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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6221 | 2025-10-06 |
Putting proteins in context
2024-Oct-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009
PMID:39418999
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研究论文 | 介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法,通过整合分析蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组数据生成蛋白质的上下文表征 | 首次将蛋白质相互作用与多器官单细胞转录组数据结合,利用几何深度学习方法生成具有生物环境背景的蛋白质表征 | NA | 解决蛋白质表征缺乏生物环境背景的问题 | 蛋白质及其相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 几何深度学习 | 蛋白质相互作用数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6222 | 2025-10-06 |
Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models
2024-07-27, Schizophrenia bulletin
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/schbul/sbae063
PMID:38811350
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研究论文 | 通过多模态方法研究前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症认知障碍中的作用 | 首次结合临床患者和动物模型,综合运用光遗传学、单细胞RNA测序和神经影像学技术揭示mPFC-BLA通路在精神分裂症认知障碍中的关键作用,并发现血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的潜力 | 研究样本量未明确说明,动物模型可能无法完全模拟人类精神分裂症的复杂性 | 探究前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用机制 | 精神分裂症患者和甲基氧化甲醇乙酸酯诱导的小鼠模型 | 神经科学 | 精神分裂症 | 临床量表、磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学、立体定位注射 | 小鼠疾病模型 | 影像数据、基因表达数据、行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6223 | 2025-10-06 |
Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies
2021, JVS-vascular science
DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002
PMID:34617064
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综述 | 总结血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的克隆扩增和表型多样性研究进展 | 揭示动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞通过有限数量克隆扩增形成表型多样性的新机制 | 单细胞转录组技术在确定平滑肌细胞功能方面可能存在可靠性问题,需要结合功能研究验证 | 阐明平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的投资机制和表型可塑性 | 血管平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 命运图谱技术,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6224 | 2025-10-06 |
The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries
2025-Jun, Journal of shoulder and elbow surgery
IF:2.9Q1
DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008
PMID:40057173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析年龄对肩袖损伤肌肉细胞衰老的影响 | 首次在肩袖肌肉组织中鉴定出六种主要细胞群体,并发现老年患者FAP细胞中衰老标志物ATF3表达显著升高 | 样本量有限,计算分析结果需要进一步实验验证 | 探讨年龄对肩袖损伤肌肉细胞衰老的影响机制 | 年轻和老年肩袖手术患者的肌肉组织样本 | 单细胞组学 | 肩袖损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 年轻和老年患者肩袖肌肉样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6225 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866
PMID:40319972
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了锌离子通过调控TNF-α信号通路减轻脊髓损伤后免疫炎症反应的机制 | 首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术系统阐明锌离子通过抑制TNF-α信号通路调控脊髓损伤后免疫炎症反应的分子机制 | 锌离子调控TNF-α信号通路的具体上游机制尚未完全阐明 | 探究锌离子调控脊髓损伤后免疫炎症反应的分子机制 | 脊髓损伤模型中的免疫细胞,特别是小胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 转录组学, 代谢组学, 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据, 代谢物数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6226 | 2025-10-06 |
Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939
PMID:40328399
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究脂多糖诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示LPS通过改变细胞比例和细胞间通讯导致母胎界面信号通路紊乱 | 未明确说明样本数量和实验重复次数 | 研究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用和关键信号通路的影响 | 母胎界面组织细胞 | 单细胞测序分析 | 胚胎植入失败和复发性流产 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6227 | 2025-10-06 |
Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling
2025-May-26, The journal of headache and pain
IF:7.3Q1
DOI:10.1186/s10194-025-02058-4
PMID:40419944
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了硝酸甘油诱导的偏头痛模型中硬脑膜成纤维细胞重编程通过Angptl1信号驱动单细胞浸润的机制 | 首次在偏头痛慢性超敏模型中鉴定出促炎性成纤维细胞亚群扩张及其通过Angptl1介导的基质-免疫细胞串扰机制 | 需要人类样本验证,动物模型可能无法完全模拟人类偏头痛病理 | 解析偏头痛慢性超敏的硬脑膜基质-免疫细胞相互作用机制 | 硝酸甘油诱导的偏头痛模型小鼠的硬脑膜组织 | 单细胞组学 | 偏头痛 | 单细胞RNA测序, GWAS整合分析, 细胞间相互作用网络分析, 转录调控分析 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组关联数据 | 偏头痛模型小鼠硬脑膜组织(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6228 | 2025-10-06 |
Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing
2025-May-26, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03811-0
PMID:40420150
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据,揭示了肝细胞癌中表达Decorin的新型肿瘤基质亚群及其临床意义 | 首次在肝细胞癌中发现高表达DCN及相关硫酸软骨素合成酶的独特肿瘤基质亚群,并建立了六基因DCN相关特征作为预后标志物 | DCN在肝癌微环境中的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究Decorin在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用和潜在治疗价值 | 肝细胞癌组织、肿瘤微环境中的基质细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, Western blot | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6229 | 2025-10-06 |
Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis
2025-May-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03260-9
PMID:40414980
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研究论文 | 本研究揭示了IL-33通过激活Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干细胞特性和转移的新机制 | 首次阐明IL-33通过自分泌方式经Wnt通路调控乳腺癌干细胞特性,并提出AAV介导的ST2沉默新型治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究IL-33/Wnt轴在乳腺癌干细胞特性和转移中的作用机制 | 乳腺癌细胞系(4T1, MDA-MB-231)和转基因小鼠模型(MMTV-PyMT) | 癌症生物学 | 乳腺癌 | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序, 腺相关病毒(AAV)基因沉默 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 多种乳腺癌细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6230 | 2025-10-06 |
The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo
2025-May-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03486-7
PMID:40415096
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研究论文 | 本研究探讨了颗粒体蛋白前体通过颗粒体蛋白-sortilin 1配体-受体相互作用在白癜风中对黑素细胞氧化应激的保护作用 | 首次发现颗粒体蛋白-sortilin 1配体-受体作为黑素细胞与其他皮肤细胞通讯的关键桥梁,并阐明其在白癜风中通过激活抗氧化系统保护黑素细胞的机制 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内实验验证;相互作用抑制剂的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究细胞间信号传导在黑素细胞丢失中的作用机制 | 白癜风患者皮肤细胞,特别是黑素细胞 | 皮肤病学 | 白癜风 | 单细胞测序,微阵列数据分析,体外实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6231 | 2025-10-06 |
Targeting PIK3CB/YAP1 improves the sensitivity of paclitaxel by suppressing aging in head and neck squamous tumor cells
2025-May-24, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03818-7
PMID:40413541
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研究论文 | 本研究探讨PIK3CB/YAP1通路通过抑制衰老增强头颈部鳞状细胞癌对紫杉醇化疗敏感性的机制 | 首次揭示PIK3CB通过YAP1通路调控肿瘤细胞衰老并影响化疗敏感性的机制,并验证navitoclax与紫杉醇联合治疗的协同效应 | 研究主要基于体外实验和公共数据库分析,缺乏体内动物模型验证 | 探索提高头颈部鳞状细胞癌化疗敏感性的新策略 | 头颈部鳞状细胞癌细胞 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、细胞增殖检测、DNA复制分析、集落形成实验、单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据 | 公共数据库(GEO、TCGA、HPA)数据及实验细胞系 | NA | 单细胞转录组学, 蛋白质组学, 批量转录组学 | NA | NA |
6232 | 2025-10-06 |
Identification of key genes and diagnostic biomarkers for peripheral atherosclerosis: A multi-omics approach
2025-May-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042437
PMID:40419934
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研究论文 | 本研究通过多组学方法识别外周动脉粥样硬化的关键基因和诊断生物标志物 | 整合基因组学、转录组学和孟德尔随机化分析,首次系统鉴定6个PAS关键基因并构建高精度诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 识别外周动脉粥样硬化的分子生物标志物并阐明其发病机制 | 外周动脉粥样硬化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因表达分析,孟德尔随机化分析 | 诊断列线图模型 | 基因表达数据 | 2个GEO数据集(GSE28829,GSE100927)和独立验证数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组关联研究,表达数量性状位点分析 | NA | NA |
6233 | 2025-10-06 |
Identification of Prognostic Biomarkers of Ovarian High-Grade Serous Carcinoma: A Preliminary Study Using Spatial Transcriptome Analysis and Multispectral Imaging
2025-05-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14100681
PMID:40422184
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研究论文 | 本研究利用空间转录组分析和多光谱成像技术识别卵巢高级别浆液性癌的预后生物标志物 | 首次结合GeoMx平台的空间转录组学和多光谱免疫荧光技术分析HGSC的肿瘤微环境空间特征 | 初步研究,样本量有限 | 识别与卵巢高级别浆液性癌疾病进展相关的生物标志物 | 卵巢高级别浆液性癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学, 多光谱免疫荧光 | NA | 空间转录组数据, 多光谱图像 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx平台 |
6234 | 2025-10-06 |
m2ST: dual multi-scale graph clustering for spatially resolved transcriptomics
2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221
PMID:40272889
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研究论文 | 提出一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法,用于空间转录组数据的空间域注释 | 采用多尺度掩码图自编码器提取不同尺度表示,引入随机掩码机制和缩放余弦误差损失函数,开发专门的多尺度聚类框架整合尺度共性和特异性信息 | 论文未明确说明方法的具体局限性 | 提高空间转录组数据空间聚类的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络,掩码图自编码器 | 空间转录组数据 | 多个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6235 | 2025-10-06 |
A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity
2025-May-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954
PMID:39888317
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研究论文 | 开发了一种无水凝胶自组装平台MatriSpheres,用于模拟体内肿瘤表型和异质性 | 创建了无需水凝胶的自组装平台,使用脱细胞基质主动构建肿瘤微环境,在形态和分子水平上更好地模拟临床结直肠癌 | NA | 研究肿瘤微环境中细胞与细胞外基质的相互作用 | 小鼠和人类结直肠癌细胞 | 组织工程 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学分析 | 3D细胞培养模型 | 基因表达数据,细胞因子数据,形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6236 | 2025-10-06 |
Improving Spatial Transcriptomics with Membrane-Based Boundary Definition and Enhanced Single-Cell Resolution
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401056
PMID:39871658
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研究论文 | 提出了一种基于细胞膜标记的空间转录组学新方法,通过遗传编码荧光蛋白精确定义细胞边界 | 首次使用细胞膜标记而非传统的核染色或数学推断方法来定义细胞边界,显著提高了基因捕获数量和细胞类型识别精度 | NA | 改进空间转录组学技术的细胞边界定义和单细胞分辨率 | 小鼠和蝾螈的肝脏、大脑和肠道组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据,荧光图像 | 小鼠和蝾螈的多个器官组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | 基于细胞膜标记的空间转录组学方法 |
6237 | 2025-10-06 |
Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model
2025-May, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12527
PMID:39930922
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研究论文 | 本研究通过建立5xFAD转基因小鼠共病模型,探索阿尔茨海默病对肺癌发展的抑制作用机制 | 首次在5xFAD转基因小鼠模型中建立AD与肺癌共病模型,揭示铁稳态失衡和免疫细胞浸润在AD抑制肺癌进展中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 阐明阿尔茨海默病抑制肺癌发展的分子机制 | 5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病,肺癌 | 单细胞测序,组织病理学分析,分子病理学分析 | 动物模型 | 测序数据,图像数据 | 5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠群体 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
6238 | 2025-10-06 |
Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina
2025-May, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70001
PMID:39954235
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究衰老小鼠视网膜中转录异质性和视杆细胞通路的差异响应 | 首次在衰老视网膜中发现视杆细胞和双极细胞存在转录异质的亚群,并揭示这些亚群在视网膜不同区域的分布特征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类视网膜中验证 | 探索视网膜衰老过程中转录失调的动态变化及其对视觉功能的影响 | 衰老小鼠视网膜中的不同细胞类型 | 单细胞转录组学 | 年龄相关性视力损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3、12、18和24月龄小鼠视网膜 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 优化的单细胞RNA测序实验方案 |
6239 | 2025-10-06 |
Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400991
PMID:39962810
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研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS,用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性 | 通过通路激活转换将大规模细胞系数据中的药物反应知识迁移到单细胞数据分析,提高了预测准确性和计算效率 | 未明确说明模型在其它癌症类型或药物中的泛化能力 | 预测癌症药物反应以支持个性化治疗 | 乳腺癌细胞和患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
6240 | 2025-10-06 |
Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung
2025-May-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027884
PMID:40014797
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研究论文 | 本研究揭示了成人肺脏中存在功能性造血祖细胞,并证明了其增殖和移植潜力 | 首次在成人肺脏中发现具有独特基因特征的造血祖细胞群,这些细胞在免疫、巨核细胞/血小板和红细胞相关通路上表现出更强的基线激活 | 研究主要基于小鼠移植实验,需要进一步验证这些细胞在人体内的实际功能 | 探索成人肺脏中造血祖细胞的存在和功能特征 | 成人肺组织中的CD34+造血祖细胞 | 空间转录组学 | 造血系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 成人肺组织样本和干细胞移植血液样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |