单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备，支持稳态或炎症状态下的分析，并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法，以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 622 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议，通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞，以及增殖神经干细胞与祖细胞，解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据，可能受数据质量和测序深度限制，且仅针对小鼠海马神经干细胞，未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 623 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
|
研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME，用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器，以深度学习方式解析空间生态位，适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 624 | 2026-03-28 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
|
研究论文 | 本文介绍了一种从HBV感染的肝脏组织中测序单细胞的协议，用于量化每个细胞的HBV转录本丰度和基因组片段分布 | 开发了一种单细胞RNA测序协议，能够同时定量HBV转录本丰度并绘制全基因组读取分布图，为病毒表达模式和HBV-宿主相互作用提供单细胞分辨率分析 | NA | 建立一种协议以详细分析HBV感染的肝脏组织中病毒表达模式和HBV-宿主相互作用 | HBV感染的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 625 | 2026-03-28 |
Protocol to track single-cell-derived clones using DNA barcoding combined with single-cell RNA sequencing
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104229
PMID:41317321
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合DNA条形码与单细胞RNA测序技术来追踪单细胞来源克隆的实验方案 | 通过构建和验证慢病毒DNA条形码文库，结合单细胞RNA测序，实现了对克隆生长活动与转录组谱的关联分析，为永久性细胞标记和克隆动态追踪提供了新方法 | NA | 开发一种追踪单细胞来源克隆的实验方案，以研究克隆适应性和可塑性在肿瘤异质性中的作用 | 单细胞来源的克隆 | 数字病理学 | 肿瘤 | DNA条形码技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 626 | 2026-03-28 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于研究人类肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验方案 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤，并提供了分析细胞间通讯的计算框架 | NA | 研究肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 人类肺癌组织中的成纤维网状细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，高分辨率显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 627 | 2026-03-28 |
Protocol for reconstructing spatially aware receptor-TF-target signaling cascades using spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104237
PMID:41385380
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用SpaGRN框架从空间转录组学数据重建空间感知的受体-转录因子-靶标调控级联的协议 | 该协议整合了细胞外信号和空间依赖性，克服了传统方法忽略空间约束的局限 | NA | 旨在系统性地绘制复杂组织（如发育胚胎和肿瘤）中的信号通路 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 统计框架（SpaGRN） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 628 | 2026-03-28 |
Endothelial LRRC8A mitigates pressure overload-induced cardiac hypertrophy by promoting coronary angiogenesis
2025-Dec-07, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10021-9
PMID:41353685
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞LRRC8A通过促进冠状动脉血管生成来减轻压力超负荷诱导的心脏肥大的作用和机制 | 首次发现内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的关键作用，并阐明其通过调控VEGF-VEGFR2轴和VEGFR2内吞作用促进冠状动脉血管生成的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证；基因治疗的长效性和安全性尚未评估 | 探究内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的作用和分子机制 | 心脏肥大患者和小鼠的心脏组织、心脏内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、基因敲除、AAV9基因治疗 | NA | 基因表达数据、组织学图像、细胞功能数据 | 患者和小鼠心脏组织样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 629 | 2026-03-28 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Develops a Glutamine Metabolism-Based Prognostic Model and Identifies MSMO1 as a Therapeutic Target in Osteosarcoma
2025-11-28, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15121664
PMID:41463320
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量队列数据，开发了一个基于谷氨酰胺代谢的骨肉瘤预后模型，并鉴定出MSMO1作为潜在治疗靶点 | 首次在骨肉瘤中建立了基于谷氨酰胺代谢的患者分层框架，通过单细胞数据揭示了肿瘤内异质性，并采用多算法整合和机器学习方法构建了可外部验证的预后模型 | 模型在独立队列中的区分能力仅为中等水平，需要进一步的机制研究和体内实验验证 | 开发骨肉瘤的预后模型并识别治疗靶点 | 骨肉瘤患者样本和U2OS细胞系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，机器学习 | Step-Cox [forward] + Ridge回归 | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量，但包含多个独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 630 | 2026-03-28 |
Rewriting the Fate of Cancer: Epigenetic and Epitranscriptomic Regulators in the Metastatic Cascade
2025-11-10, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15111573
PMID:41301491
|
综述 | 本文综述了表观遗传和表观转录组调控因子在癌症转移级联中的作用，重点关注甲基化修饰 | 整合了DNA甲基化、RNA修饰和非编码RNA在转移中的相互作用，提出了控制转移的连贯框架 | NA | 阐明表观遗传和表观转录组机制如何调控癌症转移过程 | 癌症转移过程中的恶性细胞 | NA | 癌症 | 多组学方法、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 631 | 2026-03-28 |
Bi-specific T cell-engaging antibody triggers protective immune memory and glioma microenvironment remodeling in immune-competent preclinical models
2025-Oct-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011714
PMID:41151835
|
研究论文 | 本研究在免疫健全的临床前模型中评估了双特异性T细胞衔接抗体（BTE）对胶质母细胞瘤的治疗机制，揭示了其通过激活T细胞、诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境来延长生存期 | 在免疫健全的动物模型中首次系统评估BTE的作用机制，揭示了其在胶质母细胞瘤治疗中诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境的新功能 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 | 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤治疗中的作用机制 | 表达IL13RA2的胶质母细胞瘤细胞和免疫健全的小鼠模型 | 免疫肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光、多参数MRI | NA | 流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、影像数据 | 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 632 | 2026-03-28 |
Repopulation of microglia and its implications for CNS disorders: Insights from the single-cell era
2025-10-15, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107066
PMID:40865648
|
综述 | 本文综述了单细胞时代下小胶质细胞的起源、发育、再殖和异质性，并强调了小胶质细胞再殖在中枢神经系统疾病中的治疗潜力 | 结合单细胞测序技术，系统总结了小胶质细胞再殖的探索过程及其在中枢神经系统疾病中的新治疗价值 | NA | 增强对小胶质细胞再殖的理解，并为新的治疗策略提供见解 | 小胶质细胞 | 数字病理学 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2026-03-28 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
|
研究论文 | 本研究探讨了eNAMPT作为特发性肺纤维化（IPF）治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体在人类和小鼠模型中的治疗效果 | 首次将eNAMPT识别为IPF中的新型损伤相关分子模式蛋白（DAMP）和治疗靶点，并展示了ALT-100单克隆抗体在逆转肺纤维化关键病理过程中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的关联分析，缺乏长期临床疗效数据 | 探索eNAMPT/TLR4信号通路在肺纤维化发病机制中的作用，并评估eNAMPT中和作为IPF治疗策略的可行性 | IPF患者血液、外周血单核细胞和肺组织样本，以及C57Bl6小鼠的博来霉素诱导肺纤维化模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据，组织学图像 | IPF患者样本和小鼠模型样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 634 | 2026-03-28 |
Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury
2025-10-01, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055
PMID:40789519
|
研究论文 | 本研究首次报道了脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并利用空间转录组学和单细胞分析揭示了其与组织损伤及免疫细胞浸润的关联 | 首次在脊髓损伤背景下揭示R-loop积累的动态模式及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制，并识别了Cdk1等关键基因在R-loop相关小胶质细胞炎症浸润中的潜在作用 | 研究基于小鼠夹挫伤模型，结果在人类中的普适性需进一步验证；样本量相对有限，且时间点覆盖可能不足以捕捉所有动态变化 | 探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其在微环境重塑和神经退行性变中的作用机制 | 小鼠脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质），采集自损伤腔在不同时间点（0、1、3、7、14天）的样本 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学、单细胞分析、免疫荧光染色、HE/LFB染色、细胞反卷积计算 | 细胞反卷积算法 | 空间转录组数据、单细胞数据、免疫荧光图像、组织染色图像 | 从小鼠脊髓损伤模型采集的新鲜组织样本（50-100毫克），覆盖5个时间点（0、1、3、7、14天） | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 635 | 2026-03-28 |
RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays
2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.5c09959
PMID:40938793
|
研究论文 | 本文开发了一种基于3D打印嵌入液滴阵列的平台，用于在单囊泡分辨率下进行RNA测序，以研究细胞外囊泡的RNA异质性 | 利用3D打印技术创建可控、均匀的皮升液滴阵列，首次实现了在单囊泡水平上对细胞外囊泡的poly(A) RNA进行测序 | 方法主要针对poly(A) RNA，可能无法全面覆盖所有RNA类型；平台操作复杂，需要优化打印条件 | 开发一种高分辨率平台，以研究细胞外囊泡中RNA cargo的异质性，为生物标志物发现和临床应用提供新工具 | 单个细胞外囊泡（EVs），特别是CD9、CD63和CD81阳性的EVs，以及THP-1细胞来源的免疫纯化EVs | 单细胞测序技术 | NA | RNA测序，PCR，cDNA合成 | NA | RNA序列数据 | 3689个独特条形码对应的单个EVs，每个EV至少有两个poly(A) RNA reads | NA | 单囊泡RNA测序 | 3D打印嵌入液滴阵列平台 | 基于3D打印技术，使用碳氢化合物支持材料和打印水溶液，生成可控、均匀的皮升液滴，用于单EVs的cDNA制备和测序 |
| 636 | 2026-03-28 |
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.23.671952
PMID:40909636
|
研究论文 | 本研究首次系统性地评估了五种主流半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能 | 首次在多种真实标注场景下系统比较半监督与无监督单细胞RNA测序整合方法，揭示了现有半监督方法在实际应用中的局限性 | 仅评估了五种半监督方法，未涵盖所有现有方法；评估数据集数量有限（六个） | 评估半监督单细胞RNA测序整合方法在真实标注场景下的实际性能优势 | 单细胞RNA测序数据整合方法 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust, scCRAFT | 单细胞RNA测序数据 | 六个不同数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 637 | 2026-03-28 |
Myeloid-specific deficiency of ribosomal protein L13a alters macrophage polarity and diversity during differentiation from bone marrow
2025-Jul-09, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiaf102
PMID:40631353
|
研究论文 | 本文探讨了核糖体蛋白L13a在骨髓来源巨噬细胞分化和极化过程中的新作用 | 发现了L13a在调节巨噬细胞多样性和极化中的新角色，超越了传统的M1-M2二元概念 | 研究主要基于体外骨髓来源巨噬细胞模型，体内验证可能有限 | 研究巨噬细胞极化调控机制 | 骨髓来源巨噬细胞和CD4+ T细胞 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 来自对照和L13a敲除小鼠的骨髓来源巨噬细胞 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 638 | 2026-03-28 |
HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer
2025-07, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2025.2477443
PMID:40126194
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化降解来逆转自噬介导的结直肠癌5-氟尿嘧啶耐药性的分子机制 | 首次发现HMBOX1-HACE1-ATG5轴在调控结直肠癌自噬和化疗耐药中的关键作用，并阐明其通过促进ATG5的K63-泛素化降解抑制自噬的分子机制 | 研究主要在细胞和动物模型中进行，临床验证样本量有限，需要更大规模的临床队列研究进一步验证 | 探究结直肠癌中5-氟尿嘧啶耐药性的分子机制，并寻找逆转耐药的治疗靶点 | 结直肠癌细胞系、患者组织样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学、免疫组化、染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据、组织图像数据 | 患者结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 639 | 2026-03-28 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
|
研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化过程中通过调控成纤维细胞代谢重编程促进其持续活化的关键作用 | 首次发现CBX5作为连接表观遗传改变与成纤维细胞代谢异常的关键分子，并证明靶向CBX5可协同增强二甲双胍的抗纤维化效果 | 研究主要基于体外细胞模型和动物模型，在人体内的直接治疗效应仍需进一步验证 | 探究表观遗传调控如何影响成纤维细胞代谢重编程从而促进肺纤维化进展 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的成纤维细胞、博来霉素诱导的肺损伤模型、IPF肺组织外植体 | 表观遗传学与代谢研究 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、bulk RNA测序、代谢评估 | NA | 基因表达数据、代谢数据、组织图像 | 未明确具体样本数量，涉及IPF患者成纤维细胞、动物模型及肺组织外植体 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 640 | 2026-03-28 |
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653262
PMID:40661452
|
研究论文 | 本文通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病的进展，揭示了微观和宏观转录状态的演变 | 利用状态转移理论，揭示了细胞类型特异性贡献如何调控稳健的疾病表型状态转移，建立了从单细胞尺度到宏观状态水平的理论框架 | NA | 探索单细胞与批量转录组学中癌症特异性信息内容，解析离散疾病定义状态如何从噪声单细胞数据中涌现 | 慢性髓系白血病 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |