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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2026-06-13 |
The intestinal microbiota impacts nutritional immunity and resistance to Acinetobacter baumannii pneumonia
2026-Apr-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2534432123
PMID:42012958
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研究论文 | 研究抗生素治疗导致肠道微生物群失调,增加肺部对鲍曼不动杆菌肺炎的易感性,并揭示其通过影响营养免疫机制的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示抗生素引起的肠道微生物群失调通过削弱吞噬细胞营养免疫途径(如脂钙蛋白-2和钙卫蛋白)来加重肺部感染 | 未提及具体限制,但可能包括基于小鼠模型的推广性和人类患者队列的样本大小 | 探究抗生素治疗与肠道微生物群破坏对鲍曼不动杆菌肺炎易感性的机制关联 | 住院患者队列和鼠模型中的肠道微生物群、肺部和免疫细胞 | 机器学习 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 住院患者队列和鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 622 | 2026-06-13 |
Depletion of macrophages during early postnatal development leads to disrupted tooth root development and altered Gli1⁺ MSC trajectory
2026-Apr-26, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08753-7
PMID:42036413
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研究论文 | 研究揭示巨噬细胞在小鼠出生后牙根发育中通过TGF-β信号调控Gli1⁺间充质干细胞命运的关键作用 | 首次明确巨噬细胞作为牙根发育微环境关键组分,通过旁分泌TGF-β调控Gli1⁺ MSCs的骨/牙本质分化,揭示了免疫-间充质互作的新机制 | 未涉及人类样本验证,且巨噬细胞耗竭实验可能影响其他免疫细胞功能 | 探究巨噬细胞在牙根发育过程中的功能及其分子机制 | 出生后小鼠磨牙及牙根组织中的巨噬细胞与Gli1⁺间充质干细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、氯膦酸盐脂质体介导的巨噬细胞耗竭、体外共培养 | NA | 单细胞测序数据、组织学图像 | 小鼠模型,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 623 | 2026-06-13 |
PW1+ cells give rise to cardiac adipocytes during development and myofibroblasts following injury
2026-Apr-25, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05035-z
PMID:42035143
|
研究论文 | 该研究利用遗传谱系追踪等方法,揭示PW1+细胞在心脏发育过程中分化为心脏脂肪细胞,在心肌梗死后分化为肌成纤维细胞 | 首次证明PW1+细胞具有祖细胞特性,能够在不同生理条件下分化为心脏脂肪细胞和肌成纤维细胞,为心脏脂肪生成和纤维化提供新见解 | 未提及具体局限性,但可能包括体外实验与体内环境的差异、仅使用小鼠模型等 | 探究PW1+细胞在心脏中是否具有干细胞特性,并评估其在发育和损伤后的分化潜能 | PW1+细胞在小鼠心脏中的命运和功能 | 细胞生物学 | 心肌梗死 | 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Pw1pCreER/m+;R26-tdT和Pw1p2A-CreER/m+;R26-tdT小鼠模型,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 624 | 2026-06-13 |
Geometry-aware graph attention networks to explain single-cell chromatin states and gene expression with SEAGALL
2026-Apr-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04066-2
PMID:42026624
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研究论文 | 提出SEAGALL方法,利用几何感知图注意力网络解释单细胞染色质状态和基因表达 | 融合几何正则化自编码器与可解释图注意力网络,量化分子特征对细胞表型的影响,从多组学数据中提取特异且稳定的基因特征 | 未提及具体限制 | 开发深度学习方法解释单细胞测序数据中分子特征对细胞身份的影响 | 单细胞染色质状态和基因表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 几何正则化自编码器、图注意力网络 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 625 | 2026-06-13 |
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199694
PMID:41785046
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研究论文 | 该研究利用人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型,评估了免疫检查点抑制剂单独或联合促炎细胞因子对肾脏的影响,并测试了选择性TNF-α阻断能否预防ICI相关的急性间质性肾炎 | 首次在人源化小鼠模型中复制了ICI急性间质性肾炎的关键特征,并验证了TNF-α阻断剂对肾脏的保护作用 | 未提及具体局限性 | 探究TNF-α阻断剂在预防免疫检查点抑制剂相关肾炎中的潜在作用 | 人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠样本,按对照组、ICI组、ICI-细胞因子组和ICI-阻断组分为4组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 626 | 2026-06-13 |
AKAP12-LMOD1 signaling defines stromal CAF activation and epithelial junction loss in colorectal cancer
2026-Apr-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-44680-5
PMID:42009727
|
研究论文 | 本研究定义了AKAP12-LMOD1信号在结直肠癌中作为区室依赖的基质程序,连接ACTA2阳性基质与间隙连接特征、纤维化和M2样巨噬细胞极化,而上皮区室则与紧密连接特征相关 | 首次发现AKAP12-LMOD1轴在结直肠癌肿瘤微环境中呈现区室依赖的表达模式,并阐明其在癌症相关成纤维细胞(CAF)激活和上皮连接丢失中的双重作用机制 | 研究主要基于体外共培养模型,缺乏体内动物模型验证;功能验证限于CAF-巨噬细胞非接触共培养系统,未涉及其他免疫细胞类型的相互作用 | 阐明AKAP12-LMOD1信号在结直肠癌上皮-基质相互作用中的区室依赖作用机制 | 结直肠癌肿瘤组织和匹配正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 图像 | 结直肠癌肿瘤组织和匹配正常组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学平台 |
| 627 | 2026-06-13 |
The ZNF737-CXCL10 axis drives immune exclusion and resistance to anti-PD-1 therapy in bladder cancer
2026-Apr-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116443
PMID:41785601
|
研究论文 | 本文系统性地鉴定了ZNF737转录因子在膀胱癌中驱动免疫排斥和抗PD-1治疗耐药的关键作用与机制 | 首次发现ZNF737通过直接转录抑制趋化因子CXCL10,导致CD8+ T细胞募集受损和抗原特异性细胞毒性降低,从而塑造免疫排斥肿瘤微环境 | 研究主要基于体外实验和人源化小鼠模型,尚未在更大规模临床队列中验证ZNF737作为治疗靶点的可行性 | 揭示膀胱癌中肿瘤内在分子驱动因子及免疫排斥微环境的表观遗传调控机制 | 膀胱癌患者肿瘤组织样本、BLCA细胞系、HLA匹配的人源化小鼠模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | NGS, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 双荧光素酶报告基因检测, MHC-I限制性细胞毒性检测 | NA | 图像, 文本 | 多个独立患者队列(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于scRNA-seq分析 |
| 628 | 2026-06-13 |
Norepinephrine promotes colorectal cancer liver metastasis via mechanisms dependent on Kupffer cells
2026-Apr-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116449
PMID:41785604
|
研究论文 | 本研究通过整合临床分析、单细胞转录组谱和体内外机制实验,揭示了去甲肾上腺素通过依赖库普弗细胞的β2-AR/PI3K/Akt信号通路促进结直肠癌肝转移的神经免疫机制 | 首次阐明去甲肾上腺素通过β2-AR信号通路重编程肝脏驻留库普弗细胞向促转移表型转化的机制,并发现CXCL12-CXCR4轴在其中起关键作用 | 仅基于小鼠模型和体外实验验证机制,缺乏大规模临床队列验证;未深入探讨其他儿茶酚胺类物质的潜在协同作用 | 探究去甲肾上腺素如何影响结直肠癌肝转移过程中肝脏驻留巨噬细胞的免疫微环境 | 结直肠癌肝转移患者样本、小鼠肝转移模型、原代库普弗细胞及结直肠癌细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床表型数据 | 临床样本包括有肝转移和无肝转移的结直肠癌患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 629 | 2026-06-13 |
PIM1 kinase-regulated cellular metabolism sustains differentiation and function of effector CD8+ T cells during chronic viral infection
2026-04-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkag062
PMID:42001517
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和Compass算法分析慢性病毒感染中CD8+ T细胞的代谢异质性,发现PIM1激酶通过IL-21信号通路调控效应CD8+ T细胞的分化和功能 | 首次利用Compass算法揭示慢性感染中前体、效应和衰竭CD8+ T细胞亚群的代谢异质性,并阐明IL-21-PIM1轴对晚期效应CD8+ T细胞代谢重编程的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型(淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒克隆13模型),可能不完全代表人类慢性感染中的情况 | 探究慢性病毒感染中CD8+ T细胞分化过程中的代谢调控机制 | 慢性病毒感染中的CD8+ T细胞(包括前体、效应和衰竭亚群)及IL-21产生的CD4+ T细胞 | 机器学习 | 慢性病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 利用Compass算法进行代谢状态预测,基于单细胞RNA测序数据 |
| 630 | 2026-06-13 |
Intraovarian injection of securinine stimulates the growth of small ovarian follicles by reducing stromal suppression
2026-Apr-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71691-7
PMID:41974717
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研究论文 | 本文发现神经药物一叶萩碱可通过卵巢内注射促进小卵泡生长,改善老年小鼠生育能力,并在老年食蟹猴中验证其促进卵泡发育效果,为卵巢早衰及卵巢储备功能减退提供潜在治疗新策略 | 首次发现神经药物一叶萩碱可被重新用于促进小卵泡生长,并通过单细胞RNA测序揭示其通过缓解卵巢基质细胞外基质对颗粒细胞的负调控发挥作用的机制 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限(小鼠和食蟹猴),以及需要进一步临床验证 | 研究一叶萩碱促进小卵泡生长的潜力及其机制,评估其作为卵巢内注射治疗女性不孕/生育力低下的候选药物 | 老年小鼠和老年食蟹猴的卵巢组织 | 数字病理学 | 卵巢早衰、卵巢储备功能减退、高龄相关不孕 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年小鼠(数量未具体说明)和老年食蟹猴(数量未具体说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 631 | 2026-06-13 |
Design of the biosensor-dependent coupling system stabilizes the high-synthesis phenotype of cell factory
2026-Apr-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71801-5
PMID:41974726
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研究论文 | 开发了一种快速转录组挖掘工作流程,用于设计响应甘草次酸和美迪紫檀素的酵母生物传感器,并通过生长偶联电路稳定细胞工厂的高合成表型 | 报道一种通用的转录组挖掘方法快速获得天然产物响应生物传感器;通过精细调控PDR5启动子扩大动态范围并构建生长成瘾电路,结合单细胞转录组揭示群体分工机制 | 未明确说明该工作流程对其他天然产物的普适性验证,以及长期传代过程中电路稳定性 | 解决微生物细胞工厂中产量漂移和菌株退化问题,通过生物传感器依赖的偶联系统稳定高合成表型 | 酵母细胞工厂及其对甘草次酸和美迪紫檀素的生物合成 | 合成生物学 | NA | 生物传感器设计,转录组挖掘,单细胞转录组测序 | 生长偶联电路模型 | 单细胞转录组数据 | 酵母菌株群体(初始株与进化株) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 632 | 2026-06-13 |
SARS-CoV-2 infection during the first trimester leads to profound immune dysregulation at the maternal-fetal interface despite limited virus detection in placental tissues
2026-Apr-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71770-9
PMID:41974725
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研究论文 | 通过大规模队列研究,揭示SARS-CoV-2在早孕期母胎界面的免疫失调及低频感染机制 | 首次在早孕期大型队列中结合单细胞与转录组分析,揭示SARS-CoV-2感染对胎盘免疫微环境及滋养层分化轨迹的干扰,并发现M2样巨噬细胞抗原呈递能力下降与IFN刺激基因特征 | 病毒检测阳性率低(限于早孕期样本),未覆盖中晚期妊娠;因果关系需进一步功能验证 | 探究SARS-CoV-2在早孕期母胎界面的垂直传播潜力及其对免疫微环境的影响 | 761名早孕期自愿终止妊娠的女性及其绒毛和蜕膜组织 | 数字病理学 | COVID-19 | RT-qPCR, 荧光原位杂交, 间接免疫荧光, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 转录组数据 | 761名早孕期孕妇的胎盘组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 633 | 2026-06-13 |
Intratumor heterogeneity in human basal like breast cancer is revealed by single cell molecular subtyping
2026-Apr-13, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01548-z
PMID:41975055
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研究论文 | 开发了一种名为UBS93的计算框架,用于对人类基底样乳腺癌进行单细胞分子分型,揭示了肿瘤内异质性 | 首次通过单细胞RNA测序数据揭示人类基底样乳腺癌中基底样和Claudin-low癌细胞共存,并发现转录因子ELF3下调驱动该转变 | 未提及具体局限性 | 开发一种能够解析乳腺癌肿瘤内异质性的单细胞分子分型方法 | 人类基底样乳腺癌肿瘤样本和癌细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | UBS93计算框架 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 634 | 2026-06-13 |
CBP/p300 is critical for the expansion and maintenance of functional pancreatic α cell mass
2026-Apr-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71499-5
PMID:41965878
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研究论文 | 本研究揭示了CBP/p300在胰腺α细胞增殖和功能维持中的关键作用,通过调控Slc7a2介导的氨基酸感知机制 | 首次发现CBP/p300作为胰腺α细胞功能质量的核心调节因子,通过调控Slc7a2介导的氨基酸感知通路影响α细胞增殖和身份维持 | 仅在动物模型中验证,缺乏人类样本的验证;具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究CBP/p300在胰腺α细胞增殖和功能维持中的分子机制 | 小鼠胰腺α细胞 | 分子生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | CBP/p300条件性敲除小鼠及其对照组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 635 | 2026-06-13 |
RESCUE: recovery of unattributed expression patterns in spatial transcriptomics
2026-Apr-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71720-5
PMID:41963343
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研究论文 | 提出RESCUE计算方法,恢复空间转录组学中未被归属的表达模式 | 首次系统性解决空间转录组学分析中被忽略的分子表达丢失问题,实现缺失模式的有效恢复 | 未明确说明局限性 | 开发能恢复空间转录组学中被现有方法遗漏的表达模式的计算方法 | 空间转录组学数据中的丢失表达模式 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | 多个空间转录组数据集,包括蜜蜂脑MERFISH数据 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH技术用于验证实验 |
| 636 | 2026-06-13 |
Single-nucleus multiomic profiling of the aging mouse substantia nigra reveals conserved gene alterations linked to Parkinson's disease
2026-Apr-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281113.125
PMID:41781332
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研究论文 | 利用单细胞核多组学测序分析小鼠黑质在衰老过程中的转录组和表观遗传组变化,发现与帕金森病相关的保守基因改变 | 首次通过单细胞核多组学技术(同时捕获转录组和表观遗传组)对小鼠黑质全生命周期进行细胞类型特异性分析,并整合多个公共PD单细胞RNA-seq数据集,揭示衰老与PD之间共有的基因调控网络变化 | 研究主要基于小鼠模型,人类PD相关发现需进一步验证;仅使用多组学数据,缺乏功能验证实验 | 探究衰老促进帕金森病发生的分子机制,尤其是细胞类型特异性的基因表达和表观遗传调控变化 | 小鼠黑质中的各类细胞,包括多巴胺能神经元、少突胶质细胞、小胶质细胞和谷氨酸能神经元等 | 单细胞基因组学 | 帕金森病 | 单细胞核多组学测序(snRNA-seq & snATAC-seq) | NA | 单细胞转录组和表观遗传组数据 | 来自小鼠黑质全生命周期的40,125个细胞核 | 10x Genomics | 单细胞核多组学测序 | 10x Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression | 10x Chromium单细胞核多组学测序,同时捕获ATAC-seq和RNA-seq数据 |
| 637 | 2026-06-13 |
Scalable cell-specific coexpression networks for granular regulatory pattern discovery with NeighbourNet
2026-Apr-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281171.125
PMID:41786602
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研究论文 | 提出NeighbourNet方法,构建单细胞特异性共表达网络,用于细粒度调控模式发现 | 通过主成分分析降维和局部回归构建细胞特异性共表达网络,克服了传统方法依赖预定义聚类和忽视动态调控的局限性 | 未明确提及,但可能依赖于KNN邻域大小的选择和低维嵌入的优化 | 开发可扩展的细胞特异性共表达网络构建方法,以捕获单细胞水平上的动态调控变化 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达调控网络 | 机器学习 | 癌症(肿瘤微环境案例) | scRNA-seq | 局部回归模型(结合KNN) | 基因表达数据 | 大规模单细胞数据集(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 638 | 2026-06-13 |
New perspectives on the mechanisms and treatment of valvular heart disease: Mendelian randomization and systematic analysis based on plasma proteins
2026-Apr-03, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048210
PMID:41931316
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和整合分析,研究血浆蛋白在心脏瓣膜病机制和治疗中的作用 | 利用孟德尔随机化方法结合蛋白质组学数据,系统性识别心脏瓣膜病的遗传相关基因和潜在药物靶点 | 研究基于公开的GWAS摘要统计数据进行,缺乏独立的外部验证;单细胞RNA测序分析未提供原始数据详细说明 | 探索心脏瓣膜病的关键分子靶点和潜在治疗候选药物 | 心脏瓣膜病患者和对照人群的基因组、血浆蛋白及单细胞表达数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 基于公开GWAS摘要统计,具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 639 | 2026-04-09 |
Transcriptome data combined with two-sample Mendelian randomization reveal IRF1 and PRKD1 as UPR-related key regulators in intervertebral disc degeneration
2026-Apr-03, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048213
PMID:41931350
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研究论文 | 本研究通过整合转录组数据与双样本孟德尔随机化,揭示了IRF1和PRKD1作为UPR相关关键调控因子在椎间盘退变中的作用 | 首次结合多组学数据与孟德尔随机化方法,系统识别并验证了UPR相关基因IRF1和PRKD1在IDD中的因果关联和细胞类型特异性表达 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,缺乏实验验证;样本量相对有限,且孟德尔随机化结果可能受混杂因素影响 | 探究内质网应激和未折叠蛋白反应在椎间盘退变中的分子机制,并识别关键调控基因 | 人类髓核组织 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 基于公共数据集GSE70362和GSE56081,具体样本数量未明确说明 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 640 | 2026-06-13 |
L1TD1 promotes colorectal mucinous adenocarcinoma progression by enhancing ABCC3 mRNA stability
2026-Apr, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-026-03716-w
PMID:41776049
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研究论文 | L1TD1通过增强ABCC3 mRNA稳定性促进结直肠黏液腺癌进展 | 首次揭示L1TD1通过结合ABCC3 mRNA的GUGU基序上调其表达,激活MAPK信号通路,促进黏液产生和肿瘤进展,阐明了黏液腺癌中RNA结合蛋白的特异性调控机制 | 具体调控作用在MAC发展中的机制尚未充分探索 | 探究结直肠黏液腺癌(MAC)中黏液产生的特异性调控机制 | 结直肠黏液腺癌组织与相邻非癌组织 | 机器学习 | 结直肠黏液腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 结直肠黏液腺癌样本及相邻非癌组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |