单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6261 - 6280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6261 | 2024-11-17 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis
2024-Oct-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252111669
PMID:39519222
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹 | 首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 博来霉素处理的小鼠肺组织 |
| 6262 | 2024-11-17 |
Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178628
PMID:39352749
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研究论文 | 研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性 | 首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞，结合抗PD1疗法，实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退 | NA | 探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略 | PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6263 | 2024-11-17 |
Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173448
PMID:39352768
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研究论文 | 研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征（HGPS）小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制 | 首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用，并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类HGPS患者中验证 | 探讨HGPS血管病理的机制 | HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估 | NA | 基因表达数据 | HGPS小鼠和野生型对照小鼠 |
| 6264 | 2024-11-17 |
SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae571
PMID:39508444
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测 | SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性 | NA | 解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | Transformer | 基因表达数据 | 涉及多种空间转录组学数据集 |
| 6265 | 2024-11-17 |
Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae576
PMID:39508445
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别 | SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能 | NA | 克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察 | 空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图域适应框架 | 转录组数据 | 涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集 |
| 6266 | 2024-11-17 |
Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae592
PMID:39535258
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研究论文 | 开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络 | InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用 | NA | 揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | 概率图模型 | 多模态数据 | 三个实验研究的数据 |
| 6267 | 2024-11-17 |
Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae572
PMID:39541187
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研究论文 | 本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图模型 | 基因表达数据 | 14个测试数据集 |
| 6268 | 2024-11-17 |
SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae578
PMID:39541189
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析 | SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入 | NA | 开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域 | 空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断 | 机器学习 | NA | 图卷积网络、自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 七个空间转录组学数据集 |
| 6269 | 2024-11-17 |
Deciphering gene expression patterns using large-scale transcriptomic data and its applications
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae590
PMID:39541191
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研究论文 | 本研究分析了大规模转录组数据，探索了基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 提出了基于偏度的度量方法来量化数据集间的分布变化，并改进了朴素贝叶斯方法以提高模拟性能 | NA | 揭示基因表达模式，识别信息基因，分类样本，并理解疾病 | 基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 基因组学 | 癌症 | RNA-seq | 朴素贝叶斯 | 转录组数据 | 11,252个bulk RNA-seq样本和4,884个单细胞RNA-seq样本 |
| 6270 | 2024-11-17 |
B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates
2024-07-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022717
PMID:38558106
|
研究论文 | 研究了B细胞靶向CAR T细胞疗法在患者和非人灵长类动物中激活CD8+细胞毒性CARneg旁观者T细胞的现象 | 首次全面识别和分析了B细胞靶向CAR T细胞疗法后CARneg旁观者CD8+ T细胞的特征，并提出了一种新的机制，即CAR T细胞输注可能通过激活旁观者T细胞增强抗白血病反应 | NA | 探讨B细胞靶向CAR T细胞疗法激活周围CARneg旁观者T细胞的机制及其潜在的抗肿瘤作用 | 非人灵长类动物和患者的T细胞 | 免疫学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 非人灵长类动物和患者的T细胞样本 |
| 6271 | 2024-11-17 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in osteosarcoma
2024-05-17, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03319-w
PMID:38755647
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研究论文 | 研究揭示了骨肉瘤淋巴结转移的分子机制及其对淋巴结微环境的改造 | 发现了新的ETS2/IBSP信号轴可能促进淋巴结转移，并阐明了骨肉瘤细胞如何影响淋巴结微环境 | NA | 揭示骨肉瘤淋巴结转移的机制及其对微环境的改造 | 骨肉瘤的淋巴结转移及其微环境改造 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、生物信息学、体外实验、免疫组化 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 18个样本，包含117,964个细胞 |
| 6272 | 2024-11-17 |
Osimertinib in combination with anti-angiogenesis therapy presents a promising option for osimertinib-resistant non-small cell lung cancer
2024-04-24, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03389-w
PMID:38658988
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研究论文 | 本文探讨了奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者中的应用 | 提出了奥希替尼联合抗血管生成疗法作为奥希替尼耐药非小细胞肺癌的新治疗策略 | 研究为回顾性研究，且样本量有限 | 探讨奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药非小细胞肺癌患者中的疗效 | 奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 111例晚期非小细胞肺癌患者 |
| 6273 | 2024-11-17 |
CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens
2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码系统，用于在CRISPR筛选中实现多重扰动 | 开发了一种基于CROPseq的慢病毒系统，能够与mRNA嵌入的条形码兼容，并支持多种筛选方法 | NA | 旨在提高单目标筛选的性能，并支持基因相互作用的研究 | CRISPR筛选中的多重扰动和解码 | 基因组学 | NA | CRISPR筛选 | NA | mRNA | NA |
| 6274 | 2024-11-17 |
Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues
2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.06.579143
PMID:38370833
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究 | Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射 | NA | 探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学 | 人类疾病相关组织的RNA生物学 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | RNA | 临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年 |
| 6275 | 2024-11-17 |
The shared biomarkers and immune landscape in psoriatic arthritis and rheumatoid arthritis: Findings based on bioinformatics, machine learning and single-cell analysis
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0313344
PMID:39509434
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研究论文 | 本研究通过生物信息学、机器学习和单细胞分析方法，识别了银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫景观 | 本研究首次通过机器学习算法和单细胞分析，识别了RPL22L1和LY96作为银屑病关节炎和类风湿性关节炎的潜在诊断标志物，并揭示了它们与T细胞发育和VEGF信号的关联 | 本研究主要基于现有数据集进行分析，未来需要更多的实验验证和临床样本验证 | 识别银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享标志基因和机制相似性 | 银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫细胞功能 | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | LASSO和支持向量机递归特征消除 | 基因表达数据 | NA |
| 6276 | 2024-11-17 |
Combining single-cell RNA sequencing and network pharmacology to explore the target of cangfu daotan decoction in the treatment of obese polycystic ovary syndrome from an immune perspective
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1451300
PMID:39539629
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研究论文 | 本文结合单细胞RNA测序和网络药理学，从免疫角度探讨苍附导痰汤治疗肥胖型多囊卵巢综合征的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学，揭示苍附导痰汤在肥胖型多囊卵巢综合征中的免疫调节机制 | 研究样本量较小，且为单中心研究，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨苍附导痰汤在肥胖型多囊卵巢综合征中的作用机制，特别是其免疫调节作用 | 肥胖型多囊卵巢综合征患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 129例，包括肥胖型多囊卵巢综合征患者、正常体重多囊卵巢综合征患者和健康女性 |
| 6277 | 2024-11-17 |
Uncovering SPP1+ Macrophage, Neutrophils and Their Related Diagnostic Biomarkers in Intracranial Aneurysm and Subarachnoid Hemorrhage
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S493828
PMID:39539729
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研究论文 | 本研究通过单细胞和转录组数据分析，揭示了颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中SPP1+巨噬细胞和嗜中性粒细胞的作用及其相关诊断生物标志物 | 首次通过单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示了SPP1+巨噬细胞在颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中的有害作用，并识别出CD36作为风险因素和有效的血液生物标志物 | NA | 探讨颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血的分子机制和诊断生物标志物 | 颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中的巨噬细胞、嗜中性粒细胞及其相关生物标志物 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞测序、转录组分析、孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞数据、转录组数据 | 从GEO数据库获取的单细胞和转录组数据，以及建立的临床队列 |
| 6278 | 2024-11-17 |
Differences in cell subsets between sun-exposed and unexposed skin: preliminary single-cell sequencing and biological analysis from a single case
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1453940
PMID:39540047
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和生物分析，比较了同一患者阳光暴露和未暴露皮肤中的细胞亚群差异 | 首次揭示了光老化皮肤中单个病例的细胞成分变化，并提供了关于细胞亚群和病理学的新见解 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和代表性有待进一步验证 | 评估光老化皮肤中细胞亚群变化的生物学过程和机制 | 阳光暴露和未暴露的皮肤细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 单一病例，包括阳光暴露的前臂皮肤和未暴露的臀部皮肤 |
| 6279 | 2024-11-17 |
Identify novel therapeutic targets for type II diabetes and periodontitis: insights from single-cell analysis and Mendelian randomization analysis
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1410537
PMID:39544234
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研究论文 | 通过单细胞分析和孟德尔随机化分析，识别II型糖尿病和牙周炎的新治疗靶点 | 整合单细胞分析、孟德尔随机化分析和共定位分析，识别出II型糖尿病和牙周炎的新治疗靶点 | NA | 揭示II型糖尿病和牙周炎之间的关联，并识别新的治疗靶点 | II型糖尿病和牙周炎 | 生物信息学 | 糖尿病 | 单细胞分析、孟德尔随机化分析、共定位分析 | NA | 基因数据 | NA |
| 6280 | 2024-11-17 |
Possible involvement of Toll-like receptor 8-positive monocytes/macrophages in the pathogenesis of Sjögren's disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1480675
PMID:39544932
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研究论文 | 研究探讨了Toll样受体8阳性单核细胞/巨噬细胞在干燥综合征发病机制中的可能作用 | 首次通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术，揭示了Toll样受体8阳性单核细胞/巨噬细胞在干燥综合征中的表达和功能 | 研究样本量较小，且仅限于干燥综合征患者，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨Toll样受体在干燥综合征发病机制中的作用 | 干燥综合征患者的唾液腺组织 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、实时PCR、多色免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据 | 32例实时PCR样本，19例多色免疫荧光染色样本 |