单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6361 - 6380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6361 | 2024-11-14 |
Comprehensive phenotypic and genomic characterization of venous malformations
2024-03, Human pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.humpath.2024.02.004
PMID:38367816
|
研究论文 | 研究静脉畸形（VMs）的表型和基因型特征，并探讨基因突变与临床病理特征之间的关系 | 首次系统地分析了TEK和PIK3CA基因突变与静脉畸形临床病理特征之间的关联，并揭示了基因特异性效应 | 研究样本量有限，且未涉及所有可能的基因突变类型 | 探讨静脉畸形中基因突变与临床病理特征之间的关联 | 静脉畸形患者及其基因突变和临床病理特征 | 数字病理学 | 血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因数据 | 114名静脉畸形患者 |
| 6362 | 2024-11-14 |
Inference after latent variable estimation for single-cell RNA sequencing data
2023-12-15, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxac047
PMID:36511385
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为count splitting的灵活框架，用于在单细胞RNA测序数据分析中进行有效的推断 | 提出了count splitting方法，解决了在单细胞RNA测序数据分析中使用相同数据进行潜在变量估计和基因关联测试时无法控制第一类错误的问题 | 仅在泊松假设下有效 | 开发一种新的方法，以在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断 | 单细胞RNA测序数据中的潜在变量估计和基因关联测试 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多能干细胞分化为心肌细胞的数据集 |
| 6363 | 2024-11-14 |
Kidney single-cell transcriptome profile reveals distinct response of proximal tubule cells to SGLT2i and ARB treatment in diabetic mice
2022-04-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2021.10.013
PMID:34678510
|
研究论文 | 研究了糖尿病小鼠肾脏单细胞转录组在不同药物治疗下的反应 | 揭示了ARBs和SGLT2i对近端小管细胞的不同影响，并发现了一个新的近端小管亚群 | NA | 探讨ARBs和SGLT2i在糖尿病肾病中的保护作用机制 | 糖尿病小鼠的肾脏细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | db/db小鼠和db/m小鼠 |
| 6364 | 2024-11-14 |
SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references
2021-01-18, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbz166
PMID:31925417
|
研究论文 | 提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法，利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析 | SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据，解决了批次效应问题，并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法 | NA | 开发一种新的反卷积方法，以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性 | 批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq） | ENSEMBLE方法 | 基因表达数据 | 包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系，以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集 |
| 6365 | 2024-11-14 |
SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble
2020-01-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz959
PMID:31777938
|
研究论文 | 提出了一种基于混合模型集合的单细胞聚类方法SAME-clustering，通过整合多种聚类方法的结果来提高聚类效果 | SAME-clustering通过选择多种聚类方法的多样性子集，生成改进的集合解决方案，从而在单细胞RNA-seq数据聚类中表现出色 | NA | 开发一种新的单细胞RNA-seq数据聚类方法，以提高聚类效果 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 聚类分析 | 混合模型 | RNA-seq数据 | 15个scRNA-seq数据集，包含49到32695个单细胞，聚类数从3到15 |
| 6366 | 2024-11-14 |
Background fluorescence and spreading error are major contributors of variability in high-dimensional flow cytometry data visualization by t-distributed stochastic neighboring embedding
2018-08, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.23566
PMID:30107099
|
研究论文 | 本文探讨了在高维流式细胞术数据可视化中，背景荧光和扩散误差对t-分布随机邻域嵌入（tSNE）算法的影响 | 本文首次识别了背景值分布差异和扩散误差是高维流式细胞术数据可视化中tSNE算法的主要变异来源，并提出了通过双指数变换和限制扩散误差来改善数据可视化的方法 | 本文主要关注了背景荧光和扩散误差的影响，未全面探讨其他可能影响tSNE算法性能的因素 | 研究tSNE算法在高维流式细胞术数据可视化中的应用及其变异来源 | 高维流式细胞术数据及其在tSNE算法中的可视化效果 | 生物信息学 | NA | 流式细胞术 | tSNE | 流式细胞术数据 | 多个独立实验或临床试验中的大量样本 |
| 6367 | 2024-11-13 |
Spatial domains identification in spatial transcriptomics using modality-aware and subspace-enhanced graph contrastive learning
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.029
PMID:39507820
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习和子空间分析的框架GRAS4T，用于空间转录组学中的空间域识别 | 结合对比学习和子空间分析模型，通过捕捉同一域内点的自表达性来准确区分不同的空间域 | NA | 开发一种新的方法来提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 空间转录组学数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 图对比学习 | 图对比学习框架 | 空间转录组数据 | 八个来自五个不同平台的空间转录组数据集 |
| 6368 | 2024-11-13 |
Shared and unique transcriptomic signatures of antidepressant and probiotics action in the mammalian brain
2024-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02619-0
PMID:38844534
|
研究论文 | 研究探讨了不同抗抑郁药物和益生菌对哺乳动物大脑不同区域的转录组影响 | 首次系统分析了抗抑郁药物和益生菌在哺乳动物大脑中的共同和独特转录组特征 | 研究仅限于特定药物和益生菌组合，未涵盖所有可能的治疗方案 | 揭示抗抑郁药物和益生菌在治疗情绪障碍中的共同和差异机制 | 抗抑郁药物（如安非他酮、地昔帕明、氟西汀）和益生菌（Lacidofil®）对大脑10个区域的影响 | 数字病理学 | 情绪障碍 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及10个大脑区域，每个区域-治疗组合平均有2211个差异表达基因 |
| 6369 | 2024-11-13 |
Interpretable spatially aware dimension reduction of spatial transcriptomics with STAMP
2024-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02463-8
PMID:39407016
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STAMP的空间感知维度缩减方法，用于空间转录组学数据的高维基因表达测量 | STAMP基于深度生成模型，能够返回生物学上有意义的低维空间主题和相关基因模块，适用于多种数据类型和样本 | NA | 开发一种可解释的空间感知维度缩减方法，以获得空间转录组学数据的有意义的低维表示 | 空间转录组学数据，包括单个切片、多个切片、不同技术以及时间序列数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 深度生成模型 | NA | 基因表达数据 | 超过500,000个细胞 |
| 6370 | 2024-11-13 |
The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches
2024-Oct-29, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01899-x
PMID:39472951
|
综述 | 本文综述了线粒体在心脏功能中的多方面作用及其在心血管疾病中的重要性 | 讨论了线粒体异质性和亚群在维持心脏功能和疾病相关重塑中的作用，并强调了线粒体与核的逆向通讯 | 未提供具体的研究数据或实验结果 | 探讨线粒体在心脏功能中的作用及其在心血管疾病中的潜在治疗策略 | 线粒体及其在心脏功能和疾病中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究 (GWAS) | NA | NA | NA |
| 6371 | 2024-11-13 |
Plasma proteometabolome in lung cancer: exploring biomarkers through bidirectional Mendelian randomization and colocalization analysis
2024-09-19, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae110
PMID:39011643
|
研究论文 | 研究利用孟德尔随机化方法探索肺癌相关的血浆蛋白质组和代谢组生物标志物 | 首次通过双向孟德尔随机化和共定位分析识别出与肺癌相关的血浆蛋白质和代谢物的新关联 | NA | 开发非侵入性诊断生物标志物以改善肺癌管理 | 血浆蛋白质组和代谢组 | 生物标志物 | 肺癌 | 孟德尔随机化 | NA | 蛋白质组学数据、代谢组学数据 | NA |
| 6372 | 2024-11-13 |
ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170246
PMID:39286973
|
研究论文 | 研究揭示了ADAMTS12在纤维化过程中的作用，通过重构细胞外基质促进损伤响应性成纤维细胞的激活 | 首次发现ADAMTS12在纤维化中的关键作用，并阐明了其通过重构细胞外基质和切割HMCN1来激活特定成纤维细胞亚群的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其结果 | 探讨ADAMTS12在纤维化中的作用及其分子机制 | ADAMTS12在心脏和肾脏纤维化中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 6373 | 2024-11-13 |
Predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer by pericytes insights from single-cell RNA sequencing
2024-07-06, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae064
PMID:38652261
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，揭示了结直肠癌微环境中周细胞的功能及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 首次揭示了周细胞在结直肠癌微环境中的富集及其与不良预后和免疫治疗抵抗的关系 | 研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证 | 探讨周细胞在结直肠癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 结直肠癌中的周细胞及其在免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过1000个样本，包括453个免疫治疗数据集样本 |
| 6374 | 2024-11-13 |
Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing
2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597786
PMID:38895367
|
研究论文 | 研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用 | 首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限 | 探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号 | 小鼠的长骨骨折及其愈合过程 | 神经科学 | 骨折 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 6648个背根神经节神经元 |
| 6375 | 2024-11-13 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
|
研究论文 | 研究SPI1对阿尔茨海默病相关表型的影响 | 首次探讨了SPI1在阿尔茨海默病中的作用及其对疾病表型的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨调节SPI1水平对阿尔茨海默病发病机制的影响 | SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型 |
| 6376 | 2024-11-13 |
Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid
2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13825
PMID:38624088
|
研究论文 | 研究了臭氧（O3）对疾病相关星形胶质细胞和淀粉样蛋白病理的影响，并探讨了外周高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在其中的作用 | 首次探讨了外周髓系细胞中的HMGB1在O3诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的作用 | NA | 探讨臭氧（O3）对阿尔茨海默病（AD）相关病理的影响及其机制 | 疾病相关星形胶质细胞（DAAs）和外周髓系细胞中的高迁移率族蛋白B1（HMGB1） | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 5xFAD小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+小鼠 |
| 6377 | 2024-11-13 |
FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation
2024-03-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03219-5
PMID:38553769
|
研究论文 | 介绍了一种名为FixNCut的方法，用于可逆的组织固定和解离，以提高单细胞基因组学在临床应用中的鲁棒性和可重复性 | FixNCut方法克服了现有技术的局限性，能够在固定和解离过程中保持RNA完整性、测序库复杂性和细胞组成，同时减少应激相关的人工假象 | NA | 开发一种新的方法，以提高单细胞技术在临床应用中的鲁棒性和可重复性 | 人类和小鼠的组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠的组织样本 |
| 6378 | 2024-11-13 |
Single-cell time series analysis reveals the dynamics of HSPC response to inflammation
2024-03, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302309
PMID:38110222
|
研究论文 | 研究了HSPC在炎症反应中的动态变化和异质性 | 开发了新的计算方法来处理和分析单细胞时间序列数据，包括无偏细胞类型注释和丰度分析、全局和细胞类型特异性响应基因的鉴定工具，以及用于响应伪时间重建的半监督线性回归方法 | NA | 研究HSPC在急性炎症中的动态变化 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞测序 | 半监督线性回归 | 单细胞时间序列数据 | 10,046个细胞，来自四个时间点，涵盖炎症反应的前72小时 |
| 6379 | 2024-11-13 |
Exploration of neuron heterogeneity in human heart failure with dilated cardiomyopathy through single-cell RNA sequencing analysis
2024-02-03, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-03739-9
PMID:38310240
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了DCM患者心脏衰竭中神经元的异质性及其在免疫和炎症反应中的潜在作用 | 研究仅限于GSE183852和GSE120895数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性 | DCM患者和健康对照样本中的神经元 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | GSE183852数据集中的DCM患者和慢性心力衰竭患者及健康对照样本 |
| 6380 | 2024-11-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals hub genes of myocardial infarction-associated endothelial cells
2024-01-24, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-03727-z
PMID:38267885
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了心肌梗死相关内皮细胞的枢纽基因 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析心肌梗死和假手术小鼠的内皮细胞，识别出关键的枢纽基因，并验证了这些基因对内皮细胞迁移和管形成的影响 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果 | 揭示心肌梗死相关内皮细胞的具体机制，并识别关键的枢纽基因 | 心肌梗死和假手术小鼠的内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 心肌梗死和假手术小鼠的单细胞RNA测序数据，以及人类脐静脉内皮细胞的培养数据 |