单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6221	2024-11-17	Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2426758 PMID:39527470	研究论文	本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型	首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测	NA	研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用	胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像	数字病理学	胃癌	RNA-seq	ResNet50	图像	NA
6222	2024-11-17	PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890 PMID:39186679	研究论文	研究PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌中巨噬细胞动态的影响	首次揭示了PTEN缺失导致高级别浆液性卵巢癌中巨噬细胞的特定亚群出现，并提出了针对这些巨噬细胞的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探讨PTEN缺失对高级别浆液性卵巢癌免疫微环境的影响及其潜在治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌中的巨噬细胞及其基因表达	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型中的Pten-null腹膜肿瘤样本及人类高级别浆液性卵巢癌样本
6223	2024-11-17	Galectin-9 Mediates the Functions of Microglia in the Hypoxic Brain Tumor Microenvironment 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3878 PMID:39207402	研究论文	研究探讨了Galectin-9在缺氧脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的影响	揭示了Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞的独特功能，并发现Gal-9高表达的小胶质细胞具有炎症激活和较高的细胞死亡率，而Gal-9低表达的小胶质细胞则具有更强的吞噬能力	研究主要基于小鼠模型和人类胶质母细胞瘤的bulk RNA测序数据，可能需要进一步的人类临床数据验证	阐明Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的调控作用，并探讨其作为治疗靶点的潜力	Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞和巨噬细胞的功能影响	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	小鼠脑肿瘤模型和人类胶质母细胞瘤样本
6224	2024-11-17	SPathDB: a comprehensive database of spatial pathway activity atlas 2024-Nov-15, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1041 PMID:39546631	研究论文	介绍了一个名为SPathDB的综合数据库，用于解析空间通路活动图谱	首次构建了一个包含大量空间转录组数据和生物通路的数据库，提供了对空间异质性功能活动的交互分析和可视化	NA	揭示驱动空间异质性的功能特征和理解复杂的生物过程	人类和小鼠的空间转录组数据及生物通路	生物信息学	癌症	空间转录组测序技术	NA	转录组数据	1689868个空间点，来自84个空间转录组数据集的695个切片，涉及36种组织和疾病
6225	2024-11-17	Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing 2024-Nov-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irae151 PMID:39110034	研究论文	研究探讨了T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制	通过scRNA-seq和免疫荧光成像技术，首次识别了伤口愈合炎症阶段中不同T细胞群体的信号传导特征	研究主要集中在炎症阶段的T细胞信号传导，未来需要进一步研究T细胞在伤口愈合其他阶段的作用	揭示T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制及其对伤口愈合质量的影响	T细胞在伤口愈合过程中的信号传导	NA	NA	scRNA-seq, 免疫荧光成像	NA	RNA, 图像	具体样本数量未在摘要中提及
6226	2024-11-17	Profound cellular defects attribute to muscular pathogenesis in the rhesus monkey model of Duchenne muscular dystrophy 2024-Nov-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.08.041 PMID:39305903	研究论文	研究揭示了在杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中，肌肉病理发生与细胞缺陷之间的关系	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了DMD恒河猴模型中肌肉组织的细胞和分子变化，发现了免疫细胞景观的改变、纤维化纤维脂肪前体细胞（FAPs）的谱系进展方向逆转以及FAPs和肌肉干细胞（MuSCs）对TGF-β的抵抗性	NA	阐明在病理条件下肌肉组织中多种细胞类型的细胞和分子变化	杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中的肌肉组织	数字病理学	肌肉疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
6227	2024-11-17	Chemokine expression profile of an innate granuloma 2024-Nov-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96425 PMID:39541153	研究论文	研究了先天性肉芽肿中趋化因子的表达谱及其在免疫细胞组织中的作用	建立了小鼠感染模型，揭示了趋化因子在肉芽肿形成中的动态表达和作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探讨趋化因子在先天性肉芽肿形成中的作用及其对免疫反应的影响	趋化因子的空间和时间表达及其在肉芽肿形成中的作用	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠感染模型
6228	2024-11-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of quinoa salt bladders 2024-Nov-13, Stress biology DOI:10.1007/s44154-024-00189-3 PMID:39532803	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了藜麦盐囊泡的发育轨迹和转录调控网络	首次通过单细胞RNA测序构建了藜麦盐囊泡的细胞图谱，并识别了13个不同的细胞集群，揭示了盐囊泡发育过程中的关键调控因子	研究主要集中在藜麦盐囊泡的发育机制，未涉及其在实际农业生产中的应用	揭示藜麦盐囊泡的发育机制及其在盐胁迫下的耐受性	藜麦盐囊泡的发育过程及其转录调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	藜麦幼叶来源的原生质体
6229	2024-11-17	N-CADHERIN+/CD168- subpopulation determines therapeutic variations of UC-MSCs for cardiac repair after myocardial infarction 2024-Nov-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04032-4 PMID:39533355	研究论文	研究探讨了不同供体来源的间充质干细胞（MSCs）在心肌梗死（MI）治疗中的疗效差异，并确定了N-CADHERIN+/CD168-亚群在提高治疗效果中的关键作用	首次揭示了N-CADHERIN+/CD168-亚群在间充质干细胞治疗心肌梗死中的功能作用，并发现该亚群与促进血管生成密切相关	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索间充质干细胞在心肌梗死治疗中的疗效差异机制，并确定筛选高效MSCs的标准	不同供体来源的脐带间充质干细胞（UC-MSCs）及其在心肌梗死治疗中的疗效	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	10,463个脐带间充质干细胞
6230	2024-11-17	Phenotypic and transcriptomic profiling of induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived NK cells and their cytotoxicity against cancers 2024-Nov-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04029-z PMID:39533434	研究论文	研究通过单层无饲养层分化协议生成的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的自然杀伤（NK）细胞的表型和转录组特征，并评估其对癌症的细胞毒性	开发了一种更高效的方法，通过单层无饲养层分化协议生成iNK细胞，并优化了培养基	NA	探索iPSC衍生的NK细胞在癌症免疫治疗中的潜力	iPSC衍生的NK细胞及其对胆管癌和乳腺癌细胞的细胞毒性	细胞生物学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	iPSC衍生的NK细胞、外周血NK细胞、NK-92细胞系、胆管癌细胞系、乳腺癌细胞系
6231	2024-11-17	Single-cell transcriptomics reveals the molecular basis of human iPS cell differentiation into ectodermal ocular lineages 2024-Nov-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07130-4 PMID:39532995	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究了人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化为眼外胚层谱系的分子基础	本文揭示了眼外胚层细胞在SEAM形成过程中的发育轨迹，并展示了从多能性到组织特化和分化的进展	NA	研究人类诱导多能干细胞分化为眼外胚层谱系的分子机制	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化为眼外胚层谱系的分子基础	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	12周内的多个时间点样本
6232	2024-11-17	Single-cell and bulk transcriptome analysis reveals tumor cell heterogeneity and underlying molecular program in uveal melanoma 2024-Nov-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05831-2 PMID:39533334	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组分析揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性及其潜在的分子机制	首次通过单细胞转录组分析揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性，并开发了一种基于机器学习的9基因签名用于患者分层	研究仅限于17个肿瘤样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	揭示葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞异质性及其对患者分层的潜在影响	葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞及其分子特征	数字病理学	眼癌	单细胞转录组测序	机器学习	转录组数据	37,660个恶性细胞来自17个葡萄膜黑色素瘤肿瘤样本
6233	2024-11-17	m5C related-regulator-mediated methylation modification patterns and prognostic significance in breast cancer 2024-11-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77389-4 PMID:39523404	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和转录组数据，筛选与乳腺癌进展相关的m5C调控因子，并分析其临床价值	首次在单细胞水平揭示m5C调控因子在乳腺癌中的失调机制及其在癌变和进展中的关键作用	需要更多独立数据集进行外部验证，以增强研究结果的可靠性	评估m5C调控因子在乳腺癌中的表达及其与肿瘤微环境、临床病理特征和预后的相关性	m5C调控因子在乳腺癌中的作用及其临床意义	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及乳腺癌患者的单细胞和转录组数据
6234	2024-11-17	Single-cell landscape identified SERPINB9 as a key player contributing to stemness and metastasis in non-seminomas 2024-Nov-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07220-5 PMID:39528470	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析非精原细胞瘤样本，揭示了SERPINB9在胚胎癌中的高表达及其在肿瘤进展中的关键作用	首次在单细胞水平上阐明了非精原细胞瘤的分子特征，揭示了SERPINB9在肿瘤进展中的关键作用	NA	探讨非精原细胞瘤中胚胎癌的恶性机制	非精原细胞瘤中的胚胎癌细胞	数字病理学	睾丸生殖细胞肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个非精原细胞瘤样本
6235	2024-11-17	Integrated multiomics analysis identified comprehensive crosstalk between diverse programmed cell death patterns and novel molecular subtypes in Hepatocellular Carcinoma 2024-11-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78911-4 PMID:39528670	研究论文	本文通过整合多组学分析，揭示了肝细胞癌中多种程序性细胞死亡模式之间的相互作用，并识别出新的分子亚型	开发并验证了一种新的分类器，用于肝细胞癌患者的个性化管理，并提出了程序性细胞死亡指数（PCDI），该指数与患者的病理分级和预后相关	NA	开发和验证一种新的分类器，用于肝细胞癌患者的个性化管理，并研究程序性细胞死亡模式与肝细胞癌进展和预后的关系	肝细胞癌患者的转录组、蛋白质组和单细胞数据	机器学习	肝细胞癌	qPCR, 蛋白质印迹, 免疫组化	Elastic net, Random Forest, XgBoost, Boruta, Nonnegative Matrix Factorization (NMF)	转录组, 蛋白质组, 单细胞数据	四个独立的肝细胞癌队列，以及一个真实世界的肝细胞癌样本集
6236	2024-11-17	Comparative transcriptomic analyses of thymocytes using 10x Genomics and Parse scRNA-seq technologies 2024-Nov-11, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10976-x PMID:39528918	研究论文	本文比较了10x Genomics和Parse scRNA-seq技术在胸腺细胞转录组分析中的表现	首次对10x Genomics和Parse scRNA-seq技术在复杂免疫组织中的性能进行了全面比较	研究仅限于小鼠胸腺细胞，未涉及其他细胞类型或组织	评估10x Genomics和Parse scRNA-seq技术在免疫学研究中的适用性	小鼠胸腺细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	生物和技术重复的小鼠胸腺样本
6237	2024-11-17	SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03428-y PMID:39529126	研究论文	介绍了一个名为SpottedPy的Python包，用于识别肿瘤热点并映射癌症生态系统内的空间相互作用	提出了SpottedPy工具，能够量化空间转录组热点之间的关系，并揭示乳腺癌中上皮-间质可塑性的环境线索	NA	探索癌症内部异质性，特别是上皮-间质可塑性及其与肿瘤微环境的关系	乳腺癌中的上皮-间质可塑性和肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6238	2024-11-17	IAMSAM: image-based analysis of molecular signatures using the Segment Anything Model 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03380-x PMID:39529142	研究论文	介绍了一种基于图像的空间转录组数据分析工具IAMSAM，利用Segment Anything Model进行组织图像分割，并进行下游分析	开发了IAMSAM工具，结合Segment Anything Model进行图像分割，实现了对空间转录组数据的半自动分析	NA	开发一种用户友好的工具，用于分析空间转录组数据中的形态特征	空间转录组数据中的形态特征	计算机视觉	NA	空间转录组技术	Segment Anything Model	图像	NA
6239	2024-11-17	Adenine base editors induce off-target structure variations in mouse embryos and primary human T cells 2024-Nov-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03434-0 PMID:39529170	研究论文	研究CRISPR/Cas9和腺嘌呤碱基编辑器（ABE）在老鼠胚胎和人类T细胞中引起的脱靶结构变异	首次揭示了ABE在老鼠胚胎和人类T细胞中引起的脱靶结构变异，并比较了不同编辑工具的效果	研究仅限于老鼠胚胎和人类T细胞，未涵盖其他细胞类型	探讨CRISPR/Cas9和碱基编辑器在基因编辑中的安全性	老鼠胚胎和人类T细胞	基因编辑	NA	全基因组测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	老鼠胚胎和人类T细胞样本
6240	2024-11-17	Single cell analysis identified a basal cell transition state associated with the development and progression of bladder cancer 2024-Nov-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05841-0 PMID:39523319	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了膀胱癌发展过程中基底细胞的过渡状态	发现了基底细胞在膀胱癌发展中的过渡状态，并识别了与癌症进展相关的关键转录因子	研究主要基于已有的单细胞数据，未进行新的实验验证	揭示膀胱癌的分子机制并寻找新的治疗方法	膀胱癌中的基底细胞及其过渡状态	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	24,930个细胞，包括上皮细胞、基质细胞和免疫细胞