单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6241	2024-11-17	Protective role of aconitate decarboxylase 1 in neuroinflammation-induced dysfunctions of the paraventricular thalamus and sleepiness 2024-Nov-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07215-0 PMID:39523388	研究论文	研究探讨了神经炎症引起的睡眠障碍与腹侧室旁核（PVT）功能异常的关系，并发现阿康酸脱羧酶1（Acod1）在其中的保护作用	首次揭示了Acod1在神经炎症引起的睡眠障碍中的保护作用，并验证了其代谢产物伊塔康酸的抗炎和神经保护作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨神经炎症引起的睡眠障碍的神经调节机制	腹侧室旁核（PVT）神经元和小胶质细胞	神经科学	神经炎症	电生理记录、RNA测序、免疫荧光染色	NA	电生理数据、基因表达数据	小鼠模型
6242	2024-11-17	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-Nov-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文介绍了一种名为scregclust的方法，用于从大量单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序，并应用于神经肿瘤的研究	提出了scregclust算法，能够高效地将目标基因划分为模块，并预测关键的转录因子和激酶，显著减少了计算时间	NA	研究神经肿瘤的表型可塑性背后的调控程序，并探索其药理学相关性	成人及儿童脑癌，特别是胶质母细胞瘤	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及15种肿瘤类型的大量单细胞RNA测序数据
6243	2024-11-17	Bendamustine-rituximab elicits dual tumoricidal and immunomodulatory responses via cGAS-STING activation in diffuse large B-cell lymphoma 2024-Nov-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009212 PMID:39521616	研究论文	研究了苯达莫司汀-利妥昔单抗（BR）治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的机制，发现其通过cGAS-STING通路诱导肿瘤细胞凋亡和免疫调节	揭示了BR治疗通过cGAS-STING通路诱导肿瘤细胞凋亡和免疫调节的双重作用	NA	探讨苯达莫司汀-利妥昔单抗（BR）治疗弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）细胞系和患者样本	NA	淋巴瘤	RNA测序、Western blot、Crispr-cas9、流式细胞术、Transwell实验、共培养实验	NA	RNA	DLBCL细胞系和患者样本
6244	2024-11-17	Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2024-Nov-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54005-7 PMID:39521797	研究论文	本文通过scRNA-seq技术结合ELATUS计算框架，系统评估了不同预处理方法，并提高了功能性lncRNA的检测准确性	开发了ELATUS计算框架，结合Kallisto伪比对器和选择性功能过滤，显著提高了scRNA-seq数据中功能性lncRNA的检测准确性	ELATUS在处理不准确的参考注释时表现出色，但仍需进一步验证其在其他数据集上的适用性	提高单细胞水平上功能性lncRNA的检测准确性，揭示其在细胞过程和病理中的多重作用	功能性lncRNA及其在单细胞水平上的表达模式	基因组学	乳腺癌	scRNA-seq	ELATUS	RNA	单细胞多组学数据
6245	2024-11-17	Single-cell transcriptomic and cross-species comparison analyses reveal distinct molecular changes of porcine testes during puberty 2024-Nov-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07163-9 PMID:39521938	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术分析了巴马猪睾丸在不同发育阶段的转录组特征，并与人类和小鼠进行了比较	揭示了猪在出生后不久即开始减数分裂的早期现象，并发现了一种类似于人类0型精原干细胞的猪精原细胞亚型	NA	研究猪睾丸在青春期的分子变化，并探讨其在生殖生物学、农业育种和转化医学中的应用潜力	巴马猪睾丸在胎儿期、婴儿期、青春期和成年期的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	多个发育阶段的巴马猪睾丸样本
6246	2024-11-17	Spatial transcriptomics reveals strong association between SFRP4 and extracellular matrix remodeling in prostate cancer 2024-Nov-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07161-x PMID:39511287	研究论文	研究通过空间转录组学和多组学分析揭示了SFRP4与前列腺癌中细胞外基质重塑的强关联	首次通过空间转录组学和多组学分析揭示了SFRP4 mRNA在前列腺癌微环境中的分布及其与细胞外基质成分的共表达，为诊断和治疗提供了新见解	研究中发现SFRP4 mRNA水平与蛋白质水平不一致，这可能影响基于mRNA的诊断准确性	探讨SFRP4在前列腺癌中的生物学机制及其与癌症侵袭性的关系	SFRP4基因表达及其在前列腺癌组织中的空间分布	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、转录组学、蛋白质组学、DNA甲基组学和组织染色	NA	mRNA、蛋白质、DNA甲基化	相同的前列腺癌组织样本
6247	2024-11-17	scGraphformer: unveiling cellular heterogeneity and interactions in scRNA-seq data using a scalable graph transformer network 2024-Nov-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07154-w PMID:39511415	研究论文	本文介绍了一种基于transformer的图神经网络模型scGraphformer，用于从单细胞RNA测序数据中揭示细胞异质性和相互作用	scGraphformer通过直接从scRNA-seq数据中学习全面的细胞-细胞关系网络，超越了传统图神经网络依赖预定义图的局限性	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，并揭示细胞间的相互作用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和细胞间关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	基因表达数据	多个数据集
6248	2024-11-17	Single-cell sequencing reveals cellular heterogeneity of nucleus pulposus in intervertebral disc degeneration 2024-11-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78675-x PMID:39516278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了椎间盘退变过程中髓核组织的细胞异质性	首次在单细胞水平上揭示了椎间盘退变过程中髓核组织的细胞和分子变化，并识别了不同细胞群之间的潜在相互作用	研究样本仅来自接受椎间盘切除术的患者，可能存在选择偏倚	深入了解椎间盘退变过程中髓核组织的细胞异质性和分子特征	椎间盘退变患者的髓核组织	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	47,610个单细胞
6249	2024-11-17	Multi-omics analysis of Prolyl 3-hydroxylase 1 as a prognostic biomarker for immune infiltration in ccRCC 2024-Nov-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00748-x PMID:39516330	研究论文	研究探讨了Prolyl 3-hydroxylase 1（P3H1）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的表达及其对免疫浸润的预后标志物作用	首次系统分析了P3H1在ccRCC中的表达及其与药物敏感性、免疫检查点、免疫细胞浸润的关系，并揭示了P3H1在ceRNA调控网络中的潜在作用	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨P3H1在ccRCC中的作用及其作为预后标志物的潜力	P3H1在ccRCC中的表达及其与免疫浸润、药物敏感性、免疫检查点、ceRNA调控网络的关系	数字病理学	肾细胞癌	转录组测序、单细胞测序	NA	转录组数据	多个数据库和体外实验样本
6250	2024-11-17	Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages 2024-Nov-07, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023 PMID:39413794	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞对不同刺激的动态基因表达响应	首次生成了高分辨率的时间序列单细胞RNA测序数据，并推断出实时单细胞基因表达轨迹，揭示了动态信息在单核细胞刺激响应特异性中的重要作用	NA	研究单核细胞对不同免疫威胁的基因表达动态响应	小鼠单核细胞对六种刺激的基因表达响应	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠单核细胞
6251	2024-11-17	Implication of CCNG1 in radiosensitivity via the Wnt/β-catenin pathway in esophageal squamous cells 2024-11-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77811-x PMID:39511268	研究论文	研究探讨了CCNG1在食管鳞状细胞中通过Wnt/β-catenin通路影响放射敏感性的机制	首次揭示了CCNG1作为Wnt/β-catenin通路下游效应因子在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的关键作用	研究主要基于细胞系实验，未来需在临床样本中验证结果	探讨CCNG1在食管鳞状细胞癌放射敏感性中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌及其放射敏感性	NA	食管癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲除、流式细胞术、凋亡检测、Western blot	NA	RNA	食管鳞状细胞癌样本，放射抵抗性食管鳞状细胞系
6252	2024-11-17	GraphPCA: a fast and interpretable dimension reduction algorithm for spatial transcriptomics data 2024-Nov-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03429-x PMID:39511664	研究论文	本文开发了一种名为GraphPCA的快速且可解释的降维算法，用于空间转录组数据	GraphPCA结合了图形正则化和主成分分析的优势，提供了一种新的降维方法	NA	解决空间转录组数据高维度和噪声问题，提升下游分析任务的性能	空间转录组数据	数字病理学	NA	图形正则化、主成分分析	NA	空间转录组数据	模拟数据和多分辨率空间转录组数据集
6253	2024-11-17	HistoSPACE: Histology-inspired spatial transcriptome prediction and characterization engine 2024-Nov-07, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.002 PMID:39521362	研究论文	本文开发了一种名为HistoSPACE的模型，用于从组织图像中提取分子信息，并将其与疾病病理联系起来	HistoSPACE模型利用空间转录组数据和组织图像的多样性，通过图像编码器和卷积块的结合，实现了高效的分子信息提取	NA	开发一种能够从组织图像中提取分子信息并将其与疾病病理联系起来的模型	组织图像和空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	卷积神经网络	图像	NA
6254	2024-11-17	Basic Fibroblast Growth Factor Supports the Function of Limbal Niche Cells via the Wnt/β-Catenin Pathway 2024-Nov, Journal of ocular pharmacology and therapeutics : the official journal of the Association for Ocular Pharmacology and Therapeutics IF:1.9Q3 DOI:10.1089/jop.2024.0042 PMID:39083404	研究论文	研究bFGF对角膜缘微环境细胞功能的影响及其机制	首次探讨了bFGF通过Wnt/β-catenin途径支持角膜缘微环境细胞功能的机制	研究仅限于体外实验，缺乏体内验证	探讨bFGF对角膜缘微环境细胞功能的影响及其分子机制	角膜缘微环境细胞（LNC）及其增殖、干细胞标志物表达和β-catenin转录水平	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	不同浓度的bFGF处理组和FGFR抑制剂处理组
6255	2024-11-17	Macrophage iron dyshomeostasis promotes aging-related renal fibrosis 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14275 PMID:39016438	研究论文	研究探讨了巨噬细胞在肾脏衰老中的作用，特别是铁稳态失调和铁死亡信号在促进肾脏纤维化中的作用	揭示了巨噬细胞铁稳态失调和铁死亡信号在肾脏衰老中的关键作用，并提出了Pcbp1作为干预靶点和Rutin作为潜在治疗药物	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和人类适用性需要进一步验证	探讨巨噬细胞在肾脏衰老中的作用及其机制	C57BL/6J小鼠的肾脏单细胞RNA测序数据	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从8周到24个月大的C57BL/6J小鼠
6256	2024-11-17	Tissue-specific functions of MSCs are linked to homeostatic muscle maintenance and alter with aging 2024-Nov, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14299 PMID:39323233	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSCs）在不同组织中的特异性功能及其与肌肉维持和衰老的关系	首次通过单细胞RNA测序研究揭示了MSCs在不同组织中的异质性，并探讨了这种异质性在衰老过程中的功能意义	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨MSCs在不同组织中的特异性功能及其在衰老过程中的变化	小鼠的七种组织中的MSCs及其在衰老过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种小鼠组织中的MSCs
6257	2024-11-17	Pan-Cancer Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Divergent Expression of Embryonic Proangiogenesis Gene Modules in Tumorigenesis 2024-Nov, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70373 PMID:39526457	研究论文	本研究通过泛癌单细胞转录组分析，揭示了胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达差异	首次通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现肿瘤微环境中髓系细胞高表达胚胎血管生成基因模块，表明肿瘤可能利用这些模块促进血管生成和持续生长	研究仅限于七种癌症类型，样本量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨胚胎血管生成基因模块在肿瘤发生中的表达及其潜在机制	髓系细胞及其亚群在不同癌症类型中的胚胎血管生成基因模块表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	332名患者，涵盖七种癌症类型
6258	2024-11-17	Integrated machine learning developed a prognosis-related gene signature to predict prognosis in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70171 PMID:39535375	研究论文	本研究开发了一种基于随机生存森林算法的17基因预后相关基因签名模型，用于预测食管鳞状细胞癌的预后	该模型在训练和验证队列中均表现出优于其他临床病理特征和已发表签名的预后准确性	NA	开发一种新的预测模型，以提高食管鳞状细胞癌的预后预测准确性	食管鳞状细胞癌患者的预后	机器学习	食管癌	随机生存森林算法	随机生存森林	基因表达数据	260名患者
6259	2024-11-17	Molecular characterization of human HSPCs with different cell fates in vivo using single-cell transcriptome analysis and lentiviral barcoding technology 2024-Nov, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70085 PMID:39538416	研究论文	本研究开发了一种名为SCALeBa的新技术，通过单细胞转录组分析和慢病毒条形码技术，研究人体HSPCs在体内的分子机制	首次引入SCALeBa技术，结合转录条形码库和算法，同时分析单个细胞的命运及其基因表达谱	NA	研究人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在体内的异质性及其分子机制	人体造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化相关基因	生物信息学	NA	单细胞转录组分析，慢病毒条形码技术	NA	基因表达数据	NA
6260	2024-11-17	Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111653 PMID:39519201	研究论文	本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因	本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序，识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因，并提出了复杂的网络调控机制	由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标，研究结果的普适性和准确性可能受到限制	揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制，为解决男性不育问题提供新思路	精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化	基因组学	男性不育	微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq	NA	基因表达数据	三个不同精原干细胞的人类样本