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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6321 | 2025-10-06 |
PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890
PMID:39186679
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研究论文 | 本研究揭示PTEN缺失通过IL33诱导HMOX1高表达巨噬细胞促进高级别浆液性卵巢癌进展的机制 | 首次发现PTEN缺失通过IL33诱导HMOX1hi巨噬细胞形成,并证明靶向该巨噬细胞可抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩大 | 探索PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌免疫微环境的影响及治疗靶点 | 小鼠模型和人类高级别浆液性卵巢癌样本 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序 | NA | 基因表达数据,流式细胞数据 | 小鼠模型和人类HGSC肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6322 | 2025-10-06 |
SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer
2024-Nov-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03428-y
PMID:39529126
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研究论文 | 开发了SpottedPy Python软件包用于识别肿瘤热点并分析癌症生态系统中的空间相互作用 | 开发了首个专门用于识别空间转录组热点和映射空间相互作用的Python工具包 | 未提及具体样本量和验证数据集 | 探索乳腺癌中上皮-间质可塑性的空间关系和环境线索 | 乳腺癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6323 | 2025-10-06 |
Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis
2024-Nov, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03146-9
PMID:39095597
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研究论文 | 本研究建立了首个沙蝇传播皮肤利什曼病的受控人类感染模型,评估了其安全性和有效性 | 首次建立沙蝇传播皮肤利什曼病的受控人类感染模型,并提供了人类CL病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的全面图谱 | 样本量较小(14名参与者),CL病变和活检程序导致的瘢痕形成明显 | 开发皮肤利什曼病疫苗并建立有效的临床前评估模型 | 健康人类参与者暴露于感染利什曼原虫的沙蝇 | 传染病学 | 皮肤利什曼病 | 空间转录组学,免疫组织化学 | 受控人类感染模型 | 临床数据,分子数据,影像数据 | 14名参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6324 | 2024-10-25 |
Spatial Transcriptomics: A New Frontier in Atherosclerosis Research?
2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321652
PMID:39441914
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
6325 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris
2024-Nov, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012699
PMID:39536069
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示新兴真菌病原体耳念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应及其IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 | 首次利用单细胞转录组学解析耳念珠菌皮肤感染的细胞特异性免疫反应,并发现其通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制 | 研究基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 阐明耳念珠菌在皮肤组织中持续定植的宿主免疫调节因素 | 耳念珠菌感染的小鼠皮肤组织 | 单细胞转录组学 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤感染模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6326 | 2025-10-06 |
Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07571-1
PMID:39567783
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研究论文 | 通过整合25个单细胞RNA测序数据集构建了包含160万个细胞的胃肠道细胞图谱,揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞化生的新机制 | 开发了自动化质量控制方法scAutoQC,构建了首个跨越整个健康胃肠道的大规模单细胞参考图谱,发现了肠道炎症疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象 | 研究主要基于已有数据集整合,可能受原始数据质量和批次效应影响 | 系统解析胃肠道在健康和疾病状态下的细胞组成和状态变化 | 人类胃肠道组织和细胞 | 单细胞基因组学 | 炎症性肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 385个样本来自189名健康对照,总计约160万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6327 | 2025-10-06 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07944-6
PMID:39567784
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研究论文 | 通过建立胸腺皮质-髓质轴形态学框架,绘制了人类胸腺空间细胞图谱并解析T细胞发育过程 | 建立了定量形态学框架(皮质-髓质轴)并应用于多模态单细胞数据,首次在胎儿发育早期系统描绘胸腺空间组织结构 | 研究主要聚焦于产前和早期产后阶段,未涵盖胸腺完全发育成熟后的完整过程 | 解析人类胸腺微解剖结构及其在T细胞发育过程中的作用机制 | 人类胎儿和早期产后胸腺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 高分辨率多重成像, 单细胞多组学分析 | NA | 空间转录组数据, 单细胞多组学数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
6328 | 2025-10-06 |
A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08189-z
PMID:39567793
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研究论文 | 构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱,揭示了骨骼形成过程中的细胞状态和调控机制 | 首次通过配对转录组和表观遗传分析结合空间转录组学,建立了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱,并开发了ISS-Patcher和SNP2Cell两种新工具 | 研究时间窗口仅限于受孕后5-11周,样本数量有限 | 解析人类胚胎骨骼发育过程中的细胞命运决定机制 | 人类胚胎骨骼组织 | 发育生物学 | 骨骼发育疾病 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学 | 轨迹分析, 调控网络分析 | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | 约336,000个细胞核 | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
6329 | 2025-10-06 |
Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes
2024-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70063
PMID:39579041
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研究论文 | 介绍应用超声引导细针穿刺技术从人类淋巴结采集样本的方法 | 采用多部位超声引导细针穿刺技术同时获取淋巴结免疫细胞和无细胞材料 | NA | 开发人类淋巴结采样技术以研究免疫反应和神经免疫疾病 | 人类头颈部宫颈淋巴结 | 数字病理学 | 神经免疫疾病 | 超声引导细针穿刺, 单细胞转录组测序, 流式细胞术, 蛋白质组学 | NA | 细胞样本, 无细胞上清液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
6330 | 2025-10-06 |
Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling
2024-10-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53545-2
PMID:39455564
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠肠道神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能的新机制 | 首次发现肠道血清素能神经元通过HTR7信号轴调控pDC功能,并揭示肠道神经元与固有层树突状细胞之间的双向通讯新模式 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证;仅针对沙门氏菌感染模型,对其他病原体的适用性未知 | 探究肠道血清素能神经元在免疫稳态调控中的功能 | 小鼠肠道血清素能神经元和浆细胞样树突状细胞 | 免疫学 | 肠道感染 | 单细胞RNA测序, 小鼠遗传学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6331 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619653
PMID:39463935
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示新兴真菌病原体耳念珠菌在皮肤感染中的免疫应答和IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸机制 | 首次使用单细胞转录组学解析耳念珠菌皮肤感染的细胞特异性免疫反应,发现该真菌通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御 | 研究基于小鼠模型,人类皮肤环境的差异可能影响结果适用性 | 阐明耳念珠菌在皮肤组织中持续定植的宿主免疫调控因素 | 耳念珠菌感染的小鼠皮肤组织 | 单细胞生物学 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤感染模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6332 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h
2024-Oct, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06214-4
PMID:38967666
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了人类胰岛在24小时内对葡萄糖暴露的基因响应特征 | 首次在单细胞分辨率下系统分析人类胰岛六种细胞类型在24小时内对高糖环境的转录组动态响应,并结合遗传学数据鉴定糖尿病相关效应基因 | 仅使用两名供体的胰岛样本,样本量较小;体外实验环境可能与体内实际情况存在差异 | 探索高糖条件对人类胰岛基因表达的影响及其与2型糖尿病发病机制的关系 | 人类胰岛中的六种细胞类型:α细胞、β细胞、γ细胞、δ细胞、导管细胞和腺泡细胞 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR干扰, 葡萄糖刺激胰岛素分泌实验 | 离散时间和连续时间统计模型 | 单细胞转录组数据 | 2名人类供体的胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6333 | 2025-10-06 |
OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis
2024-10, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301758
PMID:38967205
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研究论文 | 开发了一个名为OrganogenesisDB的综合数据库,用于探索器官发生过程中的细胞类型鉴定和基因表达动态 | 首个专门针对器官发生过程的综合数据库,整合了超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据和3324个细胞标记物 | NA | 解析细胞谱系决定和揭示器官发生的潜在机制 | 人类和小鼠器官发育过程中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过140万个细胞,来自49个已发表数据集,涵盖9个人类器官和4个小鼠器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6334 | 2025-10-06 |
Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas
2024-10, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301801
PMID:38958078
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研究论文 | 开发了自动化snRandom-seq平台用于福尔马林固定石蜡包埋胶质瘤样本的单核总RNA测序分析 | 开发了针对FFPE样本优化的高通量单核总RNA测序平台,整合自动化单核分离和液滴条形码系统 | 样本数量相对有限(17个FFPE样本),主要聚焦于胶质瘤 | 探索胶质瘤的分子多样性和肿瘤进化过程 | 各种胶质瘤亚型的FFPE样本,包括罕见临床样本和匹配的原发-复发胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑癌/胶质瘤 | 单核总RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 116,492个单核来自17个FFPE样本 | NA | 单细胞RNA测序 | snRandom-seq | 自动化单核总RNA测序平台,整合自动化单核分离和液滴条形码系统,基于随机引物的scRNA-seq化学方法 |
6335 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease
2024-10, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6339
PMID:39177649
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了WT1肾病早期阶段肾小球血管生成信号传导的异常机制 | 揭示了WT1肾病早期阶段肾小球血管生成信号异常的新机制,并发现肾上腺髓质素作为一种促血管生成因子在早期损伤中的上调 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究WT1肾病早期发病机制及细胞间通讯异常 | WT1基因突变小鼠模型及人类WT1肾小球病变活检样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 配体-受体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | WT1突变小鼠模型及人类活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6336 | 2025-10-06 |
Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70043
PMID:39440457
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析经典半乳糖血症患儿卵巢组织,揭示早发性卵巢功能不全的分子机制 | 首次构建了经典半乳糖血症患儿卵巢的单核转录组图谱和空间转录组景观,揭示了PTEN/PI3K/AKT信号通路失调、内质网应激和DNA损伤等新机制 | 研究样本量有限,仅针对青春期前女孩,未验证治疗干预效果 | 探究经典半乳糖血症患者早发性卵巢功能不全的分子机制 | 经典半乳糖血症患儿的卵巢组织活检样本 | 数字病理学 | 卵巢功能不全 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间表达数据 | 青春期前女孩卵巢组织活检(含CG患者和对照) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6337 | 2025-10-06 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证骨髓微环境中不同空间区室对炎症的反应机制 | 首次系统验证了结合scRNA-seq和流式细胞术的方法,可重复识别小鼠骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体,并揭示了I型干扰素反应特异性影响中央骨髓间充质基质细胞的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类骨髓微环境的验证仍需进一步研究 | 探究骨髓微环境空间区室化在炎症和肿瘤反应中的重要性 | 小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞(HSPC)及基质细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 多品系小鼠骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6338 | 2025-10-06 |
Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness
2024-Sep-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2024.07.056
PMID:39142287
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇中两个表达ITP的昼夜节律神经元如何通过光和多巴胺信号调控早晨觉醒行为 | 首次发现两个ITP LN神经元具有早晨功能,并阐明光通过上调Dop1R1受体增强多巴胺信号促进早晨觉醒的机制 | 研究仅针对果蝇模型,在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探究果蝇昼夜节律神经元调控早晨觉醒行为的分子机制 | 果蝇的昼夜节律神经元,特别是两个表达离子运输肽(ITP)的侧神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞测序,CRISPR-Cas9基因编辑,体外活体成像,cAMP检测 | NA | 基因表达数据,行为数据,成像数据 | 果蝇神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6339 | 2025-10-06 |
Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling
2024-Sep-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015
PMID:39047740
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠胚胎滞育过程,揭示转录动态变化及整合素-Yap/Taz促生存信号通路的激活机制 | 首次在单细胞分辨率下分子定义胚胎滞育状态,发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并通过Yap/Taz信号维持存活的新机制 | 研究仅使用小鼠胚胎模型,未验证其他哺乳动物物种 | 解析胚胎滞育的分子调控机制 | 小鼠胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6340 | 2025-10-06 |
A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus
2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.611112
PMID:39282422
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研究论文 | 通过单核和空间转录组学揭示人类丘脑背内侧核和室旁核中保守的兴奋性神经元梯度 | 发现跨物种保守的兴奋性神经元梯度,揭示人类MD区域相较于小鼠的扩张特征,并建立特定神经元亚群与精神疾病遗传风险的关联 | NA | 解析丘脑背内侧核及相邻中线核团的细胞组成及其与精神疾病的关联 | 人类和小鼠的丘脑背内侧核及室旁核区域 | 空间转录组学 | 精神疾病 | 单核转录组测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |