单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6261	2024-11-20	Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.28.560068 PMID:37808782	研究论文	开发了一种基于分组视觉注意力机制的Transformer模型，用于从全切片组织学图像中预测癌症转录组	首次将Transformer模型应用于全切片组织学图像，并展示了其在预测空间基因表达模式和开发数字基因表达特征方面的潜力	模型在小数据集上训练，可能导致过拟合	开发一种新的深度学习模型，用于从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗	癌症转录组和组织学图像	数字病理学	癌症	深度学习	Transformer	图像	1,802个正常组织样本和4,331个肿瘤样本，涵盖九种癌症类型
6262	2024-11-20	Spatially resolved transcriptomic signatures of hippocampal subregions and Arc-expressing ensembles in active place avoidance memory 2024, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2024.1386239 PMID:39544521	研究论文	研究通过批量RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化	首次通过空间转录组学技术，研究了海马体不同亚区在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集	研究仅限于海马体背侧，未涵盖整个海马体区域；样本量较小，可能影响结果的普遍性	探讨海马体在主动位置回避记忆回忆后的基因表达变化及其与记忆形成的关系	海马体背侧的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区	神经科学	NA	RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	训练和未训练的小鼠样本
6263	2024-11-20	VCAN in the extracellular matrix drives glioma recurrence by enhancing cell proliferation and migration 2024, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2024.1501906 PMID:39554845	研究论文	本文研究了细胞外基质中的VCAN蛋白在胶质瘤复发中的作用，发现VCAN通过增强细胞增殖和迁移促进胶质瘤复发	首次揭示了VCAN在胶质瘤复发中的关键作用，并提出了通过抑制PI3K/Akt通路来治疗胶质瘤复发的新策略	NA	探讨VCAN在胶质瘤复发中的作用机制，并寻找潜在的治疗策略	胶质瘤细胞、VCAN蛋白、PI3K/Akt信号通路	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序、免疫组化染色	NA	转录组数据	NA
6264	2024-11-20	NFIL3/Tim3 axis regulates effector Th1 inflammation in COPD mice 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1482213 PMID:39555065	研究论文	研究NFIL3/Tim3轴在COPD小鼠模型中对Th1炎症的调节作用	首次揭示NFIL3/Tim3轴在COPD小鼠中通过抑制Th1分化来调节Th1失衡	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨COPD相关Th1细胞的调节因子及其在炎症机制中的作用	COPD小鼠的Th1细胞及其相关基因NFIL3和Tim3	免疫学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、流式细胞术	NA	细胞	COPD小鼠模型
6265	2024-11-20	Bulk- and single cell-RNA sequencing reveal KIF20A as a key driver of hepatocellular carcinoma progression and immune evasion 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1469827 PMID:39555078	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据分析，揭示了KIF20A在肝细胞癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次发现KIF20A在肝细胞癌中高表达，并证实其促进癌细胞增殖、侵袭和转移，同时影响免疫微环境	NA	探讨KIF20A在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境的影响	KIF20A在肝细胞癌中的表达及其与诊断、预后和免疫微环境的关系	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	RNA	NA
6266	2024-11-20	Analysis of immunogenic cell death in periodontitis based on scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1438998 PMID:39555084	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，研究了牙周炎中免疫原性细胞死亡（ICD）的机制	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与ICD相关的细胞群和关键基因，并构建了诊断模型	研究仅限于牙周炎样本，结果的普适性有待进一步验证	探讨牙周炎中免疫原性细胞死亡的机制及其在疾病发展中的作用	牙周炎中的免疫原性细胞死亡及相关基因	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、qPCR、酶联免疫吸附测定（ELISA）、免疫荧光（IF）染色	机器学习	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
6267	2024-11-20	The testicular microvasculature in Klinefelter syndrome is immature with compromised integrity and characterized by excessive inflammatory cross-talk 2023-12-04, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/dead224 PMID:37910660	研究论文	研究探讨了Klinefelter综合征（KS）患者的睾丸微血管在单细胞水平上的基因表达模式，揭示了微血管功能障碍的潜在机制	首次在单细胞水平上揭示了KS患者睾丸微血管相关细胞的独特基因表达模式，表明内皮细胞过度激活、血管形成紊乱和血管完整性受损	研究样本量不平衡，各组样本数量和细胞数量不同，且缺乏临床信息的限制，无法推断基因表达变化可能导致的生物学后果，未包含青春期前年龄组限制了研究结果的普遍性	探讨KS是否会导致睾丸中独特的基因表达模式，从而揭示报道的睾丸微血管功能障碍	Klinefelter综合征（KS）、非阻塞性无精子症（NOA）、隐匿性精子症和对照组的睾丸细胞	NA	男性不育症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	KS组6例，NOA组5例，隐匿性精子症3例，对照组15例
6268	2024-11-20	A cell-type-specific atlas of the inner ear transcriptional response to acoustic trauma 2021-09-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109758 PMID:34592158	研究论文	研究了噪音诱导听力损失（NIHL）后小鼠内耳细胞类型的转录组变化	首次使用RiboTag和单细胞RNA测序技术，系统地分析了噪音创伤前后小鼠内耳细胞类型的分子景观	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨噪音诱导听力损失后内耳细胞类型的转录组响应	小鼠内耳的细胞类型及其在噪音创伤前后的转录组变化	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	噪音创伤前后的多个小鼠内耳样本
6269	2024-11-20	Differential Expression Levels of Sox9 in Early Neocortical Radial Glial Cells Regulate the Decision between Stem Cell Maintenance and Differentiation 2021-08-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2905-20.2021 PMID:34266896	研究论文	研究早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的不同表达水平如何调节干细胞维持与分化的决策	首次揭示了Sox9在早期新皮质放射状胶质细胞中的不同表达水平对干细胞维持与分化决策的影响	仅在胚胎小鼠中进行了实验，未涉及其他物种	探讨早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的表达差异及其对神经发生行为的影响	早期新皮质放射状胶质细胞及其亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠
6270	2024-11-19	Single-cell profiling of the peripheral blood immune landscape during mid- and late-stage pregnancy 2024-Dec-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00041.2024 PMID:39555960	研究论文	研究了中期和晚期妊娠妇女外周血单核细胞（PBMC）的免疫谱，揭示了妊娠不同阶段的免疫细胞亚型和分子特性的显著差异	首次详细描述了中期和晚期妊娠妇女外周血免疫谱的变化，发现了一种罕见的T细胞亚型“XIST+ T细胞”，并揭示了其在妊娠期间的免疫调节作用	样本量较小，仅包括三名中期和晚期妊娠妇女，可能影响结果的普适性	确定中期和晚期妊娠妇女外周血单核细胞的免疫谱，为研究妊娠相关疾病提供基础	中期和晚期妊娠妇女的外周血单核细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	三名中期妊娠妇女和三名晚期妊娠妇女的外周血样本
6271	2024-11-19	Atypical chemokine receptor 1-positive endothelial cells mediate leucocyte infiltration and synergize with secreted frizzled-related protein 2/asporin-positive fibroblasts to promote skin fibrosis in systemic sclerosis 2024-Nov-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae286 PMID:39009432	研究论文	研究探讨了系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）中皮肤纤维化的病理机制，特别是血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	首次揭示了非典型趋化因子受体1（ACKR1）在纤维化皮肤组织中高表达促进免疫细胞浸润，并发现SFRP2/ASPN+成纤维细胞协同加剧皮肤纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于SSc和LS患者，可能影响结果的普适性	探索血管内皮细胞损伤与免疫细胞浸润的关系，以及不同细胞类型在纤维化皮肤生态系统中的相互作用	系统性硬化症（SSc）和局限性硬皮病（LS）患者的皮肤纤维化	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	共62,295个细胞，来自3名健康供体和7名SSc患者以及3名LS患者的皮肤活检样本
6272	2024-11-19	Lung Tissue Multilayer Network Analysis Uncovers the Molecular Heterogeneity of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0500OC PMID:38626356	研究论文	本文通过多层网络分析方法，研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子异质性	本文提出了一种新的多层网络分析方法，整合了COPD患者的mRNA、microRNA和甲基化数据，揭示了与临床特征相关的分子机制	本文的样本量相对较小，且仅限于前吸烟者，可能限制了研究结果的普适性	揭示慢性阻塞性肺疾病的分子异质性及其与临床特征的关系	COPD患者的肺组织样本及其mRNA、microRNA和甲基化数据	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	多层网络分析	机器学习模型	mRNA、microRNA、甲基化数据	135名前吸烟者COPD患者
6273	2024-11-19	Identification of PDLIM1 as a glioblastoma stem cell marker driving tumorigenesis and chemoresistance 2024-Nov-15, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02241-7 PMID:39548074	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞标记物，驱动肿瘤发生和化学抗性	首次鉴定PDLIM1为胶质母细胞瘤干细胞的新标记物，并揭示其在肿瘤发生和化学抗性中的作用	NA	识别新的胶质母细胞瘤干细胞标记物，以改善诊断和靶向治疗	胶质母细胞瘤干细胞及其在肿瘤进展、复发和化学抗性中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (RNA-seq)	NA	RNA	NA
6274	2024-11-19	Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome 2024-Nov-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54228-8 PMID:39548093	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析和单细胞永生化技术，研究了原发性抗磷脂综合征（PAPS）患者外周血和骨髓中自反应性B细胞的起源	发现抗磷脂（aPL）特异性B细胞存在于幼稚B细胞区室中，具有多反应性，并源自天然B细胞库；此外，这些B细胞在PAPS患者中未被清除，可能由于生发中心选择缺陷而持续存在，并在记忆和长寿浆细胞阶段变得较少多反应性	NA	揭示原发性抗磷脂综合征（PAPS）中自反应性B细胞的存活机制，并提出潜在的治疗靶点	原发性抗磷脂综合征（PAPS）患者的自反应性B细胞	NA	原发性抗磷脂综合征	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析、单细胞永生化	NA	RNA	NA
6275	2024-11-19	Single cell-spatial transcriptomics and bulk multi-omics analysis of heterogeneity and ecosystems in hepatocellular carcinoma 2024-Nov-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00752-1 PMID:39548284	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学和批量多组学分析，揭示了肝细胞癌（HCC）生态系统的异质性和多样性	首次全面分析了HCC细胞在塑造肿瘤生态系统中的核心作用，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的代谢紊乱和免疫功能障碍	研究样本量较小，仅包括六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照	探讨肝细胞癌的异质性和生态系统构成	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单细胞空间转录组学和批量多组学分析	NA	转录组数据	六个HCC病例和一个非癌性肝脏对照
6276	2024-11-19	Multi-omics-driven discovery of invasive patterns and treatment strategies in CA19-9 positive intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05854-9 PMID:39548460	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CA19-9阳性肝内胆管癌的分子特征和治疗靶点	首次系统地阐明了CA19-9阳性肝内胆管癌的临床、基因组、转录组和免疫特征，并揭示了与糖酵解相关的细胞群及其促进癌症的机制	NA	支持CA19-9阳性肝内胆管癌的个性化治疗	CA19-9阳性肝内胆管癌	数字病理学	肝内胆管癌	多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	7个临床队列、2个全外显子测序队列、6个RNA测序/微阵列队列、1个蛋白质组队列、20个单细胞RNA测序样本、1个空间转录组样本、52个组织微阵列样本
6277	2024-11-19	Single-cell transcriptomics link gene expression signatures to clinicopathological features of gonadotroph and lactotroph PitNET 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05821-4 PMID:39548496	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）中生殖细胞和催乳细胞的基因表达特征与临床病理特征之间的关系	本研究首次系统地分析了生殖细胞和催乳细胞PitNET的单细胞转录组数据，揭示了肿瘤微环境细胞与肿瘤侵袭性行为之间的关系	本研究仅基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术	探讨垂体神经内分泌肿瘤中不同细胞类型的基因表达特征与临床病理特征之间的关系	生殖细胞和催乳细胞垂体神经内分泌肿瘤	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7个生殖细胞PitNET和3个催乳细胞PitNET的单细胞RNA测序数据，以及134个PitNET的批量RNA测序数据
6278	2024-11-19	Efficacy and safety of novel multiple-chain DAP-CAR-T cells targeting mesothelin in ovarian cancer and mesothelioma: a single-arm, open-label and first-in-human study 2024-Nov-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01405-5 PMID:39548510	研究论文	研究了针对间皮素的多链DAP-CAR-T细胞在卵巢癌和间皮瘤中的疗效和安全性	开发了多链DAP-CAR-T细胞，通过结合自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体截短子和DAP12，显示出比其他自然杀伤细胞激活受体更好的细胞毒性和肿瘤杀伤能力	研究样本量较小，仅涉及8名患者，且结果主要基于体外实验和动物模型	评估多链DAP-CAR-T细胞在治疗卵巢癌和间皮瘤中的安全性和疗效	卵巢癌和间皮瘤患者	免疫治疗	卵巢癌	CAR-T细胞疗法	多链DAP-CAR-T细胞	细胞	8名表达间皮素的卵巢癌和间皮瘤患者
6279	2024-11-19	Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05548-2 PMID:39548564	研究论文	研究探讨了SNTB1通过调节SRC激活Hippo-YAP通路在结肠腺癌转移中的作用	首次揭示了SNTB1与SRC相互作用激活Hippo-YAP通路，促进结肠腺癌转移的机制	NA	探究结肠腺癌转移的分子机制，寻找新的治疗靶点	结肠腺癌及其转移组织	数字病理学	结肠腺癌	RNA测序	NA	RNA	408名结肠腺癌患者
6280	2024-11-19	Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.30.621159 PMID:39553941	研究论文	研究探讨了伤口微环境中分泌信号对巨噬细胞代谢的年龄依赖性重编程	首次揭示了早期伤口巨噬细胞中代谢基因表达定义了不同的细胞群体，并发现这些信号以年龄依赖的方式驱动代谢输入和线粒体代谢	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要在人类样本中验证这些发现	探讨伤口微环境中分泌信号如何影响巨噬细胞的代谢，并研究其对炎症和年龄相关疾病的影响	早期伤口中的巨噬细胞及其代谢变化	NA	年龄相关炎症疾病	单细胞RNA测序、单细胞分泌组学	NA	RNA	小鼠早期伤口中的巨噬细胞