本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6361 | 2025-10-06 |
A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia
2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.03.03.23286485
PMID:37961528
|
研究论文 | 本研究通过多维分析揭示了儿童急性髓系白血病骨髓免疫微环境的特征和免疫聚集体的细胞组成 | 首次在儿童AML中发现近三分之一病例存在免疫浸润骨髓,并识别了包含CD8 T细胞、记忆B细胞、浆细胞和M1样巨噬细胞的免疫聚集热点 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 解析儿童AML骨髓免疫微环境的组成、表型和空间结构 | 儿童急性髓系白血病患者骨髓样本和非白血病对照样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 儿童AML病例和非白血病对照 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6362 | 2025-10-06 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586420
PMID:38585920
|
研究论文 | 本文提出了一种名为快速GLM-PCA的新算法,用于加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 开发了交替泊松回归(APR)算法,相比现有算法能产生更高质量的拟合结果且计算时间更短 | 仅在两个已发表的单细胞RNA-seq数据集上进行了验证,需要更多数据集验证通用性 | 解决单细胞RNA测序数据降维中的计算效率问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GLM-PCA, 交替泊松回归(APR) | 计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6363 | 2025-10-06 |
γδ T cell profiling in a cohort of preterm infants reveals elevated frequencies of CD83+ γδ T cells in sepsis
2024-Jul-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20231987
PMID:38753245
|
研究论文 | 本研究通过纵向队列分析揭示了早产儿γδ T细胞在新生儿败血症中的动态变化和表型特征 | 首次在新生儿败血症中发现HLA-DRhiCD83+ γδ T细胞亚群,并揭示其抗原呈递相关基因表达特征 | 样本仅限于早产儿队列,未包含更大规模的验证队列 | 探究早产儿γδ T细胞在新生儿败血症中的免疫学特征和功能 | 早产儿队列中的γδ T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 二代测序,流式细胞术,单细胞转录组学,功能实验 | NA | 基因组数据,蛋白质表达数据,单细胞转录组数据 | 早产儿纵向队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6364 | 2025-10-06 |
Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168
PMID:38878676
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学识别与总体、侵袭性和早发性前列腺癌相关的蛋白质组风险因素 | 首次整合孟德尔随机化、共定位分析和空间转录组学方法系统鉴定前列腺癌风险相关蛋白,并验证其与肿瘤侵袭性的关联 | 研究主要基于遗传预测的蛋白水平,未直接测量循环蛋白浓度;部分发现需要在更多种族群体中验证 | 识别前列腺癌风险相关的循环蛋白,揭示生物学通路并发现新的癌症预防靶点 | 前列腺癌患者(总体、侵袭性和早发性疾病) | 生物信息学 | 前列腺癌 | 孟德尔随机化, 共定位分析, 空间转录组学, GWAS | NA | 遗传数据, 转录组数据 | 2002种遗传预测的循环蛋白水平,两个独立癌症GWAS数据集(欧洲和非洲 ancestry) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6365 | 2025-10-06 |
Expansion of highly interferon-responsive T cells in early-onset Alzheimer's disease
2024-07, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13892
PMID:38829682
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现早发性阿尔茨海默病患者外周血中干扰素响应性T细胞显著扩增 | 首次在早发性阿尔茨海默病患者中发现抗病毒样ISAGhi T细胞的显著扩增和干扰素信号通路基因表达上调 | 样本量较小,需要进一步研究验证这些细胞在神经退行性疾病中的具体作用机制 | 研究早发性阿尔茨海默病的免疫特征变化 | 早发性阿尔茨海默病患者和临床正常对照者的外周血单核细胞及CD4 T细胞 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 微滴数字PCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 16例个体进行scRNA-seq分析,19例个体进行CD4 T细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6366 | 2025-10-06 |
Microglial sex differences in innate high anxiety and modulatory effects of minocycline
2024-Jul, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.03.035
PMID:38552926
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高焦虑小鼠模型中微胶质细胞存在显著性别差异,并发现米诺环素治疗可调节女性高焦虑小鼠的突触吞噬功能 | 首次在先天高焦虑小鼠模型中系统揭示微胶质细胞功能性别差异,发现女性高焦虑小鼠微胶质细胞具有更强的突触吞噬能力 | 研究仅限于小鼠模型,人类相关性尚需验证;样本规模相对有限 | 探究高焦虑行为中微胶质细胞功能的性别差异及米诺环素的调节作用 | 先天高焦虑行为(HAB)和正常焦虑行为(NAB)小鼠的脑组织微胶质细胞 | 神经科学 | 焦虑症 | 单细胞RNA测序,体外突触体吞噬实验,口服药物干预 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | 高焦虑和正常焦虑的雄性和雌性小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6367 | 2025-10-06 |
Differential role of glucocorticoid receptor based on its cell type specific expression on tumor cells and infiltrating lymphocytes
2024-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101957
PMID:38643748
|
研究论文 | 本研究探讨糖皮质激素受体在乳腺癌肿瘤细胞和浸润淋巴细胞中细胞类型特异性表达的差异作用 | 开发了不依赖雌激素受体状态的GR特征,并首次系统分析GR在不同细胞类型中的特异性表达及其预后意义 | 研究主要基于回顾性数据和分析,需要进一步实验验证机制 | 阐明糖皮质激素受体在乳腺癌中的细胞类型特异性作用及其预后价值 | 乳腺癌细胞系、公共数据集和独立乳腺癌队列 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | 单变量和多变量分析 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集和独立乳腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6368 | 2025-10-06 |
Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07563-1
PMID:38898271
|
研究论文 | 提出一种多尺度拓扑方法,在亚细胞空间转录组学中自动分类细胞类型 | 首次开发直接利用亚细胞分辨率空间转录组数据进行细胞类型识别的方法,无需依赖图像数据 | 方法在新平台上的泛化能力需要进一步验证 | 开发空间转录组学中的细胞类型自动分类方法 | 人类肾脏组织和狼疮肾炎小鼠模型的免疫细胞 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学,多参数持续同调 | 多尺度拓扑方法 | 空间转录组数据 | 人类肾脏组织和小鼠模型样本 | NA | 靶向和全转录组空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组平台 |
6369 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation
2024-Jun, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01830-z
PMID:38671323
|
研究论文 | 本研究揭示了载脂蛋白E通过调控Dectin-1信号通路在肺部β-葡聚糖诱导炎症适应过程中促进单核细胞源性肺泡巨噬细胞发育的新机制 | 首次发现ApoE信号调控单核细胞向肺泡巨噬细胞分化的新机制,并鉴定出具有独特表型和功能的ApoECD11b肺泡巨噬细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;机制研究仍存在未明确的信号通路细节 | 探究肺部巨噬细胞在环境刺激下的功能与发育适应性机制 | 小鼠肺部巨噬细胞,特别是单核细胞源性肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 肺部感染,肺纤维化 | 单细胞转录组测序,高维成像,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,图像数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6370 | 2025-10-06 |
Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition
2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.15.553436
PMID:37645713
|
研究论文 | 提出一种新的统计方法GBCD,用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性 | 开发了广义二元协方差分解方法,能够将转录异质性分解为患者特异性、数据集特异性和疾病亚型相关的共享成分 | 方法在强肿瘤间异质性存在时的性能尚未与其他方法进行全面比较 | 解析肿瘤转录异质性并识别与癌症进展相关的共享模式 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 广义二元协方差分解(GBCD) | 单细胞RNA测序数据 | 来自三项研究的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6371 | 2025-10-06 |
Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48267-4
PMID:38744839
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞技术揭示了肠道相关淋巴组织中双阴性B细胞与DNASE1L3在维持肠道稳态中的作用机制 | 首次发现自身免疫疾病相关的双阴性2 B细胞亚群在健康肠道组织中存在,并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用 | 研究观察到人类与小鼠在DNASE1L3表达树突状细胞功能上存在物种差异,机制尚未完全阐明 | 探究肠道相关淋巴组织对细菌抗原的初始应答机制及细菌处理方式 | 肠道相关淋巴组织中的双阴性B细胞和树突状细胞 | 空间生物学 | 自身免疫疾病 | 空间转录组学, 多重单细胞技术 | NA | 空间转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
6372 | 2025-10-06 |
Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.557439
PMID:37781613
|
研究论文 | 本研究揭示MEIOC与YTHDC2、RBM46通过介导mRNA降解增强小鼠精原细胞启动减数分裂能力 | 发现MEIOC在减数分裂启动前通过mRNA destabilization调控转录组变化,早于既往认知 | 研究局限于小鼠模型,未涉及其他哺乳动物验证 | 阐明MEIOC分子机制如何支持精原细胞早期减数分裂 | 小鼠精原细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 发育同步化的精子发生过程样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
6373 | 2025-10-06 |
Tendon-associated gene expression precedes osteogenesis in mid-palatal suture establishment
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.11.590129
PMID:38798531
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了腭中缝建立过程中肌腱相关基因在成骨作用前的关键表达模式 | 首次发现肌腱相关基因在腭中缝形成中发挥重要作用,并建立了细胞外基质基因、肌腱细胞标记物与新型缝线开放候选基因之间的表达关系 | 研究主要聚焦于胚胎晚期至出生早期的发育阶段,对成年期缝线维持机制的探讨较为有限 | 探究腭中缝建立的分子机制及其与颅缝发育的共同生物学原理 | 小鼠腭中缝发育过程中的组织样本和基因表达数据 | 发育生物学 | 颅面畸形 | 组织学技术、多模态转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | 胚胎晚期至出生早期多个时间点的小鼠腭中缝样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | FaceBase数据库中的单细胞RNA测序数据集 |
6374 | 2025-10-06 |
scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development
2024-05-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016
PMID:38569548
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术对果蝇幼虫腹神经索细胞类型进行全面普查,为研究运动系统功能与发育提供重要资源 | 首次使用经解剖验证的高质量scRNA-seq创建幼虫VNC细胞类型的全面普查,发现构成成虫VNC的神经谱系在幼虫阶段已确定但处于静止状态 | 研究主要聚焦于幼虫阶段,对发育过程中细胞类型动态变化的分析可能不够全面 | 研究果蝇幼虫腹神经索的细胞类型组成及其在运动系统发育和功能中的作用 | 果蝇幼虫腹神经索细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据 | 果蝇幼虫腹神经索细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6375 | 2025-10-06 |
A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations
2024-May-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47945-7
PMID:38702304
|
研究论文 | 通过人类胚胎干细胞分化模型研究神经母细胞瘤相关染色体畸变对神经嵴发育的影响 | 首次建立人类神经嵴发育模型,揭示染色体17q/1q增益与MYCN过表达协同破坏神经嵴细胞分化的机制 | 研究基于体外干细胞分化模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 探究染色体拷贝数变异在胚胎性肿瘤发生中的作用机制 | 人类胚胎干细胞分化的神经嵴细胞及其交感肾上腺衍生物 | 发育生物学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序, 单细胞表观基因组分析 | 人类胚胎干细胞分化模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞表观基因组学 | NA | NA |
6376 | 2025-10-06 |
Spatial Biology of Breast Cancer
2024-05-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041335
PMID:38110242
|
综述 | 探讨空间生物学方法在乳腺癌研究中的应用与进展 | 整合传统空间方法与新兴多重成像技术,揭示空间关系对癌症进展和治疗的影响 | NA | 总结空间方法在乳腺癌研究中的贡献并展望未来研究方向 | 乳腺癌 | 空间生物学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 多重成像技术 | NA | 空间分子数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
6377 | 2025-10-06 |
The p21+ perinecrotic hepatocytes produce the chemokine CXCL14 after a severe acetaminophen overdose promoting hepatocyte injury and delaying regeneration
2024-05, Toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.tox.2024.153804
PMID:38614205
|
研究论文 | 本研究揭示了在对乙酰氨基酚严重过量后,p21+坏死周围肝细胞通过产生趋化因子CXCL14加剧肝细胞损伤并延迟再生 | 首次发现p21+肝细胞亚群通过分泌CXCL14直接阻碍肝脏恢复,而非传统认为的衰老细胞清除机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探索严重对乙酰氨基酚过量后肝脏修复障碍的机制 | 小鼠模型和人类APAP explant肝脏样本 | 分子病理学 | 急性肝衰竭 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 人类肝脏样本和雌雄小鼠模型 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
6378 | 2025-10-06 |
De novo detection of somatic mutations in high-throughput single-cell profiling data sets
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01863-z
PMID:37414936
|
研究论文 | 开发了一种名为SComatic的算法,用于直接从单细胞转录组和ATAC-seq数据中检测体细胞突变 | 无需匹配的bulk或单细胞DNA测序数据即可直接检测体细胞突变,能够检测多克隆组织中分化细胞的突变 | 未明确说明算法在特定突变类型或低质量数据上的性能限制 | 开发单细胞水平体细胞突变检测方法,用于研究癌症进化、克隆镶嵌和细胞可塑性 | 688个单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据集中的超过260万个单细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 统计算法 | 单细胞测序数据 | 超过260万个单细胞,来自688个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
6379 | 2025-10-06 |
Blimp-1 and c-Maf regulate immune gene networks to protect against distinct pathways of pathobiont-induced colitis
2024-May, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01814-z
PMID:38609547
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了转录因子Blimp-1和c-Maf在调节肠道免疫反应中的关键作用 | 首次发现Blimp-1和c-Maf共同主导调节Il10表达,同时负调控促炎细胞因子,并揭示其在保护免受不同病原体诱导结肠炎途径中的特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类疾病相关性仍需进一步验证 | 探究转录因子Blimp-1和c-Maf在肠道免疫调节中的作用机制 | 结肠固有层白细胞和纯化的CD4 T细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,ATAC-seq | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | 多种基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
6380 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47933-x
PMID:38670973
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示人类视网膜发育过程中睫状缘区存在短暂性视网膜祖细胞 | 首次在人类视网膜发育过程中发现睫状缘区存在短暂性早期视网膜祖细胞,并揭示其随时间递减的出现规律 | 研究仅涵盖人类视网膜发育至妊娠中期的过程 | 研究人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的规范和分化机制 | 人类发育期视网膜组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,染色质可及性数据,空间转录组数据 | 人类发育期视网膜样本(涵盖至妊娠中期) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |