单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6401	2024-11-09	Single-Cell Multi-Dimensional data analysis reveals the role of ARL4C in driving rheumatoid arthritis progression and Macrophage polarization dynamics 2024-Nov-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112987 PMID:39182267	研究论文	研究揭示了ARL4C在驱动类风湿性关节炎进展和巨噬细胞极化动态中的作用	首次通过单细胞RNA测序和Bulk RNA测序数据的综合分析，发现激活的成纤维样滑膜细胞（FLSs）中ARL4C的高表达，并证明了ARL4C在RA FLSs中的关键作用	NA	探讨ARL4C在类风湿性关节炎进展中的作用及其对巨噬细胞极化的影响	成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA测序（Bulk-seq）	NA	RNA	来自类风湿性关节炎（RA）、骨关节炎（OA）和创伤患者的成纤维样滑膜细胞（FLSs）
6402	2024-11-09	CD19+CD73+ B cells infiltration indicates poor prognosis and unfavorable responses to immunotherapy in gastric cancer 2024-Nov-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113002 PMID:39213870	研究论文	研究探讨了CD73在胃癌患者B细胞中的表达及其功能机制	发现了CD19+CD73+ B细胞在胃癌中的高浸润与不良预后和免疫治疗反应减弱之间的关联	研究样本量有限，仅包括390名胃癌患者	探索CD73在胃癌患者B细胞中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	胃癌患者的CD19+CD73+ B细胞	数字病理学	胃癌	双免疫组化染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织样本	390名胃癌患者和8名胃癌患者的肿瘤及非肿瘤组织样本
6403	2024-11-09	Molecular mechanisms promoting long-term cytopenia after BCMA CAR-T therapy in multiple myeloma 2024-11-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012522 PMID:39058976	研究论文	研究了BCMA CAR-T疗法在多发性骨髓瘤患者中引起的长期细胞减少的分子机制	首次评估了BCMA CAR-T细胞对造血干细胞和祖细胞分化的旁分泌效应，并发现其通过上调早期造血分化相关的转录因子导致细胞成熟停滞	研究样本量较小，且未探讨所有可能的分子机制	探讨BCMA CAR-T疗法在多发性骨髓瘤患者中引起长期细胞减少的机制，并寻找减轻这种毒性的潜在治疗方法	接受BCMA CAR-T细胞治疗的48名多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	48名患者
6404	2024-11-09	Low-intensity focused ultrasound stimulation promotes stroke recovery via astrocytic HMGB1 and CAMK2N1 in mice 2024-Nov-05, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2023-002614 PMID:38191183	研究论文	研究低强度聚焦超声刺激通过星形胶质细胞中的HMGB1和CAMK2N1促进小鼠中风恢复的机制	首次揭示了低强度聚焦超声刺激通过上调HMGB1和下调CAMK2N1在星形胶质细胞亚群中促进中风后血管生成和突触生成的机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨低强度聚焦超声刺激在中风恢复中的细胞和分子机制	小鼠中风模型中的星形胶质细胞	神经科学	中风	低强度聚焦超声刺激、激光散斑成像、电生理记录、iTRAQ蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、荧光原位杂交、Western blot	NA	图像、电生理数据、蛋白质表达数据、基因表达数据	成年雄性小鼠
6405	2024-11-09	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	研究了Olfr2阳性血管巨噬细胞的功能表型和起源，发现这些细胞起源于单核细胞，并在动脉粥样硬化早期积累，表现出增殖和促炎潜力	首次揭示了Olfr2阳性血管巨噬细胞起源于单核细胞，并在动脉粥样硬化早期积累，具有增殖和促炎潜力	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，结果的普适性需要进一步验证	探讨Olfr2阳性血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	Olfr2阳性血管巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、Mass cytometry	NA	RNA-seq数据	使用Apoe-/-小鼠模型进行实验
6406	2024-11-09	Single-cell RNA sequencing elucidated the landscape of breast cancer brain metastases and identified ILF2 as a potential therapeutic target 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13697 PMID:38943472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移的生态系统，并鉴定了ILF2作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序全面描绘了乳腺癌脑转移的肿瘤生态系统，并发现ILF2在乳腺癌脑转移进展中的关键作用	研究样本量较小，仅涉及六个患者的乳腺癌脑转移数据	开发更有效的治疗策略，探索乳腺癌脑转移的潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移患者的肿瘤生态系统及ILF2的功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	六个乳腺癌脑转移患者的样本
6407	2024-11-09	Regulating Astrocytes via Short Fibers for Spinal Cord Repair 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406742 PMID:39120009	研究论文	研究通过全转录组测序识别出VIM基因在脊髓损伤小鼠模型中的关键调节作用，并构建3D可注射电纺短纤维抑制反应性星形胶质细胞增生，促进脊髓神经功能恢复	首次通过全转录组测序揭示VIM基因在反应性星形胶质细胞中的关键作用，并设计3D电纺短纤维抑制其异常扩张	NA	研究抑制反应性星形胶质细胞增生以促进脊髓损伤修复的机制	脊髓损伤小鼠模型中的反应性星形胶质细胞	生物材料	脊髓损伤	全转录组测序	NA	RNA	脊髓损伤小鼠模型
6408	2024-11-09	CCL5/CCR5/CYP1A1 pathway prompts liver cancer cells to survive in the combination of targeted and immunological therapies 2024-Nov, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16320 PMID:39183447	研究论文	研究揭示了CCL5/CCR5/CYP1A1通路在肝癌细胞对抗靶向和免疫联合治疗中的作用	发现CCL5/CCR5/CYP1A1通路在肝癌细胞对抗靶向和免疫联合治疗中的作用，并验证了bergamottin作为CYP1A1竞争性抑制剂可以增强治疗效果	NA	探讨肝癌细胞在靶向和免疫联合治疗中的生存机制	肝癌细胞、CD8 T细胞、CCL5/CCR5/CYP1A1通路	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	RNA	治疗前后的肿瘤样本、CCL5刺激的Huh7细胞、携带肿瘤的小鼠
6409	2024-11-09	Spatial Transcriptomic Study Reveals Heterogeneous Metabolic Adaptation and a Role of Pericentral PPARα/CAR/Ces2a Axis During Fasting in Mouse Liver 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405240 PMID:39234807	研究论文	研究通过空间转录组学分析小鼠肝脏在不同营养状态下的基因表达变化，揭示了肝脏代谢适应的异质性和PPARα/CAR/Ces2a轴在禁食期间的作用	首次通过空间转录组学技术揭示了小鼠肝脏在不同营养状态下的动态基因表达变化，并确定了PPARα/CAR/Ces2a轴在禁食期间的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肝脏在不同营养状态下代谢适应的异质性和机制	小鼠肝脏在喂食、禁食和再喂食状态下的基因表达	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肝脏样本在喂食、禁食和再喂食状态下的数据
6410	2024-11-09	SHP2-Triggered Endothelial Cell Activation Fuels Estradiol-Independent Endometrial Sterile Inflammation 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403038 PMID:39234819	研究论文	研究了SHP2在雌激素非依赖性子宫内膜无菌炎症中的作用	首次揭示了SHP2在子宫内膜内皮细胞中的上调促进炎症激活和巨噬细胞迁移，从而维持无菌炎症	研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证	探讨雌激素诱导的无菌炎症如何调节子宫内膜增生	子宫内膜内皮细胞和巨噬细胞	NA	子宫内膜增生	单细胞RNA测序、RNA测序、磷酸化蛋白质组分析	NA	RNA	小鼠模型
6411	2024-11-09	Epigenetic Dynamics in Reprogramming to Dopaminergic Neurons for Parkinson's Disease 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403105 PMID:39279468	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析多巴胺能神经元重编程的轨迹，揭示了重编程过程中的关键调控因子Arid4b	首次揭示了Arid4b在多巴胺能神经元重编程中的关键作用，并通过过表达Arid4b提高了重编程效率	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	揭示多巴胺能神经元重编程的分子机制，为帕金森病的治疗提供新策略	多巴胺能神经元的重编程过程及其关键调控因子	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠脑组织样本
6412	2024-11-09	Differentiating visceral sensory ganglion organoids from induced pluripotent stem cells 2024-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02455-8 PMID:39438735	研究论文	本文介绍了从诱导多能干细胞（iPS细胞）生成内脏感觉神经元（VSN）的方法，并探讨了其在神经系统疾病中的应用	本文首次建立了从人类iPS细胞分化出内脏感觉神经节类器官（VSGOs）的协议，并将其应用于阿尔茨海默病的研究	NA	研究内脏感觉神经元在神经系统疾病中的作用	内脏感觉神经元（VSN）和内脏感觉神经节类器官（VSGOs）	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
6413	2024-11-09	Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells 2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175147 PMID:39312740	研究论文	研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制	首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，促进髓系细胞迁移并分化为免疫抑制状态	研究主要基于小鼠模型和人类卵巢癌组织样本，需进一步验证在其他癌症类型中的适用性	探讨Egfl6在卵巢癌中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和髓源性抑制细胞（MDSCs）	免疫学	卵巢癌	scRNA-Seq	NA	组织样本	小鼠模型和人类卵巢癌组织样本
6414	2024-11-09	Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595827 PMID:38826323	研究论文	研究使用单细胞转录组测序分析唐氏综合症和GATA1s对造血作用的个体和协同效应	首次使用同基因人诱导多能干细胞研究唐氏综合症和GATA1s对造血祖细胞的个体和协同效应	研究仅限于同基因人诱导多能干细胞，未涉及临床样本	探讨唐氏综合症和GATA1s对造血作用的个体和协同效应	造血祖细胞	数字病理学	唐氏综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	同基因人诱导多能干细胞的造血祖细胞
6415	2024-11-09	Multi-omics revealed that ELAVL3 regulates MYCN in neuroblastoma via immunogenic cell death: Risk stratification and experimental research 2024-Oct-31, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137045 PMID:39486730	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了ELAVL3通过免疫原性细胞死亡调节神经母细胞瘤中的MYCN，并进行了风险分层和实验研究	首次报道了免疫原性细胞死亡相关指数（ICDR-Index），并发现ELAVL3在神经母细胞瘤中的关键作用	研究主要基于批量转录组数据和单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验	研究神经母细胞瘤的风险分层和免疫原性细胞死亡机制	神经母细胞瘤患者及其免疫治疗反应	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	1244个神经母细胞瘤样本和16个单细胞RNA测序数据集
6416	2024-11-09	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	本文研究了从等位基因包含现象中学习抗体序列约束的方法	利用大规模单细胞测序数据，发现数千个幼稚B细胞中的轻链等位基因包含现象，并训练机器学习模型识别这些异常序列，结果模型与未训练的抗体特性（如多反应性、表面表达和亲和力成熟中的突变使用）相关性更高	NA	研究抗体序列约束	抗体和B细胞受体（BCR）的序列约束	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个幼稚B细胞
6417	2024-11-09	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2024-Oct-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi.org数据库2025年的更新，扩展了支持新技术和物种的资源	扩展了数据库以包括新的数据中心资源，支持单细胞转录组学的挖掘和分析，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于Drosophila和其他节肢动物病媒	NA	推进生物学和生物医学理解的'omics研究设计、分析和挖掘	Drosophila和其他节肢动物的功能基因组学研究	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	基因组数据	NA
6418	2024-11-09	Heterotypic macrophages/microglia differentially contribute to retinal ischaemia and neovascularisation 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06215-3 PMID:38977459	研究论文	研究了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用	揭示了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用，为针对特定细胞的治疗方法提供了新的基础	NA	阐明巨噬细胞/小胶质细胞在增生性缺血性视网膜病变发病机制中的不同作用	巨噬细胞和小胶质细胞在糖尿病视网膜病变中的作用	数字病理学	糖尿病视网膜病变	免疫染色、定量实时RT-PCR、流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	图像	NA
6419	2024-11-09	Utilizing epigenetic regulators to improve HSC-based lentiviral gene therapy 2024-09-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024013047 PMID:38916861	研究论文	本文探讨了利用表观遗传调节剂优化培养条件，以提高造血干细胞（HSC）为基础的慢病毒基因治疗效果	本文首次探索了使用组蛋白去乙酰化酶抑制剂和溴域抑制剂来增强HSC的体外扩增和基因转导效率	NA	优化HSC的体外扩增条件，以提高基于HSC的基因治疗效果	造血干细胞（HSC）及其早期祖细胞	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6420	2024-11-09	scDTL: enhancing single-cell RNA-seq imputation through deep transfer learning with bulk cell information 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae555 PMID:39504481	研究论文	本文提出了一种基于深度迁移学习的单细胞RNA测序数据插补方法scDTL，通过利用批量细胞信息来增强插补效果	scDTL利用批量RNA测序数据训练的去噪自编码器作为初始插补模型，并通过领域适应框架将批量插补模型的知识迁移到单细胞RNA测序学习任务中，同时采用1D U-Net去噪模型进行并行操作，捕捉单细胞RNA测序数据的粗粒度和细粒度特征，并通过交叉通道注意力机制融合特征	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	去噪自编码器、1D U-Net	RNA测序数据	NA