单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6201	2025-01-25	Heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations in prostate cancer: Implications for prognosis and immunotherapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102255 PMID:39721245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群的多样性及其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	首次系统性地描述了前列腺癌中CAF的四个主要亚群，并构建了反映这些亚群临床相关性的预后模型	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	阐明癌症相关成纤维细胞在前列腺癌肿瘤微环境中的多重作用，特别是其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	前列腺癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	前列腺癌样本
6202	2025-01-25	Novel photocrosslinking chemical probes utilized for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Jan-20, RSC chemical biology IF:4.2Q2 DOI:10.1039/d4cb00262h PMID:39845105	研究论文	本文介绍了一种名为CrossSeq的新技术，利用光交联荧光探针和共聚焦显微镜激活，在固定细胞上标记用户定义的感兴趣区域，用于多重空间转录组分析	开发了CrossSeq技术，结合光交联荧光探针和共聚焦显微镜，提高了空间转录组分析的分辨率和多重性	目前的技术在标记的空间分辨率、可测序的RNA数量以及在同一组织景观中分离空间上不同的细胞方面仍存在限制	解决现有空间转录组分析技术在空间分辨率和多重性方面的限制	固定细胞和MDA-MB-231-LM2转移性癌症迁移模型	空间转录组学	癌症	光交联荧光探针、共聚焦显微镜、流式细胞术	NA	RNA表达数据	NA
6203	2025-01-25	Bulk and single-cell transcriptome revealed the metabolic heterogeneity in human glioma 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41241 PMID:39844970	研究论文	本文通过整合分析多个数据集，揭示了人类胶质瘤中的代谢异质性，并开发了一种基于四种关键代谢途径的分类系统	开发了一种新的胶质瘤分类系统，揭示了代谢异质性，并提供了单细胞转录组数据的新见解	未明确说明样本的具体数量及来源	揭示胶质瘤的代谢异质性，开发基于代谢途径的分类系统	人类胶质瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组分析、空间转录组分析	ConsensusClusterPlus、CellChat、stLearn	转录组数据	未明确说明
6204	2025-01-25	Clinical and immunological outcomes after randomized trial of baked milk oral immunotherapy for milk allergy 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184301 PMID:39782691	研究论文	本研究评估了烘焙牛奶口服免疫疗法（BMOIT）在牛奶过敏儿童中的安全性和有效性，并探讨了其免疫学相关变化	首次通过随机试验评估BMOIT在减少不良反应的同时诱导脱敏的效果，并识别了成功的BMOIT的免疫学相关性	样本量较小（30名儿童），且研究仅针对3-18岁的牛奶过敏儿童	确定BMOIT是否能减少不良反应并诱导脱敏，并识别成功的BMOIT的免疫学相关性	3-18岁的牛奶过敏儿童	免疫学	牛奶过敏	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	免疫学数据、临床数据	30名3-18岁的牛奶过敏儿童
6205	2025-01-25	Targeting the NLRP3 inflammasome abrogates cardiotoxicity of immune checkpoint blockers 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010127 PMID:39773567	研究论文	本研究探讨了通过抑制NLRP3炎性小体来减轻免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心脏毒性，并保持或增强其抗肿瘤免疫效果	首次提出通过抑制NLRP3炎性小体来同时减轻心脏毒性和增强抗肿瘤免疫效果，为临床治疗提供了新策略	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	寻找有效减轻心脏毒性并保持或增强抗肿瘤免疫效果的方法	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠	免疫治疗	心血管疾病	MCC950抑制NLRP3炎性小体活性，超声心动图，免疫荧光，流式细胞术，逆转录定量PCR，RNA测序	NA	RNA测序数据，免疫细胞数据，炎症因子数据	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠
6206	2025-01-25	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	本研究通过构建一个全面的转录和表观遗传图谱，预测了九种CD8 T细胞分化状态的转录因子活性，揭示了新的调控机制，并通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序验证了特定转录因子的作用	发现了新的TEX特异性转录因子如ZSCAN20、JDP2和ZFP324，并揭示了它们在肿瘤控制中的重要作用，同时鉴定了多状态转录因子如HIC1和GFI1	研究主要集中于CD8 T细胞，未涉及其他类型的T细胞或免疫细胞	精确编程T细胞状态以改善病毒感染和癌症中的免疫反应	CD8 T细胞的分化状态	生物信息学	癌症	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组数据、表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
6207	2025-01-25	Spatial transcriptomics of healthy and fibrotic human liver at single-cell resolution 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55325-4 PMID:39747812	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，研究了健康和纤维化人类肝脏在单细胞分辨率下的空间转录组学	首次在单细胞分辨率下描述了人类肝脏的空间组织，揭示了肝细胞的区域分布、巨噬细胞和间充质细胞亚群的空间解析，以及肝细胞多倍体与基因表达的关系	研究主要集中于肝脏，未涉及其他器官或疾病模型	研究健康和纤维化人类肝脏在单细胞分辨率下的空间转录组学，以揭示疾病驱动的细胞和空间重塑	健康和纤维化的人类肝脏	数字病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及健康和纤维化肝脏样本
6208	2025-01-25	Altered Atlas of Exercise-Responsive MicroRNAs Revealing miR-29a-3p Attacks Armored and Cold Tumors and Boosts Anti-B7-H3 Therapy 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0590 PMID:39845707	研究论文	本研究揭示了运动响应性microRNA miR-29a-3p在乳腺癌及多种癌症中的肿瘤抑制作用，并开发了基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	首次发现miR-29a-3p作为运动响应性microRNA，通过抑制B7-H3表达攻击装甲和冷肿瘤，并开发了基于miR-29a-3p的脂质体疗法	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索运动响应性microRNA在癌症中的作用机制，并开发基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	乳腺癌及多种癌症类型	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	RNA测序数据、细胞实验数据	多个独立公共和内部队列、体外实验涉及多种细胞类型、小鼠模型
6209	2025-01-25	NBAtlas: A harmonized single-cell transcriptomic reference atlas of human neuroblastoma tumors 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114804 PMID:39368085	研究论文	本文介绍了一个名为NBAtlas的协调单细胞转录组参考图谱，该图谱整合了七个单细胞或单核数据集，涵盖了61名患者的362,991个细胞，用于解析神经母细胞瘤的转录景观	通过整合多个单细胞转录组数据集，创建了一个覆盖广泛样本的协调细胞图谱，揭示了神经母细胞瘤的转录组特征与临床结果之间的关联，并展示了其在数据驱动细胞类型注释中的实用性	尽管整合了多个数据集，但样本量仍然相对较小，可能限制了某些结论的普适性	解析神经母细胞瘤的转录景观，揭示其与临床结果的关联，并展示该图谱在细胞类型注释中的应用	神经母细胞瘤患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	61名患者的362,991个细胞
6210	2025-01-25	PD-L1 restrains PD-1+Nrp1lo Treg cells to suppress inflammation-driven colorectal tumorigenesis 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114819 PMID:39368087	研究论文	本文研究了PD-L1在调节T细胞功能中的作用，特别是在结直肠癌的炎症驱动肿瘤发生中的作用	揭示了PD-L1通过抑制PD-1+Nrp1lo Treg细胞和IL-6中性粒细胞来维持CTL激活，从而控制炎症驱动的结直肠肿瘤发生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨PD-L1在结直肠癌炎症驱动肿瘤发生中的调节作用	小鼠模型中的T细胞、PD-1+Nrp1lo Treg细胞和IL-6中性粒细胞	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
6211	2025-01-25	Persistent bone marrow hemozoin accumulation confers a survival advantage against bacterial infection via cell-intrinsic Myd88 signaling 2024-10-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114850 PMID:39392758	研究论文	本文探讨了疟疾中血色素（Hz）在骨髓中的持续沉积如何通过细胞内在的MyD88信号通路增强对细菌感染的生存优势	揭示了血色素通过细胞内在的MyD88依赖途径，增加粒细胞-巨噬细胞祖细胞中转录因子的染色质可及性，从而增强单核细胞的杀菌能力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	研究疟疾中血色素沉积对免疫反应和细菌感染抵抗力的影响	小鼠骨髓中的血色素沉积及其对免疫细胞的影响	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	疟疾恢复后的小鼠单核细胞
6212	2025-01-25	Notch signaling regulates macrophage-mediated inflammation in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.016 PMID:39317200	研究论文	本文探讨了Notch信号在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD/MASH）中调控巨噬细胞介导的炎症的作用	揭示了Notch-RBPJ信号通路在单核细胞向巨噬细胞转变中的关键作用，并发现Rbpj缺陷可抑制炎症性巨噬细胞和单核细胞衍生的Kupffer细胞分化，同时促进保护性Ly6C单核细胞的出现	MASLD/MASH中巨噬细胞分化和功能的机制仍大多未知	研究Notch信号在代谢功能障碍相关脂肪性肝病中调控巨噬细胞介导炎症的机制	肝脏巨噬细胞群体，包括常驻Kupffer细胞（KCs）和单核细胞衍生的巨噬细胞	生物医学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和命运映射	NA	RNA测序数据	NA
6213	2025-01-25	CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024 PMID:39214091	研究论文	本文研究了在非肥胖糖尿病（NOD）小鼠中，CD4+ T细胞对胰岛素衍生表位的反应动态和致病性，揭示了胰岛抗原特异性T细胞的多样性和XCR1树突状细胞在其激活中的作用	首次揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞在糖尿病中的独特致病性，并展示了抗InsC-ChgA:IAg7抗体预防自发性糖尿病的潜力	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨CD4+ T细胞对胰岛素衍生表位的反应在自身免疫性糖尿病中的作用	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的CD4+ T细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NOD小鼠的胰腺CD4+ T细胞
6214	2025-01-25	Cryo-PRO facilitates whole blood cryopreservation for single-cell RNA sequencing of immune cells from clinical samples 2024-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.18.24313760 PMID:39371152	研究论文	本文介绍了一种名为Cryo-PRO的新方法，用于从冷冻保存的全血中分离外周血单核细胞（PBMCs），以便进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），从而减少现场处理时间并促进多中心研究	开发了Cryo-PRO方法，允许现场立即冷冻保存样本，并在中央实验室进行后续PBMC分离，显著减少了现场处理时间	研究样本量较小，仅涉及23名脓毒症患者，且仅在两个招募点进行了验证	提高单细胞RNA测序在临床样本中的可扩展性，特别是在脓毒症等复杂免疫反应疾病的研究中	脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	23名脓毒症患者
6215	2025-01-25	Scalable imaging-free spatial genomics through computational reconstruction 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.05.606465 PMID:39149311	研究论文	本文介绍了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散模式计算重建空间数据	开发了一种无需成像的空间转录组学方法，利用分子扩散模式计算重建空间数据，提高了空间基因组学的可访问性和可扩展性	需要与实验数据进行比较以验证重建的准确性，且技术尚未在大规模应用中验证	开发一种无需成像的空间转录组学方法，以提高空间基因组学的可访问性和可扩展性	二维条形码阵列上的分子扩散模式	空间基因组学	NA	分子扩散模式、UMAP算法	NA	空间转录组学数据	NA
6216	2025-01-25	LMNA-Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-Derived iPSC Differentiation Support Cell Type and Lineage-Specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency 2024-09-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171479 PMID:39273049	研究论文	本文研究了与LMNA相关的扩张型心肌病（DCM），通过患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）分化过程中的单细胞转录组学分析，支持了心肌细胞和心外膜来源细胞在Lamin A/C单倍体不足情况下的基因表达和发育失调	使用患者来源的iPSC模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了Lamin A/C单倍体不足在不同细胞类型和谱系中的基因表达和通路失调	研究中识别的影响表观遗传和分化的其他因素需要进一步改进模型来深入探讨	探讨LMNA相关扩张型心肌病的分子机制	患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）及其分化过程中的心肌细胞和心外膜来源细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	iPSC模型	RNA测序数据	12个样本（4个来自患者，8个来自对照）
6217	2025-01-25	Keratin 8/18a.1 Expression Influences Embryonic Neural Crest Cell Dynamics and Contributes to Postnatal Corneal Regeneration in Zebrafish 2024-09-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171473 PMID:39273043	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼早期眼睛发育过程中角蛋白中间丝基因K8和K18a.1的表达及其对神经嵴细胞动态和角膜再生的影响	首次揭示了K8和K18a.1在斑马鱼早期眼睛发育和神经嵴细胞迁移中的重要作用，并发现K18a.1的表达受视黄酸调控	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探讨神经嵴细胞在眼部发育和再生中的机制	斑马鱼胚胎和成体角膜	发育生物学	眼科疾病	单细胞RNA测序、原位杂交、免疫荧光显微镜	NA	RNA测序数据、显微镜图像	斑马鱼胚胎和成体角膜组织
6218	2025-01-25	circRNAs as Epigenetic Regulators of Integrity in Blood-Brain Barrier Architecture: Mechanisms and Therapeutic Strategies in Multiple Sclerosis 2024-08-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161316 PMID:39195206	综述	本文综述了环状RNA（circRNAs）在维持血脑屏障（BBB）完整性中的作用及其在多发性硬化症（MS）中的治疗潜力	揭示了circRNAs通过细胞骨架稳定性维持BBB完整性的新机制，并探讨了其在MS治疗中的潜在应用	目前尚缺乏circRNAs在BBB损伤和功能障碍中的具体作用机制的详细实验验证	探讨circRNAs在维持BBB完整性中的作用及其在多发性硬化症中的治疗潜力	多发性硬化症（MS）患者	神经科学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	NA	NA
6219	2025-01-25	Regulatory B Cells Expressing Granzyme B from Tolerant Renal Transplant Patients: Highly Differentiated B Cells with a Unique Pathway with a Specific Regulatory Profile and Strong Interactions with Immune System Cells 2024-07-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13151287 PMID:39120317	研究论文	本研究旨在确定表达颗粒酶B的调节性B细胞（GZMB B细胞）在肾移植耐受患者的血液中是否富集	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了GZMB B细胞在肾移植耐受患者中的独特转录组特征及其与免疫系统细胞的强相互作用	样本量较小（每组3例患者），可能限制结果的普遍性	研究肾移植耐受患者中GZMB B细胞的特性和功能	肾移植患者的血液样本，包括稳定功能患者、药物耐受患者和抗体介导排斥反应患者	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	9例患者（3例稳定功能患者，3例药物耐受患者，3例抗体介导排斥反应患者）
6220	2025-01-25	Transition of signal requirement in hematopoietic stem cell development from hemogenic endothelial cells 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404193121 PMID:39042698	研究论文	本研究探讨了造血干细胞（HSCs）从造血内皮细胞（HECs）发育过程中的信号需求转变	首次在无血清和无饲养层的培养条件下，利用干细胞因子（SCF）和血小板生成素（TPO）诱导胚胎第11.5天的前造血干细胞-I（pre-HSC-I）分化为HSCs	研究中未确定从HECs诱导HSCs所需的最小因子	探索HSCs从HECs发育的分子机制	小鼠胚胎中的造血内皮细胞和前造血干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	胚胎第10.5天至11.5天的背主动脉及周围组织和胎肝