单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6281	2024-11-15	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	首次通过转录组学和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭相关的铁死亡基因，揭示了这些基因在不同细胞类型中的差异表达模式	研究主要基于公共数据集和实验模型，需要进一步的临床验证	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制，并识别潜在的治疗靶点	心力衰竭相关的铁死亡基因及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	心力衰竭细胞和小鼠模型
6282	2024-11-15	SNRPB2 in the pan-cancer landscape: A bioinformatics exploration and validation in hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111445 PMID:39366532	研究论文	本文探讨了SNRPB2在泛癌中的作用，并通过实验验证了其在肝细胞癌中的影响	首次系统研究了SNRPB2在多种癌症中的表达及其与预后和免疫微环境的关系，并通过实验验证了其对肝癌细胞增殖和迁移的影响	需要进一步研究SNRPB2的潜在机制和临床治疗潜力	探讨SNRPB2在癌症中的作用及其作为预后标志物和免疫治疗候选者的潜力	SNRPB2在多种癌症中的表达及其对肝癌细胞增殖和迁移的影响	数字病理学	肝癌	基因表达分析、基因组和表观基因组分析、基因集富集分析、免疫细胞浸润评估	NA	基因表达数据、基因组数据、表观基因组数据	来自多个公共数据库的数据，包括TCGA、CPTAC和GEO
6283	2024-11-15	Identification and Verification of Key Genes in Colorectal Cancer Liver Metastases Through Analysis of Single-Cell Sequencing Data and TCGA Data 2024-Dec, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16194-9 PMID:39382748	研究论文	本研究通过单细胞测序数据和TCGA数据分析，识别和验证结直肠癌肝转移中的关键基因	本研究首次通过单细胞RNA测序数据和TCGA数据结合，识别出结直肠癌肝转移中的关键基因，并进行了实验验证	研究主要基于现有数据库和实验验证，未涉及大规模临床试验	识别结直肠癌肝转移中的关键基因，为治疗提供潜在靶点	结直肠癌肝转移样本和相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	17个结直肠癌肝转移样本
6284	2024-11-15	Deciphering the cellular landscape and potential targets of nasopharyngeal and oral cancers using single-cell RNA sequencing 2024-Dec, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12236 PMID:39205595	研究论文	使用单细胞RNA测序技术研究鼻咽癌和口腔癌的细胞异质性及其潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鼻咽癌和口腔癌的肿瘤微环境中的细胞多样性及其相互作用，并发现MHC-II高表达的上皮细胞亚群与良好的预后和CD4 T细胞浸润相关	研究仅限于鼻咽癌和口腔癌，未涉及其他类型的癌症	揭示鼻咽癌和口腔癌的细胞异质性及其潜在治疗靶点	鼻咽癌和口腔癌的肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6285	2024-11-15	Targeted inhibition of CHKα and mTOR in models of pancreatic ductal adenocarcinoma: A novel regimen for metastasis 2024-Nov-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217280 PMID:39343354	研究论文	本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）中CHKα和mTOR的靶向抑制，提出了一种新的抗转移治疗方案	设计了一种新的CHKα抑制剂CHKI-03，并验证了其在多个临床前模型中抑制转移的有效性	NA	探索胰腺导管腺癌转移的机制，并开发新的治疗方案	胰腺导管腺癌的转移机制及CHKα和mTOR的靶向抑制	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序和代谢组学分析	NA	RNA	多个临床前模型
6286	2024-11-15	Spatial transcriptomics reveals profound subclonal heterogeneity and T-cell dysfunction in extramedullary myeloma 2024-Nov-14, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024590 PMID:39172759	研究论文	本文应用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了多发性骨髓瘤的髓外病变中的三维肿瘤细胞和微环境结构	揭示了髓外病变中的显著亚克隆异质性和T细胞功能障碍，并发现了GPRC5D和TNFRSF17的空间表达差异	样本量较小，仅分析了14个髓外病变活检样本	探讨多发性骨髓瘤髓外病变中的肿瘤细胞和微环境的三维结构及其异质性	多发性骨髓瘤的髓外病变及其微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14个髓外病变活检样本，其中2个样本使用tomo-seq技术，12个样本使用10x Visium技术，3个样本使用单细胞RNA测序技术
6287	2024-11-15	TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396 PMID:38697771	研究论文	研究TLR8激动剂selgantolimod对库普弗细胞分化状态的调节及其通过IL-6依赖机制抑制HBV进入肝细胞的作用	首次详细描述了selgantolimod在肝微环境中引起的转录组变化和细胞间通讯事件，并展示了其对HBV进入的抑制作用	研究主要基于体外实验和转录组数据，缺乏体内实验验证	研究selgantolimod在肝微环境中的作用机制，特别是其对库普弗细胞和HBV感染的影响	库普弗细胞、肝细胞、HBV感染	NA	肝炎	单细胞RNA测序、RNA测序	NA	转录组数据	使用公开的单细胞RNA测序数据和体外实验样本
6288	2024-11-15	Dual decoding of cell types and gene expression in spatial transcriptomics with PANDA 2024-Nov-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae876 PMID:39404057	研究论文	本文介绍了一种名为PANDA的新方法，用于在空间转录组学中同时解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达	PANDA方法通过整合原型分析和动态学习细胞类型特征，能够捕捉细胞类型内的异质性，并在解卷积过程中动态学习每个斑点的细胞类型特征	NA	旨在改进空间转录组学数据的解卷积方法，以更好地理解复杂生物系统的组织动态	空间转录组学数据中的细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	包括肿瘤、大脑和发育中的心脏等多种组织的真实空间转录组学数据
6289	2024-11-15	UBR7 E3 Ligase Suppresses Interferon-β Mediated Immune Signaling by Targeting Sp110 in Hepatitis B Virus-Induced Hepatocellular Carcinoma 2024-Nov-08, ACS infectious diseases IF:4.0Q1 DOI:10.1021/acsinfecdis.4c00213 PMID:38938101	研究论文	研究报告了UBR7 E3连接酶通过靶向Sp110抑制干扰素-β介导的免疫信号传导，从而促进乙型肝炎病毒（HBV）诱导的肝细胞癌（HCC）的发展	首次揭示了UBR7在非组蛋白蛋白质泛素化中的新功能，并阐明了其在HBV诱导的HCC中的作用机制	NA	探讨UBR7在HBV诱导的肝细胞癌中的作用及其机制	UBR7 E3连接酶及其底物Sp110在HBV感染和HCC中的功能	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序	NA	RNA	来自HCC患者的样本
6290	2024-11-15	Human vascularized macrophage-islet organoids to model immune-mediated pancreatic β cell pyroptosis upon viral infection 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.007 PMID:39232561	研究论文	研究利用人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，模拟病毒感染下的免疫介导胰腺β细胞焦亡	开发了人类多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型，用于研究免疫细胞介导的宿主损伤	NA	建立模型以研究免疫介导的宿主损伤和病毒暴露下的β细胞损伤机制	人类胰腺β细胞和巨噬细胞在病毒感染下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	涉及COVID-19胰腺尸检样本和暴露于SARS-CoV-2或CVB4病毒的人类胰岛细胞
6291	2024-11-15	Alveolar regeneration by airway secretory-cell-derived p63+ progenitors 2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.005 PMID:39232560	研究论文	研究报道了在博莱霉素诱导的小鼠肺损伤后，p63阳性祖细胞从气道分泌细胞中出现，并参与肺泡修复和再生	首次揭示了p63阳性祖细胞来源于气道分泌细胞，并在肺损伤后通过不同途径分化为肺泡I型和II型细胞	NA	阐明肺损伤后肺泡修复和再生的机制	p63阳性祖细胞的来源和分化途径	NA	NA	单细胞RNA测序、克隆分析、双重组酶介导的顺序遗传谱系追踪	NA	RNA	小鼠肺组织样本
6292	2024-11-15	Macrophage-mediated heart repair and remodeling: A promising therapeutic target for post-myocardial infarction heart failure 2024-Nov, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31372 PMID:39014935	综述	本文综述了巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用及其作为治疗靶点的潜力	本文整合了巨噬细胞在心肌梗死后心衰过程中的时空动态、功能、机制和信号传导，并讨论了新兴的生物材料和针对巨噬细胞的治疗剂	NA	揭示心肌梗死后心衰的机制，并探讨巨噬细胞靶向治疗的可能性	巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
6293	2024-11-15	Decoder-seq enhances mRNA capture efficiency in spatial RNA sequencing 2024-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02086-y PMID:38228777	研究论文	本文介绍了一种名为Decoder-seq的空间RNA测序技术，该技术结合了树枝状纳米基质和微流控坐标条码，提高了mRNA捕获效率和分辨率	Decoder-seq技术在DNA密度和分辨率方面相比现有方法有显著提升，同时保持了高灵敏度	NA	开发一种高灵敏度和高分辨率的空间RNA测序技术	小鼠嗅球中的低表达嗅觉受体基因、小鼠海马体的空间单细胞图谱、人类肾细胞癌的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间RNA测序	NA	RNA	小鼠嗅球、小鼠海马体、人类肾细胞癌样本
6294	2024-11-15	Inhibition of JNK ameliorates rod photoreceptor degeneration in a mouse model of retinitis pigmentosa 2024-Nov, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.14978 PMID:39010325	研究论文	研究了JNK抑制对视网膜色素变性小鼠模型中视杆细胞退化的影响	发现JNK信号通路的增强与视网膜色素变性中的视杆细胞退化有关，并通过抑制JNK减轻了微胶质细胞的激活和视杆细胞的退化	NA	探讨视网膜色素变性中视杆细胞退化的分子机制及潜在治疗策略	视网膜色素变性小鼠模型中的视杆细胞和微胶质细胞	NA	视网膜色素变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	rd1小鼠模型
6295	2024-11-15	Understanding mechanisms of JAK1 inhibition on synovial fibroblasts using combinatorial approaches of bulk and single cell RNAseq analyses 2024-11, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/s705qn PMID:38910570	研究论文	研究使用组合方法分析JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的影响	首次通过bulk和单细胞RNA测序分析JAK1抑制剂对滑膜成纤维细胞的影响，揭示了JAK抑制剂不仅抑制炎症通路，还导致成纤维细胞分化为多个异质性细胞群	样本量较小，仅包括6个bulk RNA-seq和4个scRNA-seq供体	研究JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应	类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿关节炎	RNA测序	NA	RNA	6个bulk RNA-seq供体和4个scRNA-seq供体
6296	2024-11-15	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，构建了人类骨髓造血系统的参考图谱，并利用该图谱分析了急性髓系白血病（AML）中的异常分化模式	首次构建了包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血系统参考图谱，并利用该图谱分析了318个AML、MPAL和AEL样本中的异常分化模式	受限于正常造血系统的参考图谱不精确和小样本量的患者队列	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病（AML）、混合表型急性白血病（MPAL）和急性红系白血病（AEL）	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	263,519个单细胞转录组和1.2百万个单细胞转录组
6297	2024-11-15	A Comprehensive Analysis of LYAR in Colorectal Cancer: Prognostic Marker and Therapeutic Target 2024-Nov, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2023.0181 PMID:39159060	研究论文	研究探讨了LYAR在结直肠癌中的生物学机制和临床价值	发现LYAR在结直肠癌组织中显著上调，与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫微环境中的作用及作为治疗靶点的潜力	NA	探索LYAR在结直肠癌中的生物学功能及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	LYAR在结直肠癌中的表达、功能及其与临床病理特征和患者预后的关系	数字病理学	结直肠癌	基因集富集分析 (GSEA), 免疫组化, 单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	多个公共数据库和内部免疫组化数据
6298	2024-11-15	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-Nov, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，并利用该基因组和转录组资源预测了关键基因候选者	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并发现了显著的基因组变异和基因排列差异	需要进一步研究以阐明所识别基因在寄生虫生物学和宿主-寄生虫相互作用中的具体作用	提供Haecon-5株的高质量基因组，以促进宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学等领域的研究	Haecon-5株Haemonchus contortus的基因组和关键基因候选者	基因组学	寄生虫病	机器学习	NA	基因组数据	Haecon-5株的基因组和转录组数据
6299	2024-11-15	Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Trophoblast Cells 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407221 PMID:39234818	研究论文	本文通过比较分析大鼠、小鼠和猪的单细胞RNA测序数据，揭示了胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制，并使用人类子痫前期疾病模型进行了验证	发现了具有免疫特征的滋养层细胞（iTrophoblast），这种细胞仅存在于侵袭性胎盘中，并调控滋养层细胞在胎盘形成过程中的侵袭	NA	揭示胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制	大鼠、小鼠、猪的胎盘以及人类子痫前期疾病模型	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞立体测序（scStereo-seq）	NA	单细胞RNA数据	大鼠、小鼠和猪的胎盘样本以及人类子痫前期疾病模型
6300	2024-11-15	Unveiling osmoregulation and immunological adaptations in Eleutheronema tetradactylum gills through high-throughput single-cell transcriptome sequencing 2024-Nov, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109878 PMID:39245186	研究论文	通过高吞吐量单细胞转录组测序揭示Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应	首次使用高吞吐量单细胞RNA测序技术分析Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞异质性，并首次将离子细胞细分为四个亚群	NA	研究Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应机制	Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞类型和基因信息	基因组学	NA	高吞吐量单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	加权基因共表达网络分析 (WGCNA)	转录组数据	Eleutheronema tetradactylum鳃中的16种不同细胞类型