胞 |
| 6574 | 2024-11-04 |
Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation
2024-Mar-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05706-9
PMID:38493095
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研究论文 | 提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应 | scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示 | NA | 加速在不同生物条件下系统差异的探索 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6575 | 2024-11-04 |
OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases
2024-03-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05019-8
PMID:38491529
|
研究论文 | 开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制 | 整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析 | NA | 解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制 | 口腔炎症性疾病及其相关数据 | 生物信息学 | 口腔炎症性疾病 | qPCR, IHC | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本 |
| 6576 | 2024-11-04 |
In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells
2024-Mar-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510
PMID:38447574
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研究论文 | 本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因 | 首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路 | NA | 研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制 | 睾丸细胞和精子发生过程 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA |
| 6577 | 2024-11-04 |
Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer
2024-Mar, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12420
PMID:38490958
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研究论文 | 本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存 | 本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力 | 卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱分析 | NA | 蛋白质 | NA |
| 6578 | 2024-11-04 |
High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582103
PMID:38464282
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研究论文 | 本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性 | 本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征 | NA | 深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化 | 小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达 | 数字病理学 | NA | Seq-Scope | NA | 基因表达数据 | 小鼠比目鱼肌样本 |
| 6579 | 2024-11-04 |
Exploring tumor endothelial cells heterogeneity in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell sequencing and pseudotime analysis
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18362
PMID:39484208
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的动态变化 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析 | 探索肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用，以识别新的治疗靶点和策略 | 肝细胞癌中的肿瘤内皮细胞及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个原发性肝癌样本 |
| 6580 | 2024-11-04 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用 | 本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性 | 本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 多组学数据集中的细胞核数量 |