单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6321	2024-11-20	Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer 2024-11-15, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00225-8 PMID:39546161	研究论文	研究探讨了Pleckstrin-2（PLEK2）在肿瘤进展和免疫调节中的作用，特别是在肺癌中的表现	系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响，并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用	研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，可能存在数据来源的局限性	揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用，寻找新的生物标志物和治疗靶点	PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，具体样本数量未明确提及
6322	2024-11-20	Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency 2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01321-8 PMID:39548561	研究论文	本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少（DOR）患者卵母细胞的转录组变化，揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷	首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化，并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关	研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制	卵巢储备减少患者的卵母细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	DOR卵母细胞和对照卵母细胞
6323	2024-11-20	Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma 2024-Nov-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02168-8 PMID:39548577	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞和空间转录组学技术，在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物，并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性	研究样本量较小，仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本	鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物	未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	5个AFX和PDS活检样本，1个PDS切除样本，以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本
6324	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
6325	2024-11-20	Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data 2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-603 PMID:39554559	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因，预测胃癌患者的预后	首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型	研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限	探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞mRNA测序	Cox回归模型	基因数据	TCGA数据库中的胃癌患者数据
6326	2024-11-20	Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619858 PMID:39554071	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织的单细胞多组学数据，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用	开发了HALO算法，验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性，并建立了转录因子-调控元件-基因网络	NA	探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（snRNA-seq）和单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	神经网络工具ChromBPNet	基因组数据	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织
6327	2024-11-20	Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead673 PMID:38078808	研究论文	研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体（BCR）谱，并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化	样本量较小，仅包括两名健康对照，可能影响结果的普遍性	分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，以更好地理解免疫反应机制	系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共8名参与者，包括2名SLE-EBV+患者，4名SLE-EBV-患者和2名健康对照，共获得83,478个细胞
6328	2024-11-20	Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae195 PMID:39222519	研究论文	研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育，并支持RXFP2在精子发生中的作用	首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用，并发现双等位变异导致男性不育	目前仅基于一个家庭的研究，需要更多病例验证	探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响	RXFP2基因及其在精子发生中的作用	NA	男性不育	长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	一个家庭中的两名男性成员
6329	2024-11-20	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae199 PMID:39241251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点	首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱，并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点	由于收集人类睾丸组织的困难，样本量有限，未来需要进一步的功能和机制研究	探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点	年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本，以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集
6330	2024-11-20	The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway 2024-Oct, Brain tumor research and treatment DOI:10.14791/btrt.2024.0035 PMID:39542520	研究论文	研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异，发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	研究为回顾性分析，样本量有限，需要进一步的前瞻性研究验证	探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响	有症状和无症状胶质瘤样本	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA数据	TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本
6331	2024-11-20	Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae586 PMID:39550222	研究论文	本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题	scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性	单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	Transformer	基因表达数据	九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集
6332	2024-11-20	Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data 2024-09-03, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021 PMID:38504523	研究论文	本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法	该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性	NA	研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制	卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序	RNA剪接多元模型	转录组数据	卵巢癌和肺癌来源的细胞系
6333	2024-11-20	Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus 2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae286 PMID:38775637	研究论文	研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响	首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制	研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体	探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响	系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞	NA	系统性红斑狼疮	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据，转录组数据	1245名系统性红斑狼疮患者
6334	2024-11-20	Spatiotemporal evolutionary process of osteosarcoma immune microenvironment remodeling and C1QBP-driven drug resistance deciphered through single-cell multi-dimensional analysis 2024-Sep, Bioengineering & translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1002/btm2.10654 PMID:39553438	研究论文	本研究通过单细胞多维分析揭示了骨肉瘤免疫微环境重塑的时空演化过程及C1QBP驱动的药物抗性机制	本研究首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了骨肉瘤微环境的全面图谱，并发现了C1QBP在骨肉瘤中的重要作用及其与药物抗性的关联	NA	探索骨肉瘤发生和进展的内在机制	骨肉瘤的免疫微环境及C1QBP在其中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集及批量RNA测序数据
6335	2024-11-20	Single-cell landscape of peripheral immune response in patients with anti-melanoma differentiation-associated gene 5 dermatomyositis 2024-08-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead597 PMID:37941459	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周免疫反应	首次在抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎样本中鉴定出高度表达IFN alpha诱导蛋白27和IFN诱导螺旋酶C域1的独特CD14+单核细胞亚群	样本量较小，仅包括8名患者和6名健康对照	探讨抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎的免疫景观及其潜在的病毒感染起源	抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	皮肌炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎患者和6名健康对照
6336	2024-11-20	Development of a Spectral Flow Cytometry Analysis Pipeline for High-Dimensional Immune Cell Characterization 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599633 PMID:38948780	研究论文	本文开发了一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析管道	引入了一种新的分析管道，改进了光谱流式细胞术数据的分析，并将其应用于识别衰老中的稀有T细胞群体	NA	开发和验证一种用于高维免疫细胞表征的光谱流式细胞术分析方法	年轻和老年雌性小鼠的脾细胞中的T细胞群体	生物信息学	NA	光谱流式细胞术	NA	细胞数据	11个脾脏中的3,776,804个T细胞
6337	2024-11-20	Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution 2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.18.599612 PMID:38948732	研究论文	研究探讨了性别差异对长新冠（Long COVID）发展和持续的影响，并分析了相关的免疫机制	首次系统地研究了性别特异性免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并发现了与长新冠相关的多个免疫途径	样本量较小，仅包括45名患者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异对长新冠发展和持续的影响及其免疫机制	急性SARS-CoV-2感染和感染后3个月及12个月的血液样本	免疫学	NA	单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学和血浆蛋白质组学	NA	血液样本	45名患者
6338	2024-11-20	Endovascular biopsy in neurointerventional surgery: A systematic review 2024-Mar-22, Interventional neuroradiology : journal of peritherapeutic neuroradiology, surgical procedures and related neurosciences IF:1.5Q3 DOI:10.1177/15910199241240508 PMID:38515364	综述	本文系统综述了神经介入手术中血管内活检的应用	介绍了血管内活检在获取内皮细胞生物信息方面的潜力	研究样本量有限，难以识别与动脉瘤生长或破裂相关的特征基因	总结血管内活检在神经介入手术中的文献	内皮细胞及其在脑血管疾病中的分子异常	NA	脑血管疾病	荧光激活细胞分选（FACS）、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	9项研究，使用各种血管内设备收集内皮细胞
6339	2024-11-20	Interpretable Spatial Gradient Analysis for Spatial Transcriptomics Data 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585725 PMID:38562886	研究论文	本文介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统地识别具有显著可解释空间转录组梯度的空间位置	LSGI通过非负矩阵分解（NMF）结合线性回归的方法，对滑动窗口进行详细分析，能够识别空间上接近但方向相反的信号通路梯度	NA	开发一种能够从空间转录组数据中识别和解释空间转录组梯度的计算框架	空间转录组数据中的空间转录组梯度	生物信息学	脑肿瘤	非负矩阵分解（NMF），线性回归	NA	空间转录组数据	87个肿瘤空间转录组数据集
6340	2024-11-20	Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1 PMID:38558984	研究论文	研究揭示了乳腺癌骨转移中衰老的成骨细胞对骨破坏的贡献	首次证明乳腺癌骨转移中的成骨细胞会提前衰老并表现出衰老相关分泌表型，促进骨破坏	NA	探讨乳腺癌骨转移中成骨细胞的病理重编程及其对骨破坏的影响	乳腺癌骨转移中的成骨细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和乳腺癌患者的成骨细胞样本