单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 6261 - 6280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6261 | 2025-10-06 |
Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.29
PMID:40402520
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了婴儿巩膜成纤维细胞前部和后部亚群具有不同的转录组特征，包括多巴胺受体的差异表达 | 首次对婴儿巩膜成纤维细胞进行全面的转录组分析，揭示了其异质性，并发现多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用 | 研究样本年龄范围有限（3个月至2岁），且为体外培养细胞，可能无法完全反映体内情况 | 阐明巩膜成纤维细胞的异质性及其在多巴胺信号调控巩膜重塑中的作用机制 | 婴儿巩膜成纤维细胞（前部、赤道部和后部区域） | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 来自婴儿巩膜前部、赤道部和后部区域的培养成纤维细胞（3个月至2岁年龄） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | NA |
| 6262 | 2025-10-06 |
UCS: A Unified Approach to Cell Segmentation for Subcellular Spatial Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400975
PMID:39763408
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研究论文 | 提出一种统一细胞分割方法UCS，专门用于处理来自不同平台的亚细胞空间转录组学数据 | 首次提出统一方法处理多平台SST数据，通过整合细胞核分割和转录数据实现高精度细胞分割 | 未提及方法在特定组织类型或数据质量较差情况下的性能表现 | 开发适用于多平台亚细胞空间转录组学数据的细胞分割方法 | 亚细胞空间转录组学数据中的细胞分割 | 空间转录组学 | NA | 深度学习 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | 10x Genomics, NanoString, Vizgen, BGI | 空间转录组学 | 10X Xenium, NanoString CosMx, MERSCOPE, Stereo-seq | 亚细胞空间转录组学平台 |
| 6263 | 2025-10-06 |
Feedback regulation of VISTA and Treg by TNF-α controls T cell responses in drug allergy
2025-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16393
PMID:39526799
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和功能分析揭示了TNF-α通过调控VISTA和Treg细胞在药物过敏中控制T细胞应答的反馈机制 | 首次发现TNF-α通过抑制VISTA表达破坏药物特异性T细胞耐受性，并阐明了不同阶段T细胞应答的反馈调控机制 | 研究样本量有限，免疫病理机制仍存在复杂性 | 阐明严重皮肤不良反应(SCARs)的免疫发病机制并优化治疗方案 | 严重皮肤不良反应(SCARs)患者 | 免疫学 | 药物过敏 | 单细胞测序, 体外功能分析, 临床分析 | NA | 单细胞测序数据, 临床数据 | SCARs患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6264 | 2025-10-06 |
Multi-view clustering for single-cell RNA-seq data based on graph fusion
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf193
PMID:40413869
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研究论文 | 提出基于图融合的多视图聚类算法scMCGF，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | 首次将多视图学习与图融合方法结合用于单细胞RNA测序数据聚类，通过整合线性/非线性特征和通路水平信息提升聚类性能 | 未明确说明计算复杂度和对大规模数据的适用性 | 开发更准确和鲁棒的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多视图聚类、图融合算法 | 基因表达数据 | 13个真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6265 | 2025-10-06 |
Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential
2025-May, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009
PMID:40421145
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出纤维环中表达Scleraxis的祖细胞群，并证明其对纤维环成熟和修复具有关键作用 | 首次通过单细胞转录组学鉴定出纤维环特异性祖细胞群，并证明Scleraxis可作为该祖细胞的特异性标记物 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用仍需进一步验证 | 探究纤维环祖细胞的身份特征及其在纤维环成熟和损伤修复中的作用 | 小鼠椎间盘组织中的纤维环祖细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退行性疾病 | 单细胞RNA测序，遗传谱系追踪，干细胞实验，细胞移植 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠椎间盘组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6266 | 2025-10-06 |
Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration
2025-May, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70456
PMID:40421577
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的功能变化如何调节免疫细胞浸润模式 | 首次在单细胞水平系统揭示缺血性中风后不同阶段静脉内皮细胞的功能异质性及其对免疫细胞浸润的时序性调控机制 | 研究仅使用小鼠MCAO模型，需要人类样本验证；样本量相对有限 | 探究缺血性中风后不同阶段内皮细胞功能变化对免疫细胞浸润的调控机制 | 小鼠外周免疫细胞和内皮细胞 | 单细胞生物学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据，图像数据 | 假手术组和MCAO小鼠在术后3天和14天的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6267 | 2025-10-06 |
Exploring the impact of the liver-intestine-brain axis on brain function in non-alcoholic fatty liver disease
2025-May, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2024.101077
PMID:40433559
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研究论文 | 本研究探讨非酒精性脂肪肝病通过肝-肠-脑轴影响脑功能的分子机制及潜在治疗策略 | 首次揭示脱氧胆酸通过抑制Hpgd基因激活JAK2/STAT3通路导致小胶质细胞炎症激活的分子机制 | NA | 阐明NAFLD通过肝-肠-脑轴导致脑功能障碍的分子机制 | NAFLD患者、NAFLD小鼠模型、小胶质细胞 | 生物医学 | 非酒精性脂肪肝病 | 16S rRNA测序,非靶向代谢组学(LC-MS),单细胞RNA测序 | NA | 微生物组数据,代谢组数据,单细胞转录组数据 | NAFLD患者和健康个体的粪便样本,NAFLD小鼠模型 | NA | 16S rRNA测序,代谢组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6268 | 2025-10-06 |
Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation
2025-Apr-30, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13050365
PMID:40423444
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研究论文 | 本研究揭示了二氧化硅暴露通过NOX2-ROS-JNK信号通路正反馈循环促进肺上皮细胞上皮-间质转化的分子机制 | 首次发现JNK与NOX2信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中存在正反馈循环关系 | 研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究二氧化硅诱导肺纤维化中NOX2与JNK信号通路的相互作用机制 | 人类上皮细胞和矽肺诱导小鼠 | 分子生物学 | 矽肺 | 单细胞测序，体内实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6269 | 2025-10-06 |
Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis
2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e27050453
PMID:40422408
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综述 | 探讨如何整合动力系统建模与时空单细胞RNA测序数据分析来研究细胞动态行为 | 将马尔可夫链、随机微分方程和生成模型等计算框架与时空单细胞RNA测序技术相结合，从系统视角重建动态细胞轨迹和命运决定 | NA | 通过整合计算模型与时空单细胞技术来理解生物系统的动态特性 | 细胞行为、发育过程和疾病进展 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学 | 马尔可夫链, 随机微分方程, 最优传输, 薛定谔桥 | 基因表达数据, 时空数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 6270 | 2025-10-06 |
SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330
PMID:39841099
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析SMAD4和KRAS基因状态对胰腺癌肿瘤微环境及治疗反应的影响 | 首次系统比较KrasG12D和KrasG12V突变背景下SMAD4缺失对胰腺癌基质组成和JAK/STAT信号通路的差异化影响 | 研究基于Trp53突变小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明恶性细胞基因型如何通过细胞-基质相互作用影响胰腺癌治疗反应 | Trp53突变的胰腺导管腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6271 | 2025-10-06 |
Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022
PMID:40230213
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中IFN/STAT1信号通路活化的共同转录状态 | 开发了STAT响应性谱系追踪系统，首次在单细胞水平发现TICs中普遍存在IFN/STAT1相关转录状态，并鉴定出骨髓基质细胞抗原-2作为该状态的表面标志物 | STAT信号检测方法仅适用于部分基底样三阴性乳腺癌异种移植模型，无法在所有模型中有效检测TICs | 探索乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型特征和选择性靶向策略 | 三阴性乳腺癌肿瘤起始细胞、异种移植模型和临床样本 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个基底样三阴性乳腺癌异种移植模型和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6272 | 2025-10-06 |
Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control
2025-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492
PMID:39788719
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研究论文 | 本研究探讨了PI3Kγ抑制剂与放疗联合治疗胰腺癌的免疫调节机制 | 首次发现PI3Kγ抑制与放疗联合可促进巨噬细胞胞葬作用，使其从免疫耐受转变为抗原呈递状态 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索改善胰腺导管腺癌免疫治疗效果的联合策略 | 胰腺癌小鼠模型（LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre） | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 流式细胞术,多重免疫组化,RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据,影像数据 | NA | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6273 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter
2025-Apr-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58466-2
PMID:40185750
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研究论文 | 通过空间转录组学分析年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示白质纤维束是大脑衰老过程中炎症反应的核心区域 | 首次系统性地在自然衰老过程中对三个年龄段和两种性别的小鼠大脑进行空间转录组学分析，识别出白质纤维束是年龄相关炎症变化最显著的区域 | 研究仅限于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 系统理解年龄诱导的大脑分子变化 | 年轻、中年和老年小鼠的大脑组织 | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学，免疫荧光，定量MRI，计算机模拟分析 | NA | 空间转录组数据，图像数据，MRI数据 | 三个年龄段（年轻、中年、老年）和两种性别的小鼠大脑样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6274 | 2025-10-06 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-13, ArXiv
PMID:39606715
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研究论文 | 提出scMEDAL框架，使用深度混合效应自编码器进行单细胞转录组数据的可解释分析及批次效应可视化 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析和在不同批次下的细胞表达预测 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器、对抗学习、贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6275 | 2025-10-06 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.07.642107
PMID:40161587
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研究论文 | 本研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析肝癌样本，开发深度学习策略揭示肿瘤细胞状态的空间组织模式及其与微环境的共依赖性 | 提出'肿瘤细胞村庄'概念和空间动态网络(SDN)分析方法，首次系统揭示肿瘤细胞状态与微环境的空间共依赖关系 | 研究样本量相对有限(50个肿瘤样本)，分析方法在更大队列中的普适性有待验证 | 探索肿瘤空间景观的形成机制及其对肿瘤适应性的影响 | 肝癌肿瘤样本中的细胞空间组织和微环境相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像, 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像, 基因表达数据 | 50个肿瘤样本中的200多万个细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6276 | 2025-10-06 |
Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400789
PMID:38979872
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综述 | 本文综述了高通量平行单细胞全基因组测序方法的技术进展与创新 | 重点介绍了高通量scWGS在策略设计、数据效率、平行处理平台及其在人类基因组应用方面的最新技术进展 | 存在总成本限制的挑战 | 总结和讨论高通量单细胞全基因组测序方法的技术进步 | 单细胞全基因组测序技术方法 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞全基因组测序 | NA | NA |
| 6277 | 2025-10-06 |
A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling
2025-Mar, Journal of histotechnology
IF:0.6Q4
DOI:10.1080/01478885.2024.2391683
PMID:39225147
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指南框架 | 提出用于药物研发中空间生物学研究的最佳实践框架，通过数字空间分析技术促进成功的队列研究 | 首次为空间生物学研究建立标准化实践指南，利用数字空间分析技术实现可扩展的全转录组和超多重蛋白分析 | 数字空间分析方法不提供单细胞分辨率 | 改进药物研发中的组织分析，促进生物标志物发现 | 固体组织样本 | 空间生物学 | NA | 数字空间分析 | NA | 空间转录组数据、蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学、数字空间分析 | NA | NA |
| 6278 | 2025-10-06 |
Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target
2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70361
PMID:40152081
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研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了尿酸与重症肌无力之间的关联，并确定IGF1R作为保护因子和潜在治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化和生物信息学分析确定IGF1R在尿酸与重症肌无力关系中的关键作用，并筛选出靶向IGF1R的潜在治疗药物 | 研究主要基于公共数据库和单中心患者数据，需要进一步实验验证 | 探讨尿酸与重症肌无力的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 重症肌无力患者、公共数据库(TCGA、GEO)数据、临床中心患者数据 | 生物信息学 | 重症肌无力 | meta分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接、单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据、表达数据、临床数据 | 公共数据库数据和临床中心患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6279 | 2025-10-06 |
Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639530
PMID:40060632
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研究论文 | 本研究通过解析Gαs与Hedgehog信号通路的相互作用，揭示了靶向腺苷受体2b治疗Hedgehog依赖性肿瘤的新策略 | 发现Gαs通路失活驱动的肿瘤独立于经典Hedgehog调节因子SMO和GPR161，建立了SMO非依赖性致癌Hedgehog信号模型 | NA | 探索Gαs与Hedgehog信号通路串扰机制及其在基底细胞癌治疗中的应用 | 小鼠BCC样肿瘤和人类基底细胞癌 | 癌症生物学 | 基底细胞癌 | 组织学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 6280 | 2025-10-06 |
Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish
2025-02-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015
PMID:39591963
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序重建斑马鱼细胞分化过程，揭示分泌组织分化的调控机制 | 开发了多源整合模块识别方法MIMIR，首次系统识别了斑马鱼分泌组织分化过程中的基因模块及其动态变化 | 研究局限于斑马鱼的两种分泌组织，尚未验证在其他物种或组织中的普适性 | 重建细胞分化过程并解析分泌功能特化的调控逻辑 | 斑马鱼脊索和孵化腺两种分泌组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | MIMIR（多源整合模块识别方法） | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎（功能缺失和功能获得突变体） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |