单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢如何通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展	开发了一种生物激活限制在癌组织中的GLNi前药JHU083，并利用scRNA-seq技术无偏解码肿瘤微环境中单细胞对GLNi治疗的反应	研究仅在免疫健全的妇科癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索谷氨酰胺代谢拮抗剂在肿瘤免疫微环境中的作用机制	免疫健全的妇科癌症小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	癌症代谢	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫健全小鼠模型	RNA测序数据	免疫健全小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞
622	2025-07-23	Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models 2025-Jan-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020204 PMID:39857986	研究论文	本研究评估了化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的抗肿瘤效果	首次提出化疗与LIF和PD-L1双重阻断的联合治疗方案，显著提高了抗肿瘤效果并增强了抗肿瘤免疫反应	研究仅在临床前模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索提高胰腺导管腺癌治疗效果的新型联合治疗方案	胰腺导管腺癌（PDAC）的临床前模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
623	2025-07-23	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析揭示了RUNX1家族性血小板障碍(FPD)中CD74信号轴的异常激活及其在炎症和造血缺陷中的作用，并提出了靶向CD74及其下游信号的治疗策略	首次发现CD74信号轴在FPD中的关键作用，并验证了靶向该通路可逆转造血缺陷和炎症	样本量相对有限(10例单细胞测序，75例功能分析)，且临床前研究结果需进一步临床试验验证	探索FPD发展为白血病的机制并开发早期干预策略	RUNX1-FPD患者的造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液病学	家族性血小板障碍/白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据/蛋白质表达数据	10例单细胞测序样本，75例以上功能分析样本
624	2025-07-23	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	通过多组学图谱辅助发现转录因子，用于选择性T细胞状态编程	构建了九种CD8 T细胞分化状态的转录和表观遗传图谱，预测转录因子活性，并发现了新的调控机制和TEX特异性转录因子	未明确提及具体局限性	精确编程T细胞状态以应对病毒感染和癌症	CD8 T细胞分化状态，特别是终末耗竭T细胞(TEX)和组织驻留记忆T细胞(T)	生物医学	癌症	CRISPR筛选结合单细胞RNA测序(Perturb-seq)	NA	转录和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
625	2025-07-23	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决scRNA-Seq数据中的丢失事件问题	CCI通过基因子集上的聚类和聚类结果的汇总来定义细胞相似性，并利用相似细胞的信息进行基因表达水平的插补	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下未表现出鲁棒性	解决scRNA-Seq数据中的基因表达丢失事件问题	scRNA-Seq数据中的基因表达丢失事件	基因组学	NA	scRNA-Seq	共识聚类	基因表达数据	NA
626	2025-07-23	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本研究通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制	发现了一个由生长素诱导的机制，该机制通过单个顺式调控元件决定形态变化，且该元件在Brassicaceae物种中独立进化	研究仅针对Capsella果实，未涉及其他植物器官的形状决定机制	探究植物器官形状决定和多样化的分子机制	Capsella果实	植物发育生物学	NA	全器官活细胞成像, scRNA-seq	NA	图像, RNA序列数据	NA
627	2025-07-23	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征基因表达与乳腺癌患者生存率的关系	首次发现14基因IGG特征与乳腺癌患者死亡风险降低41%-47%显著相关，并确定了其中7个关键基因与B细胞/T细胞克隆性的强相关性	研究结果主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探究肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638例乳腺癌患者(来自三个数据集)
628	2025-07-23	Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity 2025, Journal of applied statistics IF:1.2Q2 DOI:10.1080/02664763.2024.2369955 PMID:39926175	研究论文	提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图和融合相似性提取更多有价值的信息	创新性地结合correntropy与PCA处理噪声和异常值，引入超图提取局部结构信息，并使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间相似性信息	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据高维度和噪声对聚类带来的挑战，提高单细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
629	2025-07-23	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	探讨丝氨酸补充在抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成中的作用	首次发现丝氨酸补充通过增强视网膜线粒体代谢和脂质利用来抑制病理性血管生成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管形成中的作用	氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	眼科疾病研究	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J OIR幼鼠
630	2025-07-23	Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes 2024-Dec-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1 PMID:39764102	研究论文	本文提出了一种无监督多尺度聚类方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的层次结构	开发了一种多尺度聚类（MSC）方法，通过构建稀疏细胞-细胞相关性网络，在无监督的方式下识别多尺度分辨率的细胞类型和亚型	NA	揭示单细胞RNA测序数据中更精细分辨率的细胞结构	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度聚类（MSC）	基因表达数据	模拟数据、银标准数据、金标准数据以及真实疾病scRNA-seq数据
631	2025-07-23	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文探讨了肌成纤维细胞增殖受损在支气管肺发育不良（BPD）病理肺泡简化中的核心作用	通过单细胞RNA测序和多种小鼠模型，揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD病理肺泡简化的核心特征，并挑战了TGFβ信号增强在BPD发病机制中的传统观点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类BPD中的适用性需要进一步验证	探究BPD发病机制中肌成纤维细胞增殖受损的作用	支气管肺发育不良（BPD）的病理机制	病理生理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	多种小鼠模型（具体数量未提及）
632	2025-07-23	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVMs）中的过度表达及其作用机制	首次发现PIEZO1在HHT2中的过度表达及其通过VEGFR2/AKT、ERK5-p62-KLF4等信号通路促进AVM形成的机制，并验证了PIEZO1抑制对AVM形成的缓解作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且PIEZO1抑制治疗的长期效果和安全性尚未评估	揭示HHT2中AVM形成的分子机制并探索潜在治疗靶点	ALK1敲除小鼠模型及人类HHT病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序、遗传学与药理学抑制实验	Alk1敲除小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠模型和人类病变组织
633	2025-07-23	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于去噪单细胞RNA测序数据，通过估计率和预测文库大小来改善数据质量	ZiPo引入了尺度不变损失项，使权重稀疏化，从而提高了模型的生物可解释性，并采用文库大小预测和残差连接等新策略提升性能	处理时间与细胞数量成正比，可能在大规模数据集上效率有限	解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题，提高数据质量	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度人工神经网络（deep artificial neural network）	基因表达数据	三个数据集（具体数量未提及）
634	2025-07-23	Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621958 PMID:39574665	研究论文	本文介绍了一种名为Beaver的单细胞RNA测序数据转录组组装工具，旨在解决单细胞分辨率下全长转录本准确重建的挑战	Beaver通过实施转录片段图和高效的动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录本组装的精确度	研究主要针对短读长scRNA-seq数据，可能不适用于长读长数据	开发一种能够准确重建单细胞分辨率下全长转录本的组装工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	随机森林	RNA测序数据	使用真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据进行实验
635	2025-07-23	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566719 PMID:38014231	research paper	介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据	Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动态变化	未明确提及具体局限性	开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
636	2025-07-23	Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease 2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14164 PMID:39356058	研究论文	研究人类阿尔茨海默病(AD)衰老大脑中转座元件(TE)的广泛失调及其与神经炎症的关联	首次在人类AD衰老大脑中系统鉴定TE表达数量性状位点(teQTL)，并通过CRISPRi实验验证特定TE对C1QTNF4基因表达的神经元特异性调控作用	研究主要基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体状态下的TE动态变化	阐明TE失调在AD发病机制中的作用	人类AD患者衰老大脑组织及iPSC来源的神经元	基因组学	阿尔茨海默病	RNA测序(RNA-seq)、全基因组测序(WGS)、CRISPR干扰(CRISPRi)	iPSC来源的神经元模型	基因组数据、转录组数据	来自三个人类AD脑组织库的大规模样本(具体数量未明确说明)
637	2025-07-23	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	研究论文	通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞的染色质可及性和转录动态特征	首次在单细胞水平上结合转录组和染色质可及性分析，揭示了乳腺癌亚型及其起源细胞的特征性基因表达和染色质可及性联系	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能影响结果的普遍性	探究乳腺癌不同分子亚型及其起源细胞的转录网络特征	乳腺癌患者组织样本（61个样本来自37名患者）	癌症基因组学	乳腺癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、多重成像技术	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
638	2025-07-23	Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595827 PMID:38826323	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，探讨了21三体综合征（T21）和GATA1s对造血过程的个体及协同影响	首次在等基因人类诱导多能干细胞中，通过单细胞RNA测序解析了T21和GATA1s对造血祖细胞的独立及协同作用机制	研究依赖于体外诱导的造血祖细胞模型，可能无法完全反映体内造血微环境的复杂性	阐明T21和GATA1s在造血发育过程中的分子机制及其对白血病前表型的贡献	人类诱导多能干细胞来源的造血祖细胞（HPCs）	单细胞组学	唐氏综合征/白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	人类诱导多能干细胞（iPSC）模型	单细胞转录组数据	等基因人类iPSC系（差异仅在于21号染色体和GATA1状态）
639	2025-07-23	Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis 2024-10-26, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02473-y PMID:39462409	研究论文	本研究探讨了内皮细胞中的KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护作用	首次揭示了KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护机制，包括抑制内皮细胞炎症激活和氧化应激	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的作用及其机制	内皮细胞特异性KLF11转基因和敲除小鼠	心血管疾病研究	糖尿病动脉粥样硬化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，功能获得和功能缺失实验	小鼠模型	基因表达数据	内皮细胞特异性KLF11转基因和敲除小鼠
640	2025-07-23	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	本研究构建了涵盖人类寿命的免疫细胞转录组图谱，通过机器学习模型揭示了免疫细胞在生理和病理衰老过程中的变化	首次构建了涵盖人类寿命的免疫细胞转录组图谱，并开发了新的生物年龄预测模型PHARE	NA	研究免疫细胞在衰老过程中的功能变化及其在疾病中的作用	人类免疫细胞，涵盖从新生儿到超百岁老人的不同年龄段	机器学习	COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病	scRNA-seq、bulk RNA-seq	PHARE	转录组数据	涵盖从新生儿到超百岁老人的不同年龄段人群