单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6301	2024-11-15	Dual decoding of cell types and gene expression in spatial transcriptomics with PANDA 2024-Nov-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae876 PMID:39404057	研究论文	本文介绍了一种名为PANDA的新方法，用于在空间转录组学中同时解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达	PANDA方法通过整合原型分析和动态学习细胞类型特征，能够捕捉细胞类型内的异质性，并在解卷积过程中动态学习每个斑点的细胞类型特征	NA	旨在改进空间转录组学数据的解卷积方法，以更好地理解复杂生物系统的组织动态	空间转录组学数据中的细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	包括肿瘤、大脑和发育中的心脏等多种组织的真实空间转录组学数据
6302	2024-11-15	UBR7 E3 Ligase Suppresses Interferon-β Mediated Immune Signaling by Targeting Sp110 in Hepatitis B Virus-Induced Hepatocellular Carcinoma 2024-Nov-08, ACS infectious diseases IF:4.0Q1 DOI:10.1021/acsinfecdis.4c00213 PMID:38938101	研究论文	研究报告了UBR7 E3连接酶通过靶向Sp110抑制干扰素-β介导的免疫信号传导，从而促进乙型肝炎病毒（HBV）诱导的肝细胞癌（HCC）的发展	首次揭示了UBR7在非组蛋白蛋白质泛素化中的新功能，并阐明了其在HBV诱导的HCC中的作用机制	NA	探讨UBR7在HBV诱导的肝细胞癌中的作用及其机制	UBR7 E3连接酶及其底物Sp110在HBV感染和HCC中的功能	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序	NA	RNA	来自HCC患者的样本
6303	2024-11-15	Human vascularized macrophage-islet organoids to model immune-mediated pancreatic β cell pyroptosis upon viral infection 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.007 PMID:39232561	研究论文	研究利用人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，模拟病毒感染下的免疫介导胰腺β细胞焦亡	开发了人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，用于研究免疫细胞介导的宿主损伤	NA	建立模型以研究免疫介导的宿主损伤和病毒暴露下的β细胞损伤机制	人类胰腺β细胞和巨噬细胞在病毒感染下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	涉及COVID-19胰腺尸检样本和暴露于SARS-CoV-2或CVB4病毒的人类胰岛细胞
6304	2024-11-15	Alveolar regeneration by airway secretory-cell-derived p63+ progenitors 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.005 PMID:39232560	研究论文	研究报道了在博莱霉素诱导的小鼠肺损伤后，p63阳性祖细胞从气道分泌细胞中出现，并参与肺泡修复和再生	首次揭示了p63阳性祖细胞来源于气道分泌细胞，并在肺损伤后通过不同途径分化为肺泡I型和II型细胞	NA	阐明肺损伤后肺泡修复和再生的机制	p63阳性祖细胞的来源和分化途径	NA	NA	单细胞RNA测序、克隆分析、双重组酶介导的顺序遗传谱系追踪	NA	RNA	小鼠肺组织样本
6305	2024-11-15	Macrophage-mediated heart repair and remodeling: A promising therapeutic target for post-myocardial infarction heart failure 2024-Nov, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31372 PMID:39014935	综述	本文综述了巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用及其作为治疗靶点的潜力	本文整合了巨噬细胞在心肌梗死后心衰过程中的时空动态、功能、机制和信号传导，并讨论了新兴的生物材料和针对巨噬细胞的治疗剂	NA	揭示心肌梗死后心衰的机制，并探讨巨噬细胞靶向治疗的可能性	巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
6306	2024-11-15	Decoder-seq enhances mRNA capture efficiency in spatial RNA sequencing 2024-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02086-y PMID:38228777	研究论文	本文介绍了一种名为Decoder-seq的空间RNA测序技术，该技术结合了树枝状纳米基质和微流控坐标条码，提高了mRNA捕获效率和分辨率	Decoder-seq技术在DNA密度和分辨率方面相比现有方法有显著提升，同时保持了高灵敏度	NA	开发一种高灵敏度和高分辨率的空间RNA测序技术	小鼠嗅球中的低表达嗅觉受体基因、小鼠海马体的空间单细胞图谱、人类肾细胞癌的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间RNA测序	NA	RNA	小鼠嗅球、小鼠海马体、人类肾细胞癌样本
6307	2024-11-15	Inhibition of JNK ameliorates rod photoreceptor degeneration in a mouse model of retinitis pigmentosa 2024-Nov, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.14978 PMID:39010325	研究论文	研究了JNK抑制对视网膜色素变性小鼠模型中视杆细胞退化的影响	发现JNK信号通路的增强与视网膜色素变性中的视杆细胞退化有关，并通过抑制JNK减轻了微胶质细胞的激活和视杆细胞的退化	NA	探讨视网膜色素变性中视杆细胞退化的分子机制及潜在治疗策略	视网膜色素变性小鼠模型中的视杆细胞和微胶质细胞	NA	视网膜色素变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	rd1小鼠模型
6308	2024-11-15	Understanding mechanisms of JAK1 inhibition on synovial fibroblasts using combinatorial approaches of bulk and single cell RNAseq analyses 2024-11, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/s705qn PMID:38910570	研究论文	研究使用组合方法分析JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的影响	首次通过bulk和单细胞RNA测序分析JAK1抑制剂对滑膜成纤维细胞的影响，揭示了JAK抑制剂不仅抑制炎症通路，还导致成纤维细胞分化为多个异质性细胞群	样本量较小，仅包括6个bulk RNA-seq和4个scRNA-seq供体	研究JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应	类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿关节炎	RNA测序	NA	RNA	6个bulk RNA-seq供体和4个scRNA-seq供体
6309	2024-11-15	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，构建了人类骨髓造血系统的参考图谱，并利用该图谱分析了急性髓系白血病（AML）中的异常分化模式	首次构建了包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血系统参考图谱，并利用该图谱分析了318个AML、MPAL和AEL样本中的异常分化模式	受限于正常造血系统的参考图谱不精确和小样本量的患者队列	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病（AML）、混合表型急性白血病（MPAL）和急性红系白血病（AEL）	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	263,519个单细胞转录组和1.2百万个单细胞转录组
6310	2024-11-15	A Comprehensive Analysis of LYAR in Colorectal Cancer: Prognostic Marker and Therapeutic Target 2024-Nov, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2023.0181 PMID:39159060	研究论文	研究探讨了LYAR在结直肠癌中的生物学机制和临床价值	发现LYAR在结直肠癌组织中显著上调，与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫微环境中的作用及作为治疗靶点的潜力	NA	探索LYAR在结直肠癌中的生物学功能及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	LYAR在结直肠癌中的表达、功能及其与临床病理特征和患者预后的关系	数字病理学	结直肠癌	基因集富集分析 (GSEA), 免疫组化, 单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	多个公共数据库和内部免疫组化数据
6311	2024-11-15	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-Nov, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，并利用该基因组和转录组资源预测了关键基因候选者	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并发现了显著的基因组变异和基因排列差异	需要进一步研究以阐明所识别基因在寄生虫生物学和宿主-寄生虫相互作用中的具体作用	提供Haecon-5株的高质量基因组，以促进宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学等领域的研究	Haecon-5株Haemonchus contortus的基因组和关键基因候选者	基因组学	寄生虫病	机器学习	NA	基因组数据	Haecon-5株的基因组和转录组数据
6312	2024-11-15	Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Trophoblast Cells 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407221 PMID:39234818	研究论文	本文通过比较分析大鼠、小鼠和猪的单细胞RNA测序数据，揭示了胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制，并使用人类子痫前期疾病模型进行了验证	发现了具有免疫特征的滋养层细胞（iTrophoblast），这种细胞仅存在于侵袭性胎盘中，并调控滋养层细胞在胎盘形成过程中的侵袭	NA	揭示胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制	大鼠、小鼠、猪的胎盘以及人类子痫前期疾病模型	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞立体测序（scStereo-seq）	NA	单细胞RNA数据	大鼠、小鼠和猪的胎盘样本以及人类子痫前期疾病模型
6313	2024-11-15	Unveiling osmoregulation and immunological adaptations in Eleutheronema tetradactylum gills through high-throughput single-cell transcriptome sequencing 2024-Nov, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109878 PMID:39245186	研究论文	通过高吞吐量单细胞转录组测序揭示Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应	首次使用高吞吐量单细胞RNA测序技术分析Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞异质性，并首次将离子细胞细分为四个亚群	NA	研究Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应机制	Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞类型和基因信息	基因组学	NA	高吞吐量单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	加权基因共表达网络分析 (WGCNA)	转录组数据	Eleutheronema tetradactylum鳃中的16种不同细胞类型
6314	2024-11-15	Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings 2024-Nov, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105 PMID:39265479	研究论文	本文提出了一种名为ManiGraph的节点链接可视化技术，用于解释非线性降维方法中的不确定性	通过构建动态介观结构图和测量区域适应的可信度，重新思考高维和低维空间之间的邻域保真度	NA	解决基于概率的非线性降维方法在计算过程中可能引入的失真误差和误导性可视化问题	非线性降维方法中的不确定性解释	机器学习	NA	非线性降维方法（如t-SNE和UMAP）	NA	图像	包括3D玩具数据、fashion-MNIST、单细胞RNA测序数据和histopathology-MNIST
6315	2024-11-15	Targeting the autoreactive CD8+ T-cell receptor in type 1 diabetes: Insights from scRNA-seq for immunotherapy 2024-Nov, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107433 PMID:39343113	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的机制作用及潜在治疗应用	首次揭示了CD8 T细胞在1型糖尿病小鼠胰腺组织中的主要作用，并发现基因TRAJ23在1型糖尿病中的偏好性及其敲除对NOD小鼠症状的缓解作用	研究仅基于NOD小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的作用机制及治疗潜力	1型糖尿病小鼠的CD8+ T细胞及其受体	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞数据
6316	2024-11-15	Pathogenic mechanisms, diagnostic, and therapeutic potential of microvesicles in diabetes and its complications 2024-Nov, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2024.110168 PMID:39349130	综述	本文综述了微泡在糖尿病及其并发症中的发病机制、诊断和治疗潜力	探讨了微泡作为糖尿病及其并发症的生物标志物和治疗工具的潜力	微泡的分离和表征、分子机制的理解以及临床验证仍存在挑战	分析微泡在糖尿病及其并发症中的作用，并探讨其作为诊断和治疗工具的潜力	微泡在糖尿病及其并发症中的作用	NA	糖尿病	单细胞RNA测序和蛋白质组学	NA	NA	NA
6317	2024-11-15	Quiescent cancer cells induced by high-density cultivation reveals cholesterol-mediated survival and lung metastatic traits 2024-Nov, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02861-x PMID:39390252	研究论文	本文通过高密度培养诱导静止癌细胞模型，研究胆固醇介导的生存和肺转移特性	开发了一种通过高密度培养诱导的静止癌细胞模型，揭示了CDC25A在静止状态下的重要作用及其通过内体途径增强胆固醇代谢的机制	缺乏普遍接受的静止癌细胞模型限制了对静止癌细胞生存机制的理解	研究静止癌细胞在高密度培养条件下的生存机制及其在肺转移中的作用	静止癌细胞及其在高密度培养条件下的分子机制	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫沉淀-质谱（IP-MS）、代谢组学、胆固醇测定、PLA等分子实验	NA	单细胞RNA数据、代谢数据、机械力数据	涉及多种分子实验和动物模型
6318	2024-11-15	Single-cell transcriptome profiles and E-64 inhibitor data reveal the essential role of cysteine proteases in the ontogeny of Ichthyophthirius multifiliis 2024-Nov, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109979 PMID:39442737	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂数据揭示了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂实验验证了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的重要作用	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探究Ich病原体发育机制并寻找有效的预防方法	Ich病原体Ichthyophthirius multifiliis的不同发育阶段	数字病理学	鱼类疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个发育阶段的Ichthyophthirius multifiliis样本
6319	2024-11-15	Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae645 PMID:39460943	研究论文	本文介绍了一种名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网页应用，用于展示可折叠的层次结构	Collapsible Tree能够在单个层次图中展示单细胞转录组学的细胞状态和基因表达数据，支持跨谱系和亚谱系的基因表达比较	NA	开发一种新的数据可视化工具，以更好地展示单细胞转录组学中的层次结构	单细胞转录组学的基因表达数据和细胞谱系结构	计算机视觉	NA	t-SNE, UMAP	NA	基因表达数据	NA
6320	2024-11-15	Differential expression and co-expression reveal cell types relevant to genetic disorder phenotypes 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae646 PMID:39468724	研究论文	本研究整合了非疾病样本的单细胞RNA测序数据与已知的遗传疾病基因和表型信息，预测了482种疾病表型相关的特定细胞类型	通过差异表达和共表达机制，揭示了文献中未记录的新关联，强调了细胞环境在疾病表现中的关键作用	NA	确定罕见遗传疾病中受遗传变异影响的特定细胞类型，以推进诊断和治疗	482种疾病表型相关的细胞类型	基因组学	遗传疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	非疾病样本