单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-07-18	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜的细胞状态，为视网膜研究提供了新的参考资源	首次生成了活体人类视网膜的单细胞转录组参考图谱，并对比了活体与死后组织的转录动态差异	样本量相对有限（9个未冷冻样本），且死后样本采集时间窗口较窄（6小时内）	建立人类视网膜细胞类型和状态的单细胞参考图谱	人类视网膜组织（活体和早期死后）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq, 10x Genomics 3' RNA-seq, scVI, RNA velocity, CellChat	scVI（单细胞变分推断模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体和4个死后样本）
622	2025-07-18	Resolving Microenvironment Complexity and Cellular Heterogeneity in Osteoarthritis via Spatial Transcriptomics 2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007 PMID:40669534	综述	本文探讨了空间转录组学在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用	利用空间转录组学技术揭示骨关节炎中分区基因表达模式、致病细胞状态及细胞间相互作用	当前技术存在局限性，需要与其他组学和成像模式整合	探索空间转录组学在骨关节炎研究中的应用及其潜力	骨关节炎中的关键关节区域（软骨、滑膜、软骨下骨和关节周围组织）	数字病理学	骨关节炎	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
623	2025-07-18	Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in Chinese population 2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032 PMID:40669566	研究论文	该研究通过全基因组关联研究(GWAS)在中国人群中发现了与慢性鼻窦炎(CRS)风险相关的遗传变异rs61731397-C，并揭示了其通过下调OR2A25表达影响鼻黏膜免疫反应的潜在机制	首次在中国人群中发现OR2A25基因的rs61731397-C变异与CRS风险显著相关，并通过功能实验证明该变异通过降低OR2A25蛋白稳定性影响免疫反应	研究样本仅来自中国人群，结果可能不适用于其他族群；OR2A25在CRS中的具体作用机制仍需进一步研究	鉴定中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其潜在机制	中国人群中的慢性鼻窦炎患者	遗传学	慢性鼻窦炎	GWAS、scRNA-seq、Western blot	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	基于昆山的人群队列和北京的临床队列
624	2025-07-18	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-Jul-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03494-4 PMID:40653490	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化，揭示了细胞亚群的差异	研究仅比较了年轻和中老年两个年龄组，未涵盖更广泛的年龄范围	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、行为数据、组织病理数据	年轻和中老年小鼠各一组(具体数量未说明)
625	2025-07-18	Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010898 PMID:40659446	研究论文	本研究揭示了CEBPD通过RGS2/PAR2通路调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化状态及其对免疫检查点阻断（ICB）疗效的影响	首次发现CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控TAMs极化状态，并影响ICB治疗效果	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏更深入的体内机制验证	探索CEBPs在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）免疫微环境中调控TAMs极化的机制及其对ICB治疗的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、Western blot、免疫荧光、体外极化实验、染色质免疫共沉淀测序、双荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量，但包括ccRCC患者样本和体外实验数据
626	2025-07-18	The immunological and prognostic landscape of TFAP4 in cancer: A single-cell RNA sequencing perspective 2025-Jul-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110551 PMID:40653182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，探讨了TFAP4在多种癌症类型中的免疫学和预后意义	揭示了TFAP4在肿瘤微环境中的免疫抑制功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究TFAP4在癌症中的免疫学和预后作用	多种癌症类型中的恶性上皮细胞	癌症研究	癌症	单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	RNA测序数据	多种癌症类型的样本
627	2025-07-18	Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient 2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663706 PMID:40672316	研究论文	该研究通过新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠、高分辨率3D成像和单细胞RNA测序技术，揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的作用	首次使用超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠结合高分辨率3D成像技术，系统描绘了肾素细胞与神经纤维的相互作用模式	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏中的相关机制仍需进一步验证	阐明肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的关键作用	肾脏中的肾素细胞及其与神经纤维的相互作用	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA-Seq、高分辨率3D成像	tdTomato报告小鼠模型	图像、基因表达数据	NA
628	2025-07-18	Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals metabolic dysfunction prior to overt tauopathy in the PS19 mouse model 2025-Jul-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6941464/v1 PMID:40671812	研究论文	该研究利用PS19小鼠模型，通过时空转录组分析揭示了在明显tau病变之前出现的代谢功能障碍	揭示了在tau病变可检测之前，易感脑区（如CA3区）已出现代谢基因（如Pgk1）上调及代谢失调，并发现了区域特异性和时间动态的转录模式	研究仅使用了PS19转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类神经退行性疾病的复杂性	探究区域易感性与tau病变前转录组变化之间的关系，以及代谢功能障碍在神经退行性疾病中的作用	PS19转基因小鼠模型（P301S tau突变）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组分析	PS19转基因小鼠模型	转录组数据	PS19小鼠在不同疾病阶段的海马和皮质区域
629	2025-07-18	Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4 + T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance 2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	研究论文	通过单细胞RNA测序比较半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4+T细胞的转录特征，揭示排斥和耐受的共同与差异特征	首次系统比较移植排斥与妊娠耐受中抗原特异性CD4+T细胞的单细胞转录组特征，并发现活化滤泡/非滤泡效应表型在排斥与成功妊娠中的显著重叠	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	揭示移植免疫与生殖免疫中抗原特异性CD4+T细胞对同种异体冲突的差异化应答机制	内源性供体特异性CD4+T细胞（包括常规T细胞和调节性T细胞）	免疫学	移植排斥/妊娠免疫	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	系统生物学分析	单细胞转录组数据	小鼠模型（未明确数量）及部分人类数据集
630	2025-07-18	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	research paper	本文提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而仅从转录组数据预测蛋白质表达	NA	开发一种深度学习框架，从仅含转录组的空间转录组(ST)数据中推断蛋白质表达	空间转录组数据和空间CITE-seq数据集	digital pathology	breast cancer, glioblastoma, malignant mesothelioma	spatial transcriptomics, CITE-seq	Dual-Graph Attention Network (DGAT)	mRNA profiles, protein expression data	包括公开和内部数据集，涵盖扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤样本
631	2025-07-18	From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865 PMID:40656612	评论	本文评论了一项关于急性胰腺炎中小肠单细胞转录组分析的研究，强调了激活的肥大细胞及其分泌的CCL5在肠道屏障功能障碍中的关键作用	研究通过整合scRNA-seq和功能分析，揭示了急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制	评论文章本身未进行实验研究，主要基于对已有研究的解读和未来方向的建议	探讨急性胰腺炎中肠道功能障碍的细胞和分子机制	急性胰腺炎患者的小肠组织	数字病理学	急性胰腺炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
632	2025-07-18	SPATIA: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes 2025-Jul-07, ArXiv PMID:40671942	研究论文	本文介绍了一种名为SPATIA的多尺度生成和预测模型，用于空间转录组学，旨在整合细胞形态、基因表达和空间背景	SPATIA模型通过跨注意力机制融合图像衍生的形态标记和转录组向量标记，并在生态位和组织水平上使用transformer模块聚合这些标记，以捕捉空间依赖性，同时利用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像	NA	学习统一的、具有空间感知能力的表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景	细胞形态、基因表达和空间组织	数字病理学	NA	空间转录组学	transformer, 生成扩散模型	图像, 基因表达数据	1700万细胞-基因对, 100万生态位-基因对, 1万组织-基因对, 来自49名捐赠者, 17种组织类型和12种疾病状态
633	2025-07-18	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	介绍了一种名为GatorST的新型多功能对比元学习框架，用于空间转录组数据分析	GatorST通过结合基于图的建模和先进学习策略，生成空间感知的ST数据表示，改进了多种下游任务	依赖伪标签生成，可能引入噪声和不确定性	开发一个能够有效整合空间信息和转录组数据的框架，以改进空间转录组数据的下游分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	对比学习框架，元学习策略	空间转录组数据	14个空间转录组数据集
634	2025-07-18	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的常染色体隐性遗传综合征	首次发现POPDC2基因的双等位基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的关联，并通过实验证明这些变异会降低POPDC2与cAMP结合的能力	研究样本量较小（仅四个家族），且肌肉活检未显示明显的肌病性病变	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的遗传关联	四个携带POPDC2基因双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理学研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族（超过100万人的群体遗传数据作为对照）
635	2025-07-18	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究开发了一个单细胞转录组范围内的孟德尔随机化和共定位分析流程，用于揭示动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)中细胞特异性的机制	结合单细胞水平的顺式孟德尔随机化(MR)与共定位分析，克服了传统批量RNA测序在细胞特异性分辨率上的限制	单细胞表达数量性状位点(sc-eQTLs)数据集的样本量相对较小	发现驱动人类疾病遗传易感性的细胞特异性表达模式，以影响细胞定制疗法的靶点选择	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	孟德尔随机化(MR), 共定位分析	单细胞转录组数据, GWAS数据	14种免疫细胞类型的sc-eQTL数据集(样本量较小)
636	2025-07-18	Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma 2025-Jul, Annual review of neuroscience IF:12.1Q1 DOI:10.1146/annurev-neuro-112723-061540 PMID:39952636	review	本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制，探讨了其分子亚群的细胞起源、可塑性和异质性	总结了单细胞转录组学研究在识别髓母细胞瘤潜在细胞谱系脆弱性和恶性转化机制方面的新发现	NA	理解髓母细胞瘤的细胞起源以预防肿瘤形成和复发	髓母细胞瘤及其分子亚群	肿瘤学	髓母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
637	2025-07-18	CD36 promotes iron accumulation and dysfunction in CD8+ T cells via the p38-CEBPB-TfR1 axis in earlystage hepatocellular carcinoma 2025-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能失调的机制	首次发现CD36通过调节铁积累和脂质过氧化影响CD8+ T细胞功能的新机制，并提出了NRF2激活作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的验证仍需进一步研究	探究早期肝细胞癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞功能失调的机制	小鼠HCC模型中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	NA
638	2025-07-18	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	研究论文	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓系来源的抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次阐明了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，从而增强CXCL2表达和分泌的分子机制，并提出了通过抑制USP14/IMP2/CXCL2信号轴增强抗PD-1治疗敏感性的新策略	研究主要基于临床样本和动物实验，尚未在更大规模的临床试验中验证	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和髓系来源的抑制细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自无法手术胃癌患者的内镜活检样本
639	2025-07-18	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了碳纳米溶胶（CNS）通过水通道蛋白介导促进植物生长的机制	首次在单细胞水平上解析了CNS促进植物生长的异质性响应机制，并明确了水通道蛋白的关键作用	研究仅针对烟草根系细胞，尚未在其他植物或组织中验证	探究碳纳米材料促进植物生长的分子机制	烟草根系细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序、荧光标记追踪、伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、生理指标数据	7,897个烟草根系细胞（13种细胞类型）
640	2025-07-18	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文探讨了PP1A通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs疗法在肝细胞癌中的疗效	发现PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，并揭示其在调节抗肿瘤免疫中的新作用	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制	肝细胞癌细胞系和动物模型	肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	未明确说明具体样本数量