单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 6301 - 6320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6301 | 2024-11-15 |
Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105
PMID:39265479
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研究论文 | 本文提出了一种名为ManiGraph的节点链接可视化技术，用于解释非线性降维方法中的不确定性 | 通过构建动态介观结构图和测量区域适应的可信度，重新思考高维和低维空间之间的邻域保真度 | NA | 解决基于概率的非线性降维方法在计算过程中可能引入的失真误差和误导性可视化问题 | 非线性降维方法中的不确定性解释 | 机器学习 | NA | 非线性降维方法（如t-SNE和UMAP） | NA | 图像 | 包括3D玩具数据、fashion-MNIST、单细胞RNA测序数据和histopathology-MNIST |
| 6302 | 2024-11-15 |
Targeting the autoreactive CD8+ T-cell receptor in type 1 diabetes: Insights from scRNA-seq for immunotherapy
2024-Nov, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107433
PMID:39343113
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的机制作用及潜在治疗应用 | 首次揭示了CD8 T细胞在1型糖尿病小鼠胰腺组织中的主要作用，并发现基因TRAJ23在1型糖尿病中的偏好性及其敲除对NOD小鼠症状的缓解作用 | 研究仅基于NOD小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的作用机制及治疗潜力 | 1型糖尿病小鼠的CD8+ T细胞及其受体 | 免疫学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞数据 |
| 6303 | 2024-11-15 |
Pathogenic mechanisms, diagnostic, and therapeutic potential of microvesicles in diabetes and its complications
2024-Nov, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2024.110168
PMID:39349130
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综述 | 本文综述了微泡在糖尿病及其并发症中的发病机制、诊断和治疗潜力 | 探讨了微泡作为糖尿病及其并发症的生物标志物和治疗工具的潜力 | 微泡的分离和表征、分子机制的理解以及临床验证仍存在挑战 | 分析微泡在糖尿病及其并发症中的作用，并探讨其作为诊断和治疗工具的潜力 | 微泡在糖尿病及其并发症中的作用 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 6304 | 2024-11-15 |
Quiescent cancer cells induced by high-density cultivation reveals cholesterol-mediated survival and lung metastatic traits
2024-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02861-x
PMID:39390252
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研究论文 | 本文通过高密度培养诱导静止癌细胞模型，研究胆固醇介导的生存和肺转移特性 | 开发了一种通过高密度培养诱导的静止癌细胞模型，揭示了CDC25A在静止状态下的重要作用及其通过内体途径增强胆固醇代谢的机制 | 缺乏普遍接受的静止癌细胞模型限制了对静止癌细胞生存机制的理解 | 研究静止癌细胞在高密度培养条件下的生存机制及其在肺转移中的作用 | 静止癌细胞及其在高密度培养条件下的分子机制 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫沉淀-质谱（IP-MS）、代谢组学、胆固醇测定、PLA等分子实验 | NA | 单细胞RNA数据、代谢数据、机械力数据 | 涉及多种分子实验和动物模型 |
| 6305 | 2024-11-15 |
Single-cell transcriptome profiles and E-64 inhibitor data reveal the essential role of cysteine proteases in the ontogeny of Ichthyophthirius multifiliis
2024-Nov, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2024.109979
PMID:39442737
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂数据揭示了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂实验验证了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的重要作用 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证 | 探究Ich病原体发育机制并寻找有效的预防方法 | Ich病原体Ichthyophthirius multifiliis的不同发育阶段 | 数字病理学 | 鱼类疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个发育阶段的Ichthyophthirius multifiliis样本 |
| 6306 | 2024-11-15 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网页应用，用于展示可折叠的层次结构 | Collapsible Tree能够在单个层次图中展示单细胞转录组学的细胞状态和基因表达数据，支持跨谱系和亚谱系的基因表达比较 | NA | 开发一种新的数据可视化工具，以更好地展示单细胞转录组学中的层次结构 | 单细胞转录组学的基因表达数据和细胞谱系结构 | 计算机视觉 | NA | t-SNE, UMAP | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6307 | 2024-11-15 |
Differential expression and co-expression reveal cell types relevant to genetic disorder phenotypes
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae646
PMID:39468724
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研究论文 | 本研究整合了非疾病样本的单细胞RNA测序数据与已知的遗传疾病基因和表型信息，预测了482种疾病表型相关的特定细胞类型 | 通过差异表达和共表达机制，揭示了文献中未记录的新关联，强调了细胞环境在疾病表现中的关键作用 | NA | 确定罕见遗传疾病中受遗传变异影响的特定细胞类型，以推进诊断和治疗 | 482种疾病表型相关的细胞类型 | 基因组学 | 遗传疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 非疾病样本 |
| 6308 | 2024-11-15 |
SOX10 mediates glioblastoma cell-state plasticity
2024-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00258-8
PMID:39285246
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研究论文 | 研究探讨了SOX10在胶质母细胞瘤细胞状态可塑性中的作用，并利用这一机制设计了新的治疗策略 | 首次揭示了SOX10抑制通过神经干细胞/发育样细胞状态转变促进胶质母细胞瘤进展的机制，并提出了基于单细胞表型可塑性分析的肿瘤治疗设计 | 研究主要基于动物模型和细胞系，需要进一步的临床验证 | 探讨SOX10在胶质母细胞瘤治疗失败中的作用，并设计新的治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞和神经干细胞样细胞状态 | NA | 脑癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 动物模型和细胞系 |
| 6309 | 2024-11-15 |
GEEES: inferring cell-specific gene-enhancer interactions from multi-modal single-cell data
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae638
PMID:39468737
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研究论文 | 提出了一种名为GEEES的新方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | GEEES能够在单细胞水平上推断基因增强子相互作用，并显著提高了性能，特别是在考虑基因增强子距离的情况下 | 尽管GEEES在性能上有所提升，但整体改进幅度不大，且现有实验驱动的基准数据集的一致性有限，需要新的高通量实验来验证 | 开发一种新的计算方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | 基因增强子相互作用 | 生物信息学 | NA | 多变量回归 | NA | 多模态单细胞数据 | 大量基准数据集 |
| 6310 | 2024-11-15 |
Cellular responses to neoadjuvant FOLFOX6-bevacizumab treatment in colorectal cancers analyzed by single-cell transcriptome analysis
2024-Nov, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155681
PMID:39471526
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研究论文 | 研究了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的具体变化 | 研究样本量较小，仅包括四名患者 | 探讨新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 结直肠癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四名结直肠癌患者 |
| 6311 | 2024-11-15 |
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109082
PMID:39255657
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研究论文 | 本文提出了一种基于多组学网络的框架Proximogram，用于整合单细胞组学和空间分析数据，以捕捉组织异质性 | Proximogram通过图表示法整合了独立获得的组学和空间数据，提高了分类效果 | NA | 开发一种可定制和可扩展的方法，以整合多模态生物数据，提高疾病分类的准确性 | 胰腺疾病的正常组织、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光成像 | 图深度学习模型 | 图像、基因表达数据 | 来自两个胰腺疾病患者的样本 |
| 6312 | 2024-11-15 |
Spatial transcriptome analysis reveals de novo regeneration of poplar roots
2024-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae237
PMID:39512783
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索杨树根部的再生过程 | 通过空间转录组学技术揭示了杨树根部再生的详细发育轨迹，并发现了细胞分化和基因表达的复杂模式 | NA | 探索杨树根部再生的分子机制，并提供改进植物繁殖技术的见解 | 杨树根部的再生过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6313 | 2024-11-15 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Discovery of human placental development and disease
2024-Nov, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2024-00133
PMID:39512838
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在揭示人类胎盘发育和疾病中的应用 | 利用单细胞和空间转录组学技术展示了胎盘细胞的异质性和空间分子定位 | 讨论了当前技术的弱点和未来发展方向 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在人类胎盘发育和疾病研究中的应用 | 人类胎盘及其相关疾病，如子痫前期、妊娠糖尿病、高龄产妇、复发性流产和胎盘植入综合征 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6314 | 2024-11-15 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的方法Memento | Memento能够稳健且高效地进行差异分析，包括均值表达、变异性和基因相关性，并可扩展到数百万个细胞和数千个样本 | NA | 开发一种能够区分生物和技术来源的细胞间变异性的工具，并评估细胞组间定量比较的统计显著性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、120万个外周血单核细胞和5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库 |
| 6315 | 2024-11-15 |
The Medaka approach to evolutionary social neuroscience
2024-Oct-30, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005
PMID:39481546
|
综述 | 本文综述了利用青鳉鱼（Adrianichthyidae科，包括日本青鳉Oryzias latipes）进行进化社会神经科学研究的潜力和未来方向 | 介绍了单细胞转录组技术与'适应性电路普查'结合的创新工具，用于连接比较生物学方法和神经科学方法 | NA | 探讨利用青鳉鱼进行进化社会神经科学研究，揭示神经科学的基本原理和多样化的交配策略机制 | 青鳉鱼的社会认知能力和择偶行为，特别是视觉线索下的择偶偏好 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因组信息 | NA |
| 6316 | 2024-11-15 |
Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing
2024-Oct-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5096
PMID:39512888
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研究论文 | 本文介绍了一种从增生性糖尿病视网膜病变患者手术切除的纤维血管膜中制备单细胞悬液的胶原酶I消化协议，并进行了单细胞RNA测序分析 | 本文提供了一种新的胶原酶I消化协议，用于从纤维血管膜中制备单细胞悬液，并进行了详细的单细胞RNA测序分析 | 该协议可能对某些细胞类型造成损伤，尤其是在消化纤维化组织时 | 研究在生理和病理条件下单细胞水平的基因表达变化 | 增生性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从增生性糖尿病视网膜病变患者中提取的纤维血管膜样本 |
| 6317 | 2024-11-15 |
The Expression of MAFB Gene in Circulating Monocytes Is Related to Chronic Inflammatory Status in T2DM Patients
2024-Oct, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02012-7
PMID:38602607
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研究论文 | 研究探讨了MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态的关系 | 首次发现MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态相关，并具有一定的预测价值 | 研究仅基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及其他类型的实验验证 | 探讨T2DM患者循环免疫细胞中的炎症标志物，预测胰岛素抵抗和T2DM的发生 | T2DM患者的循环单核细胞和外周血单核细胞 | NA | 糖尿病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | T2DM患者的外周血单核细胞样本 |
| 6318 | 2024-11-15 |
Mcadet: A feature selection method for fine-resolution single-cell RNA-seq data based on multiple correspondence analysis and community detection
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012560
PMID:39466833
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研究论文 | 提出了一种名为Mcadet的新特征选择方法，用于高分辨率单细胞RNA测序数据 | Mcadet结合了多重对应分析、基于图的社区检测和一种新的统计测试方法，显著提高了在高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据中选择高变异基因的性能 | 高变异基因选择对不同下游分析的影响需要进一步研究 | 解决现有特征选择方法在高分辨率单细胞RNA测序数据中的局限性 | 高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6319 | 2024-11-15 |
Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08087-4
PMID:39478210
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研究论文 | 研究肿瘤细胞与非肿瘤细胞在2D和3D空间中的相互作用 | 通过Visium空间转录组学和单核RNA测序结合CODEX技术，定义了肿瘤微区域和空间亚克隆，并重建了3D肿瘤结构 | 样本量相对较小，且仅涵盖6种癌症类型 | 研究肿瘤细胞与微环境在2D和3D空间中的相互作用 | 131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本和22个CODEX样本 | 数字病理学 | NA | Visium空间转录组学，单核RNA测序，CODEX | 深度学习算法 | 转录组数据，图像数据 | 131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本，22个CODEX样本 |
| 6320 | 2024-09-22 |
Correction: Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-Sep-20, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04172-8
PMID:39304827
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |