单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6221	2024-11-24	BreCML: identifying breast cancer cell state in scRNA-seq via machine learning 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1482726 PMID:39574916	研究论文	本文开发了一种基于机器学习的预测工具BreCML，用于准确分类乳腺癌细胞亚群及其相关标记基因	BreCML在训练数据集上达到了98.92%的准确率，并在测试数据集上展示了卓越的准确性、精确度、召回率和F1分数	NA	开发一种能够准确分类乳腺癌细胞亚群及其相关标记基因的机器学习预测工具	乳腺癌细胞及其相关标记基因	机器学习	乳腺癌	scRNA-seq	XGBoost	基因数据	NA
6222	2024-11-24	Cellular Characterization and Interspecies Evolution of the Tree Shrew Retina across Postnatal Lifespan 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0536 PMID:39574940	研究论文	研究了树鼩视网膜细胞在出生后生命周期中的细胞特征和跨物种进化	建立了树鼩视网膜细胞的年龄相关单细胞RNA测序图谱，并进行了跨物种分析	NA	探讨树鼩视网膜细胞在不同年龄阶段的细胞组成和基因表达模式	树鼩视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	15只树鼩
6223	2024-11-24	Integrated analysis of single-cell, spatial and bulk RNA-sequencing identifies a cell-death signature for predicting the outcomes of head and neck cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1487966 PMID:39575251	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据，识别出一种细胞死亡特征，用于预测头颈部癌症的预后	本文创新性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据，构建了一个细胞死亡相关特征风险评分模型（CDRscore），用于预测头颈部癌症的预后	NA	研究细胞死亡在头颈部癌症复发和术后预后中的作用，并开发一种预测预后的模型	头颈部癌症患者的单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据和空间转录组学数据	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学	机器学习模型	RNA测序数据	涉及五种主要亚型的头颈部癌症相关单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA数据集的批量RNA测序数据和喉鳞状细胞癌的空间转录组学数据
6224	2024-11-23	Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.038 PMID:39097198	研究论文	研究通过单细胞转录组和免疫分析，揭示了胃腺癌转移过程中铁死亡与疾病进展及免疫治疗反应的关系	首次大规模分析了胃腺癌转移的单细胞数据，揭示了铁死亡在疾病进展中的作用，并提出了联合CAR-T细胞疗法的新治疗策略	研究主要集中在治疗前患者的样本，未来需进一步验证在治疗后患者中的效果	深入理解胃腺癌转移的肿瘤和免疫生物学机制，开发创新有效的治疗方法	胃腺癌转移的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	68对治疗前原发性和转移性肿瘤样本
6225	2024-11-23	CVGAE: A Self-Supervised Generative Method for Gene Regulatory Network Inference Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00633-y PMID:38778003	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序数据的自我监督生成方法CVGAE用于基因调控网络推断	使用图神经网络进行归纳表示学习，将基因表达数据和观测拓扑结构合并到低维向量空间中，并采用多层GraphSAGE作为编码器和改进的解码器来克服网络稀疏性问题	NA	改进基因调控网络推断的准确性和模型泛化能力	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	基因表达数据	多个包含四个相关真实网络的单细胞数据集
6226	2024-11-23	Luteinizing Hormone Receptor Mutation (LHRN316S) Causes Abnormal Follicular Development Revealed by Follicle Single-Cell Analysis and CRISPR/Cas9 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00646-7 PMID:39150470	研究论文	通过单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9技术研究黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响，并利用CRISPR/Cas9技术构建了LHR小鼠模型	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨黄体生成素受体突变对卵泡发育的影响及其在女性不孕治疗中的潜在应用	卵泡中的卵母细胞、卵丘颗粒细胞和壁颗粒细胞	NA	女性不孕	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9	NA	RNA	14只LHR雌性小鼠和ICR野生型雄性小鼠交配
6227	2024-11-23	Deciphering single-cell gene expression variability and its role in drug response 2024-Nov-20, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae138 PMID:39277847	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了药物反应中基因表达变异性的作用	本研究将药物反应与药物基因表达变异性的联系扩展到细胞层面，并提出了一种增强药物疗效预测的新方法	NA	探讨基因表达变异性在药物反应中的作用	药物基因在不同细胞类型和组织中的表达变异性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涉及八种不同人体组织的多种细胞类型
6228	2024-11-23	Salmonella dry surface biofilm: morphology, single-cell landscape, and sanitization 2024-Nov-20, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01623-24 PMID:39494899	研究论文	研究了Typhimurium干表面生物膜（DSB）的形成及其与湿表面生物膜（WSB）的比较，探讨了DSB的形态、单细胞景观和消毒方法	首次全面研究了DSB的特征及其生存机制，并提出了morin溶解在70%异丙醇中作为有效的干消毒剂	NA	探讨干表面生物膜的形成及其在低水分食品加工环境中的生存机制和消毒方法	Typhimurium干表面生物膜（DSB）和湿表面生物膜（WSB）	NA	NA	共聚焦激光扫描显微镜分析、电子显微镜、微生物组单细胞转录组学	NA	图像	39种黄酮类化合物和70%异丙醇（IPA）的组合效果测试
6229	2024-11-23	Construction of molecular subtype and prognostic model for gastric cancer based on nucleus-encoded mitochondrial genes 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78729-0 PMID:39557952	研究论文	本研究基于核编码线粒体基因构建胃癌的分子亚型和预后模型	首次揭示了核编码线粒体基因突变与胃癌患者生存结果之间的关联，并开发了一个评分系统来预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	探讨核编码线粒体基因在胃癌中的作用，并开发一个预后模型来预测患者的治疗反应	胃癌患者的核编码线粒体基因表达和临床信息	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
6230	2024-11-23	Integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome data identifies a pyroptosis-associated diagnostic model for Parkinson's disease 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80185-9 PMID:39558055	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，识别出与帕金森病相关的细胞焦亡相关诊断模型	首次通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，构建了基于细胞焦亡相关基因的帕金森病诊断模型	研究主要基于数据分析，缺乏临床验证	开发一种新的帕金森病诊断模型，特别是在疾病的早期阶段	帕金森病患者和健康个体的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	LASSO逻辑回归、支持向量机递归特征消除和随机森林	基因表达数据	帕金森病患者和健康个体的单细胞RNA测序数据
6231	2024-11-23	Airway ciliary microenvironment responses in mice with primary ciliary dyskinesia and central pair apparatus defects 2024-11-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-79877-z PMID:39558053	研究论文	研究了小鼠上呼吸道纤毛微环境中上皮细胞对纤毛运动缺陷和黏液纤毛清除功能障碍的响应	首次使用单细胞RNA测序技术研究了上呼吸道上皮细胞对中央对装置基因突变引起的纤毛运动缺陷的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类患者	探讨纤毛运动缺陷对上呼吸道上皮细胞微环境的影响	小鼠上呼吸道上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及Cfap221/Pcdp1、Cfap54和Spef2基因突变的小鼠上呼吸道上皮细胞
6232	2024-11-23	Lung Single-Cell Transcriptomics Offers Insights into the Pulmonary Interstitial Toxicity Caused by Silica Nanoparticles 2024-Nov-15, Environment & health (Washington, D.C.) DOI:10.1021/envhealth.4c00052 PMID:39568699	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了二氧化硅纳米颗粒引起的肺间质毒性的细胞特异性反应和细胞间相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了二氧化硅纳米颗粒引起的肺间质损伤的细胞特异性反应和分子机制	研究仅限于Wistar大鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	阐明二氧化硅纳米颗粒暴露引起的肺损伤中不同细胞群体的相互作用和关键因素	Wistar大鼠的肺部细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10457个肺部细胞
6233	2024-11-23	Molecular diversity and migration of GABAergic neurons in the developing ventral midbrain 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111239 PMID:39569362	研究论文	研究了发育中的腹侧中脑中GABA能神经元的分子多样性和迁移机制	通过单细胞RNA测序和荧光激活细胞分选技术，首次全面揭示了腹侧中脑中GABA能神经元的亚型及其空间分布和发育机制	研究仅限于小鼠模型，可能不适用于其他物种	探讨腹侧中脑中GABA能神经元的多样性和发育机制	发育中的小鼠腹侧中脑中的GABA能神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，荧光激活细胞分选 (FACS)	NA	转录组数据	多个GABA能神经元亚型
6234	2024-11-23	Single-Cell and Spatial Multi-omics Reveal Interferon Signaling in the Pathogenesis of Perianal Fistulizing Crohn's Disease 2024-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.08.620717 PMID:39574705	研究论文	研究使用单细胞和空间多组学技术揭示了肛周瘘管性克罗恩病发病机制中的干扰素信号	首次通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和空间转录组学等多组学方法，全面分析了肛周瘘管性克罗恩病中的免疫和非免疫细胞群，并揭示了干扰素信号在疾病发病机制中的关键作用	研究样本量较小，且未涉及长期随访数据	探讨肛周瘘管性克罗恩病的发病机制，并寻找潜在的治疗靶点	肛周瘘管性克罗恩病患者、无肛周疾病的克罗恩病患者和特发性肛周瘘管患者的黏膜细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、空间转录组学	NA	基因表达数据	共63名患者，包括24名肛周瘘管性克罗恩病患者、10名无肛周疾病的克罗恩病患者和29名特发性肛周瘘管患者
6235	2024-11-23	Spatial Transcriptomics Reveals the Temporal Architecture of the Seminiferous Epithelial Cycle and Precise Sertoli-Germ Synchronization 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.28.620681 PMID:39554074	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究了小鼠睾丸中精原上皮周期的时间结构和Sertoli细胞与生殖细胞的精确同步	首次通过空间转录组学技术揭示了精原上皮周期中的转录变化模式，并发现Sertoli细胞与生殖细胞发育的周期性转录特征紧密同步	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种	揭示精原上皮周期中的转录变化及其与生殖细胞和体细胞的关联	小鼠睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	216,090个细胞，2,638个基因
6236	2024-11-23	Tryptophan 2,3-dioxygenase-positive matrix fibroblasts fuel breast cancer lung metastasis via kynurenine-mediated ferroptosis resistance of metastatic cells and T cell dysfunction 2024-Nov, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12608 PMID:39221971	研究论文	研究揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞通过犬尿氨酸介导的铁死亡抵抗和T细胞功能障碍促进乳腺癌肺转移的作用	首次揭示了色氨酸2,3-双加氧酶阳性基质成纤维细胞在乳腺癌肺转移中的关键作用，并提出了针对肺特异性基质细胞代谢的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其结果	解析成纤维细胞异质性及其在乳腺癌肺转移形成中的不同作用	乳腺癌肺转移中的成纤维细胞和T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型进行实验，具体样本数量未在摘要中提及
6237	2024-11-23	Blockade of CCR5+ T Cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Optimizes Anti-TGF-β/PD-L1 Bispecific Antibody 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408598 PMID:39303165	研究论文	研究通过scRNA-seq分析肿瘤微环境变化，发现YM101治疗后存在免疫抑制性CCR5 T细胞，并提出使用Maraviroc抑制CCR5 T细胞积累以优化YM101疗效	首次揭示了YM101治疗后肿瘤微环境中CCR5 T细胞的免疫抑制作用，并提出联合使用Maraviroc以增强YM101的抗肿瘤效果	研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索肿瘤微环境中的免疫抑制因素，优化YM101抗肿瘤效果	肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫抑制机制	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	多只肿瘤小鼠
6238	2024-11-23	Spatiotemporal Analysis of Mesenchymal Stem Cells Fate Determination by Inflammatory Niche Following Soft Tissue Injury at a Single-Cell Level 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310282 PMID:39308190	研究论文	研究探讨了软组织损伤后炎症微环境中间充质干细胞命运的决定机制	通过单细胞RNA测序、空间转录组和谱系追踪分析，揭示了炎症微环境中间充质干细胞向软骨和骨细胞分化的动态过程及其调控机制	NA	探讨创伤诱导的炎症暴露对间充质干细胞命运决定的影响	间充质干细胞及其在炎症微环境中的分化	数字病理学	软组织损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
6239	2024-11-23	Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402242 PMID:39312471	研究论文	研究食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了空间异构体在人类实体瘤和淋巴结中的表达和分布模式，并提出了异构体生成动力学对异构体时间异质性的影响	尚未完全阐明CD8 T细胞在化疗耐药和转移患者中的调控机制	揭示食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	食管鳞状细胞癌中的CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	涉及人类实体瘤和淋巴结样本
6240	2024-11-23	Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling 2024-Oct-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53545-2 PMID:39455564	研究论文	研究了肠道血清素能神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能	揭示了肠道血清素能神经元与肠道免疫稳态之间的紧密相互作用，增强了黏膜防御	NA	探讨肠道血清素能神经元在免疫反应调控中的作用	肠道血清素能神经元、肠道浆细胞样树突状细胞、IgA B细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA