单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 6321 - 6340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6321 | 2024-11-18 |
Machine learning-driven discovery of novel therapeutic targets in diabetic foot ulcers
2024-Nov-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00955-z
PMID:39543487
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研究论文 | 利用机器学习方法识别糖尿病足溃疡（DFU）中的治疗反应基因 | 首次通过机器学习方法识别出与DFU相关的关键基因SCUBE1和RNF103-CHMP3，并探讨了其在免疫调节和细胞通讯中的作用 | 研究结果需要在更大规模的队列中进行验证，并探索其在临床治疗中的应用潜力 | 通过机器学习方法识别糖尿病足溃疡中的潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者的转录组数据和单细胞转录组数据 | 机器学习 | 糖尿病 | 转录组分析 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 糖尿病足溃疡患者和健康对照的转录组数据，以及单细胞转录组数据 |
| 6322 | 2024-11-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the landscape of the cellular ecosystem of primary hepatocellular carcinoma
2024-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03574-0
PMID:39543644
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在原发性肝细胞癌（HCC）细胞生态系统中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了HCC细胞生态系统的复杂性和异质性 | NA | 理解HCC的发展并识别新的治疗靶点 | HCC细胞及其非恶性基质细胞的异质性和相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 6323 | 2024-11-18 |
Comparison of functional characterization of cancer stem cells in different tumor tissues of pseudomyxoma peritonei
2024-Nov-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05730-6
PMID:39543711
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研究论文 | 本研究比较了伪黏液瘤腹膜（PMP）患者不同肿瘤组织中癌症干细胞（CSCs）的功能特征 | 首次比较了PMP患者不同肿瘤组织中CSCs的增殖、迁移和抗炎能力 | 样本量较小，未涉及长期疗效和临床应用 | 研究PMP患者不同肿瘤组织中CSCs的生物学特性 | PMP患者的癌症干细胞（CSCs） | 数字病理学 | 腹膜肿瘤 | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因数据 | 涉及PMP患者的不同肿瘤组织中的CSCs |
| 6324 | 2024-11-18 |
Transcriptome-based network analysis related to regulatory T cells infiltration identified RCN1 as a potential biomarker for prognosis in clear cell renal cell carcinoma
2024-Nov-14, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-024-00404-x
PMID:39543725
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研究论文 | 研究通过转录组网络分析识别与调节性T细胞浸润相关的RCN1作为透明细胞肾细胞癌的潜在预后生物标志物 | 开发了一个与调节性T细胞浸润相关的预后模型，并发现RCN1在透明细胞肾细胞癌中的预后价值 | NA | 识别透明细胞肾细胞癌的预后标志物和治疗靶点 | 调节性T细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用 | 生物信息学 | 肾癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 转录组数据 | TCGA-KIRC样本 |
| 6325 | 2024-11-18 |
Preexisting senescent fibroblasts in the aged bladder create a tumor-permissive niche through CXCL12 secretion
2024-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00704-1
PMID:39251867
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研究论文 | 研究揭示了衰老膀胱中预先存在的衰老成纤维细胞通过分泌CXCL12促进肿瘤生长的机制 | 首次揭示了衰老膀胱中p16-sn成纤维细胞通过分泌CXCL12促进肿瘤生长的机制 | 研究主要基于基因修饰小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探讨衰老如何通过特定机制促进膀胱癌的发生 | 衰老膀胱中的成纤维细胞及其在膀胱癌中的作用 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基因修饰小鼠模型中的成纤维细胞 |
| 6326 | 2024-11-18 |
Jag1 insufficiency alters liver fibrosis via T cell and hepatocyte differentiation defects
2024-Nov, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00145-8
PMID:39358604
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研究论文 | 研究Jag1不足如何通过T细胞和肝细胞分化缺陷影响肝纤维化 | 首次揭示了Jag1不足导致的肝细胞和T细胞分化缺陷与肝纤维化之间的关系 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探讨Jag1不足对肝纤维化的影响及其机制 | Jag1小鼠模型、T细胞、肝细胞 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序、多色流式细胞术 | NA | RNA | 涉及Jag1小鼠和患者肝样本 |
| 6327 | 2024-11-18 |
Integrated single-cell transcriptomic analyses identify a novel lineage plasticity-related cancer cell type involved in prostate cancer progression
2024-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105398
PMID:39418984
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组分析，识别出一种与前列腺癌进展相关的新型细胞类型，该细胞类型具有谱系可塑性 | 首次识别出一种新型谱系可塑性相关的前列腺癌细胞类型，并揭示其在肿瘤进展中的关键作用 | NA | 识别并验证与前列腺癌进展相关的谱系可塑性相关细胞类型 | 前列腺癌细胞及其谱系可塑性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3314个样本和222,529个细胞 |
| 6328 | 2024-11-18 |
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00479-4
PMID:39449067
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研究论文 | 研究构建了首个涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发了一种新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示生理和病理衰老过程 | 首次构建了涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发了新的生物年龄预测模型PHARE | NA | 揭示免疫细胞功能随年龄变化的过程，并为不同生命阶段的患者提供精准治疗 | 免疫细胞在不同年龄段的组成和功能变化 | 机器学习 | 冠状动脉疾病 | scRNA-seq和bulk RNA-seq | PHARE模型 | 转录组数据 | 涵盖从新生儿到超级百岁老人的多个年龄段样本 |
| 6329 | 2024-11-18 |
CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180738
PMID:39545419
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研究论文 | 研究探讨了不成熟粒细胞（iGRANs）在慢性粒单核细胞白血病（CMML）进展中的作用 | 发现CXCL8在不成熟粒细胞中高表达，抑制了野生型造血干细胞和祖细胞的增殖，而CXCL8受体抑制剂和CXCL8阻断剂可以恢复野生型造血干细胞的增殖 | 研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证CXCL8抑制剂的治疗效果 | 探讨不成熟粒细胞在慢性粒单核细胞白血病进展中的作用及其潜在治疗策略 | 慢性粒单核细胞白血病患者的外周血中的不成熟粒细胞及其分泌的细胞因子CXCL8 | 血液学 | 白血病 | 流式细胞术、RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 慢性粒单核细胞白血病患者的外周血样本 |
| 6330 | 2024-11-18 |
Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins
2024-Sep, Proteomics. Clinical applications
DOI:10.1002/prca.202300075
PMID:38552248
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研究论文 | 本文使用DIA-MS技术对IBD患者的粪便蛋白质组进行全面分析，以评估与疾病相关的蛋白质 | 本文揭示了新的粪便蛋白质，这些蛋白质可能作为非侵入性生物标志物来监测IBD疾病活动的特定方面 | NA | 评估与炎症性肠病（IBD）相关的非侵入性生物标志物 | IBD患者的粪便蛋白质组 | NA | 炎症性肠病 | DIA-MS | NA | 蛋白质组数据 | 两个独立队列，Cohort 1：健康5例，UC 5例，CD 5例；Cohort 2：健康20例，UC 10例，CD 10例 |
| 6331 | 2024-11-18 |
γδ T cell profiling in a cohort of preterm infants reveals elevated frequencies of CD83+ γδ T cells in sepsis
2024-Jul-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20231987
PMID:38753245
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研究论文 | 研究了早产儿中γδ T细胞的特征，发现败血症患儿中CD83+ γδ T细胞频率升高 | 首次在早产儿中进行γδ T细胞的纵向研究，并发现败血症患儿中胎儿来源的Vγ9Vδ2 T细胞水平升高 | 研究仅限于早产儿，未涉及其他年龄段的人群 | 探讨早产儿中γδ T细胞的特征及其在败血症中的作用 | 早产儿中的γδ T细胞 | NA | 新生儿败血症 | 下一代测序、流式细胞术、功能性检测 | NA | 单细胞转录组数据 | 一组早产儿 |
| 6332 | 2024-11-18 |
The development and application of cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag) technology
2024, Journal of biological methods
DOI:10.14440/jbm.2024.0017
PMID:39544184
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综述 | 本文综述了CUT&Tag技术的发展及其在表观遗传学中的应用 | CUT&Tag技术能够快速检测染色质修饰和转录因子，并已适应于同时检测多种表观遗传修饰 | NA | 提供CUT&Tag及其衍生技术在表观遗传调控中的最新发展和应用概述 | 染色质结构、基因转录调控、表观遗传修饰 | 表观遗传学 | NA | CUT&Tag | NA | 基因组数据 | 不同物种的细胞 |
| 6333 | 2024-11-18 |
Technical Advances and Applications of Spatial Transcriptomics
2023-Oct, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0032
PMID:39544230
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的最新进展及其在生物学研究中的应用 | 本文系统地介绍了空间转录组学技术在揭示RNA分子在亚细胞、细胞和组织水平上的位置模式方面的创新应用 | 本文主要讨论了现有空间转录组学技术的局限性，包括方法上的挑战和应用中的限制 | 旨在为研究人员提供关于空间转录组学技术的全面指南 | 空间转录组学技术及其在生物学研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6334 | 2024-11-17 |
Genetic demultiplexing of pooled single-cell RNA-sequencing samples in cancer facilitates effective experimental design
2021-09-22, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giab062
PMID:34553212
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研究论文 | 本文评估了在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的计算解复用工具的有效性 | 首次在癌症样本中评估了基于遗传变异的计算解复用工具，并提供了开源代码和可重复的工作流程 | 高比例的细胞碎片中的环境RNA降低了工具的性能 | 评估在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的解复用工具的有效性 | 高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌的单细胞RNA测序样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌样本的单细胞RNA测序数据 |
| 6335 | 2024-11-18 |
C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins
2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202000351RR
PMID:33337553
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研究论文 | 研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用 | 发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物，涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内功能验证 | 探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制 | C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据 |
| 6336 | 2024-11-18 |
SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-12-26, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa151
PMID:33367645
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoupX的方法，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 提出了一种新的方法SoupX，用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱，该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中 | NA | 开发一种工具，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个数据集，使用多种液滴测序技术 |
| 6337 | 2024-11-18 |
Identification of a differentiation stall in epithelial mesenchymal transition in histone H3-mutant diffuse midline glioma
2020-12-15, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa136
PMID:33319914
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研究论文 | 研究分析了H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用，发现该突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 首次揭示了H3K27M突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 研究依赖于公开的RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用及其对早期脑发育的影响 | H3K27M突变和非K27M的儿童胶质瘤 | NA | 脑瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 多个公开的RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据集 |
| 6338 | 2024-11-18 |
DrivAER: Identification of driving transcriptional programs in single-cell RNA sequencing data
2020-12-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa122
PMID:33301553
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DrivAER的机器学习方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别驱动转录程序 | DrivAER利用自编码器基于相关性评分来识别驱动转录程序，通过迭代评估每个基因集对结果变量的信息内容 | NA | 开发一种专门的方法，用于功能解释单细胞RNA测序数据中的细胞图谱 | 单细胞RNA测序数据中的驱动转录程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 6339 | 2024-11-18 |
D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data
2020-11-11, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa126
PMID:33179041
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研究论文 | 本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化 | 提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性 | NA | 开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | 分布式计算 | 弹性嵌入（EE）算法 | 单细胞RNA测序数据 | 大规模数据 |
| 6340 | 2024-11-18 |
Prediction of single-cell gene expression for transcription factor analysis
2020-10-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa113
PMID:33124660
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，利用顺式调控基序和表观遗传特征来预测单细胞水平的基因表达，并用于转录因子分析 | 本文提出了一种基于树引导的多任务学习框架，将每个细胞视为一个任务，用于解释单细胞基因表达值 | 该方法目前仅限于使用转录因子结合亲和力或特定基因组区域的转录因子ChIP-seq数据 | 预测单细胞RNA数据中的转录因子调控 | 单细胞基因表达和转录因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 树引导的多任务学习框架 | 基因表达数据 | NA |