单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6321 - 6340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6321 | 2024-11-15 |
SOX10 mediates glioblastoma cell-state plasticity
2024-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00258-8
PMID:39285246
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研究论文 | 研究探讨了SOX10在胶质母细胞瘤细胞状态可塑性中的作用，并利用这一机制设计了新的治疗策略 | 首次揭示了SOX10抑制通过神经干细胞/发育样细胞状态转变促进胶质母细胞瘤进展的机制，并提出了基于单细胞表型可塑性分析的肿瘤治疗设计 | 研究主要基于动物模型和细胞系，需要进一步的临床验证 | 探讨SOX10在胶质母细胞瘤治疗失败中的作用，并设计新的治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞和神经干细胞样细胞状态 | NA | 脑癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 动物模型和细胞系 |
| 6322 | 2024-11-15 |
GEEES: inferring cell-specific gene-enhancer interactions from multi-modal single-cell data
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae638
PMID:39468737
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研究论文 | 提出了一种名为GEEES的新方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | GEEES能够在单细胞水平上推断基因增强子相互作用，并显著提高了性能，特别是在考虑基因增强子距离的情况下 | 尽管GEEES在性能上有所提升，但整体改进幅度不大，且现有实验驱动的基准数据集的一致性有限，需要新的高通量实验来验证 | 开发一种新的计算方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | 基因增强子相互作用 | 生物信息学 | NA | 多变量回归 | NA | 多模态单细胞数据 | 大量基准数据集 |
| 6323 | 2024-11-15 |
Cellular responses to neoadjuvant FOLFOX6-bevacizumab treatment in colorectal cancers analyzed by single-cell transcriptome analysis
2024-Nov, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155681
PMID:39471526
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研究论文 | 研究了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的具体变化 | 研究样本量较小，仅包括四名患者 | 探讨新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 结直肠癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四名结直肠癌患者 |
| 6324 | 2024-11-15 |
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109082
PMID:39255657
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研究论文 | 本文提出了一种基于多组学网络的框架Proximogram，用于整合单细胞组学和空间分析数据，以捕捉组织异质性 | Proximogram通过图表示法整合了独立获得的组学和空间数据，提高了分类效果 | NA | 开发一种可定制和可扩展的方法，以整合多模态生物数据，提高疾病分类的准确性 | 胰腺疾病的正常组织、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光成像 | 图深度学习模型 | 图像、基因表达数据 | 来自两个胰腺疾病患者的样本 |
| 6325 | 2024-11-15 |
Spatial transcriptome analysis reveals de novo regeneration of poplar roots
2024-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae237
PMID:39512783
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索杨树根部的再生过程 | 通过空间转录组学技术揭示了杨树根部再生的详细发育轨迹，并发现了细胞分化和基因表达的复杂模式 | NA | 探索杨树根部再生的分子机制，并提供改进植物繁殖技术的见解 | 杨树根部的再生过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6326 | 2024-11-15 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Discovery of human placental development and disease
2024-Nov, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2024-00133
PMID:39512838
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在揭示人类胎盘发育和疾病中的应用 | 利用单细胞和空间转录组学技术展示了胎盘细胞的异质性和空间分子定位 | 讨论了当前技术的弱点和未来发展方向 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在人类胎盘发育和疾病研究中的应用 | 人类胎盘及其相关疾病，如子痫前期、妊娠糖尿病、高龄产妇、复发性流产和胎盘植入综合征 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6327 | 2024-11-15 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的方法Memento | Memento能够稳健且高效地进行差异分析，包括均值表达、变异性和基因相关性，并可扩展到数百万个细胞和数千个样本 | NA | 开发一种能够区分生物和技术来源的细胞间变异性的工具，并评估细胞组间定量比较的统计显著性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、120万个外周血单核细胞和5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库 |
| 6328 | 2024-11-15 |
The Medaka approach to evolutionary social neuroscience
2024-Oct-30, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005
PMID:39481546
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综述 | 本文综述了利用青鳉鱼（Adrianichthyidae科，包括日本青鳉Oryzias latipes）进行进化社会神经科学研究的潜力和未来方向 | 介绍了单细胞转录组技术与'适应性电路普查'结合的创新工具，用于连接比较生物学方法和神经科学方法 | NA | 探讨利用青鳉鱼进行进化社会神经科学研究，揭示神经科学的基本原理和多样化的交配策略机制 | 青鳉鱼的社会认知能力和择偶行为，特别是视觉线索下的择偶偏好 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因组信息 | NA |
| 6329 | 2024-11-15 |
Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing
2024-Oct-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5096
PMID:39512888
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研究论文 | 本文介绍了一种从增生性糖尿病视网膜病变患者手术切除的纤维血管膜中制备单细胞悬液的胶原酶I消化协议，并进行了单细胞RNA测序分析 | 本文提供了一种新的胶原酶I消化协议，用于从纤维血管膜中制备单细胞悬液，并进行了详细的单细胞RNA测序分析 | 该协议可能对某些细胞类型造成损伤，尤其是在消化纤维化组织时 | 研究在生理和病理条件下单细胞水平的基因表达变化 | 增生性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从增生性糖尿病视网膜病变患者中提取的纤维血管膜样本 |
| 6330 | 2024-11-15 |
The Expression of MAFB Gene in Circulating Monocytes Is Related to Chronic Inflammatory Status in T2DM Patients
2024-Oct, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02012-7
PMID:38602607
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研究论文 | 研究探讨了MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态的关系 | 首次发现MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态相关，并具有一定的预测价值 | 研究仅基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及其他类型的实验验证 | 探讨T2DM患者循环免疫细胞中的炎症标志物，预测胰岛素抵抗和T2DM的发生 | T2DM患者的循环单核细胞和外周血单核细胞 | NA | 糖尿病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | T2DM患者的外周血单核细胞样本 |
| 6331 | 2024-11-15 |
Mcadet: A feature selection method for fine-resolution single-cell RNA-seq data based on multiple correspondence analysis and community detection
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012560
PMID:39466833
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研究论文 | 提出了一种名为Mcadet的新特征选择方法，用于高分辨率单细胞RNA测序数据 | Mcadet结合了多重对应分析、基于图的社区检测和一种新的统计测试方法，显著提高了在高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据中选择高变异基因的性能 | 高变异基因选择对不同下游分析的影响需要进一步研究 | 解决现有特征选择方法在高分辨率单细胞RNA测序数据中的局限性 | 高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6332 | 2024-11-15 |
Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08087-4
PMID:39478210
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研究论文 | 研究肿瘤细胞与非肿瘤细胞在2D和3D空间中的相互作用 | 通过Visium空间转录组学和单核RNA测序结合CODEX技术，定义了肿瘤微区域和空间亚克隆，并重建了3D肿瘤结构 | 样本量相对较小，且仅涵盖6种癌症类型 | 研究肿瘤细胞与微环境在2D和3D空间中的相互作用 | 131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本和22个CODEX样本 | 数字病理学 | NA | Visium空间转录组学，单核RNA测序，CODEX | 深度学习算法 | 转录组数据，图像数据 | 131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本，22个CODEX样本 |
| 6333 | 2024-09-22 |
Correction: Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-Sep-20, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04172-8
PMID:39304827
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6334 | 2024-11-15 |
Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-08-16, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04080-x
PMID:39152369
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研究论文 | 研究揭示了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留Macro-MYL2巨噬细胞 | 发现了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的新作用，并鉴定了一种与肌生成相关的心脏驻留巨噬细胞Macro-MYL2 | 需要进一步实验验证RNA修饰编写者和Macro-MYL2巨噬细胞亚型在心脏免疫微环境中的调控作用 | 探讨RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留巨噬细胞的新亚型 | 心力衰竭患者的免疫细胞和RNA修饰编写者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了GSE145154和GSE141910数据集中的样本 |
| 6335 | 2024-11-15 |
IGF1 and CXCR4 Respectively Related With Inhibited M1 Macrophage Polarization in Keloids
2024-Aug-15, The Journal of craniofacial surgery
IF:1.0Q3
DOI:10.1097/SCS.0000000000010479
PMID:39145631
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研究论文 | 研究探讨了瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制机制，并发现了IGF1和CXCR4作为潜在的生物标志物 | 首次发现IGF1和CXCR4与瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制有关，并提出了潜在的病理机制 | 研究样本量较小，仅包括3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织 | 探索瘢痕疙瘩的免疫异质性和新的生物标志物，以设计新的治疗和预防策略 | 瘢痕疙瘩组织及其邻近正常组织中的M1和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序分析、批量数据差异基因表达分析、基因本体论（GO）分析、基因集富集分析（GSEA）、免疫浸润分析 | NA | RNA | 3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织 |
| 6336 | 2024-11-15 |
Coronavirus disease 2019-related myocarditis genes contribute to ECMO prognosis
2024-07-19, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04032-5
PMID:39026189
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研究论文 | 研究COVID-19相关心肌炎基因对ECMO预后的影响 | 通过分析GSE150392和GSE93101数据集，识别出与心肌炎和ECMO预后相关的差异表达基因，并验证了这些基因在不同细胞类型中的表达 | 研究主要基于已有的基因表达数据集，缺乏临床样本的直接验证 | 探讨COVID-19相关心肌炎基因对ECMO治疗预后的影响 | COVID-19相关心肌炎患者和ECMO治疗预后 | NA | 心血管疾病 | 差异表达基因分析、富集通路分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE150392、GSE93101和GSE167028数据集以及单细胞测序数据 |
| 6337 | 2024-11-15 |
Spatiotemporal transcriptomic profiling and modeling of mouse brain at single-cell resolution reveals cell proximity effects of aging and rejuvenation
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.16.603809
PMID:39071282
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研究论文 | 研究通过单细胞分辨率的时空转录组学分析和建模，揭示了小鼠大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应 | 首次开发基于空间转录组学的机器学习模型（空间衰老时钟），揭示了大脑衰老和再生过程中的细胞邻近效应 | 研究主要集中在小鼠大脑，尚未在人类中验证这些发现 | 研究大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应，开发新的计算工具来识别这些效应的介质 | 小鼠大脑的单细胞时空转录组数据，以及两种再生干预措施（运动和部分重编程） | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 420万个细胞，来自20个不同年龄段和两种再生干预措施 |
| 6338 | 2024-11-15 |
Exploring biomarkers of Alzheimer's disease based on multi-omics and Mendelian randomisation analysis
2024-Feb, Annals of human biology
IF:1.2Q4
DOI:10.1080/03014460.2024.2415035
PMID:39508514
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研究论文 | 本研究通过结合多组学和孟德尔随机化分析，探索阿尔茨海默病的生物标志物 | 本研究创新性地整合了PET、SNP和基因表达数据，并使用AdaSMCCA、rAdaSMCCA和unAdaSMCCA算法进行高级相关性分析，以识别与阿尔茨海默病相关的关键区域、风险SNP位点和风险基因 | NA | 识别有效的阿尔茨海默病诊断和治疗生物标志物 | 阿尔茨海默病患者的多组学数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 6339 | 2024-11-15 |
A distinct immune landscape in anti-synthetase syndrome profiled by a single-cell genomic study
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1436114
PMID:39512337
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研究论文 | 本研究通过单细胞基因组学方法分析了抗合成酶综合征患者外周血单个核细胞的转录组特征及其免疫谱系 | 首次在单细胞水平上揭示了抗合成酶综合征患者免疫系统的独特特征，并发现了与健康对照和MDA5+ DM患者相比的显著差异 | 样本量较小，仅包括3名抗合成酶综合征患者和3名MDA5+ DM患者 | 研究抗合成酶综合征患者外周血单个核细胞的转录组特征及其免疫谱系 | 抗合成酶综合征患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3名抗合成酶综合征患者、3名MDA5+ DM患者和4名健康对照 |
| 6340 | 2024-11-15 |
Deciphering the role of CCL4-CCR5 in coronary artery disease pathogenesis: insights from Mendelian randomization, bulk RNA sequencing, single-cell RNA, and clinical validation
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.99518
PMID:39512689
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序和临床验证，探讨了CCL4-CCR5在冠状动脉疾病发病机制中的作用 | 首次通过多种技术手段综合分析CCL4及其受体CCR5在冠状动脉疾病中的因果关系和潜在机制 | 研究主要基于现有数据集和临床样本，未来需更多实验验证 | 分析CCL4及其受体CCR5在冠状动脉疾病中的作用机制 | CCL4、CCR5及其在冠状动脉疾病中的表达和功能 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 91种循环炎症蛋白、人类动脉粥样硬化斑块样本、CAD患者血清样本 |