单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6481	2024-11-11	Pan-Cancer Drivers Are Recurrent Transcriptional Regulatory Heterogeneities in Early-Stage Luminal Breast Cancer 2021-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1034 PMID:33531373	研究论文	本文研究了早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	本文改进了随机波动分析方法，结合10细胞RNA测序技术，识别出早期腔内乳腺癌中的复发性基因异质性，并发现这些基因与跨癌症类型的驱动基因有关	本文方法在敏感性、噪声和样本处理方面存在局限性	研究早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	转录组数据	晚期发病、早期腔内乳腺癌患者
6482	2024-11-11	Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx046 PMID:29342231	综述	本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络（GRN）的最新方法	讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战，并介绍了单细胞表观基因组学技术（如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析）在解析基因调控程序中的应用	NA	探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络，以理解细胞异质性	单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
6483	2024-11-10	Multi-omics reveal immune microenvironment alterations in multiple myeloma and its precursor stages 2024-11-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01172-x PMID:39505839	研究论文	本研究系统地描述了多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境变化	首次全面分析了从单克隆丙种球蛋白病未定性（MGUS）和冒烟型多发性骨髓瘤（SMM）到新诊断多发性骨髓瘤的肿瘤免疫微环境变化	NA	系统地表征多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境和肿瘤-免疫相互作用	多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	CIBERSORT、质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	包括健康供体在内的多个样本
6484	2024-11-10	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Oct-31, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0187 PMID:39476412	研究论文	研究揭示了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的积累及其对代谢状态和肿瘤进展的影响	首次系统性地探讨了铜在ccRCC中的作用，揭示了铜通过促进CuCOX生物合成来增强肿瘤生长，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨铜在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对肿瘤代谢和进展的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	NA	肾癌	代谢组学、脂质组学、同位素标记葡萄糖和谷氨酰胺通量分析、转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据、代谢数据	肿瘤样本、细胞系、异种移植模型、PDX模型
6485	2024-11-10	Contribution of VEGF-B-Induced Endocardial Endothelial Cell Lineage in Physiological Versus Pathological Cardiac Hypertrophy 2024-May-24, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324136 PMID:38655691	研究论文	研究VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系在生理性和病理性心脏肥大中的作用	首次探讨了自分泌和旁分泌VEGF-B表达在转基因和基因转导小鼠中的心脏效应，揭示了VEGF-B诱导的特定心内膜来源内皮细胞群体的扩展及其在生理性和病理性心脏肥大中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨VEGF-B在心脏肥大中的作用及其对心脏功能的潜在影响	VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系及其在生理性和病理性心脏肥大中的作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型
6486	2024-11-10	High throughput functional profiling of genes at intraocular pressure loci reveals distinct networks for glaucoma 2024-04-18, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae003 PMID:38272457	研究论文	研究通过基因敲除和高通量功能分析，揭示了与青光眼相关基因的网络	首次在单细胞水平上通过高通量分析研究了基因敲除对眼内压相关基因的影响，并识别出三个具有相似转录组特征的基因网络	研究仅限于特定的细胞系和基因敲除，可能无法完全代表所有青光眼病例	旨在识别与原发性开角型青光眼相关的遗传和形态变异	原发性开角型青光眼相关的基因和细胞形态	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	图像和基因表达数据	62个基因在55个位点的敲除，包括五个非靶向对照组
6487	2024-11-09	ERP44 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for glioma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Jan-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148963 PMID:39341519	研究论文	研究探讨了ERP44在胶质瘤中的作用及其对预后和免疫的影响	首次整合蛋白质组学、单细胞和批量RNA测序数据，研究ERP44在胶质瘤患者中的潜在功能	NA	探讨ERP44在胶质瘤中的作用及其对预后和免疫的影响	ERP44在胶质瘤中的表达及其对患者预后和免疫的影响	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，批量RNA测序，蛋白质组学	NA	RNA	使用了TCGA数据集、GSE50161、GSE4290以及qRT-PCR验证的数据
6488	2024-11-09	Single-Cell Multi-Dimensional data analysis reveals the role of ARL4C in driving rheumatoid arthritis progression and Macrophage polarization dynamics 2024-Nov-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112987 PMID:39182267	研究论文	研究揭示了ARL4C在驱动类风湿性关节炎进展和巨噬细胞极化动态中的作用	首次通过单细胞RNA测序和Bulk RNA测序数据的综合分析，发现激活的成纤维样滑膜细胞（FLSs）中ARL4C的高表达，并证明了ARL4C在RA FLSs中的关键作用	NA	探讨ARL4C在类风湿性关节炎进展中的作用及其对巨噬细胞极化的影响	成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA测序（Bulk-seq）	NA	RNA	来自类风湿性关节炎（RA）、骨关节炎（OA）和创伤患者的成纤维样滑膜细胞（FLSs）
6489	2024-11-09	CD19+CD73+ B cells infiltration indicates poor prognosis and unfavorable responses to immunotherapy in gastric cancer 2024-Nov-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113002 PMID:39213870	研究论文	研究探讨了CD73在胃癌患者B细胞中的表达及其功能机制	发现了CD19+CD73+ B细胞在胃癌中的高浸润与不良预后和免疫治疗反应减弱之间的关联	研究样本量有限，仅包括390名胃癌患者	探索CD73在胃癌患者B细胞中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	胃癌患者的CD19+CD73+ B细胞	数字病理学	胃癌	双免疫组化染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织样本	390名胃癌患者和8名胃癌患者的肿瘤及非肿瘤组织样本
6490	2024-11-09	Molecular mechanisms promoting long-term cytopenia after BCMA CAR-T therapy in multiple myeloma 2024-11-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012522 PMID:39058976	研究论文	研究了BCMA CAR-T疗法在多发性骨髓瘤患者中引起的长期细胞减少的分子机制	首次评估了BCMA CAR-T细胞对造血干细胞和祖细胞分化的旁分泌效应，并发现其通过上调早期造血分化相关的转录因子导致细胞成熟停滞	研究样本量较小，且未探讨所有可能的分子机制	探讨BCMA CAR-T疗法在多发性骨髓瘤患者中引起长期细胞减少的机制，并寻找减轻这种毒性的潜在治疗方法	接受BCMA CAR-T细胞治疗的48名多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	48名患者
6491	2024-11-09	Low-intensity focused ultrasound stimulation promotes stroke recovery via astrocytic HMGB1 and CAMK2N1 in mice 2024-Nov-05, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2023-002614 PMID:38191183	研究论文	研究低强度聚焦超声刺激通过星形胶质细胞中的HMGB1和CAMK2N1促进小鼠中风恢复的机制	首次揭示了低强度聚焦超声刺激通过上调HMGB1和下调CAMK2N1在星形胶质细胞亚群中促进中风后血管生成和突触生成的机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨低强度聚焦超声刺激在中风恢复中的细胞和分子机制	小鼠中风模型中的星形胶质细胞	神经科学	中风	低强度聚焦超声刺激、激光散斑成像、电生理记录、iTRAQ蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、荧光原位杂交、Western blot	NA	图像、电生理数据、蛋白质表达数据、基因表达数据	成年雄性小鼠
6492	2024-11-09	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	研究了Olfr2阳性血管巨噬细胞的功能表型和起源，发现这些细胞起源于单核细胞，并在动脉粥样硬化早期积累，表现出增殖和促炎潜力	首次揭示了Olfr2阳性血管巨噬细胞起源于单核细胞，并在动脉粥样硬化早期积累，具有增殖和促炎潜力	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，结果的普适性需要进一步验证	探讨Olfr2阳性血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	Olfr2阳性血管巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、Mass cytometry	NA	RNA-seq数据	使用Apoe-/-小鼠模型进行实验
6493	2024-11-09	Single-cell RNA sequencing elucidated the landscape of breast cancer brain metastases and identified ILF2 as a potential therapeutic target 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13697 PMID:38943472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移的生态系统，并鉴定了ILF2作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序全面描绘了乳腺癌脑转移的肿瘤生态系统，并发现ILF2在乳腺癌脑转移进展中的关键作用	研究样本量较小，仅涉及六个患者的乳腺癌脑转移数据	开发更有效的治疗策略，探索乳腺癌脑转移的潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移患者的肿瘤生态系统及ILF2的功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	六个乳腺癌脑转移患者的样本
6494	2024-11-09	Regulating Astrocytes via Short Fibers for Spinal Cord Repair 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406742 PMID:39120009	研究论文	研究通过全转录组测序识别出VIM基因在脊髓损伤小鼠模型中的关键调节作用，并构建3D可注射电纺短纤维抑制反应性星形胶质细胞增生，促进脊髓神经功能恢复	首次通过全转录组测序揭示VIM基因在反应性星形胶质细胞中的关键作用，并设计3D电纺短纤维抑制其异常扩张	NA	研究抑制反应性星形胶质细胞增生以促进脊髓损伤修复的机制	脊髓损伤小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	生物材料	脊髓损伤	全转录组测序	NA	RNA	脊髓损伤小鼠模型
6495	2024-11-09	CCL5/CCR5/CYP1A1 pathway prompts liver cancer cells to survive in the combination of targeted and immunological therapies 2024-Nov, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16320 PMID:39183447	研究论文	研究揭示了CCL5/CCR5/CYP1A1通路在肝癌细胞对抗靶向和免疫联合治疗中的作用	发现CCL5/CCR5/CYP1A1通路在肝癌细胞对抗靶向和免疫联合治疗中的作用，并验证了bergamottin作为CYP1A1竞争性抑制剂可以增强治疗效果	NA	探讨肝癌细胞在靶向和免疫联合治疗中的生存机制	肝癌细胞、CD8 T细胞、CCL5/CCR5/CYP1A1通路	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	RNA	治疗前后的肿瘤样本、CCL5刺激的Huh7细胞、携带肿瘤的小鼠
6496	2024-11-09	Spatial Transcriptomic Study Reveals Heterogeneous Metabolic Adaptation and a Role of Pericentral PPARα/CAR/Ces2a Axis During Fasting in Mouse Liver 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405240 PMID:39234807	研究论文	研究通过空间转录组学分析小鼠肝脏在不同营养状态下的基因表达变化，揭示了肝脏代谢适应的异质性和PPARα/CAR/Ces2a轴在禁食期间的作用	首次通过空间转录组学技术揭示了小鼠肝脏在不同营养状态下的动态基因表达变化，并确定了PPARα/CAR/Ces2a轴在禁食期间的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肝脏在不同营养状态下代谢适应的异质性和机制	小鼠肝脏在喂食、禁食和再喂食状态下的基因表达	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肝脏样本在喂食、禁食和再喂食状态下的数据
6497	2024-11-09	SHP2-Triggered Endothelial Cell Activation Fuels Estradiol-Independent Endometrial Sterile Inflammation 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403038 PMID:39234819	研究论文	研究了SHP2在雌激素非依赖性子宫内膜无菌炎症中的作用	首次揭示了SHP2在子宫内膜内皮细胞中的上调促进炎症激活和巨噬细胞迁移，从而维持无菌炎症	研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证	探讨雌激素诱导的无菌炎症如何调节子宫内膜增生	子宫内膜内皮细胞和巨噬细胞	NA	子宫内膜增生	单细胞RNA测序、RNA测序、磷酸化蛋白质组分析	NA	RNA	小鼠模型
6498	2024-11-09	Epigenetic Dynamics in Reprogramming to Dopaminergic Neurons for Parkinson's Disease 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403105 PMID:39279468	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析多巴胺能神经元重编程的轨迹，揭示了重编程过程中的关键调控因子Arid4b	首次揭示了Arid4b在多巴胺能神经元重编程中的关键作用，并通过过表达Arid4b提高了重编程效率	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	揭示多巴胺能神经元重编程的分子机制，为帕金森病的治疗提供新策略	多巴胺能神经元的重编程过程及其关键调控因子	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠脑组织样本
6499	2024-11-09	Differentiating visceral sensory ganglion organoids from induced pluripotent stem cells 2024-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02455-8 PMID:39438735	研究论文	本文介绍了从诱导多能干细胞（iPS细胞）生成内脏感觉神经元（VSN）的方法，并探讨了其在神经系统疾病中的应用	本文首次建立了从人类iPS细胞分化出内脏感觉神经节类器官（VSGOs）的协议，并将其应用于阿尔茨海默病的研究	NA	研究内脏感觉神经元在神经系统疾病中的作用	内脏感觉神经元（VSN）和内脏感觉神经节类器官（VSGOs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
6500	2024-11-09	Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells 2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175147 PMID:39312740	研究论文	研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制	首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，促进髓系细胞迁移并分化为免疫抑制状态	研究主要基于小鼠模型和人类卵巢癌组织样本，需进一步验证在其他癌症类型中的适用性	探讨Egfl6在卵巢癌中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和髓源性抑制细胞（MDSCs）	免疫学	卵巢癌	scRNA-Seq	NA	组织样本	小鼠模型和人类卵巢癌组织样本