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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2026-06-17 |
Well-ST-seq: Cost-Effective and Near-Cellular Spatial Transcriptomics Using Deterministic Barcoded Bead Arrays
2026-Jun-16, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.6c01070
PMID:42246548
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研究论文 | 提出Well-ST-seq平台,通过确定性条形码微珠阵列实现接近单细胞分辨率的空间转录组学,兼具低成本和高效率 | 利用微孔组装水凝胶微珠载体与组合微流控索引生成预定义空间条形码阵列,简化工作流程并大幅降低试剂成本(每平方毫米0.05-0.54美元),实现30-10微米点间距的快速制备 | 可能受限于微珠阵列的尺寸一致性和空间分辨率进一步优化,以及在大规模组织样本中的验证需求 | 开发经济高效、接近单细胞分辨率的空间转录组学方法,提升基础研究和临床应用中组织解剖图谱的精细度 | 小鼠海马体和发育中的小鼠胚胎脑连续切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠海马体组织样本和多个发育中小鼠胚胎脑连续切片 | NA | 空间转录组学 | Well-ST-seq平台 | 微孔组装水凝胶微珠载体与组合微流控索引系统 |
| 622 | 2026-06-17 |
Identification of Centrosome Duplication-Related Biomarkers in Hypertrophic Cardiomyopathy Through Integrative Multi-Omics, Single-Cell Transcriptomics, and Experimental Validation
2026-Jun-16, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.047416
PMID:42261922
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研究论文 | 通过整合多组学、单细胞转录组学和实验验证,鉴定与肥厚型心肌病相关的中心体复制相关生物标志物 | 首次整合多组学与单细胞转录组学分析,识别VPS8为连接内涵体-溶酶体稳态与免疫重塑的关键调控因子,并验证其在心肌细胞增殖和中心体结构维持中的作用 | 未提供明确的局限性说明,但基于相关性分析可能缺乏因果推断的直接证据 | 探索中心体复制相关基因在肥厚型心肌病发病机制中的潜在作用并鉴定生物标志物 | 中心体复制相关基因(HBEGF和VPS8)在肥厚型心肌病中的表达和功能 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析, 孟德尔随机化, 机器学习模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 623 | 2026-06-17 |
The Association Between Alzheimer's Disease-Related Biomarkers And Parkinson's Disease Based On Single-Cell Sequencing Analysis Combined With Mendelian Randomization
2026-Jun-16, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-026-02558-1
PMID:42298115
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研究论文 | 基于单细胞测序分析和孟德尔随机化研究探讨阿尔茨海默病相关生物标志物与帕金森病的关联 | 结合双向孟德尔随机化与单细胞核RNA测序,从遗传和细胞层面初步探索阿尔茨海默病相关生物标志物(如tau、Aβ42)与帕金森病及其进展的因果关系 | 多重暴露的工具变量数量有限,单细胞核RNA测序队列样本量小,且缺乏蛋白水平验证 | 探索阿尔茨海默病相关生物标志物与帕金森病之间的因果关系 | 帕金森病患者和阿尔茨海默病患者的脑脊液生物标志物(p-tau、总tau、Aβ42)以及死后中脑组织的单细胞核RNA测序数据 | 机器学习 | 帕金森病, 阿尔茨海默病 | 单细胞核RNA测序, GWAS | NA | 基因表达数据, 遗传汇总统计 | 双向孟德尔随机化基于GWAS汇总统计,样本量未明确;单细胞核RNA测序队列样本较小,数量未说明 | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | 死后中脑组织的单细胞核RNA测序分析 |
| 624 | 2026-06-17 |
Integrated multi-technology exploration of the mechanism by which Badushengji San regulates core targets in diabetic foot ulcer
2026-Jun-16, Molecular genetics and genomics : MGG
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00438-026-02469-1
PMID:42298176
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研究论文 | 采用多技术整合探索拔毒生肌散调控糖尿病足溃疡核心靶点的机制 | 首次联合转录组、单细胞RNA测序、hdWGCNA及多种机器学习算法,筛选出糖尿病足溃疡核心生物标志物并初步揭示拔毒生肌散的干预机制 | 仅基于生物信息学和体外细胞实验,缺乏体内机制验证 | 识别糖尿病足溃疡潜在生物标志物并探索拔毒生肌散的治疗机制 | 糖尿病足溃疡患者转录组数据、单细胞RNA测序数据及L929成纤维细胞 | 机器学习 | 糖尿病足溃疡 | RNA测序 | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 转录组数据 | 转录组数据集GSE199939、GSE134431及单细胞RNA测序数据集GSE165816 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 625 | 2026-06-17 |
Ovarian localization drives IL-7R-dependent CD8 coreceptor expression in peripheral double-negative T cells
2026-Jun-16, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-026-06295-x
PMID:42298246
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研究论文 | 研究发现卵巢微环境可诱导外周双阴性T细胞获得CD8共受体表达,且此过程依赖于IL-7R信号通路 | 首次直接证明卵巢组织能主动改变浸润淋巴细胞的表型,揭示IL-7R信号是卵巢局部诱导CD8共受体的必要条件 | 未明确卵巢内具体细胞亚群如何通过IL-7信号调控CD8表达,且仅在小鼠模型中验证 | 探究卵巢组织是否主动指导浸润淋巴细胞表型改变 | 小鼠外周双阴性T细胞(DNTs)及卵巢组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型,具体样本量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 卵巢组织单细胞RNA-seq |
| 626 | 2026-06-17 |
Runx1-Snx9 axis drives the pathological secretion of mitochondrial-derived vesicles to activate cGAS-STING signaling in acute pancreatitis
2026-Jun-16, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04687-6
PMID:42298582
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研究论文 | 本研究揭示了在急性胰腺炎中,Runx1-Snx9转录轴驱动胰腺腺泡细胞产生并分泌致病性线粒体衍生囊泡,进而激活cGAS-STING信号通路,引发全身性炎症反应 | 首次阐明Runx1-Snx9转录轴是急性胰腺炎中胰腺腺泡细胞异常生成和分泌细胞外线粒体衍生囊泡的核心上游机制 | 基于小鼠模型,需要进一步在人体组织中验证;机制细节如MDVs分选和分泌的具体分子过程尚需深入解析 | 研究急性胰腺炎中胰腺腺泡细胞释放线粒体DNA的上游调控机制 | 胰腺腺泡细胞、巨噬细胞、急性胰腺炎小鼠模型 | 分子生物学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag、荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、染色质结合数据 | 小鼠模型及相关细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序分析的10x Chromium平台 |
| 627 | 2026-06-17 |
Canopy1/Cnpy1 is required for proper V2R processing and transport; its loss impairs the function and circuit organization of basal/V2R vomeronasal sensory neurons
2026-Jun-16, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205386
PMID:42299035
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研究论文 | 本研究发现Canopy1/Cnpy1对V2R神经元的加工和运输至关重要,其缺失会损害犁鼻器基底/V2R感觉神经元的功能和回路组织 | 首次揭示Canopy1 (Cnpy1)在V2R犁鼻感觉神经元中的特异性高表达及其对内质网功能维持的关键作用 | 尚未明确Cnpy1缺失导致V2R神经元丢失的具体分子机制,且仅基于小鼠模型 | 探讨Canopy1在犁鼻器V2R感觉神经元发育和功能中的作用及其对行为的影响 | 小鼠犁鼻器(VNO)及其V2R感觉神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型和Cnpy1敲除小鼠的犁鼻组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 628 | 2026-06-17 |
Inferring cell-specific gene regulatory networks based on causal graph embedding
2026-Jun-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101423
PMID:42061403
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研究论文 | 提出一种基于因果图嵌入的监督计算框架CSGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断每个细胞的基因调控网络 | 将图嵌入与条件细胞特异性网络(CCSN)相结合,整合因果调控结构以及局部和全局表示,提高调控网络推断的准确性和鲁棒性 | NA | 开发一种方法以单细胞分辨率推断基因调控网络,捕获细胞间异质性和全局表达组织 | 单个细胞的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图嵌入 | 基因表达数据 | 三个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2026-06-17 |
Investigating Immune Microenvironment of Inflammatory Bowel Disease and the Mitochondrial Metabolism-Related Molecular Mechanisms: Combining a Multiomics Approach and Experimental Validation
2026-Jun-15, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100261456804
PMID:42295138
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研究论文 | 结合多组学方法和实验验证,研究炎症性肠病的免疫微环境及线粒体代谢相关分子机制,鉴定关键基因MRPL35和MRPS6作为潜在诊断标志物和治疗靶点 | 首次将线粒体代谢相关基因与炎症性肠病的免疫微环境结合,通过多组学整合分析策略(转录组、单细胞测序、ceRNA网络和分子对接)识别出MRPL35和MRPS6两个关键基因,并揭示其在单核吞噬细胞中的高表达及与其他细胞的通讯机制 | 仍缺乏多中心、大规模临床队列的外部验证;关键基因的功能机制未完全阐明;动物模型或体外实验验证尚不充分 | 探究炎症性肠病中与线粒体代谢相关的分子机制及免疫微环境变化,并鉴定新的诊断标志物和治疗靶点 | 炎症性肠病(包括克罗恩病和溃疡性结肠炎)患者的组织样本和单细胞数据 | 机器学习 | 炎症性肠病 | 转录组测序、单细胞RNA测序、反向转录定量聚合酶链反应、分子对接 | 随机森林、支持向量机、LASSO回归、XGBoost | 基因表达数据(转录组、单细胞转录组)和临床样本 | 多个公开数据集(GSE3365, GSE75214, GSE134809)及临床验证样本,具体数量未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 630 | 2026-06-17 |
RSTG: Robust Generation of High Quality Spatial Transcriptomics Data using Beta Divergence Based AutoEncoder
2026-Jun-15, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3703750
PMID:42295963
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研究论文 | 提出一种基于Beta散度自编码器的鲁棒空间转录组数据生成方法RSTG,以解决现有生成模型在噪声环境下性能下降的问题 | 将Beta-ELBO损失函数融入自编码器框架,通过变分推断近似数据内在分布,实现对离群点的鲁棒性生成,并在多种技术(MERFISH、MERSCOPE、Visium)和多种扰动(白噪声、批次效应、缺失值)下保持高质量 | 未在文章提供的信息中明确提及局限性 | 开发一种鲁棒的空间转录组数据生成方法,以提高在噪声环境下的生成质量和稳定性 | 空间转录组数据(包括脑组织、肝脏样本) | 机器学习 | NA | MERFISH, MERSCOPE, Visium | 自编码器 | 基因表达数据 | 多个数据集,包括脑和肝脏样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 10x Visium, MERFISH, MERSCOPE |
| 631 | 2026-06-17 |
Common Principles Underlie Mitochondrial DNA Heteroplasmy Dynamics in the Germline and Soma
2026-Jun-15, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
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综述 | 综述了线粒体DNA异质性在生殖系和体细胞系统中动态变化的基本原理 | 提出异质性动态变化遵循共通的量化原理,从描述性观察转向预测性机制模型,并整合单细胞测序、mtDNA成像、基因编辑等多种新技术进行分子水平解析 | 未明确说明具体局限性,但可能涉及异质性动态机制的复杂性及实验模型的不完整性 | 揭示线粒体DNA异质性在细胞、组织和生物体中随时间变化的共同机制和量化规律 | 生殖系和体细胞中的线粒体DNA异质性动态 | 机器学习 | 线粒体疾病, 衰老相关疾病 | 单细胞测序, mtDNA成像, 遗传筛选, mtDNA编辑技术 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 632 | 2026-06-17 |
SECTOR: structural entropy-based learning of spatiotemporal organisation in spatial transcriptomics
2026-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag367
PMID:42296338
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研究论文 | 提出基于结构熵的深度图学习框架SECTOR,统一空间转录组中的空间域检测和伪时间推断 | 首次将可微分结构熵目标函数应用于空间-表达融合图,结合空间总变分正则化,在一个框架内联合恢复离散空间域和连续伪时间趋势 | 当前方法强调轨迹连续性可能导致相邻域边界模糊并降低聚类准确性 | 开发一种轻量级、可扩展的深度学习方法,用于空间转录组数据的空间域检测和伪时间推断 | 七个基准数据集,涵盖标准和高分辨率空间转录组平台,包括人类乳腺癌和小鼠嗅球样本 | 计算机视觉 | 乳腺癌, 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 深度图学习框架 | 基因表达数据 | 七个基准数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 633 | 2026-06-17 |
Endothelial-derived TWEAK drives granulosa cell apoptosis in PCOS via the Fn14-oxidative stress axis
2026-Jun-15, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2026.06.008
PMID:42296934
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞来源的TWEAK通过Fn14-氧化应激轴驱动多囊卵巢综合征中颗粒细胞凋亡的新机制 | 首次在PCOS中发现并验证内皮细胞与颗粒细胞间通过TWEAK-Fn14配体-受体对的细胞间通讯异常,并阐明其通过氧化应激促进颗粒细胞凋亡的作用机制 | 体外实验仅部分验证了机制,缺乏体内遗传学或药理学干预的验证数据 | 探索PCOS中卵巢内皮细胞与颗粒细胞间的异常通讯及其在颗粒细胞凋亡中的作用机制 | PCOS患者和小鼠模型中的卵巢内皮细胞与颗粒细胞 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附测定, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠模型:DHEA诱导的PCOS小鼠;人类数据:公共数据集GSE268919 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 小鼠单细胞RNA-seq数据集GSE268919 |
| 634 | 2026-06-17 |
Genetic interrogation reveals mechanisms regulating nexus glia development and shaping heart physiology
2026-Jun-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2026.05.010
PMID:42296972
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研究论文 | 通过遗传学方法揭示斑马鱼心脏连接胶质细胞的发育机制及其对心脏生理的调控作用 | 首次通过大规模CRISPR筛选发现cdh6基因调控心脏连接胶质细胞数量,并揭示其通过钾通道依赖机制保护心脏免受疲劳 | 主要基于斑马鱼模型,人类心脏的适用性需进一步验证 | 探索心脏连接胶质细胞的发育机制及神经-心脏通讯的遗传架构 | 斑马鱼心脏连接胶质细胞和心肌细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 斑马鱼胚胎心脏细胞(数量未指定) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于人类胚胎心脏细胞分析 |
| 635 | 2026-06-17 |
Spatial Transcriptomics Identifies Cytotoxic and Fibrotic Immune-Stromal Niches in Morphea and Eosinophilic Fasciitis
2026-Jun-15, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.05.030
PMID:42297130
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 636 | 2026-06-17 |
A myeloid immunosuppressive phenotype defines primary refractoriness to atezolizumab Plus bevacizumab in hepatocellular caarcinoma
2026-Jun-15, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.05.018
PMID:42297215
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研究论文 | 该文章分析了肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的原发性难治性,并鉴定了其免疫抑制性肿瘤微环境特征 | 首次在肝细胞癌中应用SITC标准定义原发性难治性,并系统揭示了由IFN-γ通路抑制、髓系极化异常和空间免疫结构改变组成的免疫分子特征 | 未说明具体限制,但可推断样本量和队列异质性可能存在限制 | 阐明肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗原发性难治性的生物学机制 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | 条件推断树 | 图像, 文本, RNA表达数据 | 1296例真实世界患者和645例临床试验参与者(其中20例用于scRNA-seq,16例用于IMC) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 637 | 2026-06-17 |
Single-Cell and Spatial Omics Uncover Disease-Specific Synovial Landscapes in Rheumatoid and Psoriatic Arthritis
2026-Jun-15, The Journal of rheumatology
IF:3.6Q2
DOI:10.3899/jrheum.2026-0375
PMID:42297438
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研究论文 | 通过单细胞和空间组学揭示类风湿性关节炎和银屑病性关节炎的疾病特异性滑膜结构 | 首次通过多组学分析(单细胞RNA测序与空间转录组学)对比类风湿关节炎和银屑病关节炎,发现RA特异性基质-髓系-树突状细胞网络和PsA特异性CD8+ T细胞活化程序 | 未提及样本量大小及验证队列,空间转录组学分辨率可能限制细胞间相互作用细节的捕捉 | 揭示类风湿关节炎和银屑病关节炎滑膜免疫病理的差异机制,为精准治疗提供靶点 | 类风湿关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织和外周血样本 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重复合免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 染色质开放性数据, 组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 638 | 2026-06-17 |
Spatial and network principles behind neural generation of locomotion
2026-Jun-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74228-0
PMID:42297824
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研究论文 | 提出脊髓空间组织主导网络驱动的运动节律与模式的神经生成原理 | 通过不对称“墨西哥帽”连接模型(局部兴奋与远程抑制耦合纵向偏斜)和细胞类型横断面分域特性,首次揭示细胞类型-网络连接-功能行为的空间组织通用原则 | NA | 阐明运动神经生成的神经原理,特别是细胞类型、网络与功能之间的关系 | 小鼠脊髓中的神经元细胞类型及运动回路 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 表达数据, 空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 639 | 2026-06-17 |
An invariant VLR-like receptor refines the T-like cell framework in lamprey
2026-Jun-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74420-2
PMID:42297841
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研究论文 | 通过单细胞转录组学在七鳃鳗中发现一种恒定VLR样受体,细化了T样细胞框架 | 首次发现并表征了一种种系编码、不进行重组的恒定VLR样受体,揭示了其与VLRC共表达且协调多样化VLR的新模式 | 未明确阐述研究局限性 | 研究七鳃鳗中VLR多样性的细胞组织方式以及单个淋巴细胞整合多种VLR的机制 | 七鳃鳗(雷氏七鳃鳗)的淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自多组织的淋巴细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 640 | 2026-06-17 |
Decoding regional keratinization in human oral mucosa through high-resolution spatial transcriptomics
2026-Jun-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-53276-y
PMID:42297861
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研究论文 | 通过高分辨率空间转录组学解码人口腔黏膜区域角化 | 首次利用10x Genomics Visium HD平台构建人口腔黏膜牙龈结合部的高分辨率空间转录组图谱,揭示角化与非角化区域的基质-上皮互作机制 | 样本量有限(仅2名健康捐献者),且仅分析了牙龈结合部区域,未涵盖口腔其他部位 | 揭示人口腔黏膜围绕牙龈结合部的区域特异性角化分子机制 | 人口腔黏膜福尔马林固定石蜡包埋标本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 2名健康捐献者的牙龈结合部区域标本,包含2个角化和2个非角化区域 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10x Genomics Visium HD平台分析福尔马林固定石蜡包埋标本 |