单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6521	2024-11-08	Stem cell transplantation extends the reproductive life span of naturally aging cynomolgus monkeys 2024-Nov-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00726-4 PMID:39496598	研究论文	研究探讨了间充质干细胞移植对自然衰老的食蟹猴卵巢功能的影响	首次证明了人胚胎干细胞衍生的MSC样细胞（M细胞）移植可以显著改善自然衰老卵巢的功能，并成功诞生了健康的幼猴	研究仅在食蟹猴模型中进行，尚未在人类中验证	探讨间充质干细胞移植对自然衰老卵巢功能的影响及其分子机制	自然衰老的食蟹猴卵巢	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了自然衰老的食蟹猴模型
6522	2024-11-08	Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia 2024-Nov-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae185 PMID:39082157	研究论文	本文研究了PNPLA8基因的双等位基因缺失变异如何通过减少基底放射状胶质细胞的数量导致小头畸形	首次发现PNPLA8基因的双等位基因缺失变异与小头畸形相关，并通过人诱导多能干细胞生成的大脑类器官模型揭示了其分子机制	样本量较小，且仅限于特定家族，可能影响结果的普遍性	探讨PNPLA8基因变异与神经发育障碍之间的关系及其分子机制	PNPLA8基因、基底放射状胶质细胞、大脑类器官	NA	神经发育障碍	空间转录组学	NA	基因数据	25名受影响的个体，来自20个家庭
6523	2024-11-08	Multi-bioinformatics revealed potential biomarkers and repurposed drugs for gastric adenocarcinoma-related gastric intestinal metaplasia 2024-Nov-04, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00455-0 PMID:39496635	研究论文	本研究利用多组学生物信息学方法揭示了胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和重新定位药物	首次综合利用多种生物信息学工具，包括基因表达矩阵、单细胞RNA测序数据分析、信号通路分析等，揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅包括16名患者，可能影响结果的普适性	揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和预测潜在的药物重新定位	胃腺癌相关胃肠化生的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	胃癌	基因表达矩阵、单细胞RNA测序、信号通路分析、分子对接分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	16名胃腺癌相关胃肠化生患者，共64个样本
6524	2024-11-08	Immunopathological markers and cell types linked to COVID-19 symptom manifestation 2024-Nov-04, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10139-z PMID:39497098	研究论文	研究分析了与COVID-19症状表现相关的免疫病理学标志物和细胞类型	首次通过血液蛋白因子分析和单细胞RNA测序数据，识别出与COVID-19症状相关的关键蛋白因子和特定细胞类型	研究样本量有限，未来需要进一步验证和扩展研究结果	深入理解COVID-19的免疫病理机制，为开发靶向治疗和预防措施提供依据	COVID-19症状相关的免疫病理学标志物和细胞类型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	LASSO算法	血液蛋白因子数据	420名个体（包括健康、无症状和有症状患者）和141名个体的单细胞RNA测序数据
6525	2024-11-08	Shared and unique patterns of autonomous human endogenous retrovirus loci transcriptomes in CD14 + monocytes from individuals with physical trauma or infection with COVID-19 2024-Nov-04, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-024-00652-z PMID:39497142	研究论文	研究探讨了在物理创伤或COVID-19感染情况下，CD14+单核细胞中人类内源性逆转录病毒（HERV）位点的转录组模式	首次在单细胞RNA测序数据中分析了HERV位点在不同病理条件下的转录组模式，并发现了共享和独特的HERV位点	研究仅限于CD14+单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HERV在不同病理条件下对先天免疫细胞的调控作用	CD14+单核细胞中的HERV位点转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	21名正常个体和物理创伤或COVID-19感染患者的样本
6526	2024-11-08	Cancer-associated fibroblasts shape early myeloid cell response to chemotherapy-induced immunogenic signals in next generation tumor organoid cultures 2024-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009494 PMID:39500527	研究论文	研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，使用下一代肿瘤类器官培养系统	首次在复杂的初级共培养系统中研究了CAFs、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和类器官之间的相互作用，并评估了化疗和溶瘤病毒治疗对这些细胞的影响	研究主要集中在结直肠癌（CRC），可能不适用于其他类型的癌症	探讨CAFs在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，并评估其在肿瘤微环境中的作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	细胞	从手术切除中获得的初级类器官和患者匹配的CAF培养物
6527	2024-11-08	Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for orofacial clefting 2024-11-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77724-9 PMID:39489835	研究论文	结合遗传数据和单细胞表达数据，揭示了与口腔颌面裂相关的细胞类型和新候选基因	开发了单细胞疾病相关性评分（scDRS）方法，结合基因共表达网络和差异基因表达分析，优先筛选出与口腔颌面裂相关的候选基因	NA	揭示非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的效应基因和受风险等位基因影响的细胞类型	非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的遗传风险变异和相关细胞类型	基因组学	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自未受影响的人类胚胎头部的单细胞RNA测序数据
6528	2024-11-08	Single-cell RNA-sequencing reveals a unique landscape of the tumor microenvironment in obesity-associated breast cancer 2024-Nov, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03161-7 PMID:39300255	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤微环境，揭示了肥胖相关乳腺癌的独特分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肥胖相关乳腺癌中肿瘤微环境的异质性，并发现了肥胖特异性巨噬细胞通过调节NR1H3和FABP4表达促进肿瘤细胞增殖的机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普适性	探讨肥胖与乳腺癌之间的分子联系，特别是肥胖如何影响肿瘤微环境	肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名肥胖与非肥胖乳腺癌患者，共分析了48,033个细胞
6529	2024-11-08	Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells 2024-Nov, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01215-0 PMID:39300319	研究论文	研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制，特别是MATR3作为表观遗传调控因子在Tconv细胞功能和免疫逃避中的作用	首次揭示了MATR3在HCC微环境中双向调节Tconv细胞抗肿瘤免疫的作用，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨肝细胞癌中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制	肝细胞癌（HCC）中的CD4 T细胞和表观遗传调控因子MATR3	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
6530	2024-11-08	Brain single-cell transcriptomics highlights comorbidity-related cell type-specific changes of Parkinson's disease with major depressive disorder after paraquat exposure 2024-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117193 PMID:39413649	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病相关的细胞类型特异性变化	首次使用单细胞RNA测序揭示了在百草枯暴露模型中帕金森病与重度抑郁症共病的细胞异质性，并识别出与共病相关的主要星形胶质细胞亚型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病的细胞类型特异性变化及其潜在机制	小鼠脑组织中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠脑组织样本
6531	2024-11-08	Case report: Single-cell RNA sequencing of PBMCs highlights monocyte gene expression alterations in a type A HBV-ACLF patient 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38344 PMID:39502220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其M1/M2极化状态的动态变化	单细胞RNA测序技术耗时且难以在日常临床实践中应用	探究HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其在疾病发展中的作用	HBV-ACLF患者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	64名患者（包括15名正常对照、10名肝硬化患者、10名慢性乙型肝炎感染者、10名慢性肝功能障碍患者和20名HBV-ACLF患者）
6532	2024-11-08	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	本文开发了一种使用人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞（NSPCs）模拟胶质瘤起始的模型	首次使用人类神经干细胞和祖细胞构建胶质瘤异质性模型，并通过单细胞RNA测序分析细胞起源对肿瘤细胞亚型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探究细胞起源如何影响胶质瘤的异质性	神经干细胞和祖细胞（NSPCs）以及胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用从人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞，并在免疫缺陷小鼠中进行移植和分析
6533	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell-T cell immunity hubs defending against pulmonary infection 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00733-5 PMID:39414763	研究论文	本文通过高分辨率技术免疫制图，结合空间和单细胞RNA测序，研究了SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型中肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	首次揭示了肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽在SARS-CoV-2感染中的快速扩展和病毒清除机制	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中直接验证	揭示肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	肺泡树突状细胞、T细胞、巨噬细胞等免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	142,965个细胞，45个肺叶，25只仓鼠，5个时间点
6534	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
6535	2024-11-08	Endosialin-positive CAFs promote hepatocellular carcinoma progression by suppressing CD8+ T cell infiltration 2024-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009111 PMID:39260826	研究论文	研究了Endosialin阳性CAFs通过抑制CD8+ T细胞浸润促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了Endosialin通过抑制STAT1磷酸化和核转位，减少CXCL9/10表达和分泌，从而抑制CD8+ T细胞浸润，促进肝细胞癌进展	NA	探讨Endosialin阳性CAFs在肝细胞癌进展中的作用及其机制	Endosialin阳性CAFs、CD8+ T细胞、CXCL9/10	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	ENKO小鼠、Hepa1-6细胞、肝细胞癌患者肿瘤组织
6536	2024-11-08	Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis 2024-08-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409 PMID:38830132	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析	本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析	研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况	建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析	多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析	NA	转录组数据	20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者
6537	2024-11-08	Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis 2024-07-16, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00647-z PMID:39014455	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因	本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证	本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制	本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因	数字病理学	瘢痕疙瘩	RNA-seq	人工神经网络	转录组数据	NA
6538	2024-11-08	Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence 2024-06-24, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00642-4 PMID:38915066	研究论文	研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法	首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证	探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制	碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织	NA	卵巢癌	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本
6539	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
6540	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA