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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6541 | 2025-10-06 |
Location, location, location: mapping the lymphoma tumor microenvironment using spatial transcriptomics
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1258245
PMID:37869076
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在淋巴瘤肿瘤微环境研究中的应用与进展 | 系统总结了空间转录组学在解析淋巴瘤肿瘤微环境空间结构方面的独特优势,弥补了单细胞测序缺乏空间信息的局限 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献总结 | 探讨空间转录组学技术在淋巴瘤肿瘤微环境研究中的应用价值 | 淋巴瘤肿瘤微环境中的免疫和非免疫细胞 | 空间转录组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6542 | 2025-10-06 |
Highly Multiplexed Spatially Resolved Proteomic and Transcriptional Profiling of the Glioblastoma Microenvironment Using Archived Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Specimens
2023-01, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2022.100034
PMID:36788070
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研究论文 | 本研究采用多模态空间生物学方法分析胶质母细胞瘤微环境的分子异质性 | 首次在存档FFPE样本中整合空间转录组/蛋白质组分析、单细胞RNA测序和神经病理学评估来表征胶质母细胞瘤微环境 | 研究样本量未明确说明,且仅使用存档FFPE样本可能限制分析灵敏度 | 表征胶质母细胞瘤微环境的分子和细胞异质性,识别免疫治疗靶点 | 存档福尔马林固定石蜡包埋胶质母细胞瘤标本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 数字空间分析、单细胞RNA测序、神经病理学评估 | 聚类分析、混合细胞反卷积分析 | 空间蛋白质组数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NanoString | 空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA-seq | GeoMx Digital Spatial Profiling | NanoString GeoMx数字空间分析平台 |
6543 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis
2023, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2023.1118024
PMID:36968839
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析COVID-19重症患者冠状动脉内皮细胞和心肌组织的基因表达模式 | 首次在保持解剖结构完整的情况下对SARS-CoV-2感染的心脏组织进行原位空间转录组分析,揭示了心肌感染的异质性和独特的转录特征 | 样本量较小(对照组4例,COVID-19组8例),且仅针对尸检组织进行分析 | 探究SARS-CoV-2感染对冠状动脉内皮细胞和心肌组织基因表达的影响 | 尸检获得的心脏组织样本,包括对照组和COVID-19患者组 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 对照组4例,COVID-19组8例,共12例尸检心脏组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6544 | 2025-10-06 |
Mimicking Tumor Cell Heterogeneity of Colorectal Cancer in a Patient-derived Organoid-Fibroblast Model
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.02.014
PMID:36868311
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研究论文 | 开发了一种包含上皮细胞和基质成纤维细胞的结直肠癌患者来源类器官模型 | 首次构建了包含匹配上皮细胞和基质成纤维细胞的结直肠癌类器官模型,模拟肿瘤微环境复杂性 | 模型仍无法完全复制体内肿瘤微环境的所有组分 | 研究结直肠癌肿瘤微环境中上皮细胞与成纤维细胞的相互作用 | 结直肠癌患者来源的肿瘤细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,蛋白质组学分析 | 类器官-成纤维细胞共培养模型 | 基因表达数据,蛋白质组数据,图像数据 | 结直肠癌标本来源的原代细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6545 | 2025-10-06 |
Tick innate immune responses to hematophagy and Ehrlichia infection at single-cell resolution
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1305976
PMID:38274813
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了孤星蜱免疫细胞对吸血和埃立克体感染的反应机制 | 首次在单细胞分辨率下系统鉴定蜱类14种不同的血细胞群体,并发现7个在感染和未感染状态下均存在的血细胞谱系 | 研究仅针对孤星蜱一种物种,血细胞功能验证仍需进一步深入 | 阐明蜱类免疫细胞在吸血过程和病原体感染中的免疫功能 | 孤星蜱(Amblyomma americanum)的血细胞(hemocytes) | 单细胞生物学 | 蜱传疾病 | 单细胞RNA测序,RNA干扰 | NA | 转录组数据 | 未吸血、部分吸血和埃立克体感染蜱的血细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6546 | 2025-10-06 |
The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656
PMID:37965335
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研究论文 | 通过转录组和蛋白质组分析证明slan+/NC-单核细胞是人类血液中原型非经典单核细胞的代表 | 首次系统比较slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的分子特征,证明slan+/NC-单核细胞更能代表原型非经典单核细胞 | 样本来源仅限于外周血单核细胞,未涉及组织驻留单核细胞 | 确定slan抗原在非经典单核细胞分型中的生物学意义 | 人类外周血单核细胞亚群(经典、中间型和非经典单核细胞) | 免疫学 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表面标志物 | 人类外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6547 | 2025-10-06 |
Comparing engineered nuclear-localized reporter cassettes
2023, microPublication biology
DOI:10.17912/micropub.biology.001014
PMID:38021170
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9基因组工程技术比较了不同核定位报告基因盒在神经肽基因表达分析中的性能 | 首次系统比较了不同工程化核定位报告基因盒在神经肽基因表达研究中的效果,并推荐了最优报告基因盒设计 | 仅测试了6种神经肽编码基因的报告基因盒,样本规模有限 | 分析神经肽基因表达动态并解析其调控机制 | 秀丽隐杆线虫神经系统中的神经肽编码基因 | 分子生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因组工程、单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 6个神经肽编码基因(3个神经肽基因、1个神经肽基因和2个胰岛素基因) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6548 | 2025-10-06 |
Profiles of Wnt pathway gene expression during tooth morphogenesis
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1316635
PMID:38274045
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研究论文 | 本研究通过荧光多重杂交和单细胞RNA测序技术,揭示了Wnt通路基因在牙齿形态发生过程中的时空表达模式 | 首次在牙齿发育过程中同时分析多个Wnt配体和调节因子的共定位模式,并发现Sfrp5在完全分化的成釉细胞中的表达特征 | 研究主要聚焦于特定发育阶段,对Wnt信号通路与其他信号通路的相互作用分析有限 | 阐明Wnt信号通路在牙齿形态发生过程中的表达动态和细胞间通讯机制 | 小鼠牙齿发育过程中的上皮和间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 荧光多重杂交, 单细胞RNA测序 | CellChat | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠胚胎期15.5天至出生后14天的牙齿组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6549 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals cancer stem-like cells and dynamics in tumor microenvironment during cholangiocarcinoma progression
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1250215
PMID:38020927
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示胆管癌进展过程中癌症干细胞样细胞的特征及肿瘤微环境的动态变化 | 首次在YAP/AKT小鼠模型中系统揭示胆管癌形成过程中Tm4sf1高表达恶性细胞作为癌症干细胞样细胞的特性及肿瘤微环境三阶段动态变化 | 研究基于小鼠模型,在人体中的适用性需要进一步验证;样本量相对有限 | 探究胆管癌进展过程中癌症干细胞样细胞的转录特征及肿瘤微环境动态变化 | YAP/AKT小鼠模型中的胆管癌细胞及肿瘤微环境组成细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | YAP/AKT小鼠模型 | 单细胞转录组数据,批量RNA测序数据 | 三个不同时间点的肿瘤发生样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
6550 | 2025-10-06 |
Identification of TREM2-positive tumor-associated macrophages in esophageal squamous cell carcinoma: implication for poor prognosis and immunotherapy modulation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1162032
PMID:37187751
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研究论文 | 本研究在食管鳞状细胞癌中发现了一种新型TREM2阳性肿瘤相关巨噬细胞亚群,该亚群与不良预后和免疫治疗反应相关 | 首次在食管鳞状细胞癌中鉴定出TREM2阳性肿瘤相关巨噬细胞亚群,并证明其与免疫治疗耐药性和不良预后的关联 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证 | 探索肿瘤相关巨噬细胞亚群在食管鳞状细胞癌中的作用及其对免疫治疗的影响 | 食管鳞状细胞癌患者和黑色素瘤患者 | 单细胞测序分析 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,定量实时PCR,酶联免疫吸附试验,多重免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据,临床数据 | 多个数据集:GSE145370和GSE160269(食管鳞癌scRNA-seq),GSE120575(48例黑色素瘤患者),GSE78220(29例黑色素瘤bulk-RNA),TCGA ESCC队列(80例),10例接受抗PD1治疗的ESCC患者 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
6551 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis of human Alzheimer's disease brain samples reveals neuronal and glial specific cells differential expression
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0277630
PMID:36827281
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类阿尔茨海默病脑样本,揭示神经元和胶质细胞的特异性差异表达 | 首次在阿尔茨海默病早期阶段(Braak I-II期)使用单细胞分辨率分析脑组织转录组,识别出星形胶质细胞和小胶质细胞的特异性转录程序 | 样本量较小(仅2例患者和对照),未测量APOE状态、CERAD和THAL评分 | 识别阿尔茨海默病中不同神经元群体受影响的转录调控网络 | 人类阿尔茨海默病患者和年龄性别匹配对照的海马脑组织样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 超过25,000个单细胞核,来自2例阿尔茨海默病患者和匹配对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6552 | 2025-10-06 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
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研究论文 | 介绍了一种从单细胞测序数据推断肿瘤内异质性的计算方法HUNTRESS | 提出运行时间与细胞数量呈线性、与突变数量呈二次方关系的高效算法,能在合理条件下以高概率计算肿瘤真实进展历史 | NA | 从单细胞测序数据推断肿瘤内异质性 | 肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | HUNTRESS算法 | 基因型矩阵 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
6553 | 2025-10-06 |
Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease
2023-05-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac138
PMID:35994249
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研究论文 | 本研究探讨了心血管疾病中血管平滑肌细胞寡克隆扩张的细胞机制 | 首次揭示了健康动脉中罕见SCA1+ VSMCs具有更高的增殖能力,并证明VSMC低频率增殖激活是其细胞固有特征 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证有限 | 理解血管平滑肌细胞寡克隆性产生的细胞机制 | 血管平滑肌细胞(VSMCs) | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 共聚焦显微镜,单细胞RNA测序 | VSMC谱系追踪动物模型 | 图像,单细胞转录组数据 | VSMC谱系追踪动物模型,健康人类主动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6554 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics for the assessment of cardiac disease
2023-05, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-022-00805-7
PMID:36539452
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综述 | 概述单细胞转录组学在心脏疾病研究中的应用与挑战 | 整合单细胞数据与空间转录组学技术,揭示心脏细胞微环境在稳态和疾病进展中的调控作用 | 指出心脏细胞注释缺乏标准化是当前领域亟待解决的问题 | 探讨单细胞转录组学技术对心脏疾病机制研究和临床诊疗的推动作用 | 心脏主要细胞类型(从发育到成年期的健康与疾病状态) | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 单核转录组测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
6555 | 2025-10-06 |
Placental Inflammation Leads to Abnormal Embryonic Heart Development
2023-03-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过建立胎盘炎症模型,揭示了中性粒细胞驱动的胎盘炎症如何通过改变胎盘屏障功能导致胚胎心脏发育异常 | 首次阐明了胎盘炎症通过母源炎症单核细胞迁移至胚胎心脏,改变心脏巨噬细胞组成和心脏结构的机制 | 研究仅使用小鼠模型,人类临床相关性尚需验证 | 探究胎盘发育异常导致先天性心脏病的机制 | 妊娠期小鼠及其胚胎 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 流式细胞术, 组织学分析, 批量RNA测序, 单细胞测序, 超声心动图 | NA | 基因表达数据, 细胞组成数据, 组织图像, 心脏功能数据 | 妊娠期小鼠模型,在胚胎期4.5、7.5和14.5天以及出生后5和28天进行分析 | NA | 单细胞测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
6556 | 2025-10-06 |
MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1260
PMID:36631981
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据的综合可变剪接分析平台MARVEL | 首个适用于平板和液滴法的综合单细胞剪接分析R包,能系统整合剪接和基因表达分析 | NA | 解决单细胞分辨率下剪接动态分析计算工具缺乏的问题 | 多种细胞类型(包括疾病状态)的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 适用于平板和液滴法的单细胞RNA测序数据 |
6557 | 2025-10-06 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Inflammation and Antitumor Immunity
2023-03-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1031
PMID:36399325
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综述 | 本文系统阐述了癌症相关成纤维细胞在肿瘤相关炎症和抗肿瘤免疫中的双重作用 | 通过单细胞测序技术揭示了CAF的异质性和可塑性,并系统总结了其在肿瘤促进性炎症和免疫抑制中的新机制 | 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要基于已有研究进行总结和分析 | 探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境炎症反应和免疫调节中的作用机制 | 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的功能 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献资料 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6558 | 2025-10-06 |
Transcriptomic analyses reveal neuronal specificity of Leigh syndrome associated genes
2023-03, Journal of inherited metabolic disease
IF:4.2Q2
DOI:10.1002/jimd.12578
PMID:36502462
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了Leigh综合征相关基因在大脑中的神经元特异性表达模式 | 首次系统性地分析了所有Leigh综合征相关基因在大脑不同细胞类型中的表达特异性,并发现了与帕金森病和癫痫的遗传共通性 | 研究依赖于现有的公共数据库数据,缺乏实验验证 | 确定Leigh综合征相关基因在大脑中的细胞特异性,并探索与其他神经疾病的遗传共通性 | Leigh综合征相关基因和大脑不同细胞类型 | 生物信息学 | Leigh综合征 | 共表达网络分析, 表达加权细胞类型富集分析, 单细胞RNA测序 | CoExp网络分析, EWCE分析 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 基于英国大脑表达联盟数据的分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
6559 | 2025-10-06 |
Preparation of single-cell suspensions from the human placenta
2023-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-022-00772-w
PMID:36451054
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研究论文 | 开发了一种从人类胎盘组织制备高质量单细胞悬液的实验方案 | 首次描述了从胎盘组织制备单细胞悬液的标准化流程,填补了该领域的方法空白 | 需要具备胎盘结构基础知识的合格研究人员操作,未在多种实验条件下验证 | 建立适用于单细胞RNA测序的胎盘组织单细胞悬液制备方法 | 人类胎盘组织(基板、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜) | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞悬液 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |
6560 | 2025-10-06 |
Regulators of male and female sexual development are critical for the transmission of a malaria parasite
2023-02-08, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2022.12.011
PMID:36634679
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研究论文 | 本研究通过条形码突变体筛选和单细胞转录组分析,鉴定了疟原虫性别决定的关键基因及其调控机制 | 首次系统鉴定了疟原虫雄性和雌性性别决定的关键基因,揭示了LOTUS/OST-HTH结构域蛋白在雄性决定和锌指蛋白在雌性决定中的新功能 | 研究主要基于啮齿类疟原虫模型,在人类疟原虫中的保守性需要进一步验证 | 阐明疟原虫有性生殖发育的分子调控机制 | 伯氏疟原虫(Plasmodium berghei) | 分子生物学 | 疟疾 | 条形码突变体筛选,单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据,突变表型数据 | 10种突变体寄生虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高分辨率单细胞转录组分析 |