单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6361	2024-12-17	SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation 2024-04-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06172-y PMID:38632414	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成	SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解	NA	理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达	细胞类型的组成及其在不同位置的比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据	空间反卷积	基因表达数据	合成数据和真实数据集
6362	2024-12-17	Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types 2024-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44742-0 PMID:38233398	研究论文	本文通过整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和基因表达（scRNA-seq）数据，识别了与疾病相关的重要胎儿和成人脑细胞类型	首次将GWAS与scATAC-seq数据整合，识别出更多与疾病相关的重要脑细胞类型	研究仅限于28种脑相关疾病/特征，且样本量和细胞类型数量有限	通过整合GWAS与单细胞功能数据，优先识别与疾病相关的重要细胞类型	胎儿和成人脑细胞类型	数字病理学	神经系统疾病	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	28种脑相关疾病/特征的GWAS汇总统计数据（平均N=298K），320万scATAC-seq和scRNA-seq数据，83种细胞类型
6363	2024-12-17	Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease 2023-05-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac138 PMID:35994249	研究论文	本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制	揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的	NA	理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展	心血管疾病	心血管疾病	共聚焦显微镜、单细胞转录组学	NA	图像、RNA-seq数据	使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究
6364	2024-12-17	SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation 2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.14.536924 PMID:37131788	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例	SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式	本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性	开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法	细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序	反卷积方法	基因表达数据	合成数据和鸡心脏发育数据集
6365	2024-12-17	Granzyme K+ CD8 T cells form a core population in inflamed human tissue 2022-06-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abo0686 PMID:35704599	研究论文	研究发现在炎症组织中，表达颗粒酶K（GzmK）的CD8 T细胞构成了一个核心群体，并在类风湿性关节炎（RA）等疾病中发挥重要作用	首次发现CD8 T细胞在类风湿性关节炎等疾病中具有显著的炎症驱动作用，并且这些细胞在多种组织和疾病中广泛存在	研究主要集中在类风湿性关节炎和少数其他疾病，未来需要进一步验证这些发现在更广泛疾病中的适用性	探讨CD8 T细胞在炎症组织中的作用及其在不同疾病中的分布	类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的CD8 T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA数据、流式细胞数据	涉及类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的多种组织样本
6366	2024-12-17	Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2022-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01022-8 PMID:35260865	研究论文	本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响，并提出了一种新的方法来减少这种影响	提出了一个严格验证的协议，保留了体内转录组特征和细胞类型多样性，并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征	仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证，尚未在其他物种或组织类型中进行测试	解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题	鼠脑和人脑组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼠脑和人脑组织样本
6367	2024-12-17	Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level 2022, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2022068030097 PMID:36689316	研究论文	研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹，并识别了不同亚群的特征基因和信号通路	研究仅限于小鼠骨髓细胞，未涉及人类样本	揭示成骨细胞的异质性及其发育机制，为骨骼系统疾病的研究提供新思路	骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征	数字病理学	骨骼系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据
6368	2024-12-17	Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells 2021-01-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696 PMID:33148662	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况	揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系
6369	2024-12-16	Homoharringtonine synergizes with venetoclax in early T cell progenitor acute lymphoblastic leukemia: Bench and bed 2024-Dec-13, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.07.018 PMID:39151422	研究论文	研究评估了homoharringtonine（HHT）与venetoclax（VEN）联合治疗早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）的协同效应及其机制	首次展示了HHT与VEN联合治疗ETP-ALL的强协同效应，并通过单细胞RNA测序和western blot验证了其机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，需要进一步的大规模临床试验验证	探索HHT与VEN联合治疗ETP-ALL的疗效及其机制	早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）患者	NA	白血病	单细胞RNA测序，western blot	NA	细胞	6名ETP-ALL患者
6370	2024-12-16	Single-cell transcriptomics of vomeronasal neuroepithelium reveals a differential endoplasmic reticulum environment amongst neuronal subtypes 2024-Dec-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98250 PMID:39670989	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析小鼠犁鼻器感觉上皮细胞，揭示了不同神经元亚型之间的内质网环境的差异	首次通过单细胞转录组学揭示了犁鼻器感觉上皮细胞中不同神经元亚型的内质网环境差异，并提供了可搜索的基因表达模式网络资源	研究仅限于小鼠犁鼻器感觉上皮细胞，未涉及其他物种或其他类型的细胞	探究犁鼻器感觉上皮细胞中的细胞类型、发育基因表达模式以及神经元之间的功能差异	小鼠犁鼻器感觉上皮细胞中的神经元亚型	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠犁鼻器感觉上皮细胞中的多个单细胞样本
6371	2024-12-16	CAR T cells secreting NGF-neutralizing scFv enhance efficacy in clear cell renal cell carcinoma by relieving immunosuppression through immunosympathectomy 2024-Dec-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009910 PMID:39653553	研究论文	本研究探讨了通过CAR T细胞分泌NGF中和scFv来缓解肾透明细胞癌免疫抑制微环境，从而增强CAR T细胞的抗肿瘤效果	首次提出通过CAR T细胞分泌NGF中和scFv实现肿瘤免疫交感神经切除，从而减弱肿瘤微环境的免疫抑制	研究主要集中在肾透明细胞癌，其结果在其他类型肿瘤中的适用性尚不明确	探索通过免疫交感神经切除增强CAR T细胞在实体瘤中的疗效	肾透明细胞癌的免疫抑制微环境和CAR T细胞的抗肿瘤效果	免疫学	肾癌	RNA测序	CAR T细胞	RNA	多种癌症类型的基因集和肾透明细胞癌样本
6372	2024-12-16	Multiomics reveals tumor microenvironment remodeling in locally advanced gastric and gastroesophageal junction cancer following neoadjuvant immunotherapy and chemotherapy 2024-Dec-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010041 PMID:39653554	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了局部晚期胃癌和胃食管交界癌在接受新辅助免疫治疗和化疗后肿瘤微环境的动态变化	首次通过多组学分析揭示了新辅助免疫化疗后肿瘤微环境的动态变化，并构建了一个预测主要病理反应的模型	样本量较小，仅基于一个临床试验的数据，可能限制了结果的普适性	探讨新辅助免疫化疗对局部晚期胃癌和胃食管交界癌肿瘤微环境的影响及其机制	局部晚期胃癌和胃食管交界癌患者在接受新辅助免疫化疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	全外显子测序、全转录组测序、多重免疫荧光和单细胞RNA测序	回归模型	基因组数据、转录组数据、免疫细胞数据	30名患者
6373	2024-12-16	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Pivotal Role of DOCK2 in Sjögren Disease 2024-Dec, ACR open rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1002/acr2.11738 PMID:39382155	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了DOCK2在干燥综合征中的关键作用，并验证了DOCK2抑制剂在SjD小鼠模型中的治疗效果	首次揭示了DOCK2在CD8+ T细胞中的高表达与干燥综合征的关联，并验证了DOCK2抑制剂在缓解疾病症状中的有效性	研究仅在SjD小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证DOCK2抑制剂的疗效	解析干燥综合征唾液腺中的致病细胞群体及其免疫通路，并探索DOCK2作为潜在治疗靶点的可能性	干燥综合征小鼠模型的唾液腺免疫细胞	单细胞组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	干燥综合征小鼠模型的唾液腺免疫细胞
6374	2024-12-16	Impact of Mitophagy-Related Genes on the Diagnosis and Development of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via Single-Cell RNA-seq Analysis and Machine Learning Algorithms 2024-Nov-28, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2407.07052 PMID:39344350	研究论文	研究探讨了自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建预测模型	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建了基于自噬相关基因的食管鳞状细胞癌预测模型，并验证了PYCARD基因在其中的关键作用	研究主要基于基因数据和机器学习模型，未涉及临床试验验证	探讨自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，提供新的治疗策略	食管鳞状细胞癌及其自噬相关基因	机器学习	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因数据	169个自噬相关基因
6375	2024-12-16	Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response 2024-Nov-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology DOI:10.5152/tjg.2024.24118 PMID:39641225	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其对预后和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入研究肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并探讨其在预后和治疗反应中的作用	对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展、预后和治疗反应中的具体作用理解有限	揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并评估其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌的肿瘤免疫微环境异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6376	2024-12-16	Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae023 PMID:38862197	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性	研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略	肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14名未经治疗的肝内胆管癌患者
6377	2024-12-16	Single-cell RNA-seq Reveals the Inhibitory Effect of Methamphetamine on Liver Immunity with the Involvement of Dopamine Receptor D1 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae060 PMID:39196711	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	首次通过单细胞RNA测序揭示了甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的抑制作用，并发现多巴胺受体D1在其中的调节作用	研究仅限于慢性甲基苯丙胺暴露模型，未探讨急性暴露的影响	探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	肝脏免疫细胞及多巴胺受体D1	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肝脏免疫细胞类型
6378	2024-12-16	A specialized population of monocyte-derived tracheal macrophages promote airway epithelial regeneration through a CCR2-dependent mechanism 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110169 PMID:38993668	研究论文	本文研究了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用，并揭示了CCR2依赖的机制	首次揭示了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其CCR2依赖的招募和激活机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其机制	小鼠气管巨噬细胞及其在气道损伤后的再生作用	NA	NA	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
6379	2024-12-16	Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors 2024-06-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005 PMID:38581448	研究论文	本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效	提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具	需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性	开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具	单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系
6380	2024-12-16	Charting the cellular landscape of pulmonary arterial hypertension through single-cell omics 2024-May-03, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02823-0 PMID:38702687	综述	本文综述了单细胞组学技术，特别是单细胞RNA测序（scRNAseq），如何增强我们对肺动脉高压（PAH）的理解	scRNAseq提供了更精细的视角，详细描述了PAH中的细胞多样性，识别了独特的细胞亚群、基因网络和驱动疾病的分子通路	本文主要讨论了现有研究的结果，未涉及具体的实验数据或方法	探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用及其对疾病理解的影响	肺动脉高压（PAH）的细胞病理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及人类、大鼠和小鼠模型