本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
621 | 2025-10-05 |
Hypertension-Induced Neurovascular and Cognitive Dysfunction at Single-Cell Resolution
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648770
PMID:41000655
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的时序性分子变化 | 研究仅基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 阐明高血压影响脑细胞的分子机制 | 高血压小鼠模型的新皮质细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 高血压小鼠模型在不同时间点(3天和42天)的新皮质样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
622 | 2025-10-05 |
A Human Glomerular Disease Atlas defines the APOL1-JAK-STAT feed forward loop in focal segmental glomerulosclerosis
2025-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.12.25335572
PMID:41001468
|
研究论文 | 通过整合肾脏活检和参考组织的单细胞测序数据构建人类肾小球疾病图谱,揭示APOL1-JAK-STAT信号通路在局灶节段性肾小球硬化中的调控机制 | 首次构建综合性肾小球疾病图谱OCEAN,发现APOL1与JAK-STAT通路形成正反馈循环的新机制 | 样本量相对有限,主要基于观察性数据,需要进一步功能验证 | 解析罕见肾小球疾病的转录调控程序 | 人类肾脏组织样本和患者来源的足细胞模型 | 单细胞基因组学 | 局灶节段性肾小球硬化 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 170个样本(120个肾脏活检+50个参考组织) | NA | 单核RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
623 | 2025-10-05 |
VEGFR2 blockade overcomes acquired KRAS G12D inhibitor resistance driven by PI3Kγ activation
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676456
PMID:41000780
|
研究论文 | 本研究揭示了KRAS G12D抑制剂获得性耐药的新机制,并提出通过阻断VEGFR2来克服耐药性的治疗策略 | 首次发现PI3Kγ激活通过形成KRAS-p110γ-p101复合物驱动VEGFA-VEGFR2信号通路,导致KRAS G12D抑制剂获得性耐药 | 研究主要基于体外模型和动物实验,尚未进行临床试验验证 | 探索KRAS G12D抑制剂获得性耐药的机制并开发克服策略 | 胃肠道癌症模型和患者来源类器官 | 癌症生物学 | 胰腺癌、胃癌、结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个人类胃肠道癌症模型,包括3个患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
624 | 2025-10-05 |
Pancreatic tumor microenvironment reprogramming via alloantigen-expressing virotherapy elicits tumor rejection and improves immunotherapy response
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.675641
PMID:41000962
|
研究论文 | 本研究开发了一种表达同种异体抗原的溶瘤病毒疗法,通过重编程胰腺癌肿瘤微环境来增强免疫治疗效果 | 利用表达鼠源H-2Kk MHC I类同种异体抗原的重组溶瘤病毒载体,诱导肿瘤特异性抗原错配反应,将免疫冷肿瘤转化为免疫热肿瘤 | rVMG-H-2Kk同时诱导了补偿性免疫抑制通路,包括抗病毒反应基因和免疫检查点受体PDL-2的上调 | 开发新型免疫治疗策略以改善胰腺导管腺癌的免疫治疗效果 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境 | 肿瘤免疫治疗 | 胰腺癌 | 溶瘤病毒疗法,免疫检查点阻断,空间转录组学 | 免疫活性PDAC小鼠模型 | 免疫组织化学,免疫表型分析,空间转录组数据 | 两个独立的免疫活性PDAC模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
625 | 2025-10-05 |
A Novel Proteoglycan-4 Isoform Drives Skeletal Regeneration
2025-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676417
PMID:41001003
|
研究论文 | 本研究通过RNA-seq和单细胞RNA-seq发现了一种新型PRG4剪接异构体在骨骼再生中的关键作用 | 首次发现PRG4在骨骼修复中的新功能,鉴定出一种缺乏三个编码外显子的独特剪接异构体,并证实其在成骨过程中的重要作用 | 研究仅限于小鼠胫骨骨折模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究PRG4在骨骼再生过程中的功能和作用机制 | 小鼠胫骨骨折模型中的骨折痂组织 | 骨骼生物学 | 骨骼损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, siRNA敲低 | NA | RNA测序数据 | 多个骨折后时间点的小鼠样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
626 | 2025-10-05 |
Vascular Patterning affects Intramembranous Ossification through HIF1α-Vegf Signaling
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.13.676037
PMID:41000870
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞中Med23通过调控HIF1α-Vegf信号通路协调血管模式化和膜内骨化的关键作用 | 首次发现Med23在内皮细胞中通过调节HIF1α-VEGF信号轴,在颅面发育中协调血管模式化和膜内骨化的新机制 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究Mediator尾部亚基Med23在内皮细胞中的特异性功能及其对颅面发育的影响 | 小鼠胚胎的内皮细胞和神经嵴细胞 | 发育生物学 | 颅面畸形 | 空间转录组学,基因敲除,药理学干预 | NA | 基因表达数据,组织形态数据 | 基因敲除小鼠胚胎模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
627 | 2025-10-05 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
|
研究论文 | 开发了一种名为ArchVelo的新方法,用于从单细胞多组学数据推断细胞轨迹和基因调控动态 | 将染色质可及性表示为共享调控程序的典型集合,并建模其对转录的动态影响 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程 | 小鼠大脑发育、人类造血过程和CD8 T细胞对病毒感染的反应 | 基因组学 | 病毒感染 | 单细胞同时染色质可及性测序(scATAC-seq)和转录组测序(scRNA-seq) | 典型速度模型 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
628 | 2025-10-05 |
ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution
2025-Sep-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1
PMID:41001552
|
研究论文 | 提出一种名为ZipAEr的压缩卷积自编码器,用于处理高维空间组学数据并提取有意义的潜在特征 | 在转录水平而非细胞水平处理数据,保留亚细胞和细胞外空间背景;通过卷积层同时减少空间维度和通道数;在损失函数中引入通道加权以平衡低表达基因的表示 | NA | 解决空间转录组学数据分析复杂性的挑战,开发高效的数据压缩和特征提取方法 | 高维空间组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 卷积自编码器 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
629 | 2025-10-05 |
Human Cytomegalovirus Infection of Primary Human Oral Keratinocytes Induces Intermediate Keratinocyte Differentiation and an Altered Innate Immune Response
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676604
PMID:41000686
|
研究论文 | 本研究利用原代人类口腔角质形成细胞模型,探究人巨细胞病毒在口腔黏膜感染过程中如何调控宿主细胞分化和先天免疫反应 | 首次在原发性人类口腔角质形成细胞中通过单细胞RNA测序揭示HCMV感染诱导中间角质形成细胞分化表型并改变先天免疫反应 | 研究仅限于体外细胞培养模型,未涉及完整的口腔黏膜组织环境 | 探究人巨细胞病毒在口腔黏膜中的初始感染机制及对宿主细胞的影响 | 原代人类口腔角质形成细胞 | 单细胞转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
630 | 2025-10-05 |
Endothelial Type I Interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675258
PMID:41000728
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在调节缺血性脑损伤后血管反应中的关键作用 | 首次发现脑内皮细胞I型干扰素特征信号,并证明其通过促进连接稳定和抑制VEGF信号来增强血脑屏障功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究免疫和发育信号通路如何协调缺血性脑卒中后的血管正常化过程 | 人类和小鼠缺血性脑卒中组织中的脑内皮细胞 | 数字病理学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
631 | 2025-10-05 |
Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics
2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.15.676244
PMID:41000843
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术探索卵巢高级别浆液性癌的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次将分子亚型与空间基因表达域联系起来,揭示了免疫通路和血管发育的空间表达模式差异,并识别了分子亚型特异性的空间抗共定位模式 | 研究指出每个患者可能需要多个组织切片才能全面表征HGSC空间转录组,暗示当前采样可能不够全面 | 探索卵巢高级别浆液性癌分子亚型与空间表达域之间的联系及其在患者间的变异性 | 卵巢高级别浆液性癌(HGSC)肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
632 | 2025-10-05 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
|
研究论文 | 本研究揭示mIDH1胶质瘤通过上调自噬途径维持生存,并证明抑制自噬可增强放射敏感性 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬通路的关键作用,并开发了靶向Atg7的纳米颗粒联合放疗的新疗法 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人类患者中进行临床验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗策略 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质纳米颗粒技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞系及动物模型 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
633 | 2025-10-05 |
S3R: Spatially Smooth and Sparse Regression Reveals High-Dimensional Regulatory Networks in Spatial Transcriptomics
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674629
PMID:40964272
|
研究论文 | 提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架,用于分析空间转录组数据中的高维调控网络 | 结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚,能够在保持邻域内连贯性的同时允许锐利边界 | NA | 开发能够分析空间转录组数据中分子和细胞特征关联变化的计算方法 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 回归模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
634 | 2025-10-05 |
Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles
2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001514
PMID:40928035
|
研究论文 | 本研究开发了装载polyIC的脂质纳米颗粒,可有效抑制原发性和转移性肝肿瘤 | 意外发现polyIC-LNPs可作为肝肿瘤的有效单药疗法,无需联合免疫检查点抑制剂 | 目前仅在动物模型中进行验证,尚未进行临床试验 | 开发肝靶向策略以降低polyIC的全身毒性并提高治疗效果 | 小鼠肝肿瘤模型 | 免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 多个小鼠肝肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
635 | 2025-10-05 |
Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.04.674228
PMID:40964396
|
研究论文 | 研究数据质量对从组织学图像预测空间转录组学的深度学习模型性能的影响 | 首次系统评估分子数据和图像数据质量对空间转录组学预测模型的影响,而非仅关注模型架构改进 | 插补方法提供的改进有限且无法泛化到测试集之外 | 探索数据质量对基于深度学习的空间基因表达预测性能的影响 | 空间转录组学数据和H&E染色组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,深度学习 | 深度学习模型 | 图像,基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium, Visium | 成像技术(Xenium)与测序技术(Visium)的空间转录组学平台 |
636 | 2025-10-05 |
Spatial Transcriptomics to Study Virus-Host Interactions
2025-Sep, Annual review of virology
IF:8.1Q1
|
综述 | 探讨空间转录组学在研究病毒-宿主相互作用及其在病毒致病机制研究中的变革潜力 | 强调空间转录组技术对病毒致病机制研究的变革性潜力,解析相关技术细节与实施方法 | NA | 开发新型抗病毒疗法和诱导保护性免疫的策略 | 植物、动物和人类中的病毒性疾病 | 空间转录组学 | 病毒性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
637 | 2025-10-05 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
|
研究论文 | 开发了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程,用于全面分析多发性骨髓瘤及其前体病变中循环肿瘤细胞的转录组特征 | 首次建立了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器,能够推断细胞遗传学异常,并提出了循环动力学模型 | 样本量相对有限(101例患者和健康供者),BM活检技术限制可能导致部分结果不明确 | 开发非侵入性方法用于多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者和健康供者的骨髓和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,B细胞受体测序 | CTC分类器,循环动力学模型 | 单细胞转录组数据 | 101例患者和健康供者 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | SWIFT-seq工作流程 |
638 | 2025-10-05 |
Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00994-3
PMID:40550901
|
研究论文 | 本研究揭示先天免疫和NF-κB通路通过调控前列腺干细胞可塑性影响肿瘤起始机制 | 发现Pten缺失通过激活先天免疫通路诱导基底细胞重编程为hillock样状态,并首次证明NF-κB通路在此过程中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类前列腺癌中的适用性需进一步验证 | 探索前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子调控机制 | 前列腺基底细胞及其在Pten缺失后的命运变化 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 组织学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
639 | 2025-10-05 |
Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids
2025-Sep, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109763
PMID:40914107
|
研究论文 | 本研究使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响 | 首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中系统比较不同PFAS化合物的性别特异性肝毒性机制 | 研究仅采用体外模型,浓度固定为20μM,暴露时间较短 | 阐明不同PFAS导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制 | 多供体人类肝脏球体模型(包含多种细胞类型) | 毒理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序,脂质染色 | 肝脏球体模型 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多供体人类肝脏球体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
640 | 2025-10-05 |
Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011879
PMID:40971959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼视网膜神经节细胞在视神经损伤后的去分化现象 | 首次发现斑马鱼所有RGC亚型均对损伤具有抵抗力,并揭示其通过去分化为未成熟状态的独特生存机制 | 研究结果基于斑马鱼模型,与哺乳动物存在物种差异,临床应用前景需进一步验证 | 探索视网膜神经节细胞在视神经损伤后的分子响应机制和神经保护途径 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |