单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6461	2024-11-17	Tissue-specific functions of MSCs are linked to homeostatic muscle maintenance and alter with aging 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14299 PMID:39323233	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSCs）在不同组织中的特异性功能及其与肌肉维持和衰老的关系	首次通过单细胞RNA测序研究揭示了MSCs在不同组织中的异质性，并探讨了这种异质性在衰老过程中的功能意义	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨MSCs在不同组织中的特异性功能及其在衰老过程中的变化	小鼠的七种组织中的MSCs及其在衰老过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种小鼠组织中的MSCs
6462	2024-11-17	Pan-Cancer Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Divergent Expression of Embryonic Proangiogenesis Gene Modules in Tumorigenesis 2024-Nov, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70373 PMID:39526457	研究论文	本研究通过泛癌单细胞转录组分析，揭示了胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达差异	首次通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现肿瘤微环境中髓系细胞高表达胚胎血管生成基因模块，表明肿瘤可能利用这些模块促进血管生成和持续生长	研究仅限于七种癌症类型，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达及其潜在机制	髓系细胞及其亚群在不同癌症类型中的胚胎血管生成基因模块表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	332名患者，涵盖七种癌症类型
6463	2024-11-17	Integrated machine learning developed a prognosis-related gene signature to predict prognosis in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70171 PMID:39535375	研究论文	本研究开发了一种基于随机生存森林算法的17基因预后相关基因签名模型，用于预测食管鳞状细胞癌的预后	该模型在训练和验证队列中均表现出优于其他临床病理特征和已发表签名的预后准确性	NA	开发一种新的预测模型，以提高食管鳞状细胞癌的预后预测准确性	食管鳞状细胞癌患者的预后	机器学习	食管癌	随机生存森林算法	随机生存森林	基因表达数据	260名患者
6464	2024-11-17	Molecular characterization of human HSPCs with different cell fates in vivo using single-cell transcriptome analysis and lentiviral barcoding technology 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70085 PMID:39538416	研究论文	本研究开发了一种名为SCALeBa的新技术，通过单细胞转录组分析和慢病毒条形码技术，研究人体HSPCs在体内的分子机制	首次引入SCALeBa技术，结合转录条形码库和算法，同时分析单个细胞的命运及其基因表达谱	NA	研究人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在体内的异质性及其分子机制	人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化相关基因	生物信息学	NA	单细胞转录组分析，慢病毒条形码技术	NA	基因表达数据	NA
6465	2024-11-17	Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111653 PMID:39519201	研究论文	本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因	本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序，识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因，并提出了复杂的网络调控机制	由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标，研究结果的普适性和准确性可能受到限制	揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制，为解决男性不育问题提供新思路	精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化	基因组学	男性不育	微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq	NA	基因表达数据	三个不同精原干细胞的人类样本
6466	2024-11-17	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111669 PMID:39519222	研究论文	通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹	首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	博来霉素处理的小鼠肺组织
6467	2024-11-17	Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178628 PMID:39352749	研究论文	研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性	首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞，结合抗PD1疗法，实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退	NA	探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光	NA	转录组数据	NA
6468	2024-11-17	Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173448 PMID:39352768	研究论文	研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征（HGPS）小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用，并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类HGPS患者中验证	探讨HGPS血管病理的机制	HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估	NA	基因表达数据	HGPS小鼠和野生型对照小鼠
6469	2024-11-17	SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae571 PMID:39508444	研究论文	本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测	SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性	NA	解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	涉及多种空间转录组学数据集
6470	2024-11-17	Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae576 PMID:39508445	研究论文	本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别	SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能	NA	克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察	空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型	机器学习	NA	深度学习	图域适应框架	转录组数据	涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集
6471	2024-11-17	Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae592 PMID:39535258	研究论文	开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络	InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用	NA	揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络	人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程	生物信息学	NA	RNA-seq, ChIP-seq	概率图模型	多模态数据	三个实验研究的数据
6472	2024-11-17	Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae572 PMID:39541187	研究论文	本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量	未提及	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图模型	基因表达数据	14个测试数据集
6473	2024-11-17	SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae578 PMID:39541189	研究论文	本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析	SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入	NA	开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域	空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断	机器学习	NA	图卷积网络、自监督对比学习	图神经网络	基因表达数据	七个空间转录组学数据集
6474	2024-11-17	Deciphering gene expression patterns using large-scale transcriptomic data and its applications 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae590 PMID:39541191	研究论文	本研究分析了大规模转录组数据，探索了基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用	提出了基于偏度的度量方法来量化数据集间的分布变化，并改进了朴素贝叶斯方法以提高模拟性能	NA	揭示基因表达模式，识别信息基因，分类样本，并理解疾病	基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用	基因组学	癌症	RNA-seq	朴素贝叶斯	转录组数据	11,252个bulk RNA-seq样本和4,884个单细胞RNA-seq样本
6475	2024-11-17	B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates 2024-07-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022717 PMID:38558106	研究论文	研究了B细胞靶向CAR T细胞疗法在患者和非人灵长类动物中激活CD8+细胞毒性CARneg旁观者T细胞的现象	首次全面识别和分析了B细胞靶向CAR T细胞疗法后CARneg旁观者CD8+ T细胞的特征，并提出了一种新的机制，即CAR T细胞输注可能通过激活旁观者T细胞增强抗白血病反应	NA	探讨B细胞靶向CAR T细胞疗法激活周围CARneg旁观者T细胞的机制及其潜在的抗肿瘤作用	非人灵长类动物和患者的T细胞	免疫学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	非人灵长类动物和患者的T细胞样本
6476	2024-11-17	Single-cell and spatial transcriptomics reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in osteosarcoma 2024-05-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03319-w PMID:38755647	研究论文	研究揭示了骨肉瘤淋巴结转移的分子机制及其对淋巴结微环境的改造	发现了新的ETS2/IBSP信号轴可能促进淋巴结转移，并阐明了骨肉瘤细胞如何影响淋巴结微环境	NA	揭示骨肉瘤淋巴结转移的机制及其对微环境的改造	骨肉瘤的淋巴结转移及其微环境改造	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、生物信息学、体外实验、免疫组化	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	18个样本，包含117,964个细胞
6477	2024-11-17	Osimertinib in combination with anti-angiogenesis therapy presents a promising option for osimertinib-resistant non-small cell lung cancer 2024-04-24, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03389-w PMID:38658988	研究论文	本文探讨了奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者中的应用	提出了奥希替尼联合抗血管生成疗法作为奥希替尼耐药非小细胞肺癌的新治疗策略	研究为回顾性研究，且样本量有限	探讨奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药非小细胞肺癌患者中的疗效	奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	111例晚期非小细胞肺癌患者
6478	2024-11-17	CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens 2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	本文介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码系统，用于在CRISPR筛选中实现多重扰动	开发了一种基于CROPseq的慢病毒系统，能够与mRNA嵌入的条形码兼容，并支持多种筛选方法	NA	旨在提高单目标筛选的性能，并支持基因相互作用的研究	CRISPR筛选中的多重扰动和解码	基因组学	NA	CRISPR筛选	NA	mRNA	NA
6479	2024-11-17	Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues 2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.06.579143 PMID:38370833	研究论文	本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究	Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射	NA	探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学	人类疾病相关组织的RNA生物学	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	RNA	临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年
6480	2024-11-17	The shared biomarkers and immune landscape in psoriatic arthritis and rheumatoid arthritis: Findings based on bioinformatics, machine learning and single-cell analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0313344 PMID:39509434	研究论文	本研究通过生物信息学、机器学习和单细胞分析方法，识别了银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫景观	本研究首次通过机器学习算法和单细胞分析，识别了RPL22L1和LY96作为银屑病关节炎和类风湿性关节炎的潜在诊断标志物，并揭示了它们与T细胞发育和VEGF信号的关联	本研究主要基于现有数据集进行分析，未来需要更多的实验验证和临床样本验证	识别银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享标志基因和机制相似性	银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫细胞功能	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	LASSO和支持向量机递归特征消除	基因表达数据	NA