单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6441	2024-11-08	Single-cell RNA-sequencing reveals a unique landscape of the tumor microenvironment in obesity-associated breast cancer 2024-Nov, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03161-7 PMID:39300255	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤微环境，揭示了肥胖相关乳腺癌的独特分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肥胖相关乳腺癌中肿瘤微环境的异质性，并发现了肥胖特异性巨噬细胞通过调节NR1H3和FABP4表达促进肿瘤细胞增殖的机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普适性	探讨肥胖与乳腺癌之间的分子联系，特别是肥胖如何影响肿瘤微环境	肥胖与非肥胖乳腺癌患者的肿瘤组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名肥胖与非肥胖乳腺癌患者，共分析了48,033个细胞
6442	2024-11-08	Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells 2024-Nov, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01215-0 PMID:39300319	研究论文	研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制，特别是MATR3作为表观遗传调控因子在Tconv细胞功能和免疫逃避中的作用	首次揭示了MATR3在HCC微环境中双向调节Tconv细胞抗肿瘤免疫的作用，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨肝细胞癌中CD4 T细胞的抗肿瘤免疫机制	肝细胞癌（HCC）中的CD4 T细胞和表观遗传调控因子MATR3	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
6443	2024-11-08	Brain single-cell transcriptomics highlights comorbidity-related cell type-specific changes of Parkinson's disease with major depressive disorder after paraquat exposure 2024-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117193 PMID:39413649	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析了在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病相关的细胞类型特异性变化	首次使用单细胞RNA测序揭示了在百草枯暴露模型中帕金森病与重度抑郁症共病的细胞异质性，并识别出与共病相关的主要星形胶质细胞亚型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨在百草枯暴露下，帕金森病与重度抑郁症共病的细胞类型特异性变化及其潜在机制	小鼠脑组织中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠脑组织样本
6444	2024-11-08	Case report: Single-cell RNA sequencing of PBMCs highlights monocyte gene expression alterations in a type A HBV-ACLF patient 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38344 PMID:39502220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其M1/M2极化状态的动态变化	单细胞RNA测序技术耗时且难以在日常临床实践中应用	探究HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其在疾病发展中的作用	HBV-ACLF患者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	64名患者（包括15名正常对照、10名肝硬化患者、10名慢性乙型肝炎感染者、10名慢性肝功能障碍患者和20名HBV-ACLF患者）
6445	2024-11-08	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	本文开发了一种使用人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞（NSPCs）模拟胶质瘤起始的模型	首次使用人类神经干细胞和祖细胞构建胶质瘤异质性模型，并通过单细胞RNA测序分析细胞起源对肿瘤细胞亚型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探究细胞起源如何影响胶质瘤的异质性	神经干细胞和祖细胞（NSPCs）以及胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用从人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞，并在免疫缺陷小鼠中进行移植和分析
6446	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell-T cell immunity hubs defending against pulmonary infection 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00733-5 PMID:39414763	研究论文	本文通过高分辨率技术免疫制图，结合空间和单细胞RNA测序，研究了SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型中肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	首次揭示了肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽在SARS-CoV-2感染中的快速扩展和病毒清除机制	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中直接验证	揭示肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	肺泡树突状细胞、T细胞、巨噬细胞等免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	142,965个细胞，45个肺叶，25只仓鼠，5个时间点
6447	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
6448	2024-11-08	Endosialin-positive CAFs promote hepatocellular carcinoma progression by suppressing CD8+ T cell infiltration 2024-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009111 PMID:39260826	研究论文	研究了Endosialin阳性CAFs通过抑制CD8+ T细胞浸润促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了Endosialin通过抑制STAT1磷酸化和核转位，减少CXCL9/10表达和分泌，从而抑制CD8+ T细胞浸润，促进肝细胞癌进展	NA	探讨Endosialin阳性CAFs在肝细胞癌进展中的作用及其机制	Endosialin阳性CAFs、CD8+ T细胞、CXCL9/10	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	ENKO小鼠、Hepa1-6细胞、肝细胞癌患者肿瘤组织
6449	2024-11-08	Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis 2024-08-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409 PMID:38830132	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析	本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析	研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况	建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析	多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析	NA	转录组数据	20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者
6450	2024-11-08	Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis 2024-07-16, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00647-z PMID:39014455	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因	本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证	本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制	本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因	数字病理学	瘢痕疙瘩	RNA-seq	人工神经网络	转录组数据	NA
6451	2024-11-08	Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence 2024-06-24, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00642-4 PMID:38915066	研究论文	研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法	首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证	探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制	碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织	NA	卵巢癌	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本
6452	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
6453	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA
6454	2024-11-08	Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment 2024-05-31, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00615-7 PMID:38822443	研究论文	研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联	发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制	确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联	CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	肿瘤测序	NA	基因组数据	45,000名肿瘤患者
6455	2024-11-08	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响	首次使用单细胞测序技术分析了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞在聚焦超声介导的血脑屏障开放后的不同反应	研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不适用于人类	探讨聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	老鼠模型
6456	2024-11-08	A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration 2024-Apr, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07484-7 PMID:37421484	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在多物种和多发育阶段中研究健康和受损心脏的发现，并提出了一种多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	提出了一个多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	NA	推动心血管再生新靶点的发现	健康和受损心脏的细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组	多物种和多发育阶段的样本
6457	2024-11-08	InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46875-8 PMID:38519498	研究论文	提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化	InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本	NA	开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化	内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	人类细胞、单细胞RNA测序数据
6458	2024-11-08	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583333 PMID:38496661	研究论文	研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒	首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制	研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制	果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1	神经科学	NA	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像	NA	mRNA表达数据	17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs)
6459	2024-11-08	Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing 2024-03-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01024-8 PMID:38443358	研究论文	利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力	开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS）	NA	提高多发性骨髓瘤的预后能力	多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照
6460	2024-11-08	PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap 2024-Mar-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1 PMID:38496493	研究论文	研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用	首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证	探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因	ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA序列数据	ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本