单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-04-24	Bioinformatics analysis of coronary microvascular dysfunction in rats based on single-cell RNA sequencing 2025-02-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85318-2 PMID:39934189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了大鼠冠状动脉微血管功能障碍的单细胞基因表达谱，特别是内皮细胞基因表达特征的深入分析	首次在大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型中应用单细胞RNA测序技术，发现了内皮细胞和成纤维细胞的显著变化，以及免疫细胞增加、炎症反应增强和氧化应激增加的现象	研究仅基于大鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探索冠状动脉微血管功能障碍的发病机制，寻找潜在治疗靶点	大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	55,419个细胞
622	2025-04-24	Identification of metabolism-related subtypes and feature genes of pre-eclampsia 2025-02-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89140-8 PMID:39930027	research paper	该研究通过代谢相关基因分析，识别了先兆子痫的三种代谢相关亚型，并确定了五个与疾病进展密切相关的特征基因	首次基于代谢特征对先兆子痫进行亚型分类，并利用机器学习算法筛选出五个关键特征基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	探索先兆子痫的代谢相关分子机制并寻找潜在生物标志物	先兆子痫患者样本	生物信息学	先兆子痫	scRNA-seq, qRT-PCR, WGCNA	机器学习算法	基因表达数据	公共数据库中的先兆子痫数据集
623	2025-04-24	Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000971 PMID:39047085	research paper	本研究探讨了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中T细胞的表型和T细胞受体多样性	首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化	未明确驱动T细胞激活和克隆扩增的具体抗原靶点	解析MASH中T细胞在肝脏积累的原因及其在疾病中的功能	人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠模型中的肝脏驻留T细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	5'单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞测序数据和流式细胞数据	人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠的肝脏T细胞样本
624	2025-04-24	Gene Regulation of Neutrophils Mediated Liver and Lung Injury through NETosis in Acute Pancreatitis 2025-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02071-w PMID:38884700	研究论文	本研究通过挖掘公共数据库中的SAP数据并结合实验验证，揭示了SAP介导的多器官损伤的关键分子机制	鉴定了参与SAP多器官损伤的关键基因FPR1、ITGAM和C5AR1，并证明抑制NETs形成可减轻SAP的严重程度及肝肺组织炎症水平	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明重症急性胰腺炎(SAP)介导多器官损伤的分子机制	小鼠胰腺组织（AP）、肝肺组织（SAP）及外周血样本	生物信息学与分子生物学	急性胰腺炎	转录组测序、RT-PCR、免疫组化、ELISA、免疫荧光	小鼠疾病模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（来自GEO数据库的小鼠和人类数据集）
625	2025-04-24	Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor-immune hubs 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02173-8 PMID:38514799	research paper	介绍了一种名为Starfysh的计算工具箱，用于整合空间转录组学和组织学数据，以揭示肿瘤-免疫异质性中心	Starfysh无需单细胞RNA测序数据作为参考，利用深度生成模型和原型分析，结合已知细胞类型标记，表征已知或新的组织特异性细胞状态	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合空间转录组学和组织学数据的计算工具，以更好地理解复杂组织中的空间动态和细胞间相互作用	原发性雌激素受体阳性乳腺癌、三阴性乳腺癌和化生性乳腺癌组织	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	deep generative model	spatial transcriptomic data, histology images	未明确提及具体样本数量
626	2025-04-24	Meteorin-like protein/METRNL/Interleukin-41 ameliorates atopic dermatitis-like inflammation 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16150 PMID:38727640	研究论文	本研究探讨了Meteorin样蛋白（METRNL）/白细胞介素-41（IL-41）在特应性皮炎（AD）中的功能和调控机制	首次揭示了METRNL通过结合KIT受体并调节WNT通路分子β-Catenin的活性来缓解AD炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明METRNL在特应性皮炎中的功能和调控机制	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	多重免疫染色、单细胞RNA-seq、RNA-seq	小鼠AD模型	血清和皮肤样本	AD患者和小鼠模型
627	2025-04-24	The analysis of transcriptomic signature of TNBC-searching for the potential RNA-based predictive biomarkers to determine the chemotherapy sensitivity 2025-Feb, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00876-x PMID:38722458	research paper	该研究通过RNA-seq分析三阴性乳腺癌（TNBC）患者的转录组特征，寻找预测化疗敏感性的RNA生物标志物	首次鉴定出24个在TNBC恶性细胞中特异性表达的基因，这些基因可能作为预测新辅助化疗反应的转录组特征	样本量较小（46例FFPE样本），需要在更大样本中验证这些标志物的预测价值	寻找能够预测TNBC患者新辅助化疗疗效的RNA生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和乳腺癌细胞系	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	PLSR	转录组数据	46例FFPE TNBC样本（26例pCR，20例pPR）和63个乳腺癌细胞系
628	2025-04-24	The potential molecular markers of inflammatory response in KOA with AD based on single-cell transcriptome sequencing analysis and identification of ligands by virtual screening 2025-Feb, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-10854-4 PMID:38622351	research paper	本研究通过单细胞转录组测序分析和虚拟筛选技术，探索了KOA患者中慢性无菌性炎症可能导致AD的分子机制，并筛选了潜在的分子标志物和药物	首次结合单细胞转录组测序和虚拟筛选技术，识别了KOA与AD关联的潜在分子标志物TXNIP、MMP3和MMP13，并发现了针对这些标志物的潜在药物	研究尚未通过实验验证筛选出的药物在实际治疗中的效果	探索KOA影响AD发展的分子机制，并筛选预测、诊断和预后AD的分子标志物和药物	KOA患者与AD之间的分子关联	digital pathology	geriatric disease	single-cell transcriptome sequencing, virtual screening, molecular dynamics simulation	NA	transcriptome data	NA
629	2025-04-24	Unraveling the metastatic niche in breast cancer bone metastasis through single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03594-2 PMID:39066875	研究论文	通过单细胞RNA测序和TCGA数据分析，研究乳腺癌骨转移中的转移微环境	识别了乳腺癌骨转移中的转移微环境特征，包括癌症相关成纤维细胞的增加和免疫细胞的减少，并发现了一种与不良预后相关的特定亚型（State 1）	未提及样本量的具体限制，可能需要在更大样本中验证结果	研究乳腺癌骨转移的转移微环境，为靶向治疗提供新视角	乳腺癌原发肿瘤、淋巴结转移和骨转移样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、TCGA数据分析	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本量
630	2025-04-24	Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04385-0 PMID:39052183	研究论文	该研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在癫痫中的作用及其与免疫反应的关联	首次揭示了7个关键基因（TFRC、POR、PTGS2、RELA、PGD、TRIM21和QSOX1）在癫痫样本中的重要作用，并构建了具有高诊断效能的模型	研究样本量相对较小（91例患者），且机制研究仍需进一步深入	探究铁死亡相关基因在癫痫发病机制中的作用及其诊断潜力	癫痫患者和小鼠癫痫脑组织	生物医学	癫痫	qRT-PCR、CIBERSORT、MCP-counter、WGCNA、scRNA-seq	诊断模型	基因表达数据	91例癫痫患者和小鼠癫痫脑组织
631	2025-04-24	Distinct immunometabolic signatures in circulating immune cells define disease outcome in acute-on-chronic liver failure 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000907 PMID:38761406	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了急性慢性肝衰竭（ACLF）患者循环免疫细胞的免疫代谢特征及其与疾病结果的关系	首次在ACLF患者中识别出两种不同的经典单核细胞状态，并发现这些状态与疾病恢复或非恢复相关	研究样本量有限，且未探讨这些免疫代谢特征是否在其他肝病中普遍存在	探究ACLF患者循环免疫细胞的免疫代谢特征与疾病结果的关系	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞	免疫代谢	肝衰竭	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞样本
632	2025-04-24	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	research paper	该论文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞RNA测序数据中推断基因轨迹而非细胞轨迹	创新性地提出了基于基因分布而非细胞轨迹的基因动态推断方法，解决了现有细胞伪时序方法在并发基因过程分析中的局限性	未明确说明方法在复杂生物系统或大规模数据集中的计算效率问题	开发新的计算方法以更准确地解析生物过程中基因的动态变化规律	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	最优传输(optimal transport)模型	基因表达数据	涉及小鼠皮肤毛囊真皮凝聚细胞分化等生物过程的单细胞数据
633	2025-04-24	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02193-4 PMID:38565973	研究论文	本文提出了一种名为COVET的表示方法，用于捕捉细胞邻域或生态位中的多变量相互作用，并开发了ENVI模型，用于联合嵌入空间和单细胞RNA测序数据	引入了COVET表示方法，利用基因-基因协变结构捕捉细胞生态位的多变量相互作用，并开发了ENVI模型，能够将空间和单细胞RNA测序数据联合嵌入潜在空间	未明确提及具体限制，可能需要进一步验证在大规模数据集上的性能	解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域特征的表示问题	细胞邻域或生态位	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（ENVI）	空间和单细胞RNA测序数据	数百万细胞
634	2025-04-24	High rates of placental inflammation among samples collected by the Multi-Omics for Mothers and Infants consortium 2025-Feb, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.04.034 PMID:38697337	研究论文	该研究通过分析多组学母婴联盟收集的胎盘样本，揭示了胎盘炎症与早产之间的关联	研究发现发展中国家胎盘炎症与早产的关联，并揭示了地理和人群基础上的差异	样本量相对较小，且仅来自五个特定地区，可能影响结果的普遍性	改善出生结局，特别是早产的预防和管理	早产和足月分娩的胎盘样本	数字病理学	产科并发症	形态学分析、RNA纯化、批量转录组学	NA	组织样本、RNA数据	166例早产单胎和175例足月分娩的胎盘样本，其中35例早产和21例足月样本用于RNA分析
635	2025-04-24	Modulation of the Immunological Milieu in Acute Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage: The Potential Role of Monocytes Through CXCL10 Secretion 2025-Feb, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01259-4 PMID:38780865	研究论文	探讨动脉瘤性蛛网膜下腔出血（aSAH）中单核细胞通过CXCL10分泌调节免疫微环境的潜在作用	首次发现单核细胞在aSAH中高表达CXCL10，并揭示了CD8+CD161+细胞在aSAH中的潜在作用	样本量较小，且部分基因表达差异仅呈现趋势性变化	研究aSAH中免疫细胞的角色及其对炎症反应的调控	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本	免疫学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RT-qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本（具体数量未明确说明）
636	2025-04-24	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-01-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	研究论文	本文介绍了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与MERFISH技术，克服了细菌mRNA高密度的挑战，实现了单个细菌内数千个操纵子的空间分辨分析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌	空间转录组学	NA	MERFISH（多重错误鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像	NA
637	2025-04-24	The Single-Cell Landscape of Peripheral and Tumor-infiltrating Immune Cells in HPV- HNSCC 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632928 PMID:39868329	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，探索了HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中外周和肿瘤浸润免疫细胞的复杂免疫景观	首次在HPV阴性HNSCC中揭示了免疫细胞动态变化与肿瘤进展及淋巴结转移的关系，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小（29个样本），且仅针对HPV阴性HNSCC，结果可能不适用于其他亚型	探索HPV阴性HNSCC的免疫微环境，寻找潜在的治疗靶点	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单核细胞（PBMCs）和肿瘤浸润免疫细胞（TICs）	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高度多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据和免疫荧光图像数据	29个样本（14个PBMCs和21个TICs），近30万个免疫细胞
638	2025-04-24	Single-cell sequencing reveals the features of adaptive immune responses in the liver of a mouse model of dengue fever 2025-Jan, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12454 PMID:38988280	research paper	该研究通过单细胞测序和流式细胞术揭示了登革热重症小鼠肝脏中T细胞免疫反应的特征变化以及巨噬细胞的作用	首次使用单细胞测序技术分析登革热重症小鼠肝脏中T细胞免疫反应的变化及巨噬细胞与T细胞的免疫相互作用	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类登革热患者的免疫反应	探究登革热重症患者肝脏损伤的免疫病理机制	登革热小鼠模型的肝脏组织	免疫学	登革热	单细胞测序, 流式细胞术	小鼠模型	单细胞测序数据, 流式细胞数据	未明确说明样本数量，仅提到使用轻度或重度登革热小鼠模型的肝脏组织
639	2025-04-24	Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001893 PMID:38935114	研究论文	本研究通过分析铜死亡相关基因在免疫浸润中的作用，构建了一个用于诊断肝缺血再灌注损伤的预测模型	首次探讨铜死亡在肝缺血再灌注损伤中的作用，并构建了基于8个特征性铜死亡相关基因的诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅在小鼠模型中进行	研究铜死亡相关基因在肝缺血再灌注损伤中的作用及其诊断价值	肝缺血再灌注损伤患者和小鼠模型	生物信息学	肝缺血再灌注损伤	基因表达分析、机器学习算法、单细胞测序	LASSO逻辑回归、列线图模型	基因表达数据	GSE151648数据集（未明确样本量）、GSE14951和GSE171539验证数据集、小鼠模型
640	2025-04-24	Critical role of Slc22a8 in maintaining blood-brain barrier integrity after experimental cerebral ischemia-reperfusion 2025-Jan, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241264401 PMID:39068534	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了Slc22a8在脑缺血再灌注后维持血脑屏障完整性中的关键作用	首次发现Slc22a8在脑缺血再灌注后血脑屏障破坏中的关键调控作用，并证实其过表达可通过激活Wnt/β-catenin信号通路改善屏障功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脑缺血再灌注后血脑屏障破坏的分子机制	小鼠脑缺血再灌注模型中的内皮细胞和周细胞	神经科学	脑缺血	多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠大脑中动脉闭塞/再灌注(MCAO/R)模型	转录组数据、蛋白质数据	三个小鼠MCAO/R模型的转录组测序数据集和E13.5小鼠的BBB与非BBB内皮细胞数据