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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6341 | 2025-10-06 |
Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases
2024-Sep, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03142-z
PMID:39039249
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研究论文 | 本研究通过整合约3000种血浆蛋白质与临床信息,开发了针对218种常见和罕见疾病的稀疏预测模型 | 首次在大规模人群(41,931人)中系统评估血浆蛋白质组学对多种疾病风险预测的价值,并证明仅需5-20个蛋白质的稀疏模型优于传统临床预测模型 | 研究主要基于英国生物银行数据,需要在其他人群中进一步验证模型泛化能力 | 评估血浆蛋白质组学在常见和罕见疾病风险预测中的临床效用 | 41,931名英国生物银行参与者,涵盖218种常见和罕见疾病(81-6,038病例) | 生物医学信息学 | 多种疾病(包括多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、运动神经元疾病等) | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | 稀疏预测模型 | 蛋白质组数据,临床信息,单细胞RNA测序数据 | 41,931名个体,涵盖218种疾病 | NA | 蛋白质组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
6342 | 2025-10-06 |
Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07797-z
PMID:39112713
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研究论文 | 本研究通过建立RAS剂量递增模型,揭示了致癌RAS剂量驱动的非线性表型连续谱及其在肿瘤发生中的作用 | 首次系统性地展示了致癌RAS剂量如何驱动从衰老到肿瘤起始的非线性表型连续谱 | 研究主要聚焦于肝细胞模型,其他细胞类型和组织中的表现仍需进一步验证 | 探究致癌RAS剂量对细胞衰老状态和肿瘤发生的影响 | 肝细胞和肝癌发生过程 | 癌症生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6343 | 2025-10-06 |
Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception
2024-08-30, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.ado6593
PMID:39208104
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术识别并操控了小鼠延髓头端腹内侧区中对吗啡有反应的神经元,揭示了调控机械性伤害感受的特定神经回路 | 首次识别出延髓头端腹内侧区中特定兴奋性投射神经元集群,这些神经元通过脑源性神经营养因子/原肌球蛋白受体激酶B依赖机制调控吗啡诱导的机械性镇痛作用 | 研究仅限于小鼠模型中的机械性伤害感受,未涉及其他类型疼痛或物种 | 阐明阿片类药物镇痛的神经解剖学基础 | 小鼠延髓头端腹内侧区神经元 | 神经科学 | 疼痛管理 | 单细胞转录组学,神经元操控技术 | NA | 基因表达数据,行为学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6344 | 2025-10-06 |
Type I Interferonopathy among Non-Elderly Female Patients with Post-Acute Sequelae of COVID-19
2024-08-28, Viruses
DOI:10.3390/v16091369
PMID:39339845
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研究论文 | 本研究通过分析非老年女性COVID-19急性后遗症患者的单细胞转录组数据,揭示了与I型干扰素信号异常激活相关的CD14STAT2单核细胞亚群特征 | 首次在非老年女性PASC患者中发现特征性CD14STAT2单核细胞亚群,并证实其与STAT2/IRF9转录因子活性和I型干扰素信号通路异常激活相关 | 研究基于公共数据库的回顾性数据分析,样本来源和数量有限,需要进一步实验验证 | 探索非老年女性COVID-19急性后遗症患者的免疫机制 | 非老年女性PASC患者、急性SARS-CoV-2感染患者及健康对照的外周血样本 | 生物信息学 | COVID-19后遗症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的非老年女性患者和对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6345 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas of the miracidium larva of Schistosoma mansoni reveals cell types, developmental pathways, and tissue architecture
2024-Aug-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.95628
PMID:39190022
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了曼氏血吸虫毛蚴幼虫阶段的全细胞图谱,揭示了其细胞类型组成、发育路径和组织结构 | 首次在单细胞水平上解析了血吸虫毛蚴幼虫的细胞组成,发现神经元是最多样化的体细胞类型,并识别出两个具有性别偏倚转录特征的主要干细胞群 | 研究仅聚焦于毛蚴这一特定发育阶段,未涵盖血吸虫完整生命周期 | 在细胞和分子水平上理解曼氏血吸虫毛蚴幼虫的生物学特性 | 曼氏血吸虫毛蚴幼虫 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序,原位杂交 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 约365个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6346 | 2025-10-06 |
Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-associated platelet bias are evolutionarily conserved
2024-08-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adk3469
PMID:39178276
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研究论文 | 本研究通过高通量单细胞RNA测序揭示了人类造血干细胞的功能和转录谱系偏好,并发现血小板偏向性HSC随年龄增长而增加 | 首次在人类造血干细胞中证实了功能性和转录性谱系偏好的存在,并揭示了血小板偏向性HSC在衰老过程中的进化保守性 | 研究基于异种移植模型,可能无法完全模拟人体内环境;样本来源有限 | 探究人类造血干细胞的异质性和年龄相关的血小板偏向性 | 成年人类骨髓造血干细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,分子条形码技术,异种移植 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老骨髓来源的人类造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 高通量单细胞RNA测序 |
6347 | 2025-10-06 |
Multimodal analysis unveils tumor microenvironment heterogeneity linked to immune activity and evasion
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110529
PMID:39161957
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研究论文 | 通过多模态分析方法揭示肿瘤微环境异质性及其与免疫活性和免疫逃逸的关联 | 开发了名为iHet的肿瘤微环境异质性特征,该特征在不同癌症中具有保守性,并能预测免疫治疗效果 | 研究主要基于转录组学数据,可能未涵盖肿瘤微环境的所有分子层面 | 解析肿瘤微环境异质性及其对免疫治疗的影响 | 肺癌肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肺癌 | 系统生物学方法,单细胞转录组测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
6348 | 2025-10-06 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1
PMID:39184105
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研究论文 | 开发了PURE-seq技术用于稀有细胞测序,并应用于小鼠造血衰老研究 | 开发了PURE-seq技术,能够直接从FACS分选细胞进行测序,有效捕获稀有细胞(百万分之一的稀有度) | 未明确说明技术验证的样本规模和应用范围限制 | 研究造血衰老过程中长寿命造血干细胞及其转录组特征 | 小鼠长寿命造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数十个细胞(百万分之一稀有度) | NA | 单细胞RNA-seq | PURE-seq | PIP-seq for Rare-cell Enrichment and Sequencing,支持直接从FACS加载细胞 |
6349 | 2025-10-06 |
High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity
2024-Aug, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01883-0
PMID:38956378
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术解析人类自然杀伤细胞的异质性 | 首次在健康人血液中鉴定出三个主要NK细胞亚群及其六个亚组,揭示了NK细胞的两种不同发育起源 | 样本来源仅限于健康个体和部分肿瘤组织,未涵盖其他疾病状态 | 系统解析人类自然杀伤细胞的异质性和功能特征 | 人类自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序, CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表面蛋白数据 | 健康人血液、肺组织、扁桃体、上皮内淋巴细胞及22种肿瘤类型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
6350 | 2025-10-06 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection
2024-07-21, Viruses
DOI:10.3390/v16071173
PMID:39066335
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研究论文 | 本研究通过SIV感染的非人灵长类动物模型,探讨免疫缺陷对SARS-CoV-2感染过程及免疫应答的影响 | 首次在可控环境下直接验证HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病进程和病毒持久性的影响 | 样本量较小(仅2只SIV感染动物),属于初步研究 | 研究免疫缺陷状态下SARS-CoV-2的疾病表现、病毒动力学和抗病毒免疫应答 | SIV慢性感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照猕猴 | 免疫学 | HIV/AIDS, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,临床观察数据 | 2只SIV慢性感染猪尾猕猴,另设SIV未感染对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6351 | 2025-10-06 |
Differential regulation by CD47 and thrombospondin-1 of extramedullary erythropoiesis in mouse spleen
2024-Jul-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92679
PMID:38979889
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研究论文 | 本研究探讨CD47和血小板反应蛋白-1对小鼠脾脏髓外红细胞生成的差异调控机制 | 首次揭示CD47缺失通过促进脾脏Ter119-CD34-祖细胞增殖增强髓外红细胞生成,而血小板反应蛋白-1缺失则通过延缓衰老红细胞清除抑制该过程 | 研究仅使用小鼠模型,未验证人类相关机制 | 阐明CD47和血小板反应蛋白-1信号通路在调控成年小鼠脾脏髓外红细胞生成中的作用机制 | CD47或血小板反应蛋白-1基因敲除小鼠的脾脏细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,流式细胞数据 | 基因敲除小鼠脾脏细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6352 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung
2024-Jul, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011910
PMID:39024231
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究猪肺部流感感染和呼吸道免疫后的持久免疫学变化 | 首次在猪模型中结合scRNA-seq和流式细胞术系统分析流感感染和呼吸道免疫后肺泡灌洗液中免疫细胞的持久变化,并发现IL-1β可减少功能性Treg细胞 | 研究仅观察感染后21天的免疫变化,缺乏更长时间点的追踪数据 | 探究流感感染和呼吸道免疫在猪肺部的持久免疫学影响 | 猪肺泡灌洗液中的白细胞亚群 | 单细胞组学 | 流感 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 猪肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6353 | 2025-10-06 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:39215134
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研究论文 | 通过构建基因调控网络识别并验证血管平滑肌细胞增殖的关键调控因子 | 首次结合单细胞转录组和表观遗传分析揭示VSMC增殖的调控机制,发现RUNX1和TIMP1-CD74轴等新调控因子 | 研究主要基于计算分析和体外验证,需要进一步体内实验确认临床转化潜力 | 阐明血管疾病中血管平滑肌细胞增殖的分子调控机制 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序,表观遗传分析 | 基因调控网络,计算机扰动分析 | 单细胞RNA测序数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6354 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing of human FAPs reveals different functional stages in Duchenne muscular dystrophy
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1399319
PMID:39045456
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析杜氏肌营养不良症患者纤维脂肪前体细胞的功能状态差异 | 首次在人类样本中揭示DMD患者FAP细胞存在不同功能亚群及其特异性基因表达特征 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明杜氏肌营养不良症中FAP细胞的分子调控机制和功能状态 | 健康对照和DMD患者的纤维脂肪前体细胞 | 单细胞转录组学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序,qPCR验证 | Seurat分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确总样本数,验证阶段包含9个额外样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina测序平台 | 10x Genomics单细胞RNA测序技术 |
6355 | 2025-10-06 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的潜在激活状态 | 首次结合单细胞基因表达和染色质可及性分析,发现处于静息状态但表观遗传预激活的嗅觉干细胞亚群 | 研究聚焦于嗅觉上皮特定再生过程,结论在其他神经再生系统中的普适性需进一步验证 | 解析损伤诱导再生过程中嗅觉上皮干细胞命运决定的分子机制 | 谱系追踪的单个嗅觉上皮干细胞 | 单细胞组学 | 神经再生 | 单细胞测序,染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
6356 | 2025-10-06 |
The covariance environment defines cellular niches for spatial inference
2025-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02193-4
PMID:38565973
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研究论文 | 提出了一种利用基因-基因协变结构表示细胞邻域特征的空间分析方法 | 引入了协变环境(COVET)表示法和基于最优传输的距离度量,开发了环境变分推断(ENVI)模型 | NA | 解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域特征表示的关键挑战 | 细胞邻域或生态位 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 数百万细胞 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
6357 | 2025-10-06 |
Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.571168
PMID:38168363
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研究论文 | 开发了一种基于高度保守氨基酸域的高效准确检测病毒序列的方法,可在单细胞分辨率下识别新型病毒及其对宿主基因表达的影响 | 提出不依赖参考基因组的病毒检测方法,能够在单细胞水平同时分析病毒存在和宿主基因表达,首次实现超过10万种RNA病毒的检测覆盖 | 方法主要针对RNA病毒,对其他类型病毒的检测能力可能有限,且目前仅在恒河猴PBMC数据中得到验证 | 开发高效准确的病毒检测方法,研究病毒感染对宿主基因表达的影响 | 病毒序列和宿主基因表达 | 生物信息学 | 病毒感染 | 高通量测序,单细胞转录组学 | 基于保守氨基酸域的检测算法 | 转录组测序数据 | 恒河猴外周血单个核细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
6358 | 2025-10-06 |
A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06806-x
PMID:38057666
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学构建人类胚胎肢体发育的时空细胞图谱 | 首次在人类胚胎肢体发育中鉴定出多个新细胞群体,发现肌肉发育的两个不同阶段波次,并揭示关键转录抑制因子MSC | 研究主要基于转录组数据,功能验证实验相对有限 | 深入解析人类胚胎肢体发育的细胞多样性和时空动态变化 | 人类和小鼠胚胎肢体组织 | 空间转录组学 | 先天性肢体畸形 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个人类胚胎肢体样本和小鼠胚胎肢体样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 使用VisiumStitcher整合多个解剖连续的空间转录组样本 |
6359 | 2025-10-06 |
Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries
2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG
IF:3.7Q2
DOI:10.1038/s41431-024-01564-4
PMID:38565638
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观点文章 | 探讨在中低收入国家推广单细胞RNA测序技术面临的障碍及解决方案 | 首次系统分析单细胞测序技术在中低收入国家应用面临的独特挑战,并提出促进全球平等参与的协作框架 | 未提供具体实施案例或定量数据分析 | 促进单细胞测序技术在全球范围内的公平应用和祖先多样性包容 | 中低收入国家的研究人员和捐赠者群体 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
6360 | 2025-10-06 |
Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens
2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxae010
PMID:38649751
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研究论文 | 提出GLM-EIV方法解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战 | 将经典变量误差模型扩展至指数族分布,可处理响应变量和噪声预测变量受相同混杂变量影响的情况 | 未明确说明方法在特定数据类型或规模下的适用性限制 | 开发单细胞CRISPR筛选数据的统计分析方法 | 单细胞CRISPR筛选数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 | GLM-EIV(基于广义线性模型的变量误差模型) | 基因表达数据 | 两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |