单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6361	2025-01-13	Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182842 PMID:39589836	研究论文	本文研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并探讨了雷帕霉素在改善这些过程中的作用	首次在体内研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并发现雷帕霉素可以改善这些过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并测试雷帕霉素是否能逆转这些影响	卫星细胞和肌肉再生	生物医学	肌肉疾病	单细胞测序、批量测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
6362	2025-01-13	Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.17 PMID:39774627	研究论文	本文研究了氧化磷酸化（OXPHOS）功能障碍在视网膜脱离（RD）中的作用，并探讨了idebenone对RD模型中的OXPHOS功能障碍的改善作用	首次系统地研究了视网膜脱离后视网膜细胞的代谢变化，并验证了idebenone在改善OXPHOS功能障碍中的潜在作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍的机制及其对光感受器的影响	人类视网膜细胞和小鼠视网膜脱离模型	数字病理学	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
6363	2025-01-13	Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance 2025-Jan, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02431-3 PMID:39424708	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了儿童伯基特淋巴瘤（BL）的肿瘤异质性及治疗抵抗的标志物	揭示了BL肿瘤内部的异质性，并识别了与治疗抵抗相关的候选生物标志物TPM2	研究样本仅限于EBV阴性的BL标本，可能不适用于所有BL患者	研究BL的异质性及区分治疗响应者与非响应者的特征	儿童伯基特淋巴瘤（BL）患者	数字病理学	伯基特淋巴瘤	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	EBV阴性的BL标本
6364	2025-01-13	Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402 PMID:39643184	研究论文	本研究利用单细胞测序和批量RNA测序，结合机器学习和多组学技术，开发并验证了肿瘤进化特征预测指标（TECPI），以探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1的作用	结合机器学习和多组学技术开发了TECPI，相比传统临床预测指标和81个已发表模型，TECPI在预后预测和患者治疗效果方面表现更优，并验证了AMOTL1在前列腺癌药效学中的关键作用	NA	探索前列腺癌的肿瘤进化特征及其在个性化精准医学中的应用	前列腺癌（PCa）	机器学习	前列腺癌	单细胞测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6365	2025-01-13	Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70213 PMID:39789383	研究论文	本研究旨在通过自噬相关基因（ARGs）构建预测模型AIDPS，用于前列腺癌的临床结果预测	利用单细胞测序数据和RNA测序数据，结合101种机器学习算法，构建了基于人工智能的预后签名（AIDPS）模型，该模型在前列腺癌的预后预测中表现优于其他已发表模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	识别和评估自噬相关特征，以预测前列腺癌患者的临床结果	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, RNA测序	Ridge模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的公共数据
6366	2025-01-13	Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869 PMID:39657666	研究论文	本文研究了米替福新如何通过改善T细胞的生物能量状态来恢复耗竭T细胞的功能	发现米替福新能够以不依赖PD-1/PD-L1的方式恢复CAR-T细胞的功能，并在终末耗竭状态下仍有效	研究主要基于体外模型和小鼠肿瘤模型，尚未进行人体临床试验	探索恢复耗竭T细胞功能的新方法，以提高免疫治疗的疗效	耗竭的CAR-T细胞和T细胞	免疫治疗	癌症	单细胞测序分析	CAR-T细胞模型	细胞实验数据	NA
6367	2025-01-13	Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq 2024-Nov-12, Aging DOI:10.18632/aging.206151 PMID:39537209	研究论文	本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析，揭示了与肝细胞癌（HCC）预后不良和免疫浸润相关的多个关键分子的上调	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，构建了一个基于关键基因的HCC预后预测模型，并揭示了这些基因在免疫细胞中的高表达	由于肝癌的高度异质性，预测患者预后仍然具有挑战性	构建一个预测HCC预后的模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	RNA表达数据和临床数据	TCGA提供的RNA表达和临床数据
6368	2025-01-13	New tools to study renal fibrogenesis 2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000988 PMID:38587103	综述	本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究人类肾脏纤维化发展中的应用	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，识别了PDGFRα+/PDGFRβ+间充质细胞作为人类肾脏纤维化的主要细胞来源，并揭示了成纤维细胞和肌成纤维细胞的共同细胞状态及分子调控机制	需要精心设计和优化多组学实验，以解决与细胞谱系、可塑性和细胞间通讯相关的问题	探索人类肾脏纤维化发展的研究问题	健康人类肾脏和慢性肾脏病（CKD）患者的肾脏样本	生物医学研究	慢性肾脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	健康人类肾脏和CKD患者的肾脏样本
6369	2025-01-13	Differences in cell shape, motility, and growth reflect chromosomal number variations that can be visualized with live-cell ChReporters 2023-Dec-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E23-06-0207 PMID:37903225	研究论文	本文使用活细胞ChReporter方法识别单染色体缺失的细胞，以更好地理解细胞形状、运动性和生长差异	使用活细胞ChReporter方法可视化染色体数量变化，揭示细胞形态、运动性和生长差异	机械型-基因型关系复杂，需要进一步研究	理解染色体数量变化对细胞形态、运动性和生长的影响	标准癌细胞系	细胞生物学	癌症	活细胞ChReporter方法、单细胞RNA测序	NA	细胞图像、基因表达数据	标准癌细胞系的克隆群体
6370	2025-01-13	Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease 2023-06-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-023-00624-5 PMID:37340466	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了阿尔茨海默病（AD）的性别特异性分子网络，并识别了关键驱动因素	首次整合大规模人类死后脑转录组数据，通过多尺度网络分析识别性别特异性分子网络和关键驱动因素，特别是LRP10在AD发病机制中的性别差异作用	研究主要依赖于死后脑样本，可能无法完全反映活体中的分子变化	探讨阿尔茨海默病的性别特异性分子机制，以促进性别和APOE基因型特异性治疗的发展	人类死后脑样本和AD小鼠模型	生物信息学	阿尔茨海默病	多尺度网络分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酵母双杂交系统筛选	EFAD小鼠模型	转录组数据	两个队列（MSBB和ROSMAP）的人类死后脑样本和AD小鼠模型
6371	2025-01-13	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病（CKD）模型中调节肾脏局部微环境（KLM）形成的作用	通过多学科方法，结合单细胞RNA测序数据和数学建模，揭示了c-met在肾小管细胞和巨噬细胞中的不同作用，并验证了c-met缺失对上皮细胞可塑性、肌成纤维细胞活化和细胞外基质合成/降解的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病中调节肾脏局部微环境的作用	慢性肾病模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序	数学建模	RNA测序数据	多种慢性肾病模型中的小鼠样本
6372	2025-01-13	Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006 PMID:34506726	研究论文	本文通过单细胞分析定义了人类多能干细胞衍生的中间神经元的性质	首次直接比较了多种体外中间神经元衍生方法的同质性，并发现PSC衍生的中间神经元仅代表大脑中潜在亚型的一小部分	研究主要关注体外和体内中间神经元的相似性，未深入探讨其功能差异	确定体外方法生成的人类中间神经元是否包含大脑中发现的所有亚型，并比较体外和体内中间神经元的相似性	人类皮质和PSC衍生的中间神经元	单细胞分析	NA	单核和单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
6373	2025-01-13	Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer 2021-09-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-021-01468-x PMID:34579762	研究论文	本文通过对MMTV-PyMT小鼠模型中转移性乳腺癌细胞的转录组分析，探讨了肿瘤异质性和器官趋向性	使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析转移性乳腺癌细胞的转录组，揭示了肿瘤异质性和器官趋向性的基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	探讨乳腺癌转移过程中的肿瘤异质性和器官趋向性	MMTV-PyMT小鼠模型中的转移性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源的转移性细胞系
6374	2025-01-12	Identification of cancer cell-intrinsic biomarkers associated with tumor progression and characterization of SFTA3 as a tumor suppressor in lung adenocarcinomas 2025-Jan-08, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13395-z PMID:39780110	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在基因特征，并全面分析了SFTA3在肺腺癌中的作用	构建了一个包含八个基因的预后模型，并首次揭示了SFTA3在肺腺癌中的肿瘤抑制作用及其潜在诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	识别与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在生物标志物，并探讨SFTA3在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者及其血清样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
6375	2025-01-12	Tokay gecko tail regeneration involves temporally collinear expression of HOXC genes and early expression of satellite cell markers 2025-Jan-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02111-9 PMID:39780185	研究论文	本研究探讨了托卡壁虎尾部再生过程中的基因表达模式，并与胚胎尾部发育进行了比较	揭示了托卡壁虎尾部再生过程中HOXC基因的时间共线性表达及卫星细胞标记物的早期表达，与胚胎发育模式不同	研究仅限于托卡壁虎，未涉及其他蜥蜴物种的尾部再生机制	探究托卡壁虎尾部再生的分子机制及其与胚胎发育的差异	托卡壁虎的尾部再生和胚胎尾部发育	发育生物学	NA	转录组学、单细胞测序、原位杂交	NA	基因表达数据	托卡壁虎尾部再生的七个阶段和胚胎尾部发育的三个阶段
6376	2025-01-12	Role and mechanism of LINC02390 and its potential target genes, CLECL1 and CD69, in immune microenvironment of lung adenocarcinoma 2025, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine IF:1.4Q3 DOI:10.3233/THC-241452 PMID:39269874	研究论文	本文探讨了LINC02390及其潜在靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌免疫微环境中的作用和机制	首次发现LINC02390及其靶基因CLECL1和CD69与肺腺癌患者预后及免疫微环境的关系	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	寻找能预测肺腺癌预后的生物标志物，并探索其在免疫微环境中的作用	肺腺癌患者及其相关基因表达	生物信息学	肺腺癌	生存分析、GO和KEGG分析、单细胞测序、免疫组化染色	NA	基因表达数据、临床组织样本	在线数据库cbioportal和TIMER中的基因突变数据，单细胞测序数据集GSE111894，临床组织样本
6377	2025-01-12	Tertiary Lymphoid Structure in Dental Pulp: The Role in Combating Bacterial Infections 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406684 PMID:39465672	研究论文	本研究探讨了牙髓中三级淋巴结构（TLS）在对抗细菌感染中的作用	首次在牙髓中揭示了TLS的形成及其在感染反应中的功能，并识别了可能驱动TLS形成的关键分子CCL3	研究中使用的样本量未明确说明，且主要基于单细胞RNA测序和免疫荧光染色，可能限制了结果的广泛适用性	研究牙髓中TLS的形成及其在免疫反应中的作用	健康和发炎的人牙髓样本及小鼠牙髓炎模型	免疫学	牙髓炎	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	RNA序列数据，图像数据	未明确说明
6378	2025-01-12	Targeting SLITRK4 Restrains Proliferation and Liver Metastasis in Colorectal Cancer via Regulating PI3K/AKT/NFκB Pathway and Tumor-Associated Macrophage 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400367 PMID:39499724	研究论文	本文研究了SLITRK4在结直肠癌（CRC）肝转移中的作用及其通过调节PI3K/AKT/NFκB通路和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的机制	首次发现SLITRK4在CRC肝转移中的关键作用，并通过系统性siRNA递送的脂质-聚合物杂化纳米颗粒（NPs）验证了其治疗潜力	研究主要依赖于体外和体内模型，尚未进行大规模临床试验	探索CRC肝转移的新驱动因素及其治疗策略	结直肠癌患者及其肝转移组织	癌症研究	结直肠癌	转录组分析、单细胞RNA测序、脂质-聚合物杂化纳米颗粒	体外和体内模型	RNA测序数据、细胞培养数据	人类患者的原发癌旁组织、结直肠肿瘤和转移组织
6379	2025-01-12	Identifying Multiomic Signatures of X-Linked Retinoschisis-Derived Retinal Organoids and Mice Harboring Patient-Specific Mutation Using Spatiotemporal Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405818 PMID:39503290	研究论文	本文通过多组学方法结合单细胞RNA测序和时空转录组学，揭示了X连锁视网膜劈裂症（XLRS）的转录组特征，并验证了潜在的治疗靶点	首次结合高吞吐量单细胞RNA测序和时空转录组学，解析XLRS特异性转录组特征，并验证了慢性内质网应激/eIF2α信号通路的治疗潜力	研究仅限于两种XLRS样模型（基因工程小鼠和患者来源的视网膜类器官），未涉及其他XLRS突变模型	解析XLRS的分子病理机制并探索潜在治疗靶点	基因工程小鼠和患者来源的视网膜类器官	数字病理	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、时空转录组学（ST）、蛋白质组学分析	NA	转录组数据、蛋白质数据	两种XLRS样模型（基因工程小鼠和患者来源的视网膜类器官）
6380	2025-01-12	Advances on the Role of Lung Macrophages in the Pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease in the Era of Single-Cell Genomics 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.100160 PMID:39781522	综述	本文综述了肺巨噬细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的作用，特别是在单细胞基因组学时代的新发现	利用单细胞RNA测序技术揭示了COPD中巨噬细胞的分子异质性，提供了对巨噬细胞在COPD中作用的新见解	文章主要基于已有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨肺巨噬细胞在COPD发病机制中的复杂作用	肺巨噬细胞及其在COPD中的亚群	单细胞基因组学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA