单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-04-24	High rates of placental inflammation among samples collected by the Multi-Omics for Mothers and Infants consortium 2025-Feb, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.04.034 PMID:38697337	研究论文	该研究通过分析多组学母婴联盟收集的胎盘样本，揭示了胎盘炎症与早产之间的关联	研究发现发展中国家胎盘炎症与早产的关联，并揭示了地理和人群基础上的差异	样本量相对较小，且仅来自五个特定地区，可能影响结果的普遍性	改善出生结局，特别是早产的预防和管理	早产和足月分娩的胎盘样本	数字病理学	产科并发症	形态学分析、RNA纯化、批量转录组学	NA	组织样本、RNA数据	166例早产单胎和175例足月分娩的胎盘样本，其中35例早产和21例足月样本用于RNA分析
622	2025-04-24	Modulation of the Immunological Milieu in Acute Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage: The Potential Role of Monocytes Through CXCL10 Secretion 2025-Feb, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01259-4 PMID:38780865	研究论文	探讨动脉瘤性蛛网膜下腔出血（aSAH）中单核细胞通过CXCL10分泌调节免疫微环境的潜在作用	首次发现单核细胞在aSAH中高表达CXCL10，并揭示了CD8+CD161+细胞在aSAH中的潜在作用	样本量较小，且部分基因表达差异仅呈现趋势性变化	研究aSAH中免疫细胞的角色及其对炎症反应的调控	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本	免疫学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RT-qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本（具体数量未明确说明）
623	2025-04-24	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-01-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	研究论文	本文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与MERFISH技术，克服了细菌mRNA高密度的挑战，实现了单个细菌内数千个操纵子的空间分辨分析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌	空间转录组学	NA	MERFISH（多重错误鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像	NA
624	2025-04-24	The Single-Cell Landscape of Peripheral and Tumor-infiltrating Immune Cells in HPV- HNSCC 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632928 PMID:39868329	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，探索了HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中外周和肿瘤浸润免疫细胞的复杂免疫景观	首次在HPV阴性HNSCC中揭示了免疫细胞动态变化与肿瘤进展及淋巴结转移的关系，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小（29个样本），且仅针对HPV阴性HNSCC，结果可能不适用于其他亚型	探索HPV阴性HNSCC的免疫微环境，寻找潜在的治疗靶点	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单核细胞（PBMCs）和肿瘤浸润免疫细胞（TICs）	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高度多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据和免疫荧光图像数据	29个样本（14个PBMCs和21个TICs），近30万个免疫细胞
625	2025-04-24	Single-cell sequencing reveals the features of adaptive immune responses in the liver of a mouse model of dengue fever 2025-Jan, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12454 PMID:38988280	research paper	该研究通过单细胞测序和流式细胞术揭示了登革热重症小鼠肝脏中T细胞免疫反应的特征变化以及巨噬细胞的作用	首次使用单细胞测序技术分析登革热重症小鼠肝脏中T细胞免疫反应的变化及巨噬细胞与T细胞的免疫相互作用	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类登革热患者的免疫反应	探究登革热重症患者肝脏损伤的免疫病理机制	登革热小鼠模型的肝脏组织	免疫学	登革热	单细胞测序, 流式细胞术	小鼠模型	单细胞测序数据, 流式细胞数据	未明确说明样本数量，仅提到使用轻度或重度登革热小鼠模型的肝脏组织
626	2025-04-24	Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001893 PMID:38935114	研究论文	本研究通过分析铜死亡相关基因在免疫浸润中的作用，构建了一个用于诊断肝缺血再灌注损伤的预测模型	首次探讨铜死亡在肝缺血再灌注损伤中的作用，并构建了基于8个特征性铜死亡相关基因的诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅在小鼠模型中进行	研究铜死亡相关基因在肝缺血再灌注损伤中的作用及其诊断价值	肝缺血再灌注损伤患者和小鼠模型	生物信息学	肝缺血再灌注损伤	基因表达分析、机器学习算法、单细胞测序	LASSO逻辑回归、列线图模型	基因表达数据	GSE151648数据集（未明确样本量）、GSE14951和GSE171539验证数据集、小鼠模型
627	2025-04-24	Critical role of Slc22a8 in maintaining blood-brain barrier integrity after experimental cerebral ischemia-reperfusion 2025-Jan, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241264401 PMID:39068534	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了Slc22a8在脑缺血再灌注后维持血脑屏障完整性中的关键作用	首次发现Slc22a8在脑缺血再灌注后血脑屏障破坏中的关键调控作用，并证实其过表达可通过激活Wnt/β-catenin信号通路改善屏障功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脑缺血再灌注后血脑屏障破坏的分子机制	小鼠脑缺血再灌注模型中的内皮细胞和周细胞	神经科学	脑缺血	多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠大脑中动脉闭塞/再灌注(MCAO/R)模型	转录组数据、蛋白质数据	三个小鼠MCAO/R模型的转录组测序数据集和E13.5小鼠的BBB与非BBB内皮细胞数据
628	2025-04-24	Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001901 PMID:38995167	研究论文	本研究探讨了抗生素使用对接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者预后和反应的影响，并揭示了其潜在分子机制	揭示了抗生素通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路减弱免疫检查点阻断疗效的新机制，阐明了抗细菌免疫与抗肿瘤免疫之间的串扰	样本量相对有限，且为观察性研究，无法完全排除混杂因素的影响	评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫治疗疗效的影响并探索其分子机制	尿路上皮癌患者及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	尿路上皮癌	单细胞RNA测序、单细胞微生物组分析、批量RNA测序	NA	临床数据、转录组数据、微生物组数据	3496例UC患者(汇总分析)、8例UC样本和63185个单细胞(单细胞分析)
629	2025-04-24	Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001875 PMID:38990290	研究论文	该研究通过人工智能多模态多任务分析揭示了甲状腺乳头状癌的分子异质性，预测了术前淋巴结转移和预后	开发了一种基于深度学习的多模态模型，整合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据，预测淋巴结转移和无病生存期	研究为回顾性研究，可能存在选择偏倚	探索甲状腺乳头状癌的分子异质性，预测淋巴结转移和预后	甲状腺乳头状癌患者	数字病理学	甲状腺癌	DNA-based NGS, scRNA-seq	深度学习多模态模型	图像、基因组、转录组、免疫细胞数据	1011例PTC患者（256例来自队列1，275例来自队列2，499例来自TCGA）
630	2025-04-24	Prediction of tumor-reactive T cell receptors from scRNA-seq data for personalized T cell therapy 2025-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02161-y PMID:38454173	research paper	该论文提出了一种名为predicTCR的机器学习分类器，用于从单细胞RNA测序数据中预测肿瘤反应性T细胞受体（TCRs），以加速个性化T细胞疗法的开发	开发了一种抗原无关的机器学习方法predicTCR，能够比以往基于基因集富集的方法更准确地识别肿瘤反应性TCRs，将特异性和敏感性的几何平均值从0.38提高到0.74	NA	加速个性化T细胞疗法的开发	肿瘤反应性T细胞受体（TCRs）	machine learning	cancer	scRNA-seq	machine learning classifier	RNA sequencing data	NA
631	2025-04-24	Glucose deprivation and identification of TXNIP as an immunometabolic modulator of T cell activation in cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1548509 PMID:40260243	研究论文	本研究探讨了葡萄糖剥夺对T细胞活化的影响，并鉴定了TXNIP作为免疫代谢调节剂在癌症中的作用	首次将TXNIP鉴定为葡萄糖限制条件下T细胞活化的免疫代谢调节剂，并证实其下调可增强T细胞的抗肿瘤功能	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内模型中验证TXNIP的调控机制	探索肿瘤微环境中葡萄糖剥夺对T细胞功能的影响及其分子机制	T细胞活化、TXNIP蛋白	免疫代谢	癌症	混合淋巴细胞反应(MLR)、多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用来自癌症患者的肿瘤浸润T细胞
632	2025-04-24	Combination of anlotinib with immunotherapy enhanced both anti-angiogenesis and immune response in high-grade serous ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539616 PMID:40260248	研究论文	本研究探讨了安罗替尼与免疫疗法联合治疗高级别浆液性卵巢癌的效果及其对肿瘤微环境的影响	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统评估了安罗替尼与抗PD-L1/PD-1抗体联合治疗的临床前和临床效果，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制	样本量较小(36例患者)，且为回顾性研究	评估安罗替尼联合免疫治疗在高级别浆液性卵巢癌中的疗效及其作用机制	高级别浆液性卵巢癌患者及PBMC-PDX模型	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PBMC-PDX模型	PBMC-PDX模型	临床数据, 单细胞转录组数据	36例HGSOC患者, PBMC-PDX模型
633	2025-04-24	Type I IFN receptor blockade alleviates liver fibrosis through macrophage-derived STAT3 signaling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528382 PMID:40260261	研究论文	该研究探讨了I型IFN受体阻断通过巨噬细胞来源的STAT3信号缓解肝纤维化的机制	揭示了I型IFN信号在肝纤维化中的作用，并证明IFNAR-1阻断通过调节巨噬细胞炎症反应减轻肝纤维化	研究基于CCl4处理的小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究I型IFN信号在肝纤维化中的作用及其治疗潜力	CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), IFNAR-1抗体阻断	小鼠肝纤维化模型	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	CCl4处理的小鼠模型
634	2025-04-24	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-Nov-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了前列腺癌治疗过程中肿瘤微环境的转录组景观，并发现club-like细胞作为关键上皮细胞亚型与免疫抑制性髓系细胞的相互作用	首次在前列腺癌中鉴定出club-like细胞作为上皮细胞与免疫系统之间的关键界面，并揭示了其与髓系炎症和治疗抵抗的关联	研究样本量相对有限（120例患者），且机制研究仍需进一步实验验证	探索前列腺癌治疗抵抗的微环境机制	前列腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	转录组数据	120例前列腺癌患者样本
635	2025-04-24	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模稀疏单细胞RNA-seq数据中提取小加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	scCoreset框架能够从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小加权子集，使下游分析任务在子集上运行的结果与原始数据结果相似，显著提高了分析效率	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定类型单细胞数据的适用性或子集提取的优化程度	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	多种单细胞数据集（未明确提及具体数量）
636	2025-04-24	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	research paper	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病(AD)的基因调控机制	提出了一种基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络	仅基于三个公认的AD基因(APOE、CX3CR1和P2RY12)构建调控网络，可能未能涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的潜在基因调控机制，发现相关生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含AD和正常样本
637	2025-04-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	research paper	该研究探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现GSH在细胞重编程过程中通过缩短G1期加速细胞分裂，并提出了一个GSH释放促进细胞周期退出和重编程的模型	研究主要基于拟南芥根部细胞，可能不适用于其他植物组织或物种	研究细胞重编程过程中的细胞周期动态	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和活体成像	NA	RNA-seq数据和图像数据	拟南芥根部细胞（具体数量未提及）
638	2025-04-24	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	research paper	本文提出了一种名为GLM-EIV的新方法，用于解决单细胞CRISPR筛选中的统计挑战	GLM-EIV将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，克服了标准方法中的衰减偏差和偏差-方差权衡问题	文中未明确提及具体限制	开发一种新方法来改进单细胞CRISPR筛选数据的分析和解释	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR筛选	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
639	2025-04-24	Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01487-8 PMID:39164488	research paper	研究展示了视黄酸（RA）和Matrigel如何诱导人类类原肠胚形成具有后部胚胎样结构的模型	首次利用视黄酸和Matrigel诱导人类类原肠胚形成后部胚胎样结构，包括神经管、分节体节及多种细胞类型	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的可重复性	解码早期人类胚胎发生过程	人类类原肠胚	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	RA-gastruloids	基因表达数据	未明确说明
640	2025-04-24	Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01509-5 PMID:39304713	研究论文	本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移中神经元特异性激酶Cdk5的过表达，抑制MHC-I的表达，从而帮助肿瘤逃避免疫识别	首次揭示了星形胶质细胞通过Cdk5-Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达，促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制及潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移模型小鼠	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠移植瘤模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量